個別鵯記

【第878回】 年末の土曜日にも院生の相談に乗る（2014年12月27日）

• 6:30起床。昨夜の帰り道にセブンイレブンで買ってきたモヤシとエノキダケとハムステーキを具にしてラーメンを作った。今日も昼過ぎから院生の相談が1件入っているので出勤せねばならない。が，途中で昼飯も買っていきたいから，家である程度仕事をしてから出かけるつもり。9:21発にするか。
• 北朝鮮がサイバー攻撃なんかしないで，米国大統領を思いっきり馬鹿にした上で暗殺する映画をCCライセンスか何かで作って全世界に無料で公開する，という報復をしていたら，米国大統領や日本の首相はどういう反応をしていただろうか？　フィクションだからと笑って済ませられるなら筋は通っているが。
• 13:00から論文の相談に乗っていて，15:00頃完了。
• ソロモン諸島滞在中にtwitterで奥村先生とやりとりした件だが，Rothman大先生とp値関数の作り方を巡ってやりとりした話とリンクしていて，"Epidemiology: An Introduction"でも，断面研究でp値を出すときには2x2表の独立性を帰無仮説としているので，連続性の修正無しのカイ二乗検定のp値と一致しているけれども，オッズ比の信頼区間をp値関数にするときには取り得るオッズ比の値のそれぞれを帰無仮説としたp値を計算することによってp値関数と信頼区間関数が一致する。帰無仮説が異なるため，当然p値は違う値になる。つまり，95%信頼区間が1を跨いでいるのにp値が0.05より小さいというようなことも起こりうる。この点，vcdパッケージは偉くて，xに検定したい2x2表が行列として付値してあるなら，library(vcd)の後に，oddsratio(x, log=FALSE)とすればオッズ比の点推定量が得られ，confint(oddsratio(x, log=FALSE))とすれば95%信頼区間が得られ（基本的に対数変換して正規分布に近づけた標準誤差に正規分布のパーセント点を掛け，点推定量の対数にプラスマイナスしてからexp()に渡すという式なので，fmsbのoddsratio()やepitoolsのoddsratio.wald()の結果と一致する），summary(oddsratio(x, log=TRUE))とすれば（log=TRUEがデフォルトなので，つけなくても良い）p値が得られるけれども，このp値は信頼区間と矛盾を起こさない（この辺りの話は，『Rによる保健医療データ解析演習』[草稿pdf]のp.163-p.164に既に書いていた）。Prof. Rothmanからアドヴァイスをいただいてfmsbパッケージのpvalueplot()関数を修正した（[1], [2]）ときにわかっていたことだが，間違いというわけではないので（誤解を生じやすいし整合しないのは美しくないが）放置していた。次のバージョンアップ時には，2種類のp値とそれぞれの意味がはっきりわかるように出力するように，oddsratio()とriskratio()を書き換えよう。
• 先週木曜から今週水曜にかけてのソロモン諸島出張のメモに写真を追加して，フィールド紀行に2014年12月のソロモン諸島弾丸往還記を項目立てした。
• 18:00頃研究室を出て三宮経由で帰宅。『寄生獣』を見た。いくつか原作から大きく改変されているところがあるが，新一の母を巡るエピソードは映画の方が切ない。逆に島田秀雄の暴走のところは原作のストーリーの方が良かった。敢えて縁なき衆生の手によって世界が変わっていく無常観が新一の巻き込まれ方を浮き立たせる場面だと思うし，映像的な派手さを狙う必要はなかったんではないかと思う。むしろモノクロとかセピア一色にして欲しかったかも。その後，久々にタワレコに寄って，いろいろと新譜を購入。Homecomings『Somehow, Somewhere』，SHANTI『SHANTI'S LULLABY』，Zaz『Paris』，indigo jam unit『indigo jam unit』である。Zazはやっぱり歌に力があるなあ。

Tweet

△Read/Write COMMENTS

▼前【877】（セミナーに出たりレポート整理をしたり某原稿チェックをしたり（2014年12月26日） ）　▲次【879】（年末の日曜も出勤して事務仕事と学会仕事を進める（2014年12月28日） ）　●Top

Notice to cite or link here | [TOP PAGE]