個別鵯記

【第1263回】 事務仕事をいろいろ……確定申告に行けるか？……行けなかった（2016年3月14日）

• 6:00起床。沸かし直したまま放置していた風呂に入ってから，鶏もも肉とカット野菜を炒め，茹でたパスタを入れてからカレー粉をまぶした朝食。デザートにアップルシナモンジャムを入れたヨーグルト。雨が鬱陶しいが，可燃ゴミを出してから5番のバスで出勤。
• 午前中は事務仕事をしていたら終わった。
• 奥村さんが昨日tweetしていたKryvasheyeu Y et al. (2016) Rapid assessment of disaster damage using social media activity. Science Advances, 2(3), e1500779, DOI: 10.1126/sciadv.1500779は，確かにρやτのような順位相関係数とともに，明らかに相関があるのにp値を出しているのはあまりinformativeではない（この場合，検定の帰無仮説は「無相関」だから，p値がどれほど小さかろうと，「無相関ではない」確信の度合いが増すだけ）。当然，信頼区間を出す方が良いのだが，Rのcor.test()ではmethod="pearson"の場合しか信頼区間は表示されない。cor.test()でmethod="spearman"のとき，二つの変数をxとyとするとスピアマンの順位相関係数ρそのものはcor(rank(x), rank(y))で求めている（getS3method("cor.test", "default")と打って内部コードを見るとそうしている）が，ρをz変換したものが近似的に正規分布に従うと仮定しないとcor.test(rank(x), rank(y))で出てくる信頼区間がρの信頼区間にはならないので，そう言い切ってしまうのは抵抗を感じる。たぶんbootstrapで求めるのが原理的には正しいやり方で，この記事によると，ρの信頼区間を出してくれるのはパッケージRVAideMemoireのspearman.ci()関数であり（bootstrapの回数はnrep=オプションで指定するが，まあ1000もあれば良かろう），ケンドールのτの信頼区間を出してくれるのはNSM3パッケージのkendall.ci()関数である（bootstrapするときは，bootstrap=TRUEオプションを付け，B=オプションで回数を指定する）。せっかくだからエビデンスベーストヘルスケア特講のテキストの順位相関係数のところに付記しておこう。なお，当該論文のFig.2のパネルAみたいなU字型の関係は順位相関ではダメなので，かつてメモしたMICを使うしかないだろう。
• 奥村さんのこのtweetは目からウロコが落ちた。確かにExcelのワークシートをクリップボードにコピーするとタブ区切りテキストになっているのだから，逆に1文字ずつタブ区切りしたテキストを作ってやれば方眼紙Excelにもペーストできるということだ。奥村さんはEmacsのキーボードマクロを使っているとのことだが，Windows環境ではサクラエディタとかVxEditorのような正規表現を使えるエディタなら正規表現での検索-置換を使うのが楽だと思う。(.)を検索して$1\tで置換すればいいはず。
• R-3.2.4がミラーにも来たのでWindowsにもインストール中。mran (Microsoft R Application Network)から，Microsoftが買収するまでRevolution R Openだったものが（つまり，マルチコア対応のRが），Microsoft R Openとしてダウンロードできるのだが，そっちはまだ3.2.3だな。
• 昼休みに確定申告書類をオンライン作成しようと思ったが国税庁サイトにアクセスすると意味不明のエラーが表示される。混みすぎて落ちたか？　仕方ないので他の仕事を優先しよう。というわけで，さっき書いたエビデンスベーストヘルスケア特講のテキストへの追記を済ませた。ついでにRのnews and tipsのページも更新した。
• いろいろやっているとあっという間に日が暮れる。もう20:20を過ぎたので，今日も帰りは湊川公園廻りだ。しかし確定申告のサイトが復活したので入力と印刷を済ませることができた。湊川公園のコンビニで買ったお握りを晩飯にした。終バス1本前で帰ると22:50頃になるので，もはや風呂に入って眠るくらいしかできない。

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