個別鵯記

【第238回】 予報通り悪天候なので家で仕事をしようかなあ（2013年1月14日）

予報通りの悪天候

「恋のスーパーボール」のイントロで6:50起床。昨夜見た天気予報通りに悪天候なので，今日は家で仕事をしようかと思う。いろいろ持ち帰ったのは正解だった。

朝食とゴミ出し

まずは油揚げとカブの味噌汁とベーコンエッグを作って朝食。傘をさして可燃ゴミを出しに行くついでに，自治会費集金袋を各戸配布してきた。

bayesPopパッケージ（R）

ワシントン大学のbayesPop projectが，ベイズ流の人口予測を行うRのパッケージを提供しているようだ。平均寿命について予測するbayesLifeが最初で，TFRを予測するbayesTFRが次に開発され，これらをGUIで操作するbayesDemが作られた後に，信頼区間付きの予測を行うbayesPopを開発中ということらしい。断続的に書いている『Rで学ぶ人口分析』でも，このパッケージ群は取り上げなくてはいけないだろう。

天候回復と昼食

東京は珍しく雪が積もったらしいが，神戸は昼には雨も止み，15:00を過ぎた頃から晴れた。昼寝をしてしまったので，晩飯用の鶏肉野菜スープを作って，昼はそのスープ＋もち1個で済ませた。

stargazerパッケージ（R）

R-bloggersのtwitterで流れてきたが，R-Statisticsで紹介されているstargazerというパッケージは便利そうだ。オブジェクトの種類に応じて適切なLaTeXの作表用コードを吐き出してくれる総称関数という発想が秀逸。

Javaランタイムセキュリティアップデート

Java 7 Update 10のゼロデイ脆弱性を直した新バージョンUpdate 11が公開されたという/.Jのストーリーを見て，早速Windows x64版をインストールしたが，その際，コントロールパネルの「プログラムと機能」を見たら，Java SEの6が32bitと64bitの2バージョン，7もUpdate 9が入っていたのには驚いた。もちろんUpdate 11をインストールする前に，これらは全部アンインストールした。

R個人史みたいなものを公衆衛生ねっとに投稿

何日か前に，公衆衛生ねっとにEPIINFOとR（EZR）の話題が振られていたので，投稿せねばなるまいと思っていたのだが，漸くしたので再掲しておく。

皆様：

ずっと拝読させて頂いておりますが，たしか初投稿です。

神戸大学国際保健の中澤　港と申します。EPIINFOはWindowsでしか使えませんが，言語ファイルの入れ替えが簡単だったのと，EPIMAPで自前のコロプレス図が比較的簡単に描けることから，ベトナムにJICAの短期専門家として行ったとき長期専門家の方と協力して研修に使いました。

Rはかなり前から研究と教育に使ってきましたので，長くて恐縮ですが，以下情報提供させて頂きます。Rの利点は，ソースコードもすべて公開されたフリーソフトであること，WindowsでもMacOSでもLinuxでも動くこと，信頼性も（少なくとも本体は）十分にあり，どのJournalに投稿しても大丈夫で米国FDAやICHのたくさんのガイドラインを満たしていること（http://www.r-project.org/doc/R-FDA.pdf），追加パッケージまで含めればほぼすべての解析手法がカバーされていること（最新の解析方法もまずRで提供されることが増えてきました）など多々あり，日本語による参考書も既に100冊を超えています。情報のポータルとしては筑波大学の岡田昌史先生が運営されているRjpWikiが便利だと思います。
http://www.okada.jp.org/RWiki/

自分とRのかかわりとしては，東大の助手だった頃に高崎経済大学での社会統計学の非常勤講義で使ったのが11年前でした。当時の資料をまだ公開しています（今見直すと至らないところが多々あるので，公開を止めた方がいいかもしれないのですが）。
http://minato.sip21c.org/oldlec/social_stat_contents.html
その後，山口県立大学に異動して全学の基礎教養科目として統計学を教えるのにもRを使いました。当時の資料も下記URLで公開したままです。
http://minato.sip21c.org/stat.html
それらをまとめ直して出版したのが『Rによる統計解析の基礎』でした。2003年のことです。草稿はまだwebでpdfとして公開してあります。
http://minato.sip21c.org/statlib/stat.pdf

その後，群馬大学に異動し，医学科の学生を対象にした医学情報処理演習と大学院生を対象にしたデータ解析の基礎を教えることになりました。学部は素のRで講義し，資料を2007年に『Rによる保健医療データ解析演習』という本にまとめました。こちらも講義資料，本の草稿とも公開しています。
http://minato.sip21c.org/medstat/
http://minato.sip21c.org/msb/index.html
http://minato.sip21c.org/msb/medstatbook.pdf

しかしRはそのままでは関数を打たなくては使えないので，講義時間が短い大学院では無理があり，McMaster大学のProfessor John Foxが開発したRcmdrという追加パッケージを使ってメニューからの操作で統計解析する方法での講義をしました。外国人留学生もいたので，英語版と日本語版で同内容の資料を作成しました。これもwebで公開してあります。
http://minato.sip21c.org/grad/
Windowsの場合，起動アイコンをコピーしてコマンドラインにLANG="C" LC_ALL="C"と付記するだけでメッセージが全部英語で使えるのも留学生向きです。

昨年春に神戸大学に異動したのですが，群馬大学の大学院講義は非常勤として実施したので，ちょうどいいタイミングで正式公開されたEZRを使う資料に書き直しました。ただし英語だけの講義でいいことになったので，資料も英語版しか作りませんでした。
http://minato.sip21c.org/grad/infop-text2012.pdf
もっとも，EZRの開発者である自治医大の神田先生が書かれた本があるので，日本人はそれを買って読めば十分に使えると思います。神戸大学の大学院保健学研究科でも院生にはEZRを薦めています。素のRの使い方を教えるのは大変苦労するのですが，EZRだと簡単に覚えてくれるためです。EZRは，Rcmdrを医学統計用に大幅にカスタマイズしたもので，医学統計で必要な解析方法はだいたいどれでもメニューから選べますし，実際に使われたRの関数もスクリプトとしてウィンドウに残っているので，Rへの入門にもうってつけです。長くなりましたが，以上，ご参考まで。

仕事をこなしつつ晩飯

某プロジェクトで使うソフトをDropbox経由で受け取ったのでインストールしてみた。GUIなのでステップが全部見えるのはいいんだが，バッチジョブができないのはたくさんの条件を網羅的に試す目的には向いていないように思った。ある程度絞ってから使うんだろうな。その後，某学会の編集委員仕事として，投稿されてきた論文について査読委員を推薦するというものがあり，これがなかなか頭を使うんだが済ませた。晩飯は昼作った鶏肉野菜スープを温め直し，ご飯と一緒に食べただけなので，すぐに終わった。急いで打たねばならないメールを何本か打ち，今日中にやらねばならない仕事としては，後は某試験問題作りと公衆衛生学ミニレポートの整理か。何とかミニレポート整理だけ済ませたら2:00近かったので就寝。

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