【第161回】 JRE更新……したが，実はライセンス的にグレーとわかったのでOpenJDKに変えた（2019年7月24日）

• 7:30起床。これでも5時間睡眠なのでまだ眠い。玄米ご飯の残りに野沢菜昆布と納豆を掛け，豚肉と青梗菜をごま油で炒めたものと合わせて朝食。ちょっと野菜が少なめか。
• 昨夜からJRE更新アイコンが出てきて，何度やっても失敗するので，いったんJREをアンインストールして，新たにダウンロードしたJRE-x64-221をインストールしようとしたが，インストール開始命令を出した後動作が止まってしまう現象は変わらなかった。もしかしてCドライブの残容量が足りないのかと思い至り，EドライブにJavaというフォルダを作ってインストール先としてそこを指定したら，すんなりインストールできた。LibreOfficeの機能をフルに使うためにはJREが必要なので，うまくインストールできて良かった。
• effsizeパッケージはソースコードをダウンロードして読んでみたが（いや，もちろんそんなことをしなくても，library(effsize); getS3method("cohen.d", "default")でソースコードは読めるんだが），オプションが多くてどこでSpの計算をしているのか，なかなか見つけられない。pairedも許すのに，いったん数値変数と群変数という形に書き直してから欠損値処理をしていたり，よくわからないコーディングをしている。動けばいいのかもしれないが。
• で，コードを追っていくと，

  else if (pooled) {
  pool_sd = sqrt(((n1 - 1) * s[1]^2 + (n2 - 1) * s[2]^2)/(n1 + n2 - 2))
  dd = delta.m/pool_sd

  という部分があり（getS3method()では出てこないが，ソースコードの方には出典文献情報が注釈として入っていた。Gibbons, R. D., Hedeker, D. R., & Davis, J. M. (1993) Estimation of effect size from a series of experiments involving paired comparisons. Journal of Educational Statistics, 18, 271-279.[著者の一人，Dr. Hedekerのサイトのpdf]である），s[1]とs[2]はsd()の結果なので，大久保・岡田(2012)の(3.107)の数値計算例と同じ方法？　あれ？　じゃあ，何故結果が合わないんだろ？　と一瞬思ったが，実は(3.107)ではなく(3.109)と同じ式であり，要するにeffsizeパッケージが表示するCohen's dは，大久保・岡田(2012)が言うところのHedges's gなのだった（1つコーディングミスをしていてHedgesのgの結果が変だったのだが，それを直したら一致した）。で，effsizeパッケージが表示するHedges's gは，Jを掛けてバイアス調整した後の値なのだった。これですっきりした。この表記法は，実はcompute.esパッケージと同じなのであった。そっちの方がメジャーなのかなあ？
• なお，ソースコードの注釈によると，dやgの信頼区間の計算は，Robert J. Grissom and John J. Kim (2005) Effect size for researchers. Lawrence Erlbaum Associates, Equation 3.13 page 60によっているとのことであった。
• 近畿地方は今日で梅雨明けしたそうだ。
• CNNの記事で東南アジアで薬剤耐性マラリアが広がりつつあるとあったので，元論文を探したら，Lancetではなくて，Lancet Infectious Diseaseだった。確かに最近東南アジアでアーテミシニンコンビネーションセラピーが効かない多剤耐性マラリア原虫が広がってきていることを遺伝子解析で示しているなあ。
• キングジムのWorld Speakというデバイス，一瞬調査に使えるかと思ったが，ラオ語もクメール語も入っていないし，ネット接続必須なので，まだフィールドでは使えないな……。まあしかし，『人類資金』で描かれた世界が近づいてきたかも。
• 18:30から90分の講義で生存時間解析を一通り説明しなくてはいけないのだが，時間的に辛いなあ。
• が，何とか説明が終わった。エッセンスをかいつまんで喋ったが，実際の解析はEZRのメニューから選ぶだけでできるという裏付けがあるからこそ，こういう説明の仕方ができるので，神田先生には感謝しかない。
• JRE更新の件をtweetしていたら，窓月さんから，大学での業務に使っていたら無償使用できないのでは？　と指摘を受けた。JDKは商用ライセンスが必要でもJREは要らないんじゃないかと思っていたし，「ユーザー自身がJavaを更新する必要があるアプリケーションを実行している場合は、個人用デスクトップで使用する目的で、少なくとも2020年の終わりまで、今と同じようにOracle Java SE 8更新に継続してアクセスすることができます。」と書いてあるので，大丈夫だと思い込んでいたが，重ねて大学業務での使用は個人用デスクトップに当たらないとご指摘を受け，調べてみたら，京都教育大の情報処理センターが「学内での利用は商用に該当する」と明記した文書を公開していた。LibreOfficeがJREを使うのは主にBaseだし，ぼくはCalcやWriterやImpressやDrawは講義資料を作ったり研究したりに激しく使っているがBaseはほとんど使っていないので，JREを完全にアンインストールしたままにするという選択肢も考えたが，Baseを使いたくなる場面もあるかもしれないので，とりあえずこの情報から考えて，AdoptOpenJDK8を入れることにした。jre8のx64_windowsのhotspot版222b10をダウンロードしてインストールし（インストール中，Java Homeパスの追加にチェックを入れた），LibreOfficeのツールのオプションから追加でProgram FilesのAdpotOpenJDKのフォルダを指定したら無事に設定できたようだ。
• 今日のドラゴンズはカープに2-0で負け。山本拓実投手と石橋捕手の十代バッテリーは健闘したと思うが，打線がジョンソン投手をほぼまったく打てなかった。3タテだけは回避して欲しいが，明日はどうなるだろう。
• ProMedから。DRCのEbolaのUpdate。

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