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2019-nCoVについてのメモとリンク

リンク集目次

時系列メモ目次

Made by Minato Nakazawa, since 6th January 2020, updated on 11th October 2020.

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鐵人三國誌から,2019-nCoVについてほぼ時系列でつけたメモを採録し,若干補足しています。なるべく公式発表や一次情報へリンク(以下のリンク集)するようにしています。後日整理するかもしれませんが,時間がないので,あまり期待しないでください。専門用語については感染症予防についての講義資料や,10年前に書いた「新型」インフルエンザ対策の公衆衛生学的視点が参考になるかもしれません。

筆者(プロフィール)は医療専門職者ではなく臨床は知りませんが,マラリアの感染症疫学についてはいくつか原著論文を書いていて,長年にわたり公衆衛生学と疫学を講義で教えています。2020年1月に出版された『わかる公衆衛生学・たのしい公衆衛生学』(弘文堂)で,「感染症の疫学」という章を分担執筆しました。

(2020年4月5日記)2020年3月30日時点での,この文書の日本語まとめ(2020年4月11日追記:日本語まとめ第2版;2020年7月17日追記:日本語まとめ第3版;2020年7月25日追記:微修正した日本語まとめ第3-1版)を作りました。短時間で概要だけ把握したい方はそちらをご覧ください。英語まとめも作成予定です(2020年4月11日追記:Summary in Englishも作りました)。

(2020年5月15日記)30年以上前からの友人である作家でジャーナリストの川端裕人君からこのページの内容についてインタビューを受け,彼の言葉でわかりやすく紹介してくださった「研究室」に行ってみた特別編がWebナショジオで連載されています。無料公開ですので,このページだけではとっつきにくいという方は併せてお読みください。

(2020年10月14日記)2020年10月11日に神戸大学大学院保健学研究科の市民講座の1つとして,対策と患者数推移の国際比較について喋ったので,そのスライドもリンクしておきます。

(COI表示)なお,筆者はこの文書による経済的利益は一切得ておらず,政府機関とも企業とも利害関係はありません。(2020年7月19日追記:これまで一切の金銭的利益は得ず,招待講演の謝金もその学会に寄付などしてきたのですが,断りにくい筋からの依頼で断りきれず引き受けてしまった次の週末25日の「2020 糖尿病・内分泌疾患ジャンプアップセミナー」講演は謝金が出るそうです。また,1月発行予定の医学系の雑誌「内科」からの依頼原稿は,数理モデルについての解説で,主な読者が臨床医だということなので引き受けましたが,やはり謝金が出るそうです)

リンク集

政府機関・国際機関等

学術情報

疫学論文

分子生物学/ウイルス学論文

臨床医学論文

時系列のメモ

以下は,ところどころ筆者のspeculationも入った,未整理の情報です。

新型コロナウイルス(2020年1月6日,11日追記 - 当該鐵人三國誌

日本ではあまり報道されていないように思うが,中国での原因不明の肺炎(リンク先はWHOのリリース)は,この段階での封じ込めに失敗するとPHEICになりかねないので,注意しておく必要があると思う。

大晦日の初発報告から1週間ちょっと経って,SARSともMERSとも異なる新型コロナウイルスが原因と確定し,とうとう死者が出た(1月11日初報)。大変心配。

インペリグループによる患者数推定(2020年1月18日 - 当該鐵人三國誌

毎日新聞でWuhanの新型コロナウイルスについて「英研究チーム」が感染者数が報告数よりずっと多いと推計したという記事が出たようだ(有料記事なので後半は読めていない)。発表したのはImperial CollegeのFergussonのグループでこれ。いくつかのシナリオで数理モデルで感染者数を推定しているが,おそらく1000人以上で,もっとも控えめな推計シナリオの95%信頼区間下限でも190人と書かれていた。筆頭著者のNatsuko Imaiさんは,感染症疫学の論文をいろいろ書かれている。二日熱マラリアの論文も書いてるのか。

患者数急増,西浦さんたちの論文(2020年1月20日, 23日追記 - 当該鐵人三國誌

中国当局が新型コロナウイルス感染者が200人を超えたと発表したそうだ(ProMEDによると患者198名,うち3名死亡だが)。たぶん隠していたわけではなく,発症と検出と報告には時間差があるということだと思う。インペリグループの発表が的中していたのは,ある意味当然か。

たぶん北大の西浦さんのグループも今頃は夜を徹して論文書いているだろうなあ。→(追記20200123)やはりそうで,インペリグループと類似の手法で中国国内での22日までのincidence推定をした論文がアクセプトされたそうだ。凄いなあ。

WHOはPHEIC宣言せず(2020年1月23-24日 - 当該鐵人三國誌

WHOはPHEICをまだ宣言しなかった。この文書によると予備的に計算したヒト=ヒト感染のR0が1.4-2.5,CFRは発表とともに変化しているが概ね2-3%くらいだから,どちらもSpanish Fluと同レベル。中国以外で患者が確認された国(タイ,日本,韓国,シンガポール,ベトナム)の患者は,これまでのところすべて中国で感染して移動してきた人で,まだ中国以外では持続的なヒト=ヒト感染が確認されていないからPHEICにならなかったが,ここに至って封じ込めはかなり難しくなってしまったように思う。

絶対リスクと相対リスク(2020年1月26日 - 当該鐵人三國誌

たしかギーゲレンツァーの本に書いてあったと思うが,絶対リスクと相対リスクの違いは重要だ。

統計学的には5%未満の確率しかない現象は滅多にないことだから偶然で起こるとは考えられない,という判定が下されることが普通だった。これは,逆に言えば,5%未満の稀な例外だったら判断が間違っていても諦めましょうという合意とも言える。医薬品の臨床試験で,副反応のリスクを評価する際に,有意水準を5%として検定し,有意差がないから実質的には安全と判定してしまうとしたら,そういう判定を下していることになる(2020年4月8日補足:厳密に言えば,副反応のリスク自体の大きさが許容可能かどうかについては,統計的有意水準とは別の,臨床的に意味のある基準値,例えば0.1%とか1%を超えないかどうかを調べるために十分大きいサンプルサイズでの臨床試験を行って,検定や区間推定を行う。ここでいう臨床的に意味のある基準値の設定は,その医薬品がもたらすメリットとのバランスも考える必要があり,例えば軽微な副反応リスクが10%あったとしても,がんが90%完治するような医薬品ならば許容可能であろう)。

しかし,化学物質の安全性などでは少し厳しい基準がとられていて,10万分の1とか100万分の1未満のリスクを許容可能とすることが多かった。急性感染症の重篤度の評価は,確定診断がついた患者中その感染によって死亡転帰に至った割合,即ちCFR(致命割合)で示されることが多いが,100%の狂犬病とか,数十%以上の高病原性鳥インフルエンザやエボラウイルス感染症に比べると,スペイン風邪や,現在流行中の2019-nCoV肺炎の2-3%という値は小さく感じられるかもしれない。けれども,まあ流行が根絶できなくても仕方ないかと思えるのは,CFRでいうと0.001-0.01%レベル=1万分の1から10万分の1レベルで,季節性インフルエンザとか普通の風邪くらいの低さが社会的に要求されると思う。

しかも,これらはすべて相対リスクの話であり,実際にそれらによって増加する死者の人数は,それらに曝露し(て発症し)た人口を掛けた値になる。それが絶対リスクである。分母が小さい高病原性鳥インフルエンザやエボラウイルス感染症に比べるとCFRはずっと低いが,世界に広まったスペイン風邪による死者は2500万人と言われている。

新興感染症(それまでヒトの病気としては存在しなかった感染症なので,誰も抗体を持っていない)がどれくらい広まるかはR0(基本再生産数: Basic Reproduction Number,周囲の人が全員その感染症への免疫がない状態で,一人の患者から平均何人の二次感染者が生まれるかを意味する値)によって予測できるが,エボラウイルス感染症やMERSではR0が1未満なのでパンデミックには至っていない。WHOが2019-nCoVの中国国内のヒト=ヒト感染におけるR0を1.4-2.5と推定したということから考えると,よほど迅速に隔離とか行動制限とかワクチン開発して大勢の人に接種するなど感染リスクを下げる対策がドラスティックにとられない限り(もちろん衛生水準や行動パタンが異なる他国ではR0はもっと低いかもしれず,1未満にできるならばパンデミックには至らない可能性もある。麻疹のように飛沫核感染するためR0が10を超えるような感染力だったら,ワクチンができてR0でなくRt[=実効再生産数]を1未満にすれば良い状況にもっていけない限り,ほぼ制御不能だが,このウイルスの感染力はそこまで高くない),このウイルスが広まってしまう可能性が高いことを意味する。

米国CDCは,CFRが季節性インフルエンザと同じ程度だった2009年のA型インフルエンザ(H1N1)pdmについて,米国内の1年間の累積罹患率が6100万人,死者が12470人という推定値を出しているが,これだけ多くの人が罹患してもそれほどインパクトが大きくなかったのは,ひとえにCFRが小さかったからだ。もしあの時と同様なパンデミックが起き,大雑把に考えて人口の1/5が罹患するとしたら,世界人口のうち14億人が罹患することになり,CFRが2%もあったら死者は2800万人という,それこそスペイン風邪に匹敵する大惨事になってしまう。R0をこれまでの推定値より小さくできてヒト=ヒト感染を抑え込むことができればまだ良いが,そうでなかったら,現在は存在しない治療薬を早急に開発してCFRを下げないと,絶対リスクとしてはスペイン風邪に匹敵する大惨事に至る危険がある。WHOは10日以内に再びPHEICにするかどうかの会議を開くとしているが……。

研究ラッシュが起こるかも(2020年1月27日(1) - 当該鐵人三國誌

今の感じからすると,A型インフルエンザH1N1pdm2009のときのような研究ラッシュが起こるだろう。

まだWHOが2019-nCoVと仮称で呼んでいて,正式名称が決まっていないので仕方ないのかもしれないが,Natureの動画がWuhan Coronavirusと呼んでしまっているのはまずい気がする。

ただ,NatureもScienceも特設ページは作っていないのは,正式名称が決まっていないからだと思う。それでも,NatureはEditorialといくつかのニュース,JAMAはViewpointを1つ掲載している。

BMJは既に特設ページを開設している。NEJMにはEditorial原著論文が掲載されている。Lancetも特設ページはないが,患者の臨床的特徴についての原著論文家族集積性があることからヒト=ヒト感染が示されるとした原著論文が載っている。

なぜ新感染症でなく指定感染症なのか? なぜ厚労省令でなく閣議決定なのか?(2020年1月27日(2) - 当該鐵人三國誌

日本政府は2019-nCoV感染症を指定感染症にする方針だという報道があった。

指定感染症に指定された疾病はほとんどないはずで(高病原性鳥インフルエンザくらいか),感染症法の第6条8『この法律において「指定感染症」とは、既に知られている感染性の疾病(一類感染症、二類感染症、三類感染症及び新型インフルエンザ等感染症を除く。)であって、第三章から第七章までの規定の全部又は一部を準用しなければ、当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあるものとして政令で定めるものをいう。』によれば,「既に知られている」ものでなくてはならず,今回の場合は,これまでの新興感染症がそのカテゴリに入ることが多かった新感染症(感染症法第6条9『この法律において「新感染症」とは、人から人に伝染すると認められる疾病であって、既に知られている感染性の疾病とその病状又は治療の結果が明らかに異なるもので、当該疾病にかかった場合の病状の程度が重篤であり、かつ、当該疾病のまん延により国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがあると認められるものをいう。』)の方が適切だと思う(まだ中国以外ではヒト=ヒト感染が起こっている証拠はないけれども,中国では人から人へ伝染することが明らかだし)。

敢えて指定感染症にするとしたら,たぶん第7条で指定感染症は他の条文を準用すると書かれているからか。

新感染症だと第15条で検体採取は知事の権限で強制できるし,第46条で入院勧告もできるが,第18条の就業制限が適用できないということなのか(そうだとすると,なぜ新感染症に対して就業制限できるという条文を作っておかなかったのかが謎だが)。厚労省のこのページだと新感染症が直ちに全数報告するカテゴリに書かれていないが,感染症法では新感染症も直ちに全数報告することになっているから,情報把握の面では指定感染症と変わりないしなあ。

しかし閣議決定すると報道されているが,厚労省の指定感染症についてという2007年の文書や,感染症の範囲及び類型についてというプレゼン資料でいう,厚生科学審議会の意見を聞いて「政令で定める」というときの「政令」って,厚生労働省令だと思うんだが。なぜ閣議決定なのだろう?

法律通りに考えたら厚生労働大臣の権限のはずだが。忽那賢志さんのような感染症専門医も指定感染症にすることに異を唱えていないので,何かぼくが勘違いしているのかもしれないが,素人代表としてこの2点(なぜ新感染症指定でないのか? なぜ厚生労働省令でなく閣議決定なのか?),メディアから質問してくれないかなあ。

コロナウイルスに対する個人防御(2020年1月27日(3) - 当該鐵人三國誌

TWEEDEESの沖井さんが2019-nCoVへの感染防御手段を知りたいとTweetしていたので,WHOのイラスト入り資料とハフィントンポストの高山先生の記事を紹介した。

ちなみにWHOのイラスト入りメッセージを簡単に日本語訳すると,

ということで,まあ当たり前のことばかりだが。

国内ヒト=ヒト感染発生(2020年1月28日 - 当該鐵人三國誌

2019-nCoVを指定感染症にすると閣議決定されたという報道。昨日書いた疑問はどのメディアも突っ込んでくれない。疑問に思わないのか?

