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医学情報処理演習

2005年度冬学期の医学情報処理演習について，シラバス＋α。

2004年度

キーワード

データ解析，データの水準，帰無仮説，検定，推定，信頼区間

授業の目標および期待される学習効果

（目標）

統計ソフトウェアを使った実際のデータ解析を通して，医学統計学の講義で学んだ統計手法を，よりしっかりと身に付ける

（学習効果）

実験データや調査データを適切に分析できる能力を身につけることが期待される

授業の概要

実験計画や調査デザインに適したデータ構造の設計を行い，表計算ソフトで入力したデータを統計処理ソフトで適切な手法を用いて解析し，その結果を解釈する，という一連の流れを，さまざまな種類のデータについて繰り返し実践する。講義と演習を情報処理演習室で行う。

授業内容のレベル

教養教育でコンピュータ操作の基礎は身に付いているはずであり，前期に「医学統計学」で統計学の基礎は理解しているはずなので，実際の統計処理を実践することを主眼におく。

履修資格

医学部医学科２年生（「医学統計学」履修を前提とする）

関連授業科目

「医学統計学」（２年前期）

テキスト／参考書

データ及び課題を掲載した講義資料を配布する（資料はこのページから入手できるようにする）。統計ソフトウェアとしてはフリーソフトのRを使用するので，以下のテキストが参考になるであろう。

• 中澤　港(2003)『Rによる統計解析の基礎』（ピアソン・エデュケーション）1,800円
• 間瀬 茂・神保 雅一・鎌倉 稔成・金藤 浩司(2004)『工学のための数学３　工学のための データサイエンス入門 ― フリーな統計環境Rを用いたデータ解析 ― 』（数理工学社）2,300円
• 岡田昌史（編）(2004)『The R Book −データ解析環境Rの活用事例集−』（九天社）
• 舟尾暢男 (2005) 『The R tips −データ解析環境Rの基本技・グラフィックス活用集』（九天社）

また，以下のウェブサイトが参考になるであろう。

• Rによる統計処理（本学社会情報学部・青木繁伸教授による）
• RjpWiki（筑波大学の岡田さんが管理されている，日本におけるRユーザコミュニティの代表的なサイト）

授業の形式

臨床研究棟演習室のコンピュータを使って，サンプルデータを分析してみる。

評価

毎回，課題の回答を提出することとし，その結果によって評価する。

メッセージ

統計は，実際にデータを扱って初めてわかってくるものです。慣れるまでは大変かもしれませんが，やっているうちにわかってくると思います。

オフィスアワー

月曜〜金曜・10:30〜12:00，電子メール：nminato@med.gunma-u.ac.jp

授業の展開

1. データ入力（10月3日4-6時限）：配布資料pdf形式(106.7 KB)，課題データMS-Excel形式
2. 基本的な図示（10月17日4-6時限）：配布資料pdf形式(410.1 KB)，Rのコード（it02-3.R，it02-4.R，it02-5.R，it02-6.R，it02-7.R，it02-8.R，it02-9.R，it02-10.R，it02-11.R，semen.R），タブ区切りテキストデータ（p01.txt，semen.txt），課題回答例のためのRコード
3. 記述統計（10月24日4-6時限）：配布資料pdf形式(293.7 KB), Rのコード（it03-1.R，it03-2.R），タブ区切りテキストデータ（p03.txt）
4. 標本統計量と母数推定（10月31日4-6時限）：配布資料pdf形式(130.9 KB)（11月3日に差し替えました）, Rのコード（it04-1.R，it04-2.R（11月3日に差し替えました），it04-3.R）
5. データの分布と検定の概念（11月7日4-6時限）：配布資料pdf形式(126.8 KB), Rのコード（it05-1.R，it05-2.R，it05-3.R），課題回答のためのRのコード（it05-ans.R）
6. 平均値の差の検定（11月14日4-6時限）：配布資料pdf形式(125.0 KB), Rのコード（it06-1.R，it06-2.R），課題回答のためのデータ（it06-k.txt）
7. 一元配置分散分析と多重比較（11月21日4-6時限）：配布資料pdf形式(193.9 KB；11月21日，講義中にミスを発見して17:15に差し替えました), Rのコード（it07-1.R，it07-2.R），課題回答例のRコード（it07-ans.R）
8. 相関と回帰（11月28日4-6時限）：配布資料pdf形式(175.6 KB)（相関係数の検定でt0が負の場合に有意確率が1を超えてしまっていたので，abs(t0)にするように変更，18:50差し替え），Rのコード（it08-1.R）
9. 計数データと比率の解析（12月5日4-6時限）：配布資料pdf形式(160.3 KB)，Rのコード（it09-1.R，it09-2.R，it09-3.R，it09-4.R，it09-5.R，it09-6.R），課題回答例のRコード（it09-ans.R）
10. クロス集計（12月12日4-6時限）：配布資料pdf形式(259.6 KB，12月21日に差し替えました)，Rのコード（it10-1.R，it10-2.R，it10-3.R，it10-4.R，it10-5.R，it10-6.R，it10-7.R，it10-8.R，it10-9.R，it10-10.R）
11. 量的データのノンパラメトリックな分析法（1月16日4-6時限）：配布資料pdf形式(197.2 KB；17:10差し替え)，Rのコード（it11-1.R（17:10差し替え），it11-2.R，it11-3.R，it11-4.R，it11-5.R）
12. 一般化線型モデル（1月23日4-6時限）：配布資料pdf形式(286.0 KB; ロジスティック回帰の例題の変数の説明にミスがあったので17:18差し替え，さらに誤変換を修正して標準化偏回帰係数の説明を脚注追加して1月27日17:30に差し替え，さらに追記して1月30日10:16差し替え)，Rのコード（it12-1.R，it12-2.R，it12-3.R，it12-4.R，it12-5.R，it12-6.R，it12-7.R，it12-8.R，it12-9.R，it12-kadai.R）
13. 生存時間解析（1月30日4-6時限）：配布資料pdf形式(208.9 KB)，Rのコード（it13-1.R，it13-2.R，it13-3.R，it13-4.R）
14. 第13回課題の回答例（講義後に掲載）
15. 追加課題の回答例（講義後に掲載）

リンクと引用について