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【第1905回】 教室ミーティングと疫学勉強会と講義準備（2011年6月21日）

• UKの人からメールで，人口ピラミッド描画パッケージpyramidへの要望というか質問というか。たぶんパッケージの外側で対応できそうな話だと思うが，やってみなくては。
• 来週の公衆衛生学講義は2コマ担当になった（急遽）ので，早めに準備する必要がある。今日から着手しよう。
• pyramidへの質問は，思った通りパッケージの外側で共通軸を決めて，Laxis=で渡せば解決する話だったので，そのように返信した。ただし，値が小数の時，自動的にきれいな共通軸を決めることや，共通軸の数値が小数点をもつときにちょうどいい桁長だけ表示することはできなかった（まあ，AxisFM="fg"で概ねOKではないかとも思うが）。前者はかなり難しい問題だが，後者は簡単に解決でき，formatCのオプションのdigitsに渡す数値を指定できるようにオプションを一つ増やして（例えばAxisLN），小数点以下1桁表示にしたいときは，AxisFM="f"とAxisLN=1を指定すればいい。うーん，バージョンアップするか？
• 統計処理の相談を受けて，とりあえずは保守的な説明をしておいたものの，もしかすると，既にFisher's Exact Testを使った場合のpost hocもまとめ直した2×2でFisherを繰り返してBonferroniかHolmで多重性の調整をすればいい（つまり，fmsbライブラリに入れたpairwise.fisher.test()関数とは縦横逆の考え方になり，データ自体を重複カウントするので，計算も若干異なる）という記述があるのではないかと思ってGoogle検索したところ，偶然見つけた，自治医大さいたま医療センター血液科のEZR on Rcmdr（β版）は凄い試みだと思う。ここまで作り込んであれば，医学系の普通の研究者や大学院生が使うには十分ではなかろうか。
• /.Jのエントリ『人間は60の「遺伝子エラー」をもって生まれてくる』。Nature Geneticsに発表されるという元論文を読んでみないと何ともいえないが，ここでいうエラーとは必ずしも先天異常につながるとは限らず，突然変異の個数が60個ということだろう。しかしこの記事ではexonの遺伝子突然変異が60ヶ所で起きるという意味なのか，intronも含めた全DNAにおける塩基置換が60ヶ所なのかが不明だ。まあ論文待ちだな。
• 疫学勉強会後，3年生のW君が昨日のR実践活用勉強会で謎だったpaf()関数の出力からscreeplotする方法について調べてきてくれたので暫く検討。が，どうも固有値の値が普通にfactanal()で求めたものと合わない感じ。実は，主成分分析の関数princomp()やprcomp()の出力オブジェクトは，screeplot()関数に渡すだけでスクリープロットできるとわかったが，どうしてfactanal()の出力オブジェクトも受け入れるように作ってくれなかったんだろう。自分で書き直してR-develに投げてみるか？

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