国内でのヒト=ヒト感染が起こったという厚労省発表があった。これでWHOもPHEICを宣言せざるを得ないだろう。

関連して,本日18:00から,厚労省にコールセンターが設置された

今夜22:00からのクローズアップ現代+は新型ウイルス肺炎 封じ込めはできるのかという緊急特番で,既に患者数推定の論文を発表している,北大の西浦さんの研究室も出るとのこと。

内閣官房「新型コロナウイルスに関連した感染症対策に関する対応について」からリンクされている関係省庁による対応一覧の厚労省のところを見ると,「1月28日 新型コロナウイルス感染症を指定感染症及び検疫感染症と定める政令を閣議決定」と書かれているので,やはり厚生労働省令には違いないようだ。普通は閣議決定ではなく,厚生科学審議会の意見を聞いて厚生労働大臣が発令するものだと思うがなあ。

クロ現を視聴。北大取材は録画だったようで,今日の国内のヒト=ヒト感染例の話はスタジオでしか語られなかった。西浦さんたちのモデルによると,27日までに感染者数は2万人を超えている可能性が高いと語られていたが,モデルの外挿期間を延ばしただけなのか,新たなデータも加えて推定し直したのかは説明がなかった。たぶん後者と思うが。

西浦さんは,積極的疫学調査により感染した可能性が高い人を追跡することの重要性に触れた上で,中国ではそれが不可能なフェイズに入っているのではないかとコメントしていたが,今日発表された国内感染の方も,風邪様の症状が出てからもなかなか診断がつかず10日ほど仕事を含めて動き回っているので,接触した可能性がある人をすべて探すのは不可能に近いのではないか,とも思う。押谷さんが言われていたように,不顕性感染や軽症例が多く(つまり感染発症指数が高くなくて),そのような上気道感染している状態でも感染力があるのだとして,たぶんその後20%くらいの確率で重症化して肺炎を起こし,その10分の1くらいが死に至るという話なのだとすると最悪だ。その場合,スペイン風邪レベルの災厄にならないためには,かなりの社会インフラの制約をするか,早急に治療薬かワクチンを実用化するしかないだろう。押谷さんはSARSの場合にR0が高かったのはスーパースプレッダーのせいとも言っていて,そういう人への迅速な対処が大事と説明していたように思う。仮にスーパースプレッダーというハブホストが存在するのなら,ネットワークトポロジーとしてはスケールフリーネットワークだから,ハブホストをネットワークから取り除けばネットワークは容易に崩れるのだが,ランダムリンクなのにR0が1を超えているのだとしたら,その方が対処は難しい。

フォローアップセンター設置,緊急避難等(2020年1月29日 - 当該鐵人三國誌

渡航歴のない国内患者発生の意味についての忽那賢志先生の記事。ただ,この患者自身へのリンクは確かに辿れるだろうが,症状が出てから結構動いているので,積極的疫学調査によって接触した可能性がある人を同定・フォローするというのは,かなり難しいのではないだろうか。中国からの帰国者のうち武漢滞在歴がある人についてはフォローアップセンターで継続対応することにしたようだが。

フランスのevacuation。日本の緊急避難についての情報は,大変探しにくいが外務省のサイトにあった

北大西浦研からの2019-nCoVについての論文2本目についてのtweet。こういう状況だと新しい情報をフォローアップするだけでも大変なのに,こうやって世界と競って論文を出していくのは凄いなあ。

神戸大学の拡大防止のための対処。Twitterでも広報された。自宅待機を容易にすることは感染拡大防止のために有効だと思う。

2019-nCoVの検査キットについてWHOが1月14日付けで出した中間ガイドラインと,リアルタイムRT-PCRによる検出プロトコル

CDCに2019-nCoVの特設ページができていた。

文部科学省に新型コロナウイルスに関連した感染症対策に関する対応についてというページができた。今後は,大学の学生対応も,基本的にはここの指示に従うことになるはず。

岩田健太郎先生がtweetされているように,患者の人権は守られねばならない。公衆衛生学講義の「感染症とその予防」の回でも,最初のスライドで強調している点。

メルボルン大学Doherty研究所のチームが2019-nCoVの培養に成功したというニュースリリース会見動画

Johns Hopkins大学の患者マップと,その説明文

NY Timesの記事に載っているEcoHealth AllianceのDr. Peter Daszekの談話によると(その根拠となる原著論文は見つからなかったが),これまでタケネズミとかヘビという説もあった2019-nCoVの感染源は,SARSと同じくキクガシラコウモリであるという「やや強い証拠がある」とのこと。

厚労省の2020年1月のリリース一覧からリンクされているが,2019-nCoVの無症状キャリアの情報については,報道機関の情報よりもこのページの方が詳しいように思う。1月29日時点の世界の感染者情報もリンクしておく。

PHEICの宣言(2020年1月31日 - 当該鐵人三國誌

今朝のハフィントンポストの高山先生の記事をリンクしておく。

テレビで,WHOが2019-nCoVのアウトブレイクについてPHEICを宣言したという報道(それを受けた厚労省のリリース)。時間の問題だったが。

PHEICはIHR2005で規定された概念で,IHRの枠組みについてはこの厚労省の資料が参考になると思う。加盟各国政府は,ここからリンクされている附録に書かれている体制と能力を備えなくてはならず,日本は達成していると評価されているが,すべての国で2012年までに整備するという目標は達成できなかった。

去年のエボラもPHEIC宣言されたし,CFRが高いのでアフリカでは大きな問題だったが,それほど感染力が強くなくてパンデミックになる可能性は低かったので,たぶん多くの先進国にとっては,IHR2005に基づいた対応は続けていても,どこか対岸の火事だったと思う。2019-nCoVはCFRはエボラよりずっと低いが(とはいえ,現在の推定値だと季節性インフルエンザより2,3桁大きくスペイン風邪と同等),感染力が強いので,パンデミックになる可能性が高く,世界中どこの国にとっても他人事では済まされない。

メディアが死亡率とか致死率とか呼ぶことが多い指標,何度かCFRという略称を書いているが,正しくは致命割合(確定診断がついた患者のうち,その疾病で亡くなる割合)という。以前はCase Fatality Rateと呼ばれていた。しかし定義から明らかなようにRateではないので(分母が人時ではないので),最近の疫学者はRatioを推奨する人が多かったように思う。2009年のパンデミックインフルエンザのときは,分母を確定診断がついた患者で計算した場合をcCFR,症状がある患者で計算した場合をsCFRと区別しようという話もあった。2019-nCoVについて最近出た西浦さんたちの論文では,Riskとなっている。確かにRiskは疫学的にCumulative Incidenceと同じで,要因に曝露した人のうち観察期間内にイベントが起こった人の割合を示す用語なので,Ratioよりも正しい。

新感染症にしておけば新型インフルエンザ等対策特措法が適用できるのに(2020年2月2日 - 当該鐵人三國誌

新型インフルエンザ等対策特別措置法という法律が2012年成立2013年公布され,2018年改正が2019年6月から施行されていて,かなりラジカルな対処がとれるようになっているが(日本ウイルス学会のサイトにある,成立時の説明),この法律の対象は新型インフルエンザ等感染症と全国的に急速に蔓延する可能性がある場合の新感染症となっている。先日,2019-nCoVは指定感染症よりも新感染症にする方が筋なのではないかと書いたが,この特措法を使えば就業制限どころではない本格的な対策がとれるのだから,厚労省は新感染症に指定し直すべきと思う。未だにいろいろな性状が研究されている最中で,明らかになっていないことも多いのだから。

公衆衛生における社会防衛のための規制行政的活動は,個人の基本的人権の制限を含む場合も多いので,民間には許されず,都道府県知事など公権力によってしか実施されないし,その発動は法律で厳しく管理されている。現政権周辺の口からは緊急事態法を制定して迅速な対処などという世迷い言が出てくるが,それでは政権中枢が恣意的かつ選択的に広範囲に個人の人権を抑圧することが可能になってしまう。問題は全国的に急速に蔓延することによって社会システムの維持を危機にさらす可能性がある感染症への対処なのだから,既に成立している新型インフルエンザ等対策特別措置法が適用できるようにするのが筋だろう。なぜそうしないのか。

内閣官房の組織体制を強化する方針という報道だが,本当に専門家を呼ぶなら,政治家主導で制御しようとせず,その専門家が能力を発揮できる体制を与えてあげて欲しい(もっとも,現状への対処のためには,国際保健,災害対策,感染症の臨床を含む広い視野を保ちつつ,システマティックな考え方が迅速にできる,高山先生のような人が必要で,そういう人材は日本には少ないのだが)。そういう専門家を,内閣官房が「やってる感」を出すための権威付け用アドバイザーとしてしか使わないなら,無駄づかいになってしまう。個別分野の第一線の専門家は,疫学だったら研究を進めて信頼できるCFRやR0やRtや検疫のための隔離が必要な期間の推定値を出すことに貢献してもらうべきだし,ウイルス学だったらウイルスの遺伝子解析や病原性,このウイルスがどういう条件で上気道から肺に移行するのかといったメカニズムの解析,ワクチン開発などを進めて貰うべきだし,臨床だったら症例検討や治療法の検討を進めて貰うべきだろう。それら個別分野についての専門家を呼ぶなら,第一線を退いた方が良いと思う。

中国でA型インフルエンザウイルスH5N1亜型が感染した鶏が4500羽死んだというニュースが流れているが,H5N1は鶏から人に感染した場合のCFRが60%に達することから,「高病原性鳥インフルエンザ」として感染症法の2類に規定される全数報告疾患となっているものの,基本的に鳥類の病気であって稀にしか鶏から人には感染しないし,人から人への感染は一例もないのでR0が0であり,それほど恐れる必要はない。詳しくは10年前に作った講義資料「新型」インフルエンザ対策の公衆衛生学的視点をご覧いただきたいが,変異してヒト=ヒト感染を起こす可能性に対する警戒を怠ってはいけないが,鶏でのアウトブレイクだけならば,鳥類との濃厚接触を避ければ,まず安全である。現在の状況で,新型コロナウイルスよりも鶏でのH5N1の危険を煽るようなことを言う人は,まず間違いなく,感染症の素人である(あるいは,何か別の意図があるのか)。公衆衛生学の「感染症とその予防」の資料に載せたWolfe et al. 2007のフレームワークで言えば,高病原性鳥インフルエンザは第2段階なので,比較的対策は容易である。新型コロナウイルスはたぶん第4段階になってしまったので,対策はずっと難しいし,社会介入が必要になる。

1月28日に厚生労働省令が公布され,当初は10日が経過した2月7日施行予定だったが前倒しで2月1日(昨日)から施行されたことで,新型コロナウイルス感染症は,指定感染症であるだけでなく,検疫法2条3号による検疫感染症となった。このファイル中の参考資料にある通り,新感染症に指定しておけば検疫法34号2号により検疫時に隔離・停留もできるのだが,検疫法2条3号によるのでは,チクングニア熱,デング熱,マラリア,H5N1またはH7N9による高病原性鳥インフルエンザと同様,質問・診察・検査・消毒はできるが,隔離・停留は強制できない。どう考えても新感染症にするのが筋だったと思うが。

パニックやフェイクニュースに惑わされてはいけない(2020年2月3日 - 当該鐵人三國誌

感染症学会が1月29日付けで新型コロナウイルス(2019-nCoV)感染症への対応についてという文書を出している。感染症の専門家である会員に冷静な対応を求めるメッセージ。

Lancetに1月30日付けで載っている2019-nCoVのゲノム解析の論文はわかりやすい。

今朝のテレビニュースで話題になっていたフェイクニュースや不正確な情報に伴うパニックや差別や偏見の件,BMJに1月31日付けで載っている2つのOpinionでも取り上げられていた(Coronavirus -- we need to contain the parallel epidemics of xenophobia and misinformationIs reporting of the coronavirus producing viral panic?)から,日本だけの問題ではない。

中国以外での死者がまだ出ていないからと言って,病原性が高いのは中国固有の事情と判断することは(そういう言説を流している医師が散見されるが),まだできない。中国でも初の死者が出たのは1月11日のことで,当時の確定診断がついた患者数は41人だったので,CFRが2~3%という推定値と矛盾していないし,それは初発報告から10日以上経ってからのことだった。感染者が何十人というレベルに到達した国はまだ中国以外に無いし,国内二次感染者が出てから10日以上経った国もないので,日本で治療してもCFRが2~3%である可能性は,まだ否定できない(CFRが3%だとしても,20人中1人も死亡しない確率は18.3%ある)。先日書いた通り,この値はエボラやSARSよりずっと小さいが,季節性インフルエンザのCFRより2桁大きく,スペイン風邪レベルなので,決して病原性が弱いとは言えない(風邪の原因となるタイプのコロナウイルスとは全然違う。Lancetのゲノム解析論文の結果から見ても,遺伝的にはSARSコロナウイルスに近い)。

Johns Hopkinsのサイトがアクセスできなくなっている。代わりになりそうな患者数の時空間分布情報はEuropean Center for Disease Control and Prevention (ECDC)のページが見やすいように思う。WHOが毎日出している状況報告(リンク先は昨日付のもの)も参考になる。

コウモリに感染していたウイルス由来という論文(2020年2月4日 - 当該鐵人三國誌

昨日付けでNatureに載っていた論文(Zhou, P., Yang, X., Wang, X. et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7)は,2019-nCoVの起源について,患者5人から得られたウイルスの全ゲノム解析の結果,SARSコロナウイルス(SARS-CoV)とは約8割相同,コウモリに感染していたコロナウイルスの中に96%相同なものが見つかったので,たぶんコウモリ由来の新しいウイルスだろうとする論文。細胞に侵入するためのレセプターとしてはSARS-CoVと同じくACE2を利用していることも確認したとのこと。

多くの医師が軽症患者が見つかるようになるからCFRが下がると思っていて,メディアやSNSでそのようなコメントを拡散しているのが目に付くが,発症と死亡のタイムラグもあるので,中国と日本の治療水準(コロナウイルス肺炎に効く薬があるかどうかはまだ研究中で不明だし,重症化したときの全身管理の良さとかの話になると思うが)に大きな違いがないなら,CFRはそんなに変わらない可能性も小さくない。何度も書いたように2-3%というCFRは季節性インフルエンザより2桁以上大きいので,仮に1/10になったとしても,R0が2前後のまま広がってしまったら,社会には絶対リスクとして大きな影響がでる。これは当時既にインフルエンザウイルスに効く薬が存在し,CFRが季節性インフルエンザと同じかむしろ小さいくらいだったInfluenza(A)H1N1-2009pdmとはまったく違う点だ。感染症専門医の中でも,この辺りを正しく認識されているのは高山先生の発言しか目に付かない。

2019-nCoVのメモとリンク,先頭のリンク集と,後半の時系列メモの間に,感染症疫学の基礎の基礎みたいな説明を図入りでしておきたいところだが,今そんな時間はない。

WHOが状況報告第14報2019-nCoV患者の空間分布についてのダッシュボードを開発したことを報告した。Johns Hopkinsが既に開発して公開しているものと同じく,ArcGISのサーバを使ったシステムだが,微妙に数値が異なるのはソースにしているデータが違うのだろう。

