【第847回】 今日も査読（2021年9月17日）

• 6:40起床。80.70 kg，97％，36.2℃。
• 昨夜の宅配だが，Amazonのカスタマーサービスのチャットで問い合わせたら話が通じて，Amazonから配送業者に連絡して確認してくれることになった。
• モバイル通信環境として，通話なしSNSありOCNモバイルONEのSIMをZenfone7に入れ，通話はY!MobileのDIGNO2ガラケーでスーパー誰定を契約してやっているのだが，毎月の利用料が前者が1,126円，後者が1,400円から1,600円くらいなので，合わせても3,000円未満で済んでいる。スマホで動画は見ないし，とくにこれで不都合はない。
• 16:00頃に配送業者から電話があり，設定した暗証番号とまったく違う数字を不在配達票に書いていたことがわかった。なぜそんなミスが起こったか謎だが，まあ正しい番号がわかったからいいか。
• 反復測定分散分析の効果量計算方法について質問メールがあり，調べてみたところ，まず，RcmdrPlugin.aRnovaパッケージのrepMeasAnova()関数でできそうだとわかった。これはRcmdrのプラグインなので，インストールするとRmcdrのメニュー（EZRではメニュー右端の標準メニュー）の，統計量＞平均＞反復測定分散分析から計算できそうに思われた。ところが，オプション指定の方法がわからない。2018年3月以降チュートリアル文書なども途中で開発が止まっていて（GitHubページもバージョン0.0.5以降更新がない），使い方を書いたものがどこにも見つからないのだった。そこで別の方法を再検索したところ，井関龍太さんが開発されているanovakunというRのコードに辿り着いた。反復測定デザインにおける効果量を参照すると，計算式自体についても議論があるようだが，とりあえず一般化イータ二乗を出せば良かろうと思われた。そこで，自分の講義テキストの158ページに，EZRでの反復測定分散分析の実行例を示してある例で試してみた。anovakunはパッケージになっていないので，まず，このページに書かれているように，テキスト形式のコードをダウンロードしてsource()で読み込むか，あるいはエディタで開いて全部選んでコピーしてからRコンソールに貼り付けるなどして，anovakun()という関数が使える状態にする必要がある。その上で以下のコードを実行する。

  > x <- read.delim("https://minato.sip21c.org/ogtt02.txt")
> anovakun(x[, -2], "AsB", 2, 8, geta=T)

• ここで与えるデータをx[, -2]としているのは，2列目のIDという変数が余計なので削除するためで，"AsB"というのは効果を見たいグループAの変数が1列目にあり，それ以降の列がすべて時点ごとの測定値である場合に指定する文字列で，2はグループAには2水準（ControlとObesity）あることを意味していて，8は時点が8時点あることを意味している。geta=Tが一般化イータ二乗を計算させるためのオプションで，TはTRUEと打つ方が良いと思うが，井関さんのサイトではTで書かれている。これを実行すると長い出力が得られるのだが，わりと上の方に下表が出てくる。Aの行がグループの主効果，Bの行が時点の主効果，A x Bの行がグループと時点の交互作用効果を示していて，右端のG.eta^2が一般化イータ二乗である。

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Source SS df MS F-ratio p-value G.eta^2
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A 15.3392 1 15.3392 6.6592 0.0148 * 0.1229
s x A 71.4070 31 2.3035
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B 39.2486 7 5.6069 31.9359 0.0000 *** 0.2638
A x B 7.7287 7 1.1041 6.2887 0.0000 *** 0.0659
s x A x B 38.0984 217 0.1756
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Total 175.2562 263 0.6664

• 台風が来そうなので雨が小降りになったときに帰宅した。19:00からチュータをしている学生たちとのオンライン面談の予定だが，在宅勤務で十分対応可能なはず。Amazonからの配達物も，さっき電話で教えて貰った番号でちゃんと宅配ボックスから取り出せて良かった。
• オンライン面談は予定通り。学生たちも元気そうで良かった。

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