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個別メモ

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【第1794回】 ソロモン行き準備と選択基礎医学実習（2011年2月7日）

• 娘が熱を出したため，湯たんぽを交換するのに1:45から2:00まで起きていたが，「Le Ciel」で6:00起床。娘の熱は引かず，インフルエンザの可能性も考えられるが，明日にはソロモン諸島に出発しなくてはいけないし，10:00には学生が来てしまうので，娘を病院に連れていくのは妻にやってもらうしかない。しかし，喉は痛むそうだが咳もしていないし，息苦しそうでもないので，病院に行くよりも温かくして家で眠っておく方が早く治ると思う。ゴミ出しをしてからトランクを転がしつつ出発。こんなに巨大なトランクを抱えていては混んでいる電車には乗れないので，長野電鉄は特急に乗り（100円の特急券が必要になるが仕方がない），長野駅からは往路あさま512号。次は高崎で9:17発水上行きにちゃんと乗れるかどうかが勝負で，それを新前橋で降りて群大病院経由スポーツセンター行きバスに乗れればとりあえずOKとなる。勝負に備えて新幹線の中では眠っておこう。
• miceパッケージのごく単純な使い方をメモしておく。欠損のあるデータフレーム名をwithmissとすると，library(mice)の後で，imp <- mice(withmiss)とすると，元データやmultiple imputationによる欠損値推定の係数群がimpというオブジェクトに保存される。multiple imputationの方法は"sample"，"pmm"，"logreg"，"norm"，"lda"，"mean"，"polr"などから選べて，mice()関数のmeth=オプションで指定できる。欠損値が補完されたデータフレームを得るには，est <- complete(imp, 2)などとする。デフォルトでは5組の係数群が推定されるので，この例で指定した2により，そのうち2番目の係数群を使って推定されるデータフレームが得られる。あとは先日の『疫学セミナー』で聴いた，まとめる方のやり方がわかれば，Rでもmultiple imputationができそうだ。
• 高崎駅の乗継ぎは1分しか余裕が無いので，ダッシュしてちょうど間に合った感じだった。新前橋でのバスへの乗継ぎには余裕があったが，去年の選択基礎医学実習でAIDSの数理モデルをやった4年生のI君が乗っていて驚いた。土日に帰省でもしていたのだろう。CBTの勉強をしているので，それが済んだらモデル研究の続きをもって相談に来るそうだ。
• 研究室に着いて選択基礎医学実習学生の様子を見に行ったら，1人は来ていて，データの様子を見てみる作業を始めるところだった。インフルエンザのモデルをやっている学生はまだ来ていなかったので，また後で見ることにして，とりあえずメール送受信とR勉強会の準備を始めた。
• 昼は病院の食堂前で豚角煮丼を買ってきて，教室ミーティングをしながら食べた。午後は，まず教授にFD用研究業績を送ってから，非常勤講師の先生方に日程伺いメールを出した。ここまでで14:30。
• 上記のいろいろなことと並行して，ソロモン諸島調査に持っていく電気製品のバッテリー充電をしている。とくにプリンタのバッテリーを3本ともフル充電にしておくことは大事だ。1本あたり3時間くらいかかるようだ。
• 今日忘れてはならないのは，東和銀行のATM/CDで現金を引き出しておくことだ。明日の朝は7:20に前橋を出るバスに乗ってしまうので，ATMを使うことができないし，成田空港には東和銀行のATM/CDはなさそうだ。日本円TCを作るのは空港の銀行でいいと思うが，そのためには現金が必要だ。あと，できればクリーンデンタル練り歯磨きと，ハの字型のプラグアダプタも買っておきたいが，それは空港で買えばいいか。
• 今日のR勉強会の資料。ちょっと中途半端だった。しかし古い本とはいえ，丹後先生，引用の仕方が粗いなあ。Rのメタアナリシスのパッケージはrmetaとかmetaなどもあるが，metaforというパッケージがかなり充実していると思った。48ページもある論文がダウンロードできるので，次回（2/28）は，この論文のPetoの方法の説明を読みつつ，丹後先生の本に載っているYusuf et al. (1985)の表の数字をmetaforパッケージのrma.peto()関数やescalc()関数のmeasure="PETO"オプションで操作してみることにしよう。
• 病院のローソンで晩飯を買うついでに病院内のATMで現金を引き出してきた。除菌ウェットティシュも買ってきた。プリンタの3本目のバッテリーの充電は21:30頃完了した。後は用紙の打ち出しと荷造りだ。おっと，准講会の投票を忘れていた。学内便のBoxが遠くなってしまったので，事務補佐のYさんにお願いしておくしかないな。
• 記録用紙の打ち出しとか荷造りには予想以上に時間がかかり（トランクが一杯になってしまってサンダルが入らなかったが仕方ない），漸く終わった時には3:30を過ぎていた。まあ，バスで眠ればいいか。

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