指定感染症も全数報告なので症例の届出基準を定める必要がある。医師の届出基準の新旧対照表が出ていた。

北大の西浦さんのPress Conferenceがあった(20200428追記:すぐにvimeoからは消えてしまったが,YouTubeにはずっと残っている。"Asymptomatic ratio: 50.0%"と30分頃に出てくるスライドに表示されている)。英語だがわかりやすい発表だったと評判。(以下多少誤解していたので修正)従来のCFRに代えて感染致命割合(Infection Fatality Risk)の推定値が0.3-0.6%とのことで(JCMに掲載された第2弾によると,伝統的なCFRであるcCFRや,発症した人だけを分母とするsCFRでは,感染の半分が不顕性感染者から起こっているという推定結果からすると(20200228修正:この部分,この論文に書かれていたことではなかったので削除します)ナンセンスなので,不顕性感染者も含めた全感染者数を分母として計算された新しい指標値であり,実はCFRが低かったのだというわけではない),相対リスクとしてはあまり大きな値と感じないかもしれず,臨床のセンスだと大部分は軽症だと判断してしまうかもしれないが(無闇に検査対象を広げるなとか指定感染症の指定を外せという岩田健太郎先生や堀成美さんのtweetはそういうことだろう),この数字はアジアかぜと同等で,季節性インフルエンザや2009年の新型インフルエンザとは桁違いに大きい。IFRやCFRは医療水準の違いも吸収する数字なので,スペインかぜやアジアかぜの時とは医療水準が違うということは気休めにもならない。仮に5000万人感染してIFRが0.3%だったら15万人が亡くなることになり,一気に死因のトップ5に入ってしまう。ともかくリンクを辿れる間は封じ込めの努力を続けながら(もっとも,不顕性感染や軽症でも感染力があるという知見は確からしいので,公衆衛生行政としては,現状の水際作戦や移動制限にはあまり意味が無いと思われ,そのうちリンクを辿れなくなる前提で対策を考えておくべきだろう。たぶん高山先生ならその辺りわかっておられると思う),治療薬やワクチン開発の努力もし,重症化因子を特定し,重症化した人を収容できるだけの医療施設の体制を整える必要がある。現段階で2009年の新型インフルエンザレベルと思ってしまうのは間違っている。公衆衛生的には,こういう数字の感覚が大事だ。

香港の死亡例とクルーズ船の感染者報告(2020年2月5日 - 当該鐵人三國誌

香港でも1例死者が出たので,昨日の西浦さんたちの推定値は大きく変わる可能性がある(と思ったが,JCMの短報を見る限りではIFRの分子で中国の国内外で区別した推定をしているわけではなさそうなので,ほとんど影響なさそう)。流行初期には1例でも推定値に大きく影響する。

クルーズ船の乗客のうち10人から2019-nCoVが検出されたと厚労省からの発表があった。まだ検疫中なので,もっと増えるかもしれない。Johns HopkinsやWHOの時空間情報で,中国以外の患者数増加にはブレーキが掛かり始めたかのように見えたのは,一時的なギャップだったのかもしれない。引き続き注意が必要。とはいえ,一般人ができることは,人混みを避けること,なるべく不特定多数が触る可能性があるものには触らないこと,外出から戻ったら必ず石鹸で手洗いすること,体力を落とさないように節制した生活をすること(だから自分も食事と睡眠は最低限確保している),くらいしかないのだが。

さっき書き忘れていたが,もちろん,『病気は社会が引き起こす』の著者である木村知先生が言われる通り,風邪様症状があったら学校や会社を休んで自宅療養し(これは勤務先や学校が認める社会的コンセンサスさえできれば即時実行可能),重症化の兆しがあったら医療機関に電話で確認してから受診する(ここの部分はもっと医療側の体制強化が必要)のは前提。

IHR2005はグローバリゼーション前提で,人やモノの移動なしには世界中の人々の生活が成り立たないので,貿易や交通の制限は必要最小限に抑えつつ,犠牲者を増やさないために有効な対策をうつ,というものなので,WHO事務局長の発言は当然そういうスタンスになる。西浦さんの発表にあったように,既に半分くらいの感染が不顕性感染者から起こっているとしたら,症状がある人だけの移動を止める対策の効果はほとんど無いし,症状がない人まですべての中国との人口移動と物流を止めることはデメリットの方が大きいだろう(もっとも,もし,今後も世界的にCFRが2-3%であると判明したら,その限りではないが)。

「ただの風邪」言説はデマ。ヒトに感染する既知のコロナウイルスは6種類あって,うち4種類が「ただの風邪」の原因となり,残りのSARSとMERSが高い確率で急性の重症の肺炎を起こすものだった。2019-nCoVは新たにヒトに感染するようになった7種類目のコロナウイルスで,上気道にとどまって風邪症状で治る場合もあれば,肺に移行して肺炎になる場合もあるので,ただの風邪でもないし,SARSやMERSのようなものでもない。何度も書いているが,IFRが0.3-0.6%としても,風邪やインフルエンザより2桁大きい値である。ぱっと見ただけの一般人や臨床医は100人に1人より少なければ低リスクという印象を受けてしまうのかもしれないが,公衆衛生的には小さくない。

ゲイツ財団が新型コロナウイルス対策に1億ドル提供すると表明した。眠る前にWHOの記者会見のライブ中継を見ていたら,Tedros事務局長が歓迎の意を表していた(Tweetもしていた)。全速力でやるべき研究は,どういう条件で肺炎に移行するのかとそれをどうすれば防げるのかの解明と,肺炎になったときに効く薬の開発であろう。長期的にはワクチン開発が望ましいが,短期間では無理と思う。どれも巨額の金がかかるはずなので,ゲイツ財団の決定は大きい。Tedros事務局長は,いま対策を進めれば奏功する可能性もある,という主旨のことを何度も言っていた。

昨日の西浦さんの会見を取材して書かれた毎日新聞の記事がミスリードで,それがYahooニュースに載ったことから,臨床医などが「ただの風邪だった」という誤解を広めている。WHOがどういう対応を取っているかを見れば,「ただの風邪」でないし,2009年のパンデミックインフルエンザとも全然違うことは明らかだろうに。

2月4日付けで,2009年のパンデミックインフルエンザ流行時も示唆に富んだコラムを書いていたリスクコミュニケーションの専門家,Peter Sandmanが「封じ込めについてのリスクコミュニケーション―2019年新型コロナウイルス」というコラムを公開していた。

某新聞記事(2020年2月6日 - 当該鐵人三國誌

某新聞の1面に,この2日ほど取材協力していた記事が出たが,ぼくからの情報は3行しか使われず(名前も出てなかったし,別にいいのだが),臨床の専門家の情報の方が大きく使われていた。

なぜ数人しか診ていないのに100人中たぶん10人未満しかいない重症化について,普段健康な人なら心配ないと言ってしまえるのか謎だし,最初の41例についてLancetに載っていた臨床論文(この人たちは全員肺炎にはなっていた。うち27人は市場に行ったことがあるが,binom.test(27, 41, 0.5)でp=0.06なので,海鮮市場に行っていたかそれ以外での感染かも有意差はない)のTable 1を見れば,

はわかるので,この論文を読んでいれば,重症化するのは決して高齢者や持病のある人だけではないとわかるはず。

西浦さんが出した0.3-0.6%という値がIFRであって,これまで,ほとんどすべての場合,確定診断がついた患者数を分母,そのうちその疾患で死亡した数を分子とした割合またはリスクとして計算されてきたCFR(致命リスク。メディアや臨床の人は死亡率とか致命率とかいうが,疫学でいう率ではないので,疫学研究者なら,致命割合または致命リスクというはず)とは違うのだということを踏まえていない記述だったのも残念。

2009年のパンデミックインフルエンザのCFRの値が0.5%未満という書き方も嘘ではないがミスリードで,もっとずっと低いし。

メールで説明したのだが,従来のCFRであるcCFR,病院に行くほどではなくても症状があって感染力もある人を分母としたsCFR(これは2009年のパンデミックインフルエンザの場合に大きな意味をもっていた),無症状でも感染力があるということからすべての感染者を分母として今回定義したIFRの違いは,結局,記者の方に理解していただけなかったようで残念。この段階で臨床家に意見を求めるのは筋が悪いと思うがなあ。

タイではメディアに取材された場合,報道前のものを見せてくれて,サインしないと報道されないというルールなのだそうだ。日本もそうして欲しいなあ。新聞は見せられないのが慣例だそうだし,今回のように複数人に取材した結果を記者が取捨選択して記事にする場合は(正しく取捨選択する能力があるかは別にして),他の取材対象者が語ったことを見せられないのはもっともなのだが。

クルーズ船の乗客から新たに10人の検査陽性者が見つかったという報道(厚労省発表)。

クルーズ船ではアウトブレイクしていた(2020年2月7日 - 当該鐵人三國誌

クルーズ船の乗客中,新たに検査結果が判明した171名のうち41名が2019-nCoV陽性だったという厚労省のリリース。クルーズ船で検査を受けた合計273名のうち,61名が陽性だったということで,濃厚接触がなくてもかなりの確率で感染が広がる(追記:または,これまでの推定よりR0が高い場合がある)ことは明らかになったといえるだろう。封じ込めの難しさが明らかになった。

沖縄での検疫強化というニュース。日本国際保健医療学会西日本地方会の共同世話人の一人である垣本先生の写真が出ていた。検疫官を含め現場の人は大変なので,メディアは,こういう人たちが雑音に邪魔されず仕事しやすい環境を作ることに気を遣って欲しい。

(変異してさらに感染力が強いウイルスが広まること)それ自体はありうることです。一度感染すれば免疫ができ,かつ変異前のウイルスに対してもその免疫が有効ならば(cross immunityがあるならば),感染力が強い(おそらく患者の症状が軽くて動き回るからと考えられるため弱毒な)ウイルスの方が早く広まる可能性もあります。

ただし,2019-nCoVについて,感染後免疫がどれほどか,まだはっきりわかっていません。もし治癒後も再感染するなら,感染力が強い変異が起こっても,そちらが広まることと,現在の2019-nCoVの広がり方はほぼ無関係です。ましてやcross immunityについては変異が起こってみないとわかりません。この両方の条件を満たす可能性はあまり高くないと思います。

(…中略…)今回,感染力としてR0は1.4-2.5くらいで(人の集団の中で感染が継続するには1よりは十分に大きく),これが例えば4とか5であるような変異ウイルスが出現するとしたら感染拡大速度は高まりますが,そのメカニズムとしては,不顕性で排出するウイルスの量が多くなることによる可能性が高いと思われます。が,単位時間内にたくさんのウイルスが出るとしたら宿主に負荷がかかるので症状も出やすくなるはずなので,それはありそうになく,不顕性の時間が長くなるか割合が増える可能性しかないので,定義により弱毒化していることになりますから,感染力が高まることについては,あまり警戒しなくても良いのではないかと思います。

むしろ,現在メカニズムは未知ですが,不顕性感染者のうち重症化する確率が増えるような変異が起こる方が,IFRが上がるので被害は大きくなる可能性があって恐ろしいと思います。

とメールには書いたのだが,今日出たこの記事の最後の2行のようにまとめられてしまうのか……。最初の「どういう人が肺炎へと移行し重症化するのかまだわかっていない」は,確かにそう伝えたが。

ソロモン諸島の研究者仲間からの情報によると,1例でも新型コロナウイルス陽性者が出た国から,PNG経由でソロモン諸島へ入国することができなくなったそうだ(ここの情報によると,ヴァヌアツの方がまだ若干規制が緩そうだ)。ブリスベン経由なら今のところOKらしいが,今後どうなるかわからない。ミクロネシア連邦は緊急事態宣言を出していて,ここに書かれているように,日本から行こうと思うと,入国前に非汚染国で14日以上滞在する必要がある。SIDS外務省の説明)に含まれている太平洋島嶼国は,全身管理ができるような医療資源が整っているところは少ないので,本気で侵入防止するためには,症状の有無を問わず潜伏期間が過ぎるまで安全なところで待機,というのは合理的な対策のような気もするが,ハワイとかグアムがいつまで患者ゼロを保てるかは不明だし,保てなくなったとき安い米やラーメンの輸入が止まっても食糧不足に陥らないのか,という対策を各国が考えておく必要があるだろう。WHO西太平洋地域事務局(WPRO)の公式ジャーナルWPSARが2019-nCoVのSpecial Issueを出すということで,Call for Papersが出ていたが,たぶんこういう視点での論文も必要なはず。

Lancet Infectious DiseasesへのCorrespondenceで,Rが2.2という推定なら半分より少し多くの感染を防げばRを1未満にでき,もし症状が出る前に感染力があるのが本当ならそれは困難だけれども,その証拠はあまりなくて,仮に感染の20%が発症前の患者から起こっているとしても,80%の症状がある人を素早く隔離すればRを1未満にするのは可能だろうから,早期発見と隔離を効果的にやればパンデミックは防げるだろう,という意見が出ている。西浦さんたちの第2報では感染の半分が発症前の患者から起こっていて(20200229削除),不顕性の患者は発症した患者の10倍いてもおかしくないとされているのだが,読まれていないようで触れられていなかった。NEJMとScienceとProNASしか引用されておらず,JCMは(IFは5以上あるのだが)publicityが不十分なのだろう。しかしクルーズ船での陽性者数を見ると,このCorrespondenceは甘いと思う。

SEIRモデルでの推定(2020年2月8日 - 当該鐵人三國誌

昨日付でJCMに載っていたTang, B.; Wang, X.; Li, Q.; Bragazzi, N.L.; Tang, S.; Xiao, Y.; Wu, J. Estimation of the Transmission Risk of the 2019-nCoV and Its Implication for Public Health Interventions. J. Clin. Med. 2020, 9, 462.。SEIRのコンパートメントモデルで2019-nCoVのRを推定しているが,6.47 (95% CI 5.71–7.23)という高い値で,これは春節というイベントがあったことと符合しているとのこと。しかし接触者追跡をして検疫や隔離という効果的な介入を続ければ1月23日から2週間後にピークアウトし,介入しない場合よりずっと低い患者数にとどまるだろうし,北京への移動制限をすると,しない場合に比べて,北京の患者数は7日間で91%減るだろう,と書かれている。このモデルはEからIへの移行が固定パラメータなので,不顕性だったり症状が軽いのに感染力がある場合を考えていないのだが,Table 4によるとそれまでのデータを使って,このモデルで推定された1月23日から1月29日までの確定患者数は,実際の確定患者数と非常に良く合っている。逆に考えると,症状がなくても感染力がある,という人がかなりいることを仮定しない限り,中国での爆発的な広がりを説明するには,これほど高いレベルのRが必要になるということでもある。ただ,春節が終われば感染拡大は多少鈍化する可能性もあるし,そこで効果的な接触制限をすればRを1未満にできるという主張でもあるわけだが。

クルーズ船で新たに検査結果が出た6人のうち3人が陽性だったという厚労省のリリースが出た。

NHKスペシャルと東京新聞(2020年2月10日 - 当該鐵人三國誌

NHKスペシャルを見た。

忽那先生の数例しか診ていない時点での臨床的な印象に対して,東大のウイルス研究者や押谷先生が,大半の人は軽症なので診た症例が偶然軽症例ばかりだったのだろう,という含みで,重症化する人も間違いなくいるのだからまだ楽観視は早いと言われていたのは重要だし,西浦さんのコメントにあった潜伏期間中でも感染3日目くらいから感染力があると推定されるという話も重要だし,WHOの進藤さんが生中継でコメントされたのには驚いたが重要なコメントであった。

