【第515回】 名谷キャンパスへ出勤（2020年9月23日）

• 8:00起床。77.85 kg，98％，36.3℃。
• 人口学会の仕事を1つ済ませてから名谷キャンパスへ出勤。
• 早期幼児教育の効果を実証する研究ではどうやってデータを取っているのだろうと以前から疑問だったが，これみたいに，4ヶ月おきに9回訪問する追跡調査で，各回90分の養育者＝児の様子をビデオ録画して定量化するという，気が遠くなりそうな研究がされているのだな。GSICSで小川先生が指導されている学生さんはマクロな研究をされることが多いし，政策実装にはそういうエビデンスが必要なのだと思うが，個人的な趣味としては，こういう個人ベースの詳細がわかる研究の方が好きだなあ。
• 某サーバマシンは電源ユニットがもはや品切れで修理不能という回答があり，代替案を考えねばならない。
• マヒドン大学との合同ミーティングの計画が進行中なので英語メールを多々打っている。
• メールで今日が締め切りだとremindされたので，人類生態同窓会で喋るネタのabstractを書いて送った。
• 後は，明日締め切りの某査読と，昨日できなかったラボ仕事をしなくては。
• ラボ仕事はしたが，某査読は終わらないうちに21:00を過ぎてしまった。
• 論文をいくつかメモしておく。
• 原著論文で，Shen Y et al. "Community Outbreak Investigation of SARS-CoV-2 Transmission Among Bus Riders in Eastern China"（JAMA Internal Medicine，2020年9月1日）は，3月に西浦さんたちがプレプリントサーバにアップロードした，換気の悪い閉鎖空間での感染リスクが高いことを示した論文をイントロで引用しているが，1月に中国東部で2台のバスに100分間（エアコンは室内再環流モード）乗って150分の仏教儀式に参加した人たちのうち，SARS-CoV-2に感染している人が1人混ざっていたバス2の乗客68人のうち24人（最初から感染していた1人を含む）が後日のRT-PCRでSARS-CoV-2陽性となったのに対して，バス1の乗客60人は誰もSARS-CoV-2陽性とはならなかったという報告。感染したかどうかをバス2の中の座席位置が最初から感染していた人に近かったかどうかの2群間で比べた結果，リスク差もリスク比も統計的に有意ではなかった（接触感染や飛沫感染よりもマイクロ飛沫―この論文ではエアロゾルと言っている―の滞留によることを示唆する）。仏教儀式ではなく換気の悪いバスという閉鎖空間で集団感染が起こったというエビデンスである。
• これも原著論文で，Saad-Roy CM et al. "Immune life history, vaccination, and the dynamics of SARS-CoV-2 over the next 5 years"（Science，2020年9月21日）は，プリンストン大学のGrenfell BTやLevin SAといった生態学の著名人が共著者に入っている。自然感染時の免疫応答，ワクチン，NPIsなどについて条件を変え，単純な疫学モデルを使って，今後5年間のSARS-CoV-2の動態を考察しているようだ。
• これも原著論文で，Whittle, R.S., Diaz-Artiles, A. An ecological study of socioeconomic predictors in detection of COVID-19 cases across neighborhoods in New York City. BMC Med 18, 271 (2020). https://doi.org/10.1186/s12916-020-01731-6（BMC Medicine，2020年9月4日）は，NYの郵便番号区別のCOVID-19陽性割合と，社会経済的条件についての地域相関研究をしている。GISを使っていて図版がきれいだが，ポアソン分布や負の二項分布を使った地理加重回帰モデルを当てはめているので，空間疫学の実例として説明に使えそう。R-4.0.0でR-INLAパッケージを使ってモデルの当てはめをしているとのことで，データはGitHubで公開されている。
• JAMAへのResearch Letterというカテゴリで，Patel MM et al. "Change in Antibodies to SARS-CoV-2 Over 60 Days Among Health Care Personnel in Nashville, Tennessee"（2020年9月17日）は，ナッシュビルの保健医療従事者で成人患者と定期的に直接接触している人たち600人を対象として，60日間のSARS-CoV-2への抗体レベルの変化を調べたもの。4月のベースライン時点で抗体陽性だった19人は，60日後には全員抗体価が落ちていたというグラフが載っていて，60日後にも抗体陽性を維持していたのは8人だけだったとのこと。
• Lancet Digital Healthの10月号に掲載予定の原著論文，Yadaw AS et al. "Clinical features of COVID-19 mortality: development and validation of a clinical prediction model"は，機械学習を使って，感染者のうち死亡転帰となる人の予測モデルを出し，ROC曲線のAUCが0.91となったが，他の集団にも使えるか今後の検証が必要としている。
• 今日のドラゴンズとスワローズの試合は11-5で勝ち。8回裏のビシエド選手の満塁ホームランで勝負はついた。ヒーローインタビューが3安打3打点の髙橋周平キャプテンだったが，セーフティーバントのときの守備は来そうな感じがしたので一歩前に守っていたというのが凄いな。
• 気がついたら23:00だったので帰途に就いた。
• 昨日の報道ステーションの藤井風さん特集の完全版が公開された。
• sinfoniaのカバー新作Mela!／緑黄色社会も公開された。早希さんリードで，ももんぬさんのピアノに加え，早希さんのギターも入って音数が増えた。新メンバー加入前の最後の作品となるか？
• R Core TeamのPeter Dalgaard先生から，R-4.0.3が10月10日リリース予定というtweetがあった。コードネームは"Bunny-Wunnies Freak Out"と，PeanutsのBunny Wunnyシリーズの，1972年10月23日掲載のものから取られたようだ。"THE SIX BUNNY-WUNNIES FREAK OUT"という本（これに限らず，BUNNY WUNNYシリーズは架空の本だが，スヌーピーが大好きなシリーズという設定になっているらしい）が学校の図書館で閲覧禁止になって困惑しているというストーリー。R-4.0.3にこのコードネームを付けた寓意は何だろう？

Tweet(list)

▼前【514】（日曜から火曜（2020年9月20-22日） ）　▲次【516】（オンライン会議2つとか（2020年9月24日） ）　●Top

Notice to cite or link here | [TOP PAGE]