【第962回】 採点など（2022年2月7日）

• 7:00起床。83.10 kg、97％、36.8℃。
• 入浴して残り湯を使って洗濯機を回しながら朝食。今日は採点を進めなくては。
• まずは2限のオンライン会議。工事は終わったようだが、まだ空調のスイッチが入らないので7階の研究室は寒い。
• 神奈川県の自主療養届出システムは明確にサーベイランスの信頼性を低下させるし、隠れた感染のチェーンを拡大する方向にしか働かないので、感染拡大防止にもマイナスだし、感染している可能性があってこのシステムを利用する本人（ボランティア）自身にとっても、急変したときに医療機関に優先的にコンタクトがとれるわけでもないから人道的にもダメな、誰も得をしないシステム。なんでこんなバカげたことを考えたのか謎。見なし陽性と混同している人が散見されるが、真逆なもの。
• 以前も書いたが、見なし陽性は、保健所の接触者追跡能力が飽和して対処指示が得られるまでの待ち時間が長い上に、検査オーダーが出てからもロジスティクスが不十分な日本の現状においては、濃厚接触があった有症状者を確定のための検査無しで医師が陽性と診断することにより、検査待ちのタイムラグの間の感染拡大を防ぐ方向に働くし、蔓延状態であればかなり高い確率で本当に陽性だろうと見込まれるし、サーベイランスにも捕捉されるので、感染者が多すぎて崩壊寸前の医療システムへの弥縫策としては悪くない。
• 東洋経済のサイトのRtの計算が、現在でも平均世代時間5日で計算されているため、ピークが異常に高くなってしまっている。オミクロン株が主だとすると、例えば韓国の接触追跡データから平均世代時間を推定したSong JS, Lee J, Kim M, Jeong HS, Kim MS, Kim SG, et al. Serial intervals and household transmission of SARS-CoV-2 Omicron variant, South Korea, 2021. Emerg Infect Dis. 2022 Apr [2022年2月7日参照].（Emerging Infectious DiseasesのResearch Letter、2022年2月2日）によると、オミクロン株の平均発症間隔が2.9±1.6日、中央値が3日なので、これが世代時間の代わりに使えるとしたらCoriら(2013)の方法でRtが推定できるし、東洋経済の方法で平均世代時間3日にして計算することもできる。やってみると、ピークのRtが3より少し低いくらいの値になる。また、Coriらの方法で最後Rtが1を下回っているように見えるのは検査の遅れによる過少報告の影響の可能性が高いので、収束し始めたと考えるのは早計だろう。
  
• Fox SJ et al. "Real-time pandemic surveillance using hospital admissions and mobility data"（ProNAS、2022年2月15日号）は、SEIRのバリエーション（発症前感染力あり状態とか、無症状感染力あり状態といったコンパートメントを考えている）のモデルを開発し、テキサス州オースティンでの入院データと携帯電話の移動データを使って、COVID-19のリアルタイム伝播と入院予測システムを作ったという報告。Appendixにモデルの詳細が書かれていて、データとコードはGitHubで公開されている。3/4はRで、1/4はC++で開発されたもののようなので、後で暇があったら試してみよう。
• 事務で尋ねたら、7階の空調が使えるようになるのは17日か18日とのこと。それまではラボに退避するか在宅勤務にするかだな。寒くて無理。

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