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医療保健統計学・疫学特講II

最終更新:2018年7月25日(水)


1. 概要

医学・保健学分野で用いられる,比較的高度な統計手法や実験データ解析手法について,サンプルデータを使ってコンピュータソフトウェアで解析する実例を提示することにより,実際にそれらの解析手法を使えるようになることを到達目標とする。

2. 講義計画

夏期三日間,木曜から土曜までの集中講義として実施する(ただし2018年度は土曜分は前の週に実施する)。

  1. 実験データの解析(1):オミックスとゲノムデータ解析,非常勤講師住田先生(7/28,10:00~11:30@E802)
  2. R及び関連ソフトのインストールと基本操作(8/2,1限@E802)
  3. データの種類と目的による統計解析のパースペクティブの整理,Rによるデータ前処理方法(8/2,2限@E802)
  4. Rによる多様な作図技法(8/2,3~4限@E802)
  5. 因子分析(8/2,5~6限@E802)
  6. 構造方程式モデリング(8/3,1~2限@E802)
  7. 応用回帰分析(非線形/多変量回帰分析とマルチレベル分析)(8/3,3~5限@E802)
  8. 実験データの解析(2):電気泳動像の解析,駒井准教授(8/3,6限@E802)

3. 評価

レポート提出により,解析手法の理解度を評価する。

レポート課題:この講義で学んだ解析方法をどれか1つ選び,適切なデータを探して実際に解析した結果を報告せよ。字数制限無し。名前と学籍番号も明記し,pdfファイルとしてメールに添付し,下記中澤のメールアドレスに送信すること。8月18日必着とする。中澤から受領確認メールを送るので,もし受領確認が届かない場合は再度送信すること。

4. 事前準備等

夏期の集中講義として実施する。テキストを事前に提供する予定なので,できれば予習してくること。できればノートパソコンを持参されたい。

テキスト:
advstat.pdf (0.9.9.7 on 8 August 2017)
参考資料:
R研究集会2015でエコポイントデータの解析についてプレゼンしたものを若干修正したもの):pdf形式プレゼン資料
Tokahoglu (2012) Food Chemistryの主成分分析を使った論文
Dr. Batesの因子分析プレゼン資料因子分析例1で使ったDr. Batesのデータの変数の意味の解説
Dr. Foxのsemのチュートリアル文書
村山ら,北関東医学掲載のsemを使った論文
doByパッケージによるLSmeans活用法
lme4パッケージによるlinear mixed modelの解説
Rのコード:
■Dr. John Foxのコードを改変したもの:tsls.Rsem1.Rsem2.R
■作図関連:scdehot.Re0changes.Re0Japan2010.Rcdradar.Rbeefutecan.R
■主成分分析:swiss01.RMedHerbs.R, ecopxc.R
■因子分析:Bates.RMisakisem.R(確証的因子分析のモデル記述をlavaanパッケージのcfa形式で書くとMisakicfa.R),ecofactor.R
■構造方程式モデリング:ecosem.Recosem2.R, ecolavaan.R, ecolav2.R
■応用回帰分析+マルチレベルモデル:carpopacc.R(多変量回帰分析,mvreg.Rは東日本と西日本というカテゴリ変数も入れてhetcor()でモデリングする場合),nls.R(airqualityの非線形回帰), dr.R(用量反応関係1), dr2.R(用量反応関係2),multilev.R(マルチレベルモデル例1),multilev2.R(マルチレベルモデル例2,3),sleepstudy.R(マルチレベルモデル例4)
■操作変数法:ivreg.R
データ:
cronbach.txtv3hw.txtecopx.txt, carpopaccident.txt, MedHerbs.txt

5. オフィスアワー

中澤(minato-nakazawa[atmark]people.kobe-u.ac.jp)までメールで連絡すること(添付ファイルのサイズが大きいと届かないことがあるので,その場合はminatonakazawa[at]gmail.comに送信されたい)。直接の面会を希望する場合も,まずはメールでコンタクトすること。


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