【第1069回】 集中講義3日目が終わって，一通りテキスト修正完了（2015年8月1日）
- 6:02起床。レトルトご飯を電子レンジ加熱し，冷凍野菜とハーブ鶏肉ウインナーを茹でて湯を切ったものにスウィートチリを掛けて朝食。食べながら正規分布など好きな関数の曲線を描きたいという記事をみて，この程度ならbaseでやる方が早いしわかりやすいしきれいに書けるよなあ，と思ってコードをtweetした。それでWPPのトップページを見て以来ずっと作りたかった世界各国の2010-2015の年齢別出生率(ASFR)を図示するコードを書いた。注釈を書いたとおり，WPP2015のデータはExcel形式で提供されているので，直接読むにはxlsを読める機能をもったパッケージが必要だが，Hadley Wickhamさんが作った爆速readxlパッケージを利用することにした。このパッケージではURLから直接ファイルを読み込むことができず，Rの作業ディレクトリ（setwd()で指定できるが，readxlをロードした後では変更不可になってしまう？ かもしれない）に予め置いておく必要があるが，読み込んでしまえば後は簡単で，下のようなグラフがすぐできた。ちょっと工夫すれば，日本だけ赤い線で強調するとか，5年ごとの推移をanimation表示することも，さほど労せずしてできそう。腕に覚えのある方は作ってみては？
- 土曜日の3番のバスで出勤。車中で，梶尾真治『アラミタマ奇譚』祥伝社文庫，ISBN 978-4-396-34130-5（Amazon | honto | e-hon）を読了。阿蘇好きには堪えられない阿蘇描写が満載の伝奇ファンタジーであった。読後感が不思議な爽やかさ。
- 10:00からは集中講義3日目で，非常勤講師の先生がオミックス解析の話をされる予定。今日はただ聴くのみ。
- 導入がいきなりオリセットネットの写真（住友化学としては，タンザニアに工場を作って技術移転をした成功例でもあるから，確かにアピールポイントとしてはいい狙いだと思った）で，毒性学入門的な話から始まり，ゲノミクス，トランスクリプトミクス（トキシコゲノミクス），メタボロミクスの解析は何を目的としていてどうやって進めるのかという話を現場の視点を交えてされ，大変興味深かった。確か2年前のR研究集会で「オミックス解析はRが使えないと話にならない」という発言があった気がするが，確かに主要な道具がSVM（サポートベクターマシン）とPCA（主成分分析）と階層クラスタリングだったらRにたくさんのパッケージがあるから，その通りなのかもしれないと思った（木曜の1日目に主成分分析は説明したが，実行例にオミックス解析も入れよう。たぶんprcomp()関数を使わないとできない場合が多いと思われるが）。さすがに今日「オミックス解析はRが使えないと話にならない」が本当なのかどうか尋ねはしなかったが。ちょうど11:30に講義が終わった後も，11:45まで質疑にお付き合いいただいた。ありがとうございました。
- その後，21:00までかかって，昨日まで講義をしながらデバッグしたテキストを修正してアップロード。神戸大学大学院保健学研究科の大学院生諸氏には，研究デザインの説明から，EZRを使って医学／保健学分野でよく使われる統計処理をする方法を解説したエビデンスベーストヘルスケア特講テキストと，RStudio（または素のR Console）のスクリプトエディタでコードを打って，細かい作図，主成分分析と因子分析，構造方程式モデリング，マルチレベル分析を行うための医療保健統計学・疫学特講IIテキストを併読していただきたいと思う。
- 微修正していたら21:50になってしまい，土曜の湊川公園廻り終バスに乗れない時刻になってしまった。諦めて研究室でovernightすることにしたので，上述のアニメGIFを作ってしまった（コード）。
- 2:00頃から仮眠。
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