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個別メモ

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【第137回】 シンポジウム演題に悩む（2004年11月2日）

• 6:50起床。寝坊だ。余裕もないのに味噌汁を作ったので，余計にギリギリになってしまった。けれども，復路あさま504号には間に合った。問題は高崎の乗り継ぎで，タッチの差で桐生行きは出てしまったので渋川行きに乗って新前橋下車し，15分ばかり待って前橋行きに乗った。前橋駅構内のパン屋で昼食用にパンを買ってから自転車で研究室へ。ずっとシンポジウムの演題に悩んでいるせいか，なんだか疲れた。
• コンピュータをネットワークにつないだら，Windows Media Playerがアップデートがありますとかいうメッセージを表示してきたので，アップデートしたら，かなり長い時間をかけてMedia Playerが9から10になった。関連付けのデフォルトは，これまで関連付けられていたやつだけチェックしておいてくれればいいのに，.mp3とか.wavとか，これまでWinampに関連付けていたものまでチェックが入っていた。危ない危ない。
• Mac OS X Pantherが入ってきたG5 Macにgccを入れる方法がやっとわかった。どうも，gccを入れないと，まともに入らないRのパッケージがたくさんあるようなのだ。要は，システムについてきた2枚組のInstall DiskのDisk 1の方に入っている，Xcode Toolsフォルダを開いて，その中にあるDeveloper.mpkgをダブルクリックして，適当に質問に答えていけば良いようである。無事にgcc-3.3.1が入った。Rを起動し，Sys.putenv("http_proxy"="群大医学部のプロキシサーバURL")としてから，update.packages()をやったら，いくつかのパッケージはちゃんとアップデートできた。mgcvがどうも駄目で，しかもtcltkが使えない状態は直らない。もしかするとtcltkとのインストールの順番が問題かもしれないので，Rをインストールし直すのが早道かも？　と思ってインストールし直してみた。ついでに，Rの中ではJaguar用となっているtcltkも使われそうな気がしたので，先にRのアーカイヴフォルダにあるtcltk.pkgをインストールしてから，先日ダウンロードしたtcltkをインストールし直した。それからRを起動し，X11を起動し，いよいよlibrary(Rcmdr)とする……また必要なライブラリが増えているぞ。慌ててWindows版でも確認したら，これはRcmdr 0.9-11から0.9-12へのアップデートに伴う変更らしく，zoo，strucchange，sandwichという３つのパッケージが必要になった。ますます肥大化していくが，この方向でいいのだろうか？　Rcmdrの良さは初心者が使いやすいという点が大きいので，インストールがこんなに煩雑になっては本末転倒な気がするし，初心者は，そんなにたくさんのことができると，却って混乱するだけだと思うので，初期のシンプルなRcmdrの方がいいのではないだろうか？　R本体のバージョンアップに合わせてくれさえすれば，Rcmdrの機能は増えない方がいいと思うのだがどうか（＞Prof. John Fox？）
• やっとのことでそれらのインストールはできたのだが，Mac版ではRcmdrの起動途中でrglが無いというエラーが出て止まってしまう。マネージャで見ると入っているんだが，バージョンが違うか何かで駄目なんだろうか。install.packages("rgl")すると，ソースしか取れなくて，コンパイル途中でX11が無いというエラーが出て止まってしまう。X11は入れたし，動いているので，たぶん認識できないとかヘッダファイルがないとかいった理由なのだと思うが，これ以上はどうしたらいいのかわからない。X11を起動してxtermの中からRを呼び出してinstall.packages("rgl")してもコンパイル途中でX11が無いと言ってくるので，困ってしまう。rgl無しでも起動できるようにしておいてくれれば良かったのに。あるいはそういう設定方法があるのか？　仕方ないので，またこれは一旦放置することにしてシンポジウム演題に戻る。
• 電話。県庁の建築関係の部署から。来月から何かの委員をやって欲しいとのこと（今は教授が務めているのだが任期が切れるので後をやるように頼まれた）。月１回，平日の午後ということなので，月曜午後だと講義があるから出られないことを言ってから承諾。これも数日したら依頼状がくるのだろうなあ。そうしたら兼業手続きとかまた面倒だな。面倒といえば，年末調整の書類と図書の推薦書類が来たので書かねばならないのもそうだ。金曜締め切りは早いのでは。金曜締め切りといえば，某査読（先日やっていたやつとは別の雑誌）もそうじゃなかったっけ？　明日が休日なのが痛いところだ。
• 回覧書類で中越地震への義援金募集が回ってきた。郵便局に行く暇がなかっただけに，これ幸いと参加した。まあ，微々たる額だけれども，チリも積もれば山となるということで。それにしても新庄選手は流石だ。
• PNASのEarly Editionで，Essential role of membrane-attack protein in malarial transmission to mosquito hostという論文がオープンアクセスで読める。鎮西先生たちのグループの仕事で，マラリア原虫の蚊への侵入メカニズムについて，MAOPと名づけたタンパクの役割の重要性を明らかにしたもの。きっと伝播阻止ワクチンとかにつながっていくんだろう。群馬大学はなぜか2003年4月でPNASの契約をやめているらしい（オープンアクセスでない論文を読もうとするとそう出てくる）ので，これが読めるのは嬉しい。これも面白そうなんだが，オープンアクセスでなくて残念。
• にしうら＠いんぺりさんが，Wikiの論文紹介ページを更新してくださっていて，大変ありがたい。最近の忙しさのためにフォローしきれないのが申し訳ない＆勿体無いのだが。
• 結局シンポジウム発表のテーマを絞りきれず，主催者側の方にいくつかの案を書き送ってご意見伺い。場を踏み外したときの辛さは，かつてオセアニア学会で経験してから，かれこれ15年くらい経つけれども，まだ忘れられないから，避けたいのだ。ああいう状況は，発表者も辛いけれども，聴衆に辛い思いをさせてしまうのが最悪だ。もう少し情報が欲しい。
• 復路あさま531号では教室セミナーの準備。

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