【第683回】 オンライン会議にデュアル参加とか（2021年3月17日）

• 7:30起床。80.95 kg，98％，35.8℃。
• 10:40からと11:00から（一部デュアル参加）の会議が終わってからカップめんで昼食を済ませ，14:00から医学部教授会。合間にメールの返事を打ち続ける。一段落ついたところで15:00近い。
• 東洋経済のサイトで西浦さんがアドバイスされた簡易推定法で計算されている都道府県別実効再生産数を見ると，兵庫県や京都府は緊急事態宣言解除後に増加傾向になり，このところ1.3とか1.4といった値になっている。新規感染者数がかなりある状態で宣言解除してしまっているので再度増加するのは当然だが残念だ。東京は既に再増加が始まっている（そもそも追跡を止めたので見かけ上の新規感染者が減っただけという側面が大きいと思う）のに，21日解除などしたら，すぐに4桁になるだろう。だから時短とかじゃなくて短期間の補償セットの休業要請とヒトとの接触規制にして一気に新規感染者数を減らすべきだと書いていたのだが。
• イングランドでの変異ウイルスB.1.1.7についてのモデル当てはめ論文がScienceから出ていて，Davies NG et al. "Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England"（2021年3月3日）なのだが，詳細な方法論や補足的な解析結果がSupplementary Materialで提供され，解析コードやデータが，筆頭著者のgithubプロジェクトや，"Local area reproduction numbers and S-gene target failure"というプロジェクトのgithubページで提供されている。イングランドのデータから多項スプライン回帰やロジスティック回帰によって，B.1.1.7系統のVOC 202012/01がそれまで優占していたB.1.177よりも1日当たり0.104増加率が高く（世代時間が5.5日だと仮定すると，再生産数が77％大きいことになる），他国のデータを使っても，VOC 202012/01は他の系統に比べて同様な再生産数の高さを示したこと（デンマークで55％，スイスで74％，USAで59％）から，感染力が大きい原因として5つの仮説を立てて，データへの当てはまりの良さを比べている。5つの仮説とは，(1)ウイルス排出量が多く1回の接触当たりの伝達係数が大きい，(2)ウイルス排出している期間が長い，(3)スパイクの∆H69/∆V70欠失変異により，既存ウイルスへの免疫がある人でも防御効果が低い，(4)子どもへの感染力が強い，(5)世代時間が短い，である。一連の死亡，入院，ICUベッド占有，PCR有病割合，血清陽性割合などのデータへの適合をDIC (Deviance Information Criteria)で調べたところ，仮説1が最も良く当てはまっていた（しかし，これらの仮説を組合わせてもすべてのデータに共通するメカニズムは見いだせなかった）としている。仮説1の伝達係数が高いモデルを採用すると，感染当たりの入院率や重症化率には有意な差が無く，VOC 202012/01は他の系統と重症度に差があるとは言えなかったとのこと。BMJやNatureの論文とは異なる結論で，データも違うが，方法論の違いによるところが大きいと思う（この論文の方法の方が細かく考えているが，その分仮定が多い）。
• Nature Medicineに出ていた論文で，Sudre CH et al. "Attributes and predictors of long COVID"（2021年3月10日）は，4182人の患者データから，長期間症状が続く症例（28日以上が558人，8週間以上が189人，12週間以上が95人）にはどういう属性があるのかを調べ，疲れ，頭痛，呼吸困難，嗅覚障害の症状がある人，年齢やBMIが高い人や，女性に多いとしている。
• Pang, MF., Liang, ZR., Cheng, ZD. et al. Spatiotemporal visualization for the global COVID-19 surveillance by balloon chart. Infect Dis Poverty 10, 21 (2021). https://doi.org/10.1186/s40249-021-00800-z（2021年3月1日）は，世界各国のCOVID-19のCFR，罹患率，死亡率の変化をバルーンチャートを使って図示している。時空間を同時に示すのにバルーンチャートが良いと言っているらしい。Johns Hopkins大学のデータを使って，Vega-LiteのJavaScript実装でバルーンチャートを描いているらしい。
• JAMA Network Openの研究レターで，Perlis RH et al. "Association of Acute Symptoms of COVID-19 and Symptoms of Depression in Adults"（2021年3月12日）は，3904人の患者データから，共変量を調整したモデルで，頭痛症状が抑うつと関係していることを示したとしている。
• Ladhani SN et al. "SARS-CoV-2 infection and transmission in primary schools in England in June–December, 2020 (sKIDs): an active, prospective surveillance study"（The Lancet Child & Adolescent Health，2021年3月16日）は，UKの多数の小学校で，毎週の鼻腔スワブによるPCR検査と血液抗体検査をしたグループを含む調査結果を分析し，抗体陽性はロックダウン中の登校ともスタッフと児童との接触とも有意な関連はなかったとしている。
• 今日のドラゴンズは9-4で負け，バンテリンドーム不敗神話が途切れた。根尾選手が猛打賞だったのは良かったし，他のファームと一軍の当落線上の若手も良く打ったが，経験不足なのか走塁がまずかったし，勝野投手と清水投手が不安。

Tweet(list)

▼前【682】（締め切り過ぎだが（2021年3月16日） ）　▲次【684】（日本オセアニア学会第第38回大会オンライン（2021年3月18日） ）　●Top

Notice to cite or link here | [TOP PAGE]