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医学情報処理演習2006年

キーワード

データ解析,データの水準,帰無仮説,検定,推定,信頼区間

授業の目標および期待される学習効果

(目標)
統計ソフトウェアを使った実際のデータ解析を通して,医学統計学の講義で学んだ統計手法を,よりしっかりと身に付ける
(学習効果)
実験データや調査データを適切に分析できる能力を身につけることが期待される

授業の概要

実験計画や調査デザインに適したデータ構造の設計を行い,表計算ソフトで入力したデータを統計処理ソフトで適切な手法を用いて解析し,その結果を解釈する,という一連の流れを,さまざまな種類のデータについて繰り返し実践する。講義と演習を情報処理演習室で行う。

授業内容のレベル

教養教育でコンピュータ操作の基礎は身に付いているはずであり,前期に「医学統計学」で統計学の基礎は理解しているはずなので,実際の統計処理を実践することを主眼におく。

履修資格

医学部医学科2年生(「医学統計学」履修を前提とする)

関連授業科目

「医学統計学」(2年前期)

テキスト/参考書

データ及び課題を掲載した講義資料を配布する(資料はこのページから入手できるようにする)。統計ソフトウェアとしてはフリーソフトのRを使用するので,以下のテキストが参考になるであろう。

また,以下のウェブサイトが参考になるであろう。

授業の形式

臨床研究棟演習室のコンピュータを使って,サンプルデータを分析してみる。

評価

毎回,課題の回答を提出することとし,その結果によって評価する。期末試験は実施しない。出席状況に不安がある者は,最終講義日の1月22日までに追加レポートを提出すること(テーマはデータ処理に関することなら何でも良い)。

メッセージ

統計は,実際にデータを扱って初めてわかってくるものです。慣れるまでは大変かもしれませんが,やっているうちにわかってくると思います。

オフィスアワー

月曜〜金曜・10:30〜12:00,電子メール:nminato@med.gunma-u.ac.jp

授業の展開

  1. データ入力(10月2日4-6時限):配布資料pdf形式課題データMS-Excel形式
  2. 基本的な図示(10月16日4-6時限):配布資料pdf形式,Rのコード(it02-3.Rit02-4.Rit02-5.Rit02-6.Rit02-7.Rit02-8.Rit02-9.Rit02-10.Rit02-11.Rsemen.R),タブ区切りテキストデータ(p01.txtp02.txtsemen.txt
  3. 記述統計量(10月23日4-6時限):配布資料pdf形式,Rのコード(it02-ans-2006.Rtruemedian.Rit03-1-2006.Rit03-2-2006.R),タブ区切りテキストデータ(p03.txt
  4. 標本統計量と母数推定(10月30日4-6時限):配布資料pdf形式,Rのコード(it03-ans-2006.Rvariance.Rit04-1-2006.Rit04-2-2006.Rit04-3-2006.R
  5. データの分布と検定の概念(11月6日4-6時限;pdfの1ページ目の図を7日に差し替え):配布資料pdf形式,Rのコード(it04-ans-2006.Rit05-1-2006.Rit05-2-2006.Rit05-3-2006.R
  6. 2群の平均値の差の検定(11月13日4-6時限;前回の課題回答例が前年度の課題に対するものだったので1月16日に差し替え):配布資料pdf形式,Rのコード(it05-ans-2006.Rit06-1-2006.Rit06-2-2006.R),タブ区切りテキストデータ(it06-k-2006.txt
  7. 一元配置分散分析と多重比較(11月20日4-6時限):配布資料pdf形式,Rのコード(it06-ans-2006.Rit07-1-2006.Rit07-2-2006.R),タブ区切りテキストデータ(p07.txt),課題回答用紙課題回答例(そのためのRのコード
  8. 相関と回帰(11月27日4-6時限):配布資料pdf形式,Rのコード(it08-1-2006.Rit08-2-2006.Rit08-3-2006.R),課題用タブ区切りテキストデータ(p08.txt),課題回答例
  9. 計数データと比率の解析(12月4日4-6時限):配布資料pdf形式(17:30に差し替え),Rのコード(it09-1.Rit09-2.Rit09-3.Rit09-4.Rit09-5.Rit09-6.R),課題回答例
  10. クロス集計(12月11日4-6時限):配布資料pdf形式,Rのコード(it10-1-2006.Rit10-2-2006.Rit10-3-2006.Rit10-4-2006.Rit10-5-2006.Rit10-6-2006.Rit10-7-2006.Rit10-8-2006.Rit10-9-2006.Rit10-10-2006.R),課題回答例コード
  11. 量的データのノンパラメトリックな分析法(12月18日4-6時限):配布資料pdf形式,Rのコード(it11-1-2006.Rit11-2-2006.Rit11-3-2006.Rit11-4-2006.Rit11-5-2006.R),課題データ:p11.txt,課題解答例(pdfRのコード
  12. 一般化線形モデル(1月15日4-6時限):配布資料pdf形式,Rのコード(it12-1-2006.Rit12-2-2006.Rit12-3-2006.Rit12-4-2006.Rit12-5-2006.Rit12-6-2006.Rit12-7-2006.R),サンプルデータ,課題回答例(pdfRのコード
  13. 生存時間解析(1月22日4-6時限):配布資料pdf形式(2月9日に追加更新),Rのコード(it13-1-2006.Rit13-2-2006.Rit13-3-2006.Rit13-4-2006.Rit13-5-2006.R(深夜に差し替え),it13-6-2006.R),課題回答例(pdfコード参考コード),大橋・浜田(1995)掲載の膵臓癌データを入力したタブ区切りテキストファイルそれを読み込んで変数の型を設定するコード大橋・浜田(1995)のp.138-150に記載されているコックス回帰と変数選択を実行するコード

毎回の提出課題レポートによる総合評点の分布は以下の通り(一度も出席していない1名はゼロ点なので除く)。全員合格であった。

評点分布

リンクと引用について