医学情報処理演習：2010年度第9回課題解答例

第9回に出てきた関数と文の主なものはこちらを参照されたい。

課題

http://phi.med.gunma-u.ac.jp/medstat/sample02.txtは，ソロモン諸島の首都のとある学校で実施した健診結果を，昨年の実習で入力してもらった後にエラーを訂正したタブ区切りテキスト形式データである。このデータを読み込んで，蚊帳を毎日使う人（変数BEDNETの値が1である人）の割合が男女（変数SEX）間で差が無いという帰無仮説について，有意水準5%で比率の差の検定をするコードと検定結果と解釈を示す。空白を埋めよ。

(http://phi.med.gunma-u.ac.jp/medstat/sample02.txt is the tab-delimited text file, which is the result of health check in the capital city of Solomon Islands. We have read this data to R, and tested the null-hypothesis that the proportions of using bednet everyday (variable BEDNET's value is 1) are not different between males and females (which is given as the variable SEX), with significance level being 0.05. The code and result with its interpretation are shown below.)

学籍番号・氏名とともに，下のフォームと解釈文を穴埋めして送信せよ。

(Please write the registry number and name, fill the boxes by adequate characters.)

コードは以下の通り。

(The code is shown below.)

x <- read.delim("http://phi.med.gunma-u.ac.jp/medstat/sample02.txt") # read data into x
TOTALBYSEX <- as.vector((~, data=x)) # calculate numbers by sex as a vector
NETUSERBYSEX <- as.vector((~[==1], data=x))
(NETUSERBYSEX, TOTALBYSEX) # test the equality of proportios

得られる結果は以下の通り。

(The result is shown below.)

        2-sample test for equality of proportions with continuity correction

data:  NETUSERBYSEX out of TOTALBYSEX 
X-squared = 4.5017, df = 1, p-value = 0.03386
alternative hypothesis: two.sided 
95 percent confidence interval:
 -0.50815084 -0.05477823 
sample estimates:
    prop 1     prop 2 
0.08695652 0.36842105

計算途中で生成したベクトルNETUSERBYSEXは，FがMよりアルファベットで早いので，最初の要素が女性の人数，２番目の要素が男性の人数となる。従って，結果で得られたprop 1の値0.087は女性(F)の中で毎日蚊帳を使う人（BEDNETの値が1）の割合であり，prop 2の値0.368は男性(M)の中で毎日蚊帳を使う人（BEDNETの値が1）の割合である。有意確率が Box E と5％より小さいので，毎日蚊帳を使う人の割合には有意水準5％で統計学的に有意な性差があったといえる。

(The vector NETUSERBYSEX is composed of the first element as number of females and the second element as number of males because F is earlier than M in alphabetical order. Thus the prop 1's value 0.087 is the proportion of everyday bednet user (BEDNET's value is 1) in females (F) and the prop 2's value 0.368 is the proportion of everyday bednet user in males (M). The significant probability was Box E , which is less than 0.05. Therefore, we can say that there is statistically significant difference in the porportion of everyday bednet user in males and females at 5% level.)

解答例

項目	入力欄
	xtabs
	SEX
	BEDNET
	prop.test
	0.03386

要望・質問・コメントへの回答

期末テストの難易度はどの程度ですか？　テスト形式は穴埋めですか？／テストの形式は課題と同じですか？（同様の質問多数）: 難易度は課題と同じくらいです。問題をランダムに生成したときにこのパタンが可能かどうかわからないので，もしかすると穴埋めでなく記述になるかもしれません。が，穴埋めの方が採点も楽なので，できるだけ穴埋めにしようと思っています。
だんだんついて行けなくなりました／だんだん難しくなってきていて大変です／ベクトルの本質を理解するまで少し苦労しました／カイ二乗適合度検定の話が難しかったです／難しかったです: Rの操作と出力の解釈はそれほど難しくないと思うのですが，第９回は概念的な話が多かったので難しく感じたのだと思います。考え方に慣れるとわかってくると思うので，第９回から第12回まで４週連続でカテゴリ変数の集計と分析を固めてあります。
途中が早くてRを操作している暇がありませんでした／先生の打ち込む文字を打ち込んでる間の説明がよくきけなくて、あまり最近ついていけないです。もうちょっとゆっくりやってほしいです／今までで一番頭が混乱しました。コードを打っていても自分が何をしているかわかりませんでした。: そういう場合は，打ち込むのは後回しにしてスクリーンをみながら話を理解しようとしてください。喋っていることはほとんど資料のどこかに書かれていますので，たぶん細かいところよりも，話の大筋をつかんでおく方が大事です。打ち込んで確認するのは復習するときにできると思います。
名前打った後に間違えてEnterを押してしまい、送信してしまいました。2度送信することになり、戸惑わせてしまい申し訳ありませんが、よろしくお願いします。: 課題提出が全部揃ってから学籍番号で並べ替えて，何度も提出されている場合は，最後に提出されたものを有効にしていますので，誤送信しても気にしなくていいです。最後に正しいものを提出してくれれば，何度やりなおしても問題ありません。

リンクと引用について