火曜深夜に再放送があるそうなので,2019-nCoVについて正しく理解したいと思うなら,見逃した人は見るべき。

普通に生活している人が予防としてできることが風邪予防と同じことしかない,ということを知らしめるのも重要かもしれないが,全世界的な公衆衛生対策の必要性を軽視させるようなコメントは,この時点では軽率と思う。

武漢以外では2019-nCoVのCFRが0.17%でインフルエンザの倍という東京新聞の記事だが,直接インフルエンザによる死亡数は年間1000-2000人程度と推定されている。インフルエンザの年間推定受診者数は1000万人程度(概ね確定診断がついた患者数と思って良いと思う)なので,インフルエンザのCFRは0.01-0.02%という計算になるが(おそらくIFRにしたらもう1桁小さい),どうして2倍と言えるのか? 津田さんのコメント「武漢の致死率が高い一番の要因は、多くいる軽症者が把握されていないからだ」は,むしろ武漢のCFRが普通のCFRに近いことを意味しているのではないか(もちろん医療体制が不十分で,それが整えば多少は改善するかもしれないが,Nスペで押谷先生が言われていたように,武漢の医療水準はそこまで低くないはず)。武漢以外では積極的に検査しているから軽症の人も無症状の人も把握されて,IFRに近い値になっているとも考えられるし,発症からの経過日数が武漢より短いから,まだ死者が少ないだけかもしれない。

この記事の「倍程度」は記者が考えたようだが(さすがに津田さんはそんなことは言わないはず),「厚生労働省によると、日本国内のインフルエンザ感染者数(推定)は、年間一千万人規模。感染がもとで死亡する人は約一万人とされ、致死率は0・1%程度となる」は,感染者数と推定受診者数を混同しているし,「感染がもとで死亡する人」というのは,インフルエンザの流行によって間接的に増える死亡をすべて含めて推定された超過死亡の話なので,2019-nCoVのIFR(に近い値)と比較するのはナンセンス(そもそも,超過死亡数を確定診断がついた患者数で割った0.1%という値には何の意味も無い)。

何日か前の日経の記事,英語版にもなっているとは知らなかった。

クルーズ船で新たに検査結果がわかった57名中,陽性は6名だったという,厚労省からのリリースが出ていた。

病床とか検査のインフラ(2020年2月11日 - 当該鐵人三國誌

Disaster Medicine and Public Health Preparednessというジャーナルから2019-nCoVについてのCall for paperメールが来た。特集号のエディタはDr. Stephen S. Morse

大学生を集めたNHKの2019-nCoV番組,無意味どころか有害な気がする。これならクロ現プラスとNスペの再放送をする方がずっと良い。

1月17日に厚労省が出した通知の附録に「疑似症サーベイランスチェックリスト」がついていた。

2月4日付けで更新された「病原体検出マニュアル 2019-nCoV」(国立感染症研究所)を見ると,ポジコンと特異的プライマーさえあれば,BSL2以上で扱えるし(三種病原体並みということか),RT-PCRの設備を持っている研究室(大学ならたくさんあるはず)なら検査可能に思われるが,守秘義務とか安全管理上の問題があるから簡単に委託はできないということなんだろう(自分でPCRやったことはないから確信はないが)。もし衛生研究所だけでは手が足りないというのが事実であれば,平時からバックアップ可能にするような協定を結んでおくと良いのではなかろうか。

厚労省は2月9日に自治体向け日本医師会向けに病床確保の協力依頼を出している。原則として感染症指定医療機関の感染症病床に入院させることは変わっていないが,緊急時その他やむを得ない場合には,個室(2019-nCoV患者同士は同室でも良い),トイレ別を条件として,それ以外の病床でも受け入れられる体制を作るようにという依頼。日本での封じ込めに失敗して数理モデルで予測される最悪の事態が起きたときに,医療体制がパンクしないために準備が必要。最終的には封じ込めできないとしても,そのための努力を続けることによって,ピークを後方シフトさせピーク患者数を少なく抑えることはできるはずなので,体制整備と封じ込め努力の両方が重要。

病名決定とインペリグループ第4報の衝撃(2020年2月12日 - 当該鐵人三國誌

2019-nCoVによる病名が「COVID-19」となった(WHOのtweet,このことを含むTedros事務局長からのメディアブリーフィング)。Johns Hopkinsの患者時空間情報のタイトルもCOVID-19になっていた。

クルーズ船第7報の厚労省リリース。

インペリグループの第4報が公開された。ちゃんと読んでみないとモデルの仮定などわからないが,これまで想定していたより高すぎ,この推定値が正しかったら大変なことになる。発症から治癒または死亡までの期間が平均約22日(右裾が長いので95%信用区間18-83日と18-82日)であることを考慮してパラメトリックなモデルを当てはめると,湖北省でのCFRが18%(95%信用区間11-81%),中国本土以外でのCFRがパラメトリックなモデルで5%を超え,ノンパラメトリックなモデルで1.2%(95%信用区間が0.9%から26%),たぶんIFRに相当する値を2つのモデルで推定し,0.9%と0.8%としている。

外務省の海外安全ホームページ>感染症危険情報>詳細。短期留学や研究者派遣・招聘などの国際学術交流はこの情報によって影響を受け,危険度2以上だと学生支援機構からの資金による事業はすべて停止されるとのこと。これも判断が難しいところだが,学生支援機構が少しでも安全な方に振った方針をとるのも理解できるから仕方ないか。航空券のキャンセル代が学生持ちになるのは気の毒なので,何か支援策が必要だろう。今後はそこをカバーできる保険に入っておくべきかもしれない。

先日の日経の記事は中文版もあるのか。

2019-nCoVはウイルス系統分類名としてはSARS-CoV-2と呼ぶことにしようと提言する論文。2019-nCoVだってユニークな名前だから,たかだか80%程度の相同性で,SARSとの近縁性を強調した名前にする必要はないと思うがなあ。ウイルスのtaxonomyってそういうものなんだろうか。

昨日付けで,西浦さんがEditorになったJCMのSpecial Issueに,Editorialの第3弾と原著論文1つが増えていた。

BMJのニュースが,英国政府が「2019-nCoVは公衆衛生への差し迫った重大な脅威」と宣言したことと,インペリ第4報を紹介している。

JAMAの2019-nCoV特設ページができていた。2月7日に出たClinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus–Infected Pneumonia in Wuhan, Chinaは,武漢でCOVID-19になって,1月1日から1月28日の間に武漢大学中南病院に入院した138人全員の臨床的な特徴を調べた論文だが,うちICUに入ったのは36人だったという。感染者中どれくらいの割合が肺炎になって入院するのかは,こういう臨床研究では不明だが,理論疫学の論文だとインペリグループも西浦さんも感染者のうち確定診断がつくのが1割くらいと考えているようで,1月に武漢で確定診断がついた患者は,たぶん,だいたい肺炎になった人ではなかったかと思う。まとめると,感染者の1割が肺炎になり,そのうち4分の1が重症化し,重症化したうちの1割弱が死亡する可能性があると考えると,IFRが0.25%となって辻褄が合う。インペリグループ第4報が正しかったらもっと高い推定値になってしまうのだが。

ハーバードSPH・Lipsitch教授のグループの報告から(2020年2月13日 - 当該鐵人三國誌

De Salazar PM et al. "Using predicted imports of 2019-nCoV cases to determine locations that may not be identifying all imported cases."(2020年2月11日掲載)は,中国以外での2019-nCoVによるCOVID-19症例が中国からの一日当たり旅客数の線型モデルで表せるという仮定と症例報告数がポアソン分布に従うという仮定に基づいたモデルを当てはめた結果,タイの症例数とインドネシアの症例ゼロという値が回帰モデルの予測区間より下に外れることを示し,タイを除いた当てはめ結果でもインドネシアは下に外れることから,未発見の症例があるのではないか(推定患者数は5人)と論じている。

この研究グループのリーダーは,インペリアルカレッジのProf. Neil M. Ferguson,北大の西浦博教授と並んで活発に感染症疫学研究を展開している,ハーバード大学SPHのProf. Marc Lipsitchで,1月28日に,感染症疫学における鍵となる課題と用語についてQ&A形式で提供した連ツイがtweetorialとしてハーバードSPHのサイトにまとめられていて参考になると思う。とりあえずざっと訳しておく(訳が変だなと思ったら原文をご覧ください)。

このアウトブレイクは,いつ,どうやって始まったのか?
  • nCoVのウイルス自体の解析から,2019年11月か12月に人に感染し始めたことが示唆される。ウイルス間の相同性から,動物から人に感染するようになったウイルスが1つかごく少数であることが示唆される。
  • 人々の旅行歴と曝露のデータと組み合わせると,ゲノムデータは輸入症例と国内感染例を区別する助けになる。中国以外の症例の大半は輸入症例だが,国内感染が報告され始めている。
患者数はどうやったらわかる?
  • 鍵となる情報源は医療施設と政府当局からの報告だが,アウトブレイク当初はたとえ診断が迅速に利用できても(nCoVについてのように),総患者数ははっきりしない。
  • アウトブレイクの流行中心地(武漢)で多くの患者が見逃されているけれども,海外旅行者ではほぼ100%検出されていると仮定すると,旅行者の症例発生率を一日当たり旅行確率と検出までの平均時間の組み合わせが,流行中心地における総患者数の推定に使える。
  • 症状を呈している集団の(理想的な代表的な)サンプルの検査を含む積極的サーベイランスは,総患者数の推定に使える。
R0は何を意味していて,それで何がわかるのか?
  • R0即ち基本再生産率または基本再生産数(訳注:かつては率としている教科書や論文が多かったが,最近の理論疫学では,数とするのが普通)とは,ある病原体がどれくらいの感染力をもっているかをまとめて示す値である。
  • R0は,全員が感受性である集団に1人の患者が入ったときに,その患者から感染が起こる平均人数である。もしR0>1なら感染者それぞれから1人より多い人への感染が起こるので,流行が起こる可能性がある。
  • R0は,現在感染している人々の総数については何の情報ももたない。病気の重症度の尺度でもない。たんに平均して1人から何人に感染が起こるかを教えてくれるだけで,その感染がどれほど重症化するかについては教えてくれない。
  • アウトブレイクの開始時点では,限られたデータに基づいて推定するので,推定が難しい。
どうやってアウトブレイクを封じ込める? 封じ込めを難しくしたり容易にしたりするのは何?
  • ワクチンや治療が利用可能になるまでは,薬剤によらない介入に頼るしかない。それには,症状のモニタリング,隔離,検疫のような,(患者と非患者の)接触を減らすための方法が含まれる。
  • 発症前あるいは症状がない状態で感染力があると,制圧は難しくなる。伝播が起こる前に同定されていなかったり,あるいは完全に見逃されている患者からでも感染が起こるかもしれないからである。接触者の検疫によってこの影響は減らせるかもしれないが,実現可能性と社会的自由という対価を払わねばならない。
新しい感染性病原体の重症例から軽症あるいは無症状の患者まで多様な臨床像全体を理解することが,なぜアウトブレイクへの公衆衛生対応に関連しているのか?
  • 入院や潜在的な致死につながるかもしれない重症例は,もっとも見つかりやすいし報告されやすい。無症状あるいは軽い症状の感染者は知られないままになりやすい。もしこれらの人(訳注:無症状や軽症の患者)が伝播に寄与しているなら,アウトブレイクの制圧は,より難しくなる。
  • 他方,もし軽症や無症状の患者が多くても,伝播にあまり寄与していないなら,ケアを要する患者数が減るし,感染したことによって少なくとも暫くの間は再感染に対する免疫が与えられるので,軽症や無症状の人は制圧の助けになるだろう。

ただの風邪という臨床医の言うことを信じる一般人が,手洗いなどできる防御への熱意を失うことで感染速度が上がることがまずいので,矢原さんがtweetされたことは的外れと思う。そう反論しておいた。

岩田健太郎先生のブログ? 記事だが,リンクが辿れているという前提でしか検査していなかったことによる報告漏れと潜伏期間の長さを無視しているのであまり意味のない計算と思う。

今日の散発的な報告例(厚労省のサイトにはまだない)から考えると,既に市中感染が起こっていてリンクが辿れなくなっている可能性は高いが,それでもなお,人混みを避けることや手洗いを励行することの継続によってRをできる限り下げ,ピークの高さを下げ時期を遅らせることが重要。

ぼくは医師でも放射線技師でもないから画像の見方は知らないし,この件はあまり自信はないが,武漢での病院の検査データから,肺炎を検出できるのは高解像度なCTでも半分強,普通のレントゲンでは1割ちょっとという報告も出ているので(流行初期に出た論文でもX-rayでは陰性だったという症例は多数あった),患者との接触の心当たりがあって38℃以上の発熱が続いているのに普通のレントゲンで肺炎の所見がないから2019-nCoVの検査をしないという医療機関(に対応した保健所?)の判断は不合理と思う。せめてCTを撮るべきではないのか。

死亡数の意味と重症化リスク研究への期待(2020年2月14日 - 当該鐵人三國誌

テレビをつけていたら,渡航医学の濱田先生が,COVID-19の致命割合がインフルエンザと変わらないという誤った情報を語っていた。その後の番組のコメンテータの玉川氏も同じ誤情報を語っていた(本当は2桁違う)。

岩田先生が死亡数で語るべきとtweetしているのは,そういう誤解やデマを避けるためには正しい方針と思う。ただし,死亡数は絶対リスクであって公衆衛生政策上重要だが,「感染者総数×IFR」か「確定診断がついた患者数×CFR」の結果として出てくる数字なのだから,それ自体を直接予測することはできないし,相対リスクがどうでもいいわけではない(絶対リスクと相対リスク参照)。

臨床の生データが論文でオープンにされているわけではないから,たぶん臨床論文を書いている著者グループにしかできないのだが,診断時または入院時のさまざまなデータ(白血球数とかCRPとかサイトカイン類とか,もちろん年齢とか基礎疾患の有無も含めて)から,ロジスティック回帰分析などで,その後重症化してICUに入るリスク因子や死亡転帰を辿るリスク因子を特定できるのではないだろうか。回帰式からROCをやって,AUCが十分に大きければ,診断時または入院時の血液検査データから重症化リスクが高い人を見つけるための最適カットオフ値も求められる可能性がある。誰かやってないだろうか。AUCが0.99くらいになる方法が見つかれば凄く意味は大きいはずなんだが。

