【第376回】 天気が良いので海を見てこよう（2020年4月25日）

• 7:30起床。75.35kg，99％，36.4℃
• 洗濯物がたまったので，浴槽に湯を貯めて入浴し，残り湯を使って洗濯機を回しながら朝食。炊きたてのご飯に昨日買ってきたばかりの生卵を掛けたTKGと，豚小間切れ野菜炒め。
• 今日は講義準備を進める必要があるが，全天の青空から降り注ぐ日射しが誘うので海を見てこよう。久々にキャリーコーヒーで豆を買ってくるか？
• R-4.0.0では3.6.3までで使っていたパッケージを全部再インストールしなくてはいけないのだが，それを自動でやってくれるスクリプトを作って公開している方がいた。このtweetからリンクされているGithubのRコード。
• anovakunがR-3.6.3までのコードではR-4.0.0で正しく動かず，R-4.0.0用に修正したらR-3.6.3以下では正しく動かないと書かれていたので，「大変とは思いますが，可能ならR.Version()$major>=4で条件分岐して旧コードと新コードを1つにまとめれば，後方互換性が保てるのではないかと思います」と引用tweetした（注：括弧を付け忘れたので返信tweetで修正したが）。ソフトウェアは，パッケージも含めて，できるだけ後方互換性は保っておく方が良いと思う。survivalパッケージのsurvfit()が1群の場合に"~1"を付けないとエラーになるという仕様変更がされたときは困った。UIが変わらなければ中身は後方互換でなくても問題ないのかもしれないが。あるいは，kohskeさんの返信tweetのように，options(stringsAsFactors = TRUE)だけで対処できるなら，もちろんその方が良いと思うが。しかし自分のパッケージも動作確認必要だろうなあ。人柱になるしかないか。
• というわけで，R-4.0.0をインストールした。インストールすべきパッケージは全てinstall.packages()に打ってRコードとしてまとめてあるので，それを実行したのだが，それだけだとダメだった（実際にlibrary(Rcmdr)しようとすると，足りないパッケージがあると表示されて動かない）。そこで，update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)を実行したら，今度は全部更新されたようで，無事にEZRも動作したし，RStudioで前回のDemographyの講義で使ったコードを実行することもできた。mapdataと組み合わせて地図上に人口ピラミッドを描くコードもうまく動いたのでpyramidは大丈夫そうだが，fmsbのすべての関数のチェックはすぐにはできないなあ。
• 西浦さんがリスコミや広報的な仕事に力を入れれば入れるほど，手続き的説明の厳密さを大事に思っている人たちというか，細かい突っ込みをしたい人たちが敵に回り，理論疫学自体や西浦さん自身を攻撃し始める（学問自体は論文でしか評価されないから，広報で出したものを批判されても，学問的には痛くも痒くもないが）。ああいう仕事は尾身先生と押谷先生がした方が良い。仮に，批判者が求めている，本当に使っているモデルの詳細な説明をしたとしても，ある程度数学の素養が無いとわからない話なので，広報としてはあまり意味が無い。むしろ，尾身先生や押谷先生が，本当はもっと細かく丁寧な分析をしているのだけれども，プロでないと理解できない話だから，本質を失わない範囲で物凄く簡略化して説明します，と前置きして説明すれば，「論文は難しくてわからないけれども論理性に欠ける」とか「いい加減な人だ」とかいう，明後日の方向からの攻撃（そういうtweetがあった）を避けられるのではないか。リスコミ班の方々，西浦さんに頼りすぎ。出てこいと言われても計算しているから暇が無いで良いと思う。とはいえ，他の誰が言うよりも西浦さんの声の方が多くの国民に届くという広報のプロの判断は，たぶん正しいのかもしれず，それで行動変容が拡がるなら，自分は泥を被っても良い，と西浦さんは思っているのだろう。泣けてくる。
• 久々にsip21c.orgのアクセス統計を見てみたら，1月2月と比べて3月は3倍増だったが，4月はやや低下し，2月の倍程度になっていた。増えた原因は，ほぼtwitterからのcovid-19ページへのアクセスな感じだ。
• 久々の須磨海岸は良かった。風が強くて海が茶色かったが。帰りにアグロガーデンで米を買ってきた。
• 一つ大きな査読が残っていたことをremindされた。
• RStudioでfmsbパッケージのprojectを開いてCheck packageをすると最後にRtoolsがないというエラーが。rtools40（R-4.0.0以降の開発のためのRtools）ではパスをe:/rtools40/usr/bin（R-3.6.3までに対応していたRtools-3.5まではe:/Rtools/bin）としなくてはいけないのだった。binがusrの下に入ったことに気づかなかった。Windows環境での開発者は要注意。なおEドライブなのはCドライブが小さすぎるからで，たぶん普通Cドライブにおくだろう。Check自体はノーエラーで通った。radarchart()など，わりと複雑なことをしている関数のexample()も問題なく表示された。でもやっぱり，testthatパッケージを使っておくべきなんだろうなあ。Hadley Wickham師による"R packages"の第10章を読みながらやってみるか。

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