【第388回】 もう半年経過（2013年7月1日）
- 6:00に「Awakening」で起床。もう今年も半分過ぎてしまった。入浴してから玄米ご飯に豚肉野菜カレーを食べ，講義準備の続き。２番のバスで出勤予定……だったが，講義準備を途中で止められなかったので３番のバス。
- 10:00からアリムさんの論文指導，13:00からと18:30から他領域の大学院生の統計解析相談，14:50から講義と今日も忙しかった。講義室のプロジェクタのランプが切れていて映写できず，ポータブルのものを教務係に借りに行って15分近く損したので，今日も講義には余裕がなかった。
- 講義資料を準備する過程で，様々な物質のLD50を示そうと思い，化学物質の分子模型を描画できるソフトを探してみた。昔はISIS Draw（だったか）を使って部品を組み合わせて作ったものだが，今では大抵の低分子は日本化学物質辞書Webから*.molという形式で，タンパクなら日本蛋白質構造データベース(pdbj)から*.entという拡張子のついた形式でダウンロードできる。
- 例えば後者からヒトヘモグロビンを検索して，デオキシヘモグロビンであるpdb1a3n.entをダウンロードし，それをJmolで開くだけで上の図ができてしまうのだ。Jmolは元素を付け加えたり削除したり種類を変えたりもできるし，マウスで回転もできるし，図の見せ方も「棒球」を選ぶと下の図のようにもできる。保存形式もいろいろあるのだが，とりあえずjpgで保存してみた。
- fmsbライブラリのclifetable()やlifetable()の内部ではcumsum()関数を使っているため，NAが入っているとTxとexが計算できない。とりあえずの対処としては，NAでないところだけ使えばいい。例えば，library(fmsb)に続けて，clifetable(Jlife$qx2010M[!is.na(Jlife$qx2010M)])とすれば計算できる。ここでa0=0.1, a1〜a4=0.4として計算したければ，lifetable(qxtomx(Jlife$qx2010M[!is.na(Jlife$qx2010M)]), mode=2, class=1)とすればいい。若干結果が変わるが，これはaxを使ったからである。ちなみにPreston SH et al.(2001)のテキストに載っている男性のaxを使うには，lifetable(qxtomx(Jlife$qx2010M[!is.na(Jlife$qx2010M)]), mode=6, class=1)とすればいい……と思ったら，mode=6とmode=7がバグっていた。直さなくては。
- 直通終バスで帰り，昨夜作ったカレーを食べ尽くした。
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