厚労大臣が今日の会見で,「咳や発熱等の症状がある方で、特に高齢者の方、基礎疾患のある方についてはなおさらでありますが、症状に不安がある場合には、まずそれぞれの地域にあります帰国者・接触者相談センターにご相談いただきたい」と述べた。2009年のパンデミックインフルエンザのときに発熱外来に人が殺到して対応に時間が掛かってしまったことを反省し,外来窓口は公表せず,相談センターに電話連絡すると教えてくれる対応にしたとのこと(県の保健所のそれぞれ,地方中核市や政令指定都市の市保健所,県の疾病対策課に1つずつ回線が用意されているようなので,概ね二次医療圏単位での対応ということを意味する)。フリーダイヤルにした方が良いと思うが,現在は普通の電話だなあ。

クルーズ船の陽性者は昨日付けで公表された第8報によると,延べ713名を検査したうち218名とのこと。死亡後に感染が判明した80代女性,その方の娘婿であるタクシー運転手(発症は80代女性の方が早いが,人によって潜伏期間は違うので,この2人の間で感染が起こっていたとしても,向きは特定できない),和歌山県の医師千葉県の20代男性の情報も公表された。既にメディアでも言われているように,検査の範囲を広げたことによって一気に見つかっただけで,もっと広まってしまっている可能性は高いだろう。

官房長官もそうなのだろうと思うが,知らない人のために書いておくと,リンクが辿れない症例が見つかることは,流行していることのエビデンスとなる。厚労省サイトは消し忘れているだけだと思うが,まだ「我が国において、現在、流行が認められている状況ではありません」という文章が残っているからといって,それを根拠に青梅マラソンのようなマスギャザリングイベントを開くのは悪手過ぎる。少しでも感染者が含まれている可能性がある状態でマスギャザリングイベントをやったら,Rが高くなることは考えなくても明らかだろう。それによって患者数増加速度が高まり,重症化する人数もそれに比例して増えるはずなので,医療施設の収容能力を危険に曝すことになる。厚労省のサイト管理者は早く修正した方がいいし,青梅マラソン運営者は中止の決断をすべきと思う。

何度も書いているが,高齢者や基礎疾患がある方は,COVID-19に限らず,すべての病気が重症化しやすいハイリスクグループなのであって(もっといえば,免疫が弱かったら感染自体もしやすくても不思議はない),COVID-19の重症化に気をつけなくてはいけないのは,この方たちだけではない臨床系の論文から,高齢者でなくても,基礎疾患がなくても,無視できない割合で重症化してICUに入っていることは,1月24日時点で既にわかっている。専門家としてメディアに登場する方や政治家は,「高齢者や基礎疾患がある方はとくに気をつけて」というのではなく,すべての人の感染リスクを減らすような行動を呼びかけるべき。人混みに行かない(マスギャザリングイベントは緊急性がなければ中止するかオンライン化する。延期するだけでもエピデミックカーブのピークを後ろにずらせるしピークの高さを下げることができるので,医療施設のキャパシティを超える患者増加の回避に寄与する)とか,風邪様症状がある方は,できる限り外出を避ける(公共交通機関の利用やイベント参加はしない。仕事も休む。どうしても外出しなくてはいけないときは鼻と口を覆うマスク必須)とか,石鹸での手洗いやアルコール含浸シートで手を拭うとかいったことを継続するのが大事。

専門家会議とパンデミック予測(2020年2月15-16日 - 当該鐵人三國誌

官邸の新型コロナウイルス感染症対策本部で,2月14日に開催された第9回会議(議事次第と資料)で,漸く専門家会議の招集が承認された。構成員は決まったが,まだ会議自体は行われていない(Skypeなどオンラインでいいので迅速にやった方が良いと思う)。東北大学の押谷先生がメンバーに入っているので,専門家として必要なことを主張してくださるだろう。政府は専門家の発言を正しく受け止めて必要な対策をとってほしい。できれば,C型肝炎を専門とするウイルス学者である脇田先生よりも,尾身先生か押谷先生が座長をされた方が良かったと思うが。

ハーバードSPHの感染症疫学のMarc Lipsitch教授が,パンデミックの結果,世界の人口の40-70%が感染するという予測(このtweetから始まる連ツイで理由を説明している)を出している。

パンデミックが起こると予測する理由として挙げているのは,

(1)既に中国の多くの場所と世界の多くの国で二次感染がかなり起こっている,

(2)例えばSARSよりも感染規模は遥かに大きい,

の2点で,まあそれはたぶんそうだろう。それどころか,既に(未検査の人も含めた確定診断がついていない感染者も含めれば)パンデミックになっていると言えるだろう。

40-70%の根拠としては,単純すぎる数理モデルでR0が2-3という条件で推定される80-90%という範囲は現実的でなく,より現実的なミキシング(人々の混ざり方)を想定し,おそらく季節性の助けも借りれば,もう少し下がるだろうが,CDCが2007年に出したパンデミックインフルエンザの影響緩和のためにコミュニティがとるべき戦略についての文書(このFigure 1に挙げられている,コミュニティの緩和目標は重要。なぜ完全にはできなくても封じ込め努力も続けるべきかわかるはず)によると,1968年のパンデミックインフルエンザは世界人口の40%が発症し,1918年のパンデミックインフルエンザ(スペインかぜ)は30%と推定されているが,これらのR0は2019-nCoVより低いと思われる,という点を挙げている【注:Lipsitch教授は書いていないが,IFRが西浦さんたちが示した0.3-0.6%,あるいは有効な治療が見つかるか,他地域では武漢よりうまく全身管理ができると期待して0.2%まで下がるとしても(途上国では逆に全身管理がうまくできず救命可能性が下がってIFRが高くなる可能性もあるが),世界の人口の半分が感染したら,35億人×0.2%=700万人の命がCOVID-19で失われることになる。仮にインペリの第4報で示されているIFRが1%(0.5-4%)という値が正しいとすると,CDCの分類でカテゴリー4であり,死者3,500万人となってスペインかぜを超えることになる。それは絶対に避けねばならない】。

Lipsitch教授は,続けて,40-70%が感染するシナリオを起こらなくするのは何か? についてもtweetしている。

(1) 武漢の状況が他の場所の状況とはいくつかの点で本質的に違っている場合(その可能性があると信じる理由はないが)。

(2) R0の分散が大きくスーパースプレッダーが存在した場合,武漢以外の場所では運良くR0が1未満になるかもしれない(Grantz K, Metcalf CJE, Lessler J (15th Feb 2020) Dispersion vs. Control.参照),もしそうならパンデミックは避けられる可能性が高い。Lipsitchのグループの論文に示したように,輸入症例が出ていてもおかしくないはずなのに未報告の国もある。

(3) 準備期間が十分にあった国々で,対策手段がきわめて効果的に働く場合。そういう国は少しはあるかもしれないが,すべての国で可能とは思われない。

(4) 現在予測しているよりも季節性要因が強力に伝播を減らす場合。しかし南半球の国には意味が無いし,中国の現状と合わない。

以上4点の可能性が低いことから,Lipsitch教授は40-70%という予測を出している。同時に,予測は間違っているかもしれないし,そうなることを強く望んでいるが,準備はしておいた方がいい(Predictions can be wrong and I very much hope this is, but better to be prepared.),とも書いている。次のステップとしてできることは,患者追跡,さらなる伝播を防ぐための介入などの緩和方策(人道的な方法で安全になされなくてはいけないが旅行制限なども含む)を通して時間を稼ぎ,治療法やワクチンが開発されるのを待つことだとも言っている。概ねその通りと思う。

それにしても,厚労省も対策本部も動きが遅すぎる。青梅マラソン京都マラソン北九州マラソンのようなものもそうだが,岡山で行われた「はだか祭」のような伝統行事は,運営者の中に中止すべきと思う人がいても声を上げにくい空気があるだろうし,これまで開催のための準備を多方面で進めてきた努力を無駄にするなといったことを含めたさまざまな開催圧力があるので,何か強力な根拠がないと中止しにくい。当局が迅速に市中感染が起こっている状況を認め,少しでも感染拡大を遅くするために,マスギャザリングイベントはできる限り中止または半年くらいの延期をするように提言すべきだろう。専門家会議を16日夕方に開いてから状況判断するというのは,いくら何でも遅い。ビデオ会議くらいできるだろうに。

Facebookに高山先生が書かれた記事と図は見やすいと思う。専門家会議の構成員名簿に名前は載っていないが,高山先生も招集されているようだ。

インペリグループ第5報(2020年2月15日)は,SARS-CoV-2(2019-nCoV)の既発表53サンプルの遺伝子配列データを系統解析した結果から,これらのウイルスの共通祖先は2019年12月8日(95%CIが11月21日~12月20日)に発生したと推定されたと書いている。さらに,系統解析の結果と指数成長を仮定した集団遺伝学的モデルと整合性があり,さらにSEIRモデルを当てはめる際のIにおいて感染力に大きなばらつきがあるとすれば,2月3日時点までの感染者数は,R0の過分散の水準がどれくらいかによって大きく変わる,とも書かれていた。もしR0のばらつきが大きいなら,Lipsitchのtweetで40-70%のパンデミックが起こらない条件の(2)が満たされる可能性があるという意味で,多少希望がもてる報告と思う。

今日行われた対策本部の第10回会議資料(15分しかされていないので,厚労省提出資料のブリーフィングがされただけのようだ)。専門家会議の資料や議事録が出てくるのを待ちたい。

厚労大臣と専門家会議座長の会見動画を見たが,意思疎通が不十分だし,座長がC型肝炎ウイルスの専門家であるせいか,各専門家から出た話を未整理なままに羅列しただけであるために,会見内容が内部矛盾を含んでいてリスコミとしてダメダメな感じ。やはり座長は尾身先生か押谷先生がされるべきだった。

JCM論文でもcCFR推定値が高かった(2020年2月17日 - 当該鐵人三國誌

JCMの特集号にJung, S.-M.; Akhmetzhanov, A.R.; Hayashi, K.; Linton, N.M.; Yang, Y.; Yuan, B.; Kobayashi, T.; Kinoshita, R.; Nishiura, H. Real-Time Estimation of the Risk of Death from Novel Coronavirus (COVID-19) Infection: Inference Using Exported Cases.(2020年2月14日掲載)が出ていた。2つのシナリオ([1]12月8日に1人だけの発症者から流行開始,[2]2020年1月24日までに報告された20人の輸出症例に基づいた他のパラメータも利用)でMCMCで推定しているのだが,cCFRが[1]で5.3% (95%CI: 3.5-7.5%,以下同じ),[2]で8.4%(5.3-12.3%)と,インペリグループの第4報告に近い高レベルだし,R0も[1]で2.1(2.0-2.2),[2]で3.2(2.7-3.7)と推定されている。このことから,COVID-19はパンデミックを起こすかなりのポテンシャルがある,と結論している。

ちなみにパンデミックとは,疫学講義の資料の3枚目のスライドに書いたが,疫学辞典では「世界中あるいは数カ国の国境をまたぐ非常に広い範囲で起こる流行(epidemic)で,通常,多くの人々に影響するもの」と定義されている(epidemicは常在している状態のendemicに対比される語で,普段はないか非常に稀な病気の発生数が急に増えることを指し,アウトブレイクは規模の大きいepidemicという定義が普通である)。ちなみに,WHOの定義は,2009年のパンデミックインフルエンザ流行前は,誰も免疫をもっていない新しいウイルスの出現により世界中で同時に流行が起こり,膨大な死者と有症状者が出ることとなっていたが,2009年のパンデミックインフルエンザはCFRが低く重症化した人も少なかったため,流行後,「膨大な死者と有症状者が出ること」は定義から削除されている。

Lancetに2月12日付けで載っていた2019-nCoVに罹った妊婦と新生児9組についての臨床報告は,数が少ないし,全例が妊娠後期で帝王切開での出産例。だから著者もタイトルを「子宮内の母子垂直感染の潜在的可能性について」としているし,要旨にも,限られた数のデータだが9例いずれも臍帯血や母乳などを含め2019-nCoVは検出されなかった,と書かれている。この報告からは,途上国で妊婦が感染した場合のリスクについてはほぼ何も言えない点に注意。

BMJのプレプリントサーバのコロナウイルステーマの論文集。さっき見たら77論文もあった。西浦さんもシリアルインターバルの推定値についての論文を出していた。

2019-nCoVの検査対象が拡大された(厚労省からの各都道府県,政令市,中核市,特別区の衛生局宛て通知,2020年2月17日付け)。条件追加によって事実上地域縛りを外したのは正しいし,フローチャートになっていて見やすい。

検査対象拡大もそうだが,専門家会議を踏まえて出てきた,相談・受診の目安も良いと思う。テレビや新聞でCOVID-19を扱うときは,いつも最初にこれを流すべき。今日厚労省サイトに掲載されたこれに書かれていることも悪くないが,「新型コロナウイルスを防ぐには」というタイトルは変。

JCMの特集号,さらに今日付けで原著論文Linton NM, Kobayashi T, Yang Y, Hayashi K, Akhmetzhanov AR, Jung S-M, Yuan B, Kinoshita R, Nishiura H. Incubation Period and Other Epidemiological Characteristics of 2019 Novel Coronavirus Infections with Right Truncation: A Statistical Analysis of Publicly Available Case Data. Journal of Clinical Medicine. 2020; 9(2):538.も出ていた。これも西浦さんのグループの研究。RとJuliaとStanを使って,発症から入院までの日数にガンマ分布,発症から死亡までの日数に対数正規分布,入院から死亡までの日数にワイブル分布を当てはめたようだ。すべての解析コードはhttp://github.com/aakhmetz/WuhanIncubationPeriod2020で入手できると書いてあるのだが,まだ掲載されていないのは若干残念(2020年3月31日追記:論文発表の数日後には掲載されていた。わかっていたが追記し忘れていた)。この研究のポイントは,要旨にも書かれているように,潜伏期間が平均5日(95%CI:2-14日)と推定されるので,検疫期間は少なくとも14日とるべきと示唆している点と,発症から死亡までの日数の中央値が13日(右側切り捨てを考慮すると17日)あるので,(とくに流行初期は)ある時点での死者数を確定患者数で割るのではCFRを過小推定してしまうという点。これは査読付き原著論文なので掲載までに時間が掛かっていて,IFRが0.3-0.6%という推定をした研究は,時期的にはこれより後だと思われる。

都道府県別新型コロナウイルス感染症患者数マップというページを大濱崎卓真さんという方が作っていらっしゃるのだが,これは本来なら厚労省が作るべきページではないか。これまでも厚労省サイトに載るよりもメディアが報じる方が早く,数時間から1日程度の遅れがあったが,信頼できるデータ公開チャネルは公的機関に集約された形で備えるべき。他に二次公開されるのは構わないが,ここを見れば信頼できる最新の情報が入手できるというデータベースを,厚労省か感染研の感染症情報センターが公開し,リアルタイム更新して欲しい(できれば日本語と英語で)。IHR2005のためWHOとの情報交換を24時間やっているはずなので,それを同時に登録するデータベースを作ってアクセス可能にしておけば良いだけだと思うんだが。

