【第800回】 洗濯とか（2021年7月17日）

• 6:30起床。82.55 kg。査読作業を完了してから水曜の講義準備をする予定だが，天気が良いので散歩もしたいところ。
• だが，まずは浴槽に湯を貯めて入浴し，洗濯機を回しながら朝食。
• 査読が終わった時点で10:00を過ぎていた。次は講義準備と期末レポート課題作成。
• fmsbのradarchart()を使ってくれている論文（PLOS NEGLECTED TROPICAL DISEASES，2021年7月16日）がまた出て嬉しい。ヒューゴー賞受賞作の感情パタンを定量的に分析してSFの変容を示した論文があって，本文が英語でないので詳細不明で，具体的に何に使われたのかわからないが，やはりfmsbを使ってくれているようだ。いま東京で激増中ということで注目されているRSウイルスについて，Rose EB et al. "Respiratory Syncytial Virus-Associated Hospitalizations in Children With Neurological Disorders, 2006-2015"（Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society，2021年7月10日）という論文が出ていて，2006年から2015年の民間保険とメディケイドのデータを使って，RSウイルス特異的またはRSウイルス感染に関連して入院した率を，神経疾患をもつ子どもと一般母集団からのランダムサンプルの間で比較して，神経疾患をもつ子どもの方が入院率が民間保険のデータでは10倍以上高く，メディケイドのデータでも6倍強高いことを示したという内容だが，率比の計算にfmsbパッケージを使ってくれていた。
• 米権威が警告：東京五輪は世界的感染のクラスターになる：今からでも競技施設を再点検する実践専門家委員会を作れ（JBpress，2021年7月17日）は，Sparrow AK et al. "Protecting Olympic Participants from Covid-19 --- The Urgent Need for a Risk-Management Approach"（NEJMのPerspective，2021年5月25日）へのリンクがある良記事。"The IOC’s playbooks are not built on scientifically rigorous risk assessment, and they fail to consider the ways in which exposure occurs, the factors that contribute to exposure, and which participants may be at highest risk."と書かれている。もっとも，既に批判したように，このPerspectiveは，熱中症リスクを考えていないため東京五輪がもたらす医療負荷を過小評価していて，リスク評価としては甘すぎるのだが。なお，JBpressが今頃5月下旬のPerspectiveを取り上げたのは，これも当該JBpress記事からリンクされているが，Scientific Americanの記事（2021年7月13日）がこの5月25日のNEJMのPerspectiveを取り上げて，現在の東京五輪における感染拡大予防策は不十分だから，大会中にCOVID-19感染者が出たらワクチン接種者と未接種者の分布は国によって差があるので，接種が進んでいない国からの参加者により広まりやすいだろうと論じていることを受けてのことで，古い記事を掘り起こしてきたわけではない。
• たぶん見落としていたが，Tokuda Y, Kuniya T "Prediction of COVID-19 cases during Tokyo's Olympic and Paralympic Games"（J Gen Fam Med，2021年5月24日）は，4月21日にプレプリントサーバに載っていた論文で，ワクチン接種が大幅に拡充されない限りオリンピック中止を決断することも受容可能な選択肢だとしていた。単純なSEIRモデルによる推定で，デルタ株が主流になることを考慮していないこともあり，ワクチン接種が拡充したときの抑制効果を過大評価していたが，5月時点で条件を出してオリンピック中止の可能性に触れた論文として記録しておこう。
• Sanmarchi F et al. "Exploring the Gap Between Excess Mortality and COVID-19 Deaths in 67 Countries"（JAMA Network Open，2021年7月16日）は，世界67ヶ国について，HMDやEurostatから作られたWorld Mortality Dataset（詳細はKalinsky A, Kobak D "Tracking excess mortality across countries during the COVID-19 pandemic with the World Mortality Dataset"参照）から2015-2020年の総死亡データ，Our World in DataからCOVID-19の死亡(CCM)，確定患者数，検査数，人口のデータを得て，2015-2019年の総死亡から2020年の期待死亡を過分散を考慮するため一般化負の二項回帰(Generalized Negative Binomial Regression)で推定し，実際の死亡との差として超過死亡(EM)を推定し，CCMとの差を評価して各国のCOVID-19データの信頼性を考察したという研究レター。南米や東欧の多くの国はEMがCCMより遥かに大きく，主に東アジアの国ではEMが負でCCMもきわめて小さく，その他の多様な地域の国ではEMがCCMよりある程度上回っていた，としている。個人情報を一切使わない公表データの分析だから個別の倫理審査は必要ないしインフォームドコンセントも必要ないことを明記した上で，STROBEガイドラインに従っている，と書いている。この手の二次資料を解析して論文を書きたい人には書き方が参考になると思う。なお，この論文で使われている超過死亡は，2020年5月14日に触れた日本で感染研が示してきたインフルエンザ様疾患による超過死亡とは概念も方法論もまったく別物なので要注意だが，最近，感染研は宮田さんや野村さんやホクソエムなど多くの研究者と協力して日本の超過および過少死亡数ダッシュボードというページを作っていて，そこではFarringtonアルゴリズムを使っているので（その経緯はこのページに書かれている），死亡数に仮定している分布が準ポアソン分布で負の二項分布ではないけれども，概ね比較可能と思われる。
• Rochman ND et al. "Ongoing global and regional adaptive evolution of SARS-CoV-2"（ProNAS，2021年7月20日号）は，地球レベルと地域レベルで現在進行中のSARS-CoV-2の適応進化についてシークエンス解析からこれまでの推移と今後どうなるかを論じていて，国際交通は激減しているのに，ヒトの国境を越えた接触による影響がウイルス進化に出ていることと，各地域で独自に多様化し，安定した地域特異的な変異株が形成される可能性を示して，変異株ごとにワクチンが必要になる可能性にまで言及している。
• FNS歌謡祭もそうだったが，音楽の日も，リトグリの「君といれば」は1番を飛ばした超短縮版で残念だった。
• 夕方になったので海を歩いてからアグロガーデン経由で夏野菜を買ってこよう。
• この信毎の記事は凄いし，故・芦部信喜氏の慧眼も凄かったと思う。「何らの節操もない為政者を選出して異とも感じない考え方が依然として改められず、相変わらずの被治者根性に支配されて主体の意識を取り戻さぬ限り、新憲法の下に再び過去の変改が繰り返される」と，麻生氏が2013年8月に口にしたようなムードが支配的な政権ができてしまったら憲法が形骸化される危険を日本国憲法が成立した後ほどなく見抜いていたとは。

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