【第785回】 年休をとって（2021年7月2日）

• 6:30起床。81.70 kg，97％，36.1℃。
• 今日は職域接種が割り当てられた日なので六甲へ行く。その後名谷に行って１つ用を済ませるが，午後には法定ガス点検が入っているので帰宅予定。そのため年休をとった。
• 職域接種１回目は無事完了。ほとんど感触はなかった。接種後15分，急性の副反応が出ないかどうか確かめるために接種したホールの外のコンコースに並べられた椅子に座って待機中。今のところ，とくに何も自覚される副反応はない。
• そのままJR六甲道まで歩いて新長田経由で名谷へ。謹呈用の自著をピックアップしてレターパックライトに宛名を書き，学内からしかできないネットワーク仕事を1件済ませ，昨日の分の出勤簿捺印をしてからそのまま帰途に就く。
• Lustig Y et al. "Neutralising capacity against Delta (B.1.617.2) and other variants of concern following Comirnaty (BNT162b2, BioNTech/Pfizer) vaccination in health care workers, Israel"（Eurosurveillanceの速報，2021年7月1日）によると，イスラエルのCOVID-19罹患歴がなくファイザーのmRNAワクチンの2回接種を受けたヘルスケアワーカーについて，元株，アルファ株，ベータ株，ガンマ株，デルタ株の中和抗体価を調べたところ，アルファ株では1/1.7に低下し，デルタ株はガンマ株と同じく半分程度に低下していたが，ベータ株に対しては中和活性が1/10.4に低下していたというデータ。中和活性の低下，つまりワクチンの利きが悪くなるという点については，デルタ株よりベータ株の方が恐ろしいわけだ（とはいえ，アルファ株，ガンマ株，デルタ株でも，元株に比べると中和抗体活性が大雑把に言えば半減しているというデータなわけで甘くみてはいけないが）。ただ，この論文で調べているわけではないが，先行研究によると感染力はデルタ株の方が強いので，イスラエルのようにワクチンカバー率が高い国ではベータ株が優占することもありえるが，それ以外の国ではデルタ株の方が優占しそうだ。
• もっとも，おそらく今後も次々に新たな変異株が出現するであろうから，いつまでデルタ株が優占するかはわからないが。
• 法定のガス点検は簡単に終わり，特に何も問題なかった。
• 日本熱帯医学会で史資料委員会担当理事を仰せつかっているのだが，史資料委員会は青山学院大学の飯島先生が中心になって，日本の熱帯医学者が過去いろいろなところでやってきた熱帯病対策の歴史を掘り起こし，散逸しないように保管しようという主旨の委員会で，言ってみれば熱帯医学の温故知新を目指しているのだと解釈している。その史資料委員会が長崎大学熱研など複数の組織と共同で日韓共同企画 「長崎・済州島の記憶：リンパ系フィラリア症の制圧をめぐる日韓の協働」という企画を実施するとのこと。貴重な資料がオンライン公開されたり，青木先生にZoomで質問できたりするらしいので，熱帯病に関心がある方や，Wikipediaの寄生虫関連の異様に詳しいコンテンツ（八丈小島のマレー糸状虫症とか地方病（日本住血吸虫症））に痺れた方は，参加してみては如何だろうか。
• 感染研のサイトにCOVID-19感染報告者数に基づく簡易実効再生産数推定方法（2021年6月29日）という記事が載っていた。「直近7日間の新規陽性報告者数／（世代時間）日前7日間の新規陽性報告者数」という，Bonifazi G et al. "A simplified estimate of the effective reproduction number Rt using its relation with the doubling time and application to Italian COVID-19 data"（Eur. Phys. J. Plus，2021年4月11日）が提案した方法で，世代時間を5日として計算すると，Cori A et al. "A New Framework and Software to Estimate Time-Varying Reproduction Numbers During Epidemics"（AJE，2013年9月15日）で提案されている方法で推定されたRtと良く一致するRtが簡単に得られたと書かれている。報告日ベースであるためのバイアスと，すべての感染者で世代時間が同じと仮定している方法であるという制約はあるが，簡単な計算で毎日Rt推定値を更新できるので自治体などの役に立つだろうとのこと。Rtの簡易推定法というと，2020年5月12日に行われた公開セミナーで西浦さんが（直近7日間の新規報告患者数／その前7日間の新規報告患者数）が近似的に使えるかもしれないと言われていたが，その後，東洋経済にアドバイスした方法は，（直近7日間の新規陽性者数／その前の7日間の新規陽性者数）^（平均世代時間／報告間隔）；平均世代時間は5日間，報告間隔は7日間と，若干変わっていた。今回感染研のレポートに出ている方法は，そのどちらとも微妙に違っている（そんなに大きくは違わないようだが）。ちなみに，西浦さんが厚労省に提示している資料や論文では，ここに書かれているように，世代時間は4.8±2.3日，潜伏期間は5.6±3.9日とし，右側打ち切りを考慮し，Rのsurveillanceパッケージを使って確定診断日から発症日を逆推定した上で発症日から感染日を逆推定し，感染日から二次感染日までの間隔である世代時間について再生方程式を立ててRtを計算しているので，報告遅れも世代時間のばらつきも考慮できているが，コンピュータなしでは計算できないし，何日も前の値までしか推定できないという制約がある。
• 以上のアルゴリズムをRのコードにして（若干ちゃんと詰めずに書いている部分があるので，間違いを含んでいる可能性があり，あまり信じないで欲しいが）東京のデータについて計算させてみたところ，どの方法の結果もまあまあ合っていて，6月に緊急事態宣言を解除した頃から，どの方法でもRtは1を超えている。
  
• 21:00から22:00過ぎまで院生の相談にZoomで応じた。締め切り過ぎの原稿もあるし査読の締め切りもあるし来週の講義準備もしなくてはいけないのだが，明日にするかな。
• ドラゴンズはスワローズに3-9で負けていた。柳投手が5失点，その後山本拓実投手が1回は無失点だったが回跨ぎしたら4失点したのが痛かった。

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