第1回専門家会議の厚労省提出資料と,会議で出た意見を反映させた議論の方向性等。議論の方向性に関して,前者では「国内発生早期」と書かれているが,後者ではその文言が消えている。たぶん尾身先生や押谷先生がコメントされたのだと思うが,こういう議論になったのであれば,昨日の座長のコメントはおかしいし,内閣官房や厚労省のページから「我が国において、現在、流行が認められている状況ではありません」という文言は可及的速やかに削除すべきだろう。

米国インフルエンザはコロナではない(2020年2月18日 - 当該鐵人三國誌

CDCの2月14日のpress briefingを聴くか読むかして,米国のインフルエンザ流行が実は新型コロナかも?という見出しは酷い。2つのメッセージを混同している。CDCからの発表は,これまで封じ込めには成功しているが,今後の感染拡大に備えて,(中国渡航歴や感染者との接触がなくても)インフルエンザ様症状を呈する人に検査できるようにするため,5カ所の保健センターに検査できる仕組みを整備したという話と,12月はB型,途中からA(H1N1)が主なインフルエンザによる患者や死者が増えていて,公衆衛生上の大きな危機であるという話。2つは別の話だ。そもそも2800万人は確定診断がついた人の推定人数だから,もし全員がCOVID-19だったなら死者は56万人を超えるはずで,14000人では済まない。CFRが0.05%というのも,日本のインフルエンザのCFRである0.01-0.02%よりは高いが,米国は格差が大きくまともに医療を受けられない人もたくさんいるので,乳児死亡率も高いし平均寿命も短い国なので,インフルエンザのCFRとしても不思議はない。もちろん,1月中旬以降にインフルエンザ患者と診断された中に2019-nCoV感染者が少しはいるかもしれないが。

アジア人男性が重症化ハイリスクとわかったという話も見かけるが,元になった論文は,成人8人の肺の細胞43,134個それぞれについてRNA発現を調べた研究で,2019-nCoVが細胞に侵入するときのレセプターとなるACE2を発現している細胞の割合が,細胞ドナーの年齢や喫煙とは関係なく,男性2人では1.66%であったのに対して女性6人では0.41%(U検定でp=0.07。なぜ二項検定でなくU検定なのか不明だが)であり,1人のアジア人男性ドナーで2.50%だったのに対して白人とアフリカ系アメリカ人では0.47%だったから,この違いが新型コロナウイルスパンデミックとかつてのSARS-CoVパンデミックがアジアに集中していることを説明するかもしれない,と書いているものだ。この結果からアジア人男性がハイリスクという一般化をすることが馬鹿げているのは,説明するまでもないと思う。

専門家会議の意見がやっと反映されたのか,官邸や厚労省の「国民の皆様へ」から,「我が国において、現在、流行が認められている状況ではありません」が削除された。

岩田先生がダイヤモンドプリンセスに乗り込んで追い出された経緯を日本語と英語でYouTubeで報告されていて,凄い勢いで拡散されている。ダイヤモンドプリンセス内の指揮系統が混乱しているというか,システマティックに対処できていないことはわかる。東日本大震災のとき,石巻市の医療がうまく運営し続けられたのは,事前に業務分担してシステマティックに動ける組織を作って訓練していたから,と石井正先生の著書に書かれていたが,感染症アウトブレイクは一種の災害なので(という視点ではDMATが入るのはわからないでもないが,通常DMATは発災後2~3日以内の超短期対応を担当するので,現状ダイヤモンドプリンセスにDMATが対応するのは原則的にはおかしい),組織的対処が必要だ。しかし,FETP修了者のネットワークがそのように活用できるのかといえば,たぶん権限も無ければ指揮系統が独立して動ける形になっていなくて,岩田先生の動画から推察されるように,政治家から厚労官僚を通じた横やりが随時入るのだろうから期待は薄い。公的資料に名前が出てこないのに厚労省に招集されているらしい高山義浩先生は,たぶん対策本部に毎回厚労省から提出している資料をまとめる作業をさせられているのだろうが(政治家しかいない対策本部に,この資料が15分だけ毎日報告されているという事実は,災害にも感染症にも素人で,自分の言葉も持っていない政治家たちが,専門家より上の立場で指揮を執りたがっていることを意味する。人間は権力に従って黒いものを白く塗ることさえするかもしれないが,ウイルスは忖度もしてくれなければ命令にも従わないので失敗はそのまま露呈する),もし本当にその仕事をさせられているのだとしたら(憶測に過ぎないが),高山先生には役不足も甚だしい。以前から書いているように,佐久総合病院で地域に寄り添う医療を実践され,世界中の被災地や紛争地での救援医療にも長年携わってきているのでギリギリの状態での交渉もできれば臨機応変の判断もでき,沖縄県立中部病院で感染症専門医としても経験があって,それらの経験を語る言葉ももっている高山先生こそ,この場の指揮者に相応しいと思う。事前準備がないし組織もない状態で指揮をとれと言われても困るかもしれないが,下働きをするよりは指揮権をもつ方が,高山先生の力を生かせると思う(SNS等で,元厚労省,とするコメントが散見されるが,2009年の新型インフルエンザのとき,佐久総合病院から対策室に呼ばれて出向していただけで,官僚ではないし医系技官でもない。今回も招集されて出向しているだけで,本当は沖縄に戻りたいだろう。そう思ってこれまであまり触れずにいたが,ご本人がFacebookで岩田先生の乗船に際して果たした役割を発表され,「権限はない」と繰り返されていた点から考えると,たぶん覚悟を決められたのであろう。大御所や官僚や政治家とも喧嘩をせずに対話ができ,最悪の事態を常に視野に入れながらネゴシエーションができる専門家として,国は高山先生に指揮権を委ねるべきだと思う。昔の政治家だったら,信頼できる専門家に全権委任して,責任は自分が取る,というような人がいたと思うが,今の政治家は逆なのが悲劇だ)。

西浦さんがFacebookで,Grantz K, Metcalf CJE, Lessler J (15th Feb 2020) Dispersion vs. Control.を紹介して,パンデミックを避けられる可能性が出てきたかも,と評価しているのだが,ハーバードのLipsitch教授は,同じ論文を見た上で,武漢以外ではR0<1にできる可能性があることを踏まえた上で,その可能性は低いので世界人口の40-70%が感染するパンデミックになるだろうと2日前に書かれているので,まだどちらに転ぶかわからず,対処の手を緩めてはいけない。蔓延期になってからマスギャザリングを止めるのでは遅く,蔓延状態になるのを防ぐためにマスギャザリングはできる限り避けるべきだと思う。

感染研で公開されたDP乗客乗員データ(2020年2月19日 - 当該鐵人三國誌

昨日付でプレプリントサーバに公開されていたWang Q et al. Clinical diagnosis of 8274 samples with 2019-novel coronavirus in Wuhan。武漢大学人民医院を1月20日から2月9日までに受診した濃厚接触者8274人の臨床診断結果をまとめた論文。検査を受けた人の年齢中央値は47歳(範囲は32-62歳)で,男性が37%。鼻咽腔塗抹標本は全員から採取し,63人(年齢中央値62歳,65.1%は男性)からは同日の喀痰標本も採取している。613人(年齢中央値51歳,49.5%は男性)については,13種類の疑わしい呼吸器感染症病原体についても検査し,そのうち316人(年齢中央値56歳,男性51.6%)については同時に2019-nCoV検査もしている。リアルタイムRT-PCR検査の結果,2745人が2019-nCoV陽性,5277人が陰性であった。残り252人は2つの2019-nCoV遺伝子のうち片方しか検出されなかったので診断がつかなかったため,不確定群とした。陽性群,陰性群,不確定群のそれぞれについて,年齢中央値は56,40,52歳であり,ダネットの多重比較で,陰性群の年齢は陽性群,不確定群のどちらと比べても有意に低かったが,陽性群と不確定群の年齢に有意差は無かった(注:ずっと中央値で話をしているのに,しかも3群のうち2群ずつ総当たりで比較しているのに,ダネットを使うのは不適切で,Rならばpairwise.wilcox.test()を使うべきだろう)。男女別の情報が謎で,男性2485人のうち陽性882人,不確定61人,女性3376人のうち陽性999人,不確定74人で,男性の方が女性よりも有意に陽性割合が高かった,と書かれているのだが,病院サンプルで性別不詳がそんなに多いとは思われないので,どうも数字が信用できない。というわけで,これ以降は読むのを止めた。たぶん修正されるだろうから更新を待つべきだろう。

時間もなかったし,学術的な報告もなかったし,詳細な状況も公開されていなかったので,これまでダイヤモンドプリンセスというクルーズ船の乗客についてはあまりちゃんと見ていなかったのだが,感染研のサイトで(いまのところポータルページからはリンクされていないのだが),"Diamond Princess"とsite:niid.go.jpでGoogle検索すると見つかるField Briefing: Diamond Princess COVID-19 Casesというページが2月19日付けで公開されている。

この船は1月20日に横浜を発ち,鹿児島,香港,ベトナム,台湾,沖縄に寄港し,2月3日に横浜に帰ってきたが,1月25日に香港で降りた乗客が,実は1月19日から咳の症状があり,2月1日に2019-nCoVに感染していたことが確認されたことから,2月3-4日に全乗客・乗員の健康状態が検疫官によって質問紙調査され,症状のある乗客・乗員及び彼らとの濃厚接触者については呼吸器からの試料が採取された(2月11日以降,検査能力と検疫官の拡充により,80歳以上の高齢者と基礎疾患がある人から順に検査対象を拡大した)。2月5日にラボで確定診断がついたCOVID-19症例が出たため,当日午前7時から14日間の検疫のため,乗客は船室にとどまるよう求められた。以上の経緯はよく知られているが,この報告は,検査対象者や陽性者の年齢や検出日などを初めてまとめて報告したものになる。

2月5日時点で乗船していた3711人(乗客2666人,乗員1045人)の14.3%にあたる531人が,2月18日時点で2019-nCoV陽性であった(有症状276人,無症状255人。年齢別陽性割合を見ると,50代以上で10%を超え,70代と80代では20%を超えている)。そのうち発症日がわかっているのは184人で,うち33人は2月6日より前に発症していた。残り151例のCOVID-19患者について,乗客と乗員別々に,発症日順の発症数の棒グラフが載っていて,エピデミックカーブはピークを超えて,ほぼ終息しているように見えるし,このField Briefingの予備的な結論でも,船内での感染の多くは検疫が始まった2月5日より前に起こった明白なエビデンスが得られたとされている。

もっとも,今日も新たに陽性と診断がついたケースが607名分のサンプルのうち79例あったと報告されていて,そのうち68例は無症状だったとのことだが,11例の有症状の方がいつ発症したのかはわからないので,Field Briefingで発表されている情報だけでは,本当に2月5日以降の感染を止めることができているのか,それとも感染が継続していたのかはわからない(西浦さんがNスペで言っていたように感染後3日目くらいから感染力があるとしたら,五次感染くらいまで起こっていても不思議はない)。無症状でも感染力があることを考えると,通常の発症日順のエピデミックカーブの解釈は難しい。かといって,不顕性感染については,毎日サンプルを取っておいたのでもなければ,感染日の推定は不可能である。

2月5日以降に感染したのかどうかにかかわらず,下船した人の中に,無症状で,かつ2月5日時点では検査陰性だったけれども,実は感染していて,今後その人から感染が始まる,という事例が出てくる可能性はゼロではない。たぶん,既に日本では市中感染が起こっているので,市中感染がまだ起こっていないとされている欧米と違って,既に2週間の検疫を終えた乗客をさらに2週間隔離することによって得られるメリットは,その人たちの人権を制約することが正当化されるほど大きくはない,という判断がされたということではなかろうか(もしそうだとして,それが正しいかどうかはわからない。無症状感染者からの平均感染者数は,軽症者からの平均感染者数よりさらに低いだろうから,もしそれが1を下回るなら,その人たちをフォローアップする必要もないことになる)。ただし,このレポートに書かれているところでは,2月14日以降の系統的な検査で無症状でも陽性とわかった人と同室だった人については2週間の検疫期間は,陽性者が上陸した日でリセットされるとのこと。もっと前に上陸させても同じことだったかもしれないが,見かけのエピデミックカーブがほぼ終息しているグラフを見せることで大義名分が立つと考えたのかもしれない。蔓延を遅くするための手段としては,手洗いの徹底,風邪様症状があったら外出しない,マスギャザリングの制約の方が効果は大きいだろう。とりあえず,現在のところは,これくらいしか言えない。

誰でも使える形で生データ(個人情報は削除するとして)を出してくれたら,数理モデルの当てはめとか分析がしやすいんだが。

中国CDCからの患者データサマリー(2020年2月20日 - 当該鐵人三國誌

2月17日付けで中国CDCから数万人規模の患者のデータのサマリーが出ていることをGigazineの記事で知った(それ以前にtwitterで見かけたような気もするがリンクを見つけられなかった。Gigazineはソースへのリンクがあるのが素晴らしい)。これで漸く重症化リスクについて定量的なことが少しはわかりそうだ。

Table 1を見ると,全体のCFRが2.3%とこれまで言われてきた通りだ。確かに高齢者でCFRが高い傾向は顕著にある。10歳未満は死者ゼロで,10代から40代では0.2%~0.4%にとどまり,50代で1.3%,60代で3.6%,70代で8.0%,80歳以上では14.8%である。0.2%というと低い気がするかもしれないが,10代や20代で感染したら確定診断がついたら1000人に2人亡くなるというリスクが,風邪のように普通に罹る感染症によってもたらされるとしたら,社会的ダメージが大きすぎる。男性のCFRが2.8%,女性のCFRが1.7%で,Rでprop.test(c(653, 370), c(22981, 21691))を実行すると,男性の方が統計的に有意にCFRが高いことはわかる。ただし男女別年齢分布がわからないので(なぜクロス集計を出してくれていないのか謎だが),もしかしたら男性患者の方が高齢者が多いのかもしれない。湖北省のCFRが2.9%(979/33367),それ以外のCFRが0.4%(44/11305)というのは,これまで言われてきた通りだ。Figure 1によると武漢,湖北省,中国全体で,COVID-19確定症例の年齢分布や性比はほぼ同様なので,武漢や湖北省の患者に男性が多いとか高齢者が多いということはない。基礎疾患として高血圧がある人はCFRが6.0%,糖尿病がある人は7.3%,心疾患がある人は10.5%,慢性呼吸器疾患がある人は6.3%,がんがある人は5.6%と高いのもこれまで言われてきた通りだが,何も基礎疾患がなくても0.9%というのは高いと言わざるを得ない。発症日別のCFRが2019年12月31日以前で14.4%,2020年1月1日-10日で15.6%と高く,そこから10日ごとに5.7%,1.9%と低下し,2月1日以降発症の人では0.8%となっているのは,時間が経つほど適切な全身管理により救命に成功する症例が増えてきたのかもしれないし,発症から回復して退院または死亡までの時間がかなり長いためにまだ亡くなっていないということなのかもしれない。後で発症した人の方が湖北省以外で多いことも関係しているかもしれない(ヘルスワーカーについてはTable 2に武漢,武漢以外の湖北省,湖北省以外の中国で発症日別にCFRを計算しているのだが,同じ形の表を確定症例全体について提供すれば良いのに)。これの生データを使ってロジスティック回帰分析をすれば,どの要因が相対的に強く死亡に影響しているかについて推論が可能なはずなので,是非やって欲しいものだ。ていうか,簡単にできるので,データを匿名化して公開してくれればいいのだが。

