個別鵯記

【第534回】 院生論文検討，講義準備，原稿書き（2013年12月3日）

• 5:55にAQUOS PHONE esからの「暦の上ではディセンバー」で目が覚め，ガス温風ヒータをつけて再び布団に潜り込んだ。6:00にvaio-saから流れるGoosehouseの「Good Morning」で起床。Goosehouseといえば，NHKで片平里菜が演奏するときのキーボードをさや姉が担当するとのこと。先日のナオト・インティライミのバックでギターを弾いたくどしゅうといい，Goosehouseが少しずつメジャーに近づいているような。来年2月の新曲はアニメかなにかのエンディングテーマらしい。メジャーになっても，今の緩くて楽しい感じは失わないで欲しいが。
• 朝食は豚汁と胚芽米ご飯。豚汁を作るのに時間がかかったが，なかなか美味だった。往路バスはこの時間だと直通3番になるだろう。今日は解剖実習のために公衆衛生実習がない日なので講義も会議もない。午前中，本来は昨日予定されていた留学生の論文検討をすることになっているが，それ以外の時間は溜まっている原稿書きをしたい。木曜の講義準備も必要ではあるが。
• Willcomを10年以上契約していると，ソフトバンクとイー・モバイルへの通話が無料になるオプションが始まった。My Willcomでみたら，ぼくの契約期間は既に10年9ヶ月になっていたので申し込んでみた。
• 『ハードナッツ！』の第7回と第8回は前後編で，人工的に変異させた猛毒ウイルスを奪った犯罪者がバイオテロに使うというコンセプトだが，ウイルスだと常温で郵送したら失活しそうだ（まあ，天然痘ウイルスもバイオテロに使われることが懸念され多くの研究があるが，担体を何にするかが難しいはず）。実際に白い粉の形で郵送されたことが多いのはanthrax（炭疽菌）の芽胞だから，炭疽菌を変異させて毒性と感染力を上げたものという設定にしたら良かったのではないだろうか。せっかく前後編なのだから，昨日書いたように感染症数理モデルを使って欲しいところで，伝播拡大を防ぐにはR₀（アールノウトと読む。日本語では基本再生産数）を1未満に抑えればいいと，くるみに説明させてくれたら良かった。次回がそういう展開ならいいのだが，個人的な過去の秘密とかがあるらしいし，最終的に数学成分は薄めになってしまうのだとしたら惜しい。炭疽菌と天然痘ウイルスによるバイオテロへの反応を数理モデルにするという論文（他にもたくさんあるが）を参考にしてモデルベースの対策を立てるとか，11000個の芽胞を吸い込んだ時の感染確率が50%，160個吸い込んだ時の感染確率は1%とかいう話も，普通は少しでも吸い込んだらもうダメだと思いそうだから，伴田刑事かチアリーディングをしている友達が微量吸い込んだことにして，くるみが元気づけるために説明するネタとしてはいいかもしれない。もう間に合わないだろうが。
• 人口学会からwebサイト更新仕事メール来襲。来週更新せよとのことなので後回し。と思ったら，別ルートからもう1通。こっちは期日指定ではないので，すぐにやらねばならない。まあ，帰ってからやるか。
• SweaveでRコード入りのドキュメントを作るのは，英語ならRStudioを使って簡単にできる。FileのNewからR Sweaveを選ぶと自動的にひな形ができるので，\begin{document}以降にLaTeX形式でマークアップした文章を書いていき，Rコードの部分はChunkとして挿入する。<<fig=TRUE>>=から@までが一つのChunkとなり，コードや出力（このようにfig=TRUEのChunkならグラフも）が整形出力される元になる。これを例えばtest.Rnwなどという名前で保存し，Compile PDFというボタンをクリ･奪・垢譴弌､pdflatexが呼び出され，自動的にpdfファイルができてSumatra PDFで開く。RStudioの場合，Projectを作ればビルドツールもカスタマイズできるらしいので，そこで呼び出すプログラムをuptexとdvipdfmxに変えたらいいのかもしれない（Projectを作らなくてもシステムデフォルトもToolsのOptionsのSweaveから変更することもできるし，RSTUDIO_PDFLATEXという環境変数を設定すると，pdfLaTeXでもXeLatTeXでもないカスタムコマンドを指定することができるので，ここにバッチファイルを指定すると日本語対応するかもしれない）。なお，\documentclass{article}を\documentclass{jsarticle}に変えようとしたがデフォルトではjsarticle.styを見つけてくれなかった。もう少しカスタマイズが必要そう。
• 復路は直通終バスで帰宅。朝作った豚汁を温め直し，胚芽米ご飯に載せて食べた。

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