【第1898回】 採点とか（2025年8月5日）

• 留学生の相談もあるらしいし、朝から暑いので8:00前に名谷へ出勤。卒業生と晩飯を食べに行くことになっているので、17:30頃には退勤する必要があるし。
• noteに英語でポストした件を、ENDOjの開発GitHubにポスト（？という言い方で良いのか知らないが）してみた。
• 『現代疫学（原著第4版）』の監訳者の一人である佐藤俊太朗さんがシミュレーションデータでチェックしたら修正ポアソン回帰によるリスク比はロジスティック回帰によるオッズ比と差が大きかったとXにポストされていた。3月から何度かメモしている件だが、これはその通りで、有病割合が高い場合はとくにそうだが、素晴らしい解説スライドを公開してくださっている野間さんが開発したrqlmパッケージを使ってリスク比を出すべきであろう。先月末に自作講義テキスト(ver.1.1.2.3)の11.5.1「ロジスティック回帰分析の注意点」に書いた通り。
• 院生の相談に乗っていて気付いたが、chisq.test()やprop.test()は、2行2列でないと、correct=TRUEをつけてもYatesの連続性の修正をしてくれない。強引にやらせる方法としては、例えばHitchcock, David B. (2009). Yates and Contingency Tables: 75 Years Later. Retrieved 4/8/2015 from: University of South Carolinaに書かれている式を使うと、chisqY.test <- function(.X) { .EX <- chisq.test(.X)$expected; X2Y <- sum((abs(.X-.EX)-0.5)^2/.EX); return(list(chisq.Yates=X2Y, p.value=1-pchisq(X2Y, chisq.test(.X)$parameter))) }と関数定義してから、chisqY.test()を使えば、行数か列数、あるいはその両方が3以上でも、強引にYatesの補正をしてくれる（内部で期待度数と自由度を得るためにchisq.test()を呼び出すとき、期待度数が5より小さいセルがセル数の20％以上あると警告メッセージが表示される。さらに、chisq.test()やprop.test()のYatesの補正では、0.5ではなく、min(0.5, abs(.X - .EX)を補正項としているので、2行2列の場合でも結果は必ずしも一致しない点にも注意）。けれども、前掲Hitchcock (2009)にあるように、そういう場合は素直にfisher.test()を使えば良いので、無理にYatesの補正をするのは筋が良くない。そもそも、Yatesの補正をすべきかどうかについては論戦が繰り広げられてきたところだし、独立性の検定よりも関連性を示した方が情報量が維持されるので良いのではないかとも思われる。
• 三宮で卒業生たちと晩飯を食べてきたが、大変美味であった。人気店でなかなか予約がとれないそうだが、もし予約がとれたら海外からの訪問者のレセプションにも使えそう。
• 帰宅してみたらドラゴンズがタイガースに2-6で逆転負けしていたらしい。見ていたら辛かったと思うので、見ていなくて良かった。

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