ちなみに,2010年に厚労省がまとめた資料の22ページ右の図に2009年のパンデミックインフルエンザの致命割合が,確定患者数1万人当たり死者数の形で掲載されているが,CFRにすれば全年齢で0.001%,40歳未満はそれ以下で,40代で0.0031%,50代で0.0066%,60代で0.0147%,70歳以上で0.0282%だった。2009年のパンデミックインフルエンザの致命割合は日本ではとくに低かったことは考慮しなくてはいけないが,この数字と比べると,COVID-19の致命割合がいかに高いかわかるだろう。

NEJMに載っていた今後の研究展望(2020年2月21日 - 当該鐵人三國誌

NEJMの特設ページ(厳密に言えばコロナウイルスのページなので,下の方にはMERSの論文も載っている)をフォローしていなかったが,2月19日付けのSARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected PatientsというCorrespondenseは17例の症状のあったケースと1人の無症状のケースについて,毎日鼻と喉からサンプルをとって2019-nCoVの量を調べた,一種のウイルス排出研究(viral shedding study)で,発症直後にウイルス量が多く,かつ鼻の方が喉より多い点がSARS-CoVとはまったく違うと報告している。無症状のケースも症状のあったケースと同様のウイルス量が検出されたと書かれているが,1例なので定量的な評価はできない。

1月30日に出たTransmission of 2019-nCoV Infection from an Asymptomatic Contact in GermanyというCorrespondenseでも,無症状の人から感染した患者は報告されていたが,2月19日の論文は,無症状であっても鼻水や唾に2019-nCoVが感染を起こしうる量,含まれている場合があることの証拠となる。

しかしそれ以上に注目したいのは,同じく2月19日にPerspectiveとして掲載されていたハーバードSPHのMarc LipsitchらのDefining the Epidemiology of Covid-19 — Studies Neededである。COVID-19の疫学的特徴を明らかにしなくてはいけない,として4つの決定的なポイント(重症度に大きな幅があるこの病気の全体像,感染力はどれくらいなのか,感染力に影響する要因は何か,重症化あるいは死亡につながる要因は何か)を挙げ,これらの疑問へのエビデンスと,それを得るために必要なアプローチを表にまとめている。それぞれのアプローチは,MERSや2009のパンデミックインフルエンザなど,これまでのアウトブレイクで成功したことがわかっているとしている。わかりやすい表なので意訳しておく。

必要なエビデンスアプローチ(研究タイプ)
軽症例を含む患者数症例ベースのサーベイランスとターゲットを絞ったウイルス検査
伝播のリスク因子とタイミング世帯ベースの研究
重症化率と罹患率コミュニティベースの研究
重症化の「ピラミッド」複数のソースとデータ型をもつ研究の統合
感染,重症化,死亡のリスク因子症例対照研究
感染力のタイミングと感染強度ウイルス排出研究

WHOのマスギャザリングへのガイドライン(2020年2月22-23日 - 当該鐵人三國誌

WHOがマスギャザリングについての暫定指針(2020年2月14日付け)を出していることを知った。この数日,3月に開催が予定されている,オセアニア学会とか国際保健医療学会西日本部会とか人口学会関西部会について検討が進められてきたのだが,これは一つの拠り所になるか? が,ざっと目を通してみたところ,これらの規模ならたぶんあまり関係ない気がする。けれどもマラソン大会やドームでのライブとかを企画する際には,計画段階から地区の公衆衛生当局と国の公衆衛生当局(日本の場合は都道府県衛生局と厚労省が該当する)と連携することとか,事後のフォローアップまで含めて,この暫定ガイドラインを踏まえてやるべきであろう。かなり大変なことのように見えるが。

希望がもてる情報(2020年2月24日 - 当該鐵人三國誌

漸くテレビに出ているコメンテータも,感染速度を下げることによってピークを下げピークを後方シフトさせることが必要(community mitigationの目的)という,まともなことを言うようになってきたが,まだいろいろ認識が甘かったり間違っていたりする(急に重症化しないのか,という話で,玉川氏が基礎疾患のない若い人は自宅で,と言っているが,そこは相変わらず誤解していて,若くて基礎疾患なしでも重症化する人もいる。つまり,高齢者と基礎疾患のある人が重症化しやすい,という情報を,それ以外の人は重症化しにくい,と誤解しているコメンテータなどがあまりにも多すぎる。日経新聞の取材に答えてそこだけ記事になったときと事情は変わっておらず,ウイルス検出時点でAUCが0.99になるようなROCが得られる検査項目は,いまだに見つかっていない。むしろ,COVID-19でなくても肺炎だったら入院するのは当然なので,肺炎かどうかを基準にすることはできないのだろうか?)。情報バラエティは全部やめて,NHKが1月28日に放映した「クローズアップ現代プラス」2月9日に放映した「NHKスペシャル」を再放送するとか,いっそ特例で動画公開するとかしてくれた方が,まともな認識が広まると思う。報道は淡々と新しい事実だけ伝えてくれれば良い。

新薬は安全性の治験が間に合わないだろうが,クロロキンが有効in vitroではウイルスの細胞への侵入を低濃度でもブロックすることがわかり(ウイルス学者に頑張って貰ってメカニズムも明らかにして欲しいが),いま中国の多施設で大規模治験中)という報告には期待が持てる。クロロキンは安いし,マラリア予防で週1回内服して血中濃度を保つという使い方も長くされてきたし,副作用もほとんどないし。大規模治験の結果が待たれる。

どこまでオープンにしていいかわからないが,Facebookで西浦さんと渋谷先生の対話を見ていたら,これからの対応に希望がもてた。専門家会議で尾身先生と押谷先生がリーダーシップをとってくださり,新しい組織作りが進行中とのこと。ここで政治家(+そこに付き従う普通の官僚組織)は変な横やりを入れず,新組織が存分に動けるようにバックアップして欲しいし,世間一般の人たちも,そういう方向で政治家を監視するべきだろう。

検査性能(2020年2月25日 - 当該鐵人三國誌

検査性能について

検査性能の指標として感度と特異度が基本であることは確かだし,実際にそれを使って検査をしたときの偽陽性については有病割合が影響するから陽性的中率を考えなくてはいけないというのも基本ではあるが(感度や特異度が100%近くあっても,有病割合がきわめて低かったら陽性的中率が低くなるから,そういう集団に対するスクリーニングは推奨されない。この辺りの基本は,どの教科書にも書いてあるが,疫学講義の中でスクリーニングについて喋った回や,検査情報解析学の講義の資料をご覧いただくと良いかもしれない),COVID-19の場合,話はそんなに簡単ではない。この点,そこそこ疫学を勉強していそうな人でも誤解している場合があるので,説明してみる。

通常の感度と特異度の計算は,既に確定診断がついている患者群をある検査法で検査したときに陽性という結果が出る割合が感度(sensitivity),患者でないことがわかっている群をその検査法で検査したときに陰性という結果が出る割合が特異度(specificity)となる。

ところが,COVID-19をリアルタイムRT-PCRで検査するという方法は,確定診断の手段なので,原理的に,既に確定診断がついている患者群を検査することができない。従って感度も特異度も求められない。リアルタイムRT-PCRで2019-nCoVが検出されたらCOVID-19の患者と判定され,検出されなかったらCOVID-19の患者ではないと判定されるのだから,無理矢理計算すれば,感度も特異度も100%になるはずである。症例定義の要件に含まれる検査項目について感度や特異度を考えることは原理的にはおかしい。

ではなぜ,感度が30%から50%だとか,特異度が90%とか99%と言われるのかといえば,時間をおいて何度か検査すると,最初陰性だった人が陽性になる場合が多々あることから,本当は感染していたのに最初はそれを検出できなかったと推論するからだろう。しかし,1回目に測ったときは本当に感染していなくて,後で感染したのかもしれない,という可能性も同等に存在するので,この推論は万全ではない。厳密な感度や特異度は,後付けでは計算できない。もちろん,その推論が正しい可能性もあるが。

仮に推論が正しかったとした場合,複数の検査の組み合わせによって,感度か特異度を上げることはできる。ただしトレードオフである。例えば,2つの検査がともに陽性だった場合のみ陽性と判定する,としたら,特異度は上がるが感度は下がる。逆に,どちらか1つでも陽性なら陽性とする,としたら,感度は上がるが特異度は下がる。現状,2019-nCoVのRNA検出のプローブは2つ使われていて,1つは2019-nCoVに特異的な配列で,もう1つは他のウイルスでももっている可能性が多少はあるものらしい(この辺,ちゃんと文献を読み込んでいないので間違っているかも。ただ,この流行初期にHIVのRNAが入っているとした誤報は,HIVだけではなく,コロナウイルスにも元々あって不思議はない配列を検出のターゲットにしてしまったことによるので,2019-nCoVなら共通して持っているが他のウイルスは持っていない,という配列を決めるのは,そう簡単なことではないようだ)。少なくともいくつかの論文では,ともに検出されたときのみ陽性と判定されていたので,その分,特異度は上がるが,感度は低くなる。

もっと難しいのは,すべての検査には検出限界があるということだ。狂牛病が流行したとき,日本の農水省は,人々の「安心」を重視して全頭検査を実施したが,生後1年未満の仔牛ではプリオン濃度が検出限界以下なので,検査しても検出される可能性がなく,生後1年以上の牛だけ検査すれば十分だという批判はあった。あの全頭検査には,確かに安心を与える以上の意味はなかった。ただ,検出限界以下のプリオンしか含まれていない肉であれば,nvCJDを起こす可能性はほとんどないと考えられたので,一様に検査することで「安心」は得られた。2019-nCoVの場合,咽頭や鼻腔からのスワブの濃度が検出限界以下(おそらく無症状の人に多いと思われる)であっても,その人に感染力がないとは限らない(病原体の常識に反しているが)。微量なままでも,唾液などに混じって飛んだウイルスが,飛んだ先の人の体内に入って増殖してしまうかもしれない。検出限界以下である可能性が高い人についての2019-nCoVの検査には,早期発見しても有効な重症化防止の治療法があるわけでもないのはもちろんのこと,感染拡大防止の意味もないことになる(トートロジーのようでくどいが,敢えて書いておく)。

しかも,リアルタイムRT-PCRをBSL2以上のラボで実施できる検査能力が限られた施設にしかなく,感染が広がらないような対策や患者の生命を維持できるための設備を備えたベッド数も限られているという現実があり,すぐにはその増設ができない(前者は民間検査会社や大学と協定を結べば物理的には増やせるかもしれないが,後者はすぐには無理だろう。厚労省は既にどうしても足りない場合は一般病床でも受け入れられるように通知を出しているが,日本の病院の病床稼働率はかなり高いので,他の病気で入院中の人を追い出すこともできないとすれば,「スクリーニングで検査陽性=病院に隔離」としたら,高い確率で病床がパンクする。そうなったら,COVID-19以外の病気による死者も増えてしまう可能性があって,最悪の場合,医療が崩壊する)。そう考えてみると,ある程度症状がある人しか検査しない,というのは,合理的な判断といえるだろう。

基本指針は「今後」の肺炎による線引きに期待

問題は,どこで線を引くかだと思う。4日以上37.5℃以上の熱が続くという条件は,重症化リスクの判定基準としては限定されすぎているし,エビデンスも乏しい。もちろん,以前から提案している症例対照研究がなされていないので,もっと感度の良い重症化基準は見つかっていないということなのだが,短期で重症化する場合もあるのだから,昨日も書いたように,とりあえず,肺炎になったかどうかを重症化リスクの判定基準にしたら良いのではないかと思う(1月末のクローズアップ現代プラスで田代先生が図解されていたように,おそらく無症状だったり軽症のまま治る人の多くは,ウイルスが上気道にとどまっていて,肺に到達していないということだとすれば)。以前,岸田直樹さんがtweetで提案されていたが,パルスオキシメータでSpO2を測ることは自分でもできるので,自衛のためなら,95%以下が続くなら(成人市中肺炎診療ガイドラインによれば90%以下でA-DROPのスコアが上がるが,COVID-19はそもそも非定型肺炎として報告されたことを思い出せば,あまりそこに拘らず,肺炎の可能性が高ければ,という基準で良いように思う),受診相談の電話を掛けて良いのではないだろうか。

そう思っていたら,今日発表された新型コロナウイルス感染症対策の基本方針(それを含む厚労省から対策本部に提出された資料)に重要な情報が載っていた(失望したというtweetが多いが,いくつか重要なポイントが,政治家に気づかれないように,こっそり書かれているように思う)。「現行」では,「感染症法に基づく医師の届出により疑似症患者を把握し,医師が必要と認めるPCR検査を実施」+「積極的疫学調査により濃厚接触者を把握」となっていて,リンクが辿れなくなった現在,地域クラスターを過小評価する危険があるのだが,「今後」は,地域クラスターと認定されれば「入院を要する肺炎患者の治療に必要な確定診断のためのPCR検査に移行」なので,中等度以上の肺炎の可能性があれば4日待機しなくても入院治療を受けつつ検査できるようになる。さらに重要なポイントとして,地域クラスターは,新たに設置された「クラスター対策班」(リンク先を見ると,これが本気で作られた組織であることがわかる。昨日触れた「新組織」はこれだった)が検出することになっている。このチームならば,数理モデルを使って,不十分な検査データからでも検出してくれるだろう。たぶん,この移行により,検査とベッドの制約条件下での最適配分が行われると期待する。

大変難しい仕事だと思うが,このチームが力を発揮できれば不可能ではないと思う。逆に,最終的な死者数を最小限に抑えること以外の視点から,このチームに政治圧力が掛かって力を制約されてしまったら,医療がもちこたえられる可能性が大きく低下する。世間一般の人たちは,そこを監視して欲しい。

新たな論文

国内患者について未検査コンパートメントを含むモデルを作って真の感染者数を推定する,という研究はまだ見当たらないが,西浦さんのグループの誰かはきっとやっているところだろう。この数日忙しくて,新しい論文がフォローできていなかったので,ざっと見てみた。

インペリグループの第6報は,ハーバードのMarc Lipsitch教授のグループが2月11日に出した論文と同様な手法で同様な結果が得られ,中国以外の国に,おそらく未報告の感染者がかなりいるのだろうと論じている。

西浦さんのグループからJCM特集号のEditorialとして出たKobayashi T et al. "Communicating the Risk of Death from Novel Coronavirus Disease (COVID-19)"(2020年2月21日掲載,https://doi.org/10.3390/jcm9020580)は,感染症の重症度の指標としてCFRがよく使われるが,感染から死亡までのタイムラグのため過小評価されやすいこと,無症状や軽症の人が報告されないため観察されたデータが感染者全体を代表していないこと,限られたウイルスが検出できる期間に感度の低い検出方法で推定された死亡リスクは本当はもっと小さいこと,の3点が問題で,保健当局は死亡リスクの不確実さに対処せねばならないし,これら3点に正しくアドレスできるアプローチを使ってハイリスクな人を同定しなくてはいけない,と書いている。また,多くは軽症だが,季節性インフルエンザよりも若年成人の死亡リスクは高い,とも書いている。同じくJCM特集号に原著論文として出た,Anzai A et al. "Assessing the Impact of Reduced Travel on Exportation Dynamics of Novel Coronavirus Infection (COVID-19)"(2020年2月24日掲載,https://doi.org/10.3390/jcm9020601)は,1月2月の中国の旅行制限によるCOVID-19へのインパクトを統計モデルで評価している。アウトカムとしては,輸出症例数,大流行の確率,大流行までの時間遅れ,の3つを使っている。症例数については,57日目までの輸出症例数にポアソン回帰を当てはめ,58日目から67日目まで外挿して推定される輸出症例数と,実際のその期間の輸出症例数の差を合計して,旅行制限による減少とみなしている。1人の輸出感染者からの二次感染者数の分布を負の二項分布として絶滅確率πを求め,追跡不能例数がnとして,1-π^nを大流行の確率とし,旅行制限による減少があった場合の輸出症例と減少がなかったという反事実モデルでの輸出症例による大流行の確率の差を,旅行制限による大流行の確率の減少としている。時間遅れは指数関数を当てはめて計算している。結果として,1月28日から2月7日の間に,旅行制限によって226の輸出症例(中国の外での症例の70.4%)が防がれ,日本での大流行の確率が7-20%減少し,2日の遅れ(モデルによっては1日)であることがわかったので,制限による経済損失とバランスするくらいのインパクトではなかったかと結論している(20200226注:結果のところ,若干見間違いというか誤読していたので修正しました)。

なぜクラスター対策が重要か(2020年2月26日 - 当該鐵人三國誌

なぜクラスターへの重点対策が有効と考えられるのか。これは,暫く前に西浦さんが注目していたGrantz K, Metcalf CJE, Lessler J (15th Feb 2020) Dispersion vs. Control.が鍵で,R0の分散が非常に大きいことから,おそらくこのウイルスは集団内を均質に広がるのではなく,クラスターを作りながら広がり,クラスター内にはR0が非常に高い状況が生まれるが,それ以外では1未満である可能性がある。そこで地域クラスターを検知して集中的に対策することで,Rtを1未満にできれば,全体としてのアウトブレイクは終息に向かうはずだということだ。数理モデルでは可能性が示されている。あとはそれが実行可能かどうかだ。

窓口が保健所であることについては,感染症のアウトブレイクが,広域での対処と専門的な能力が必要なためと,給付行政よりも規制行政的側面が強いためと,医療が入院施設ベースでしか意味がないので,病床配備の基本単位である二次医療圏ベースで対処する必要があるため(現状,普通は二次医療圏の方が保健所管区より広域だが),などの理由が考えられる。医療法地域保健法に書かれていることを併せて考えれば自然な帰結である。保健所は地域保健法第5条で,政令指定都市,地方中核市,特別区は独自に設置できる他,都道府県が概ね二次医療圏に近い水準で設定した保健所管区ごとに1つ設置されている(医療法第30条の四の2の第12項「主として病院の病床(次号に規定する病床並びに精神病床、感染症病床及び結核病床を除く。)及び診療所の病床の整備を図るべき地域的単位として区分する区域の設定に関する事項」が二次医療圏のことで,地域保健法第5条の2で,二次医療圏及び「介護保険法(平成九年法律第百二十三号)第百十八条第二項に規定する区域を参酌して、保健所の所管区域を設定しなければならない」と書かれている)。感染症病床は三次医療圏ベースの計画なので都道府県単位の計画に基づいて設置されるはずで,そういう意味ではCOVID-19の治療ができる施設の計画について,都道府県ベースで割り振られるのは法的に正しいし,窓口が保健所であることも正しい。けれども,実際に感染したかもしれないと悩んで相談したい住民に対して,相談というサービスを提供する必要があるという視点に立てば,これは給付行政なので,地域保健法第18条で「住民に対し、健康相談、保健指導及び健康診査その他地域保健に関し必要な事業を行うことを目的とする」として市町村ごとに設置されている市町村保健センターを窓口にすることも考えるべきかもしれない。医療機関からの受付は保健所や地方衛生研究所で良いとして,住民からの最初の相談窓口は市町村保健センターごとに設置する方が良いのではなかろうか。そこで必要と判断されたものだけを医療機関や保健所につなぐことにすれば,住民への対応は大きく改善すると思う。

Lancet Respiratory Medicine(Lancetの姉妹誌)に2月13日付けでCorrespondenceとして,Zhang J et al. "Therapeutic and triage strategies for 2019 novel coronavirus disease in fever clinics"が掲載されている。武漢でのアウトブレイクに対処した経験に基づき,成人発熱クリニックでの臨床戦略フローチャートを提案している。寒気,喉の痛み,咳などの風邪様症状で来院した人に対して,まずSpO2が93%未満かどうかをチェックすることを勧めている。微妙に基準値は違うが,簡単に自分でも測れるSpO2低下を検査の入口にするのは,昨日も書いたように岸田さんも勧めていたし,うまいやり方なんじゃないだろうか。

Prof. Marc Lipsitchの新しい小論(2020年2月23日付け,SciAmのブログ)。後で読む。

レビュー論文2つ。Zhang L, Liu Y: "Potential Interventions for Novel Coronavirus in China: A Systematic Review" Journal of Medical Virology(2020年2月13日付け,https://doi.org/10.1002/jmv.25707)も,Lai C-C et al. "Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and coronavirus disease-2019 (COVID-19): The epidemic and the challenges" International Journal of Antimicrobial Agents(2020年2月17日付け,https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.105924)。ざっと見た感じだと,どちらも良くまとまっていると思う。

クロロキンが使える可能性は,Letter to Editorだが,Wang M et al. "Remdesivir and chloroquine effectively inhibit the recently emerged novel coronavirus (2019-nCoV) in vitro" Cell Research(2020年2月4日付け,https://doi.org/10.1038/s41422-020-0282-0)で,既に示されていた。多施設治験の結果が出るのが待たれる。

今朝書き忘れたが,逆に言うと,クラスター対策班は最後の希望に近いのだ(まだクロロキンが効くとか他の新薬が見つかるとかワクチン開発に成功するという可能性もあるが)。これに失敗するとLipsitch教授の予測の通り世界人口の40-70%が感染し,日本でも例えば40%が感染してIFR推定値の下限の0.3%が亡くなる,つまり,15万人が亡くなるという最悪シナリオが現実味を帯びてくる。残念ながら日本はシンガポールほど徹底した管理はできなかったし,感染症のサーベイランス体制も公開体制も不十分なので(シンガポールのデング熱患者のデータを見て,ブロックごとの発生日別の患者数が公開されているのに驚いたことがある),積極的疫学調査でリンクを辿ることによる封じ込めには失敗した。

おそらく再感染ではなく再燃(2020年2月27日 - 当該鐵人三國誌

いったん陰性になっていた大阪の女性や中国の初期の退院患者の14%で2019-nCoVが再度検出されたという話について,再感染と再燃の可能性があるという報道について。おそらく再感染の可能性は低いから再燃だろうという方が多いが,そうとも限らない。ヘルペスウイルスにはリンパ節に潜んで再燃するものがある(帯状疱疹とか)が,コロナウイルスではそういう性質をもつものは知られていない。もちろん,陰性になったというのが,リアルタイムRT-PCRの検出限界以下になったことを意味するだけで,そこから再び増える可能性はあるので,そういう意味での再燃はありうる。ただ,治ったら免疫がついているはずだから再感染はないだろうというのは早計である。自然治癒力で治ったからといって,液性免疫ができている保証はなく,細胞性免疫や非特異的免疫によって治っただけかもしれない。例えば,治療薬ができる前の熱帯熱マラリアはそういう病気だった。熱帯熱マラリア原虫は煙幕抗原を作ってホストの血中にばらまくことと,いくつかの異なる抗原性をもつ原虫が同時に流行していることから,一度治っても何度でも罹る(それを凌いで原虫本体を攻撃する抗体を作らなくてはいけないので,ワクチン開発がきわめて難しい)。また,B型肝炎ウイルスのように慢性化するウイルスには免疫寛容が成り立っているわけで,これもたぶんこれまでコロナウイルスでは知られていないが,ないとも限らない。もしそうだとしたら,あまりに最悪すぎるウイルスと言える。まあ,たぶん再燃なのだろうが……で,調べていたら,Zhang W et al. "Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes"という論文が2月17日に出ていた。鼻腔スワブで2度陰性でも,腸や血液には残っていて便中排出継続の可能性があるので,血清抗体検査の併用を勧めている。これが正しいなら,再発例は,腸や血液に残っていたウイルスが再燃したものと考えられる。テレビでコメントしている人たちは,この論文を踏まえて欲しいし,退院の基準を考え直さなくてはいけない。

2019-nCoVの検査施設は,感染研のマニュアルではBSL2+(BSL2施設の安全キャビネット内)となっているが,WHOはBSL3推奨。一つ興味深いことは,WHOのreferral laboratoryのリストを見ると,日本のreferral labは感染研ではなく長崎大の熱研になっているのだな。BSL3施設を備えたラボは多くはないだろうが,ウイルス学の研究をしているラボならどこでもBSL2施設はあっても不思議はないから,物理的には検査ができるラボはいくらでもあると思う。本当に感染研や地方衛生研究所の検査能力が足りないのに大学に依頼しないでいるのだとしたら,やはり守秘義務とか責任の所在とかいう話なのだろう。

BioScience TrendsというジャーナルがSong P, Karako T "COVID-19: Real-time dissemination of scientific information to fight a public health emergency of international concern"というEditorialで,PHEICに対しては科学的情報のリアルタイムの拡散が重要なので,本誌は重要な論文を公開していく,と宣言している。クロロキンがvitroで有効性を示し中国で治験中という論文もこのジャーナルだったが,Wang Z et al. "Clinical characteristics and therapeutic procedure for four cases with 2019 novel coronavirus pneumonia receiving combined Chinese and Western medicine treatment"(2020年2月9日公開)も,4人の患者について新薬と漢方薬を併用した臨床報告のようだ。最悪シナリオを考えた場合,治療薬の開発は急務なので頑張って欲しい。

クロ現プラスは2月18日にもCOVID-19をテーマにしていたのか。この回は見逃したが、リンク先に詳しい内容が載っているのは素晴らしい。1/28の回も詳しい内容紹介をウェブで見ることができる。ただ,できれば、この2つは動画で丸ごと公開してもらえないものか? 2/9のNスぺも併せて。

クラスター対策,西浦さんのフェイスブックへの書き込みによると,既に1か所目のミッションは終わったらしい。そこでRt<1にする局所封じ込めに成功していれば今後に期待を持ち続けることができる。逆に失敗していたらProf. Lipsitchの読みの方が正しかったことになり、かなり悲観せざるを得ない。

全国一律休校はなぜ愚策か(2020年2月28日 - 鐵人三國誌2月27日分2月28日分

エコヘルス研究会,国際保健医療学会西日本地方会(厳密に言えば,集会が中止になっただけで,既に抄録集はできているので,誌上発表とのことだが)に続き,オセアニア学会も中止になってしまった。3月のスケジュールに余裕ができたともいえる。

しかし,数千人以上の不特定多数が集まり,閉鎖空間で唾を飛ばす可能性があるマスギャザリングイベントと,100人未満の,知り合いに限定された,注意深い運営が可能な講演のようなものを一緒に扱うのは,まったく乱暴な話で,これはたんに自粛ムードに抗えないということだよなあ。まあ出張禁止する大学もあるし,仕方ないのだろう。自分が責任者だったら数十人の会議は実行するんだが。いま,人口学会の関西部会を実施するかどうかの相談をしていて,部会長宛に以下の提案をしてみたのだが,さてどうなるか。

といった配慮をした上で,懇親会なしなら,数十人規模の研究会を実施しても,そこでの感染リスクはほぼゼロと考えます。

ミーティングが終わって研究室に戻った後,情報をチェックしたら,驚愕のニュースが流れていた。地域クラスターを早期発見して集中的に対策するという手法と相容れないと思う。子供が広げているという論文もないし,学校だけ休みにしても成人が広げたら意味ないし,全国一律の休校は専門家が関与していない政治の暴走なのでは? あまりに乱暴すぎる。はっきり言って,安倍内閣が「やってる感」を出すためのパフォーマンスに過ぎない。政治が専門家会議やクラスター対策班の足を引っ張らないで欲しい。

北海道では小学生の兄弟とか,学校関係で感染が広まっているデータがあったので,即時休校はクラスターへの介入として意味がある。たぶん,冬季の北海道は暖房を利かせるため,校舎や乗り物の密閉性が高いといった,特殊事情もあるのではなかろうか。2009年のパンデミックインフルエンザのとき,H5N1新型インフルエンザ対策として決まっていた,都道府県ごとに1例でも患者が出たらその都道府県の学校は全校休校という措置(CFRがめちゃくちゃ低かったので,結局兵庫と大阪でしか実施されなかった)は,フランスのデータに基づいた数理モデルで,患者を最小限にするために有効という根拠があったが,COVID-19はインフルエンザとはまったく性状が違い(インフルエンザは学童への集団予防接種を事業としてやっていて,herd immunityをつけていた頃は,それによって流行を抑えることができていた証拠もある),休校が有効という根拠はない。例えば,R0の分散が大きくなくて,期待値が10とかあるような感染症だったら,ライフラインを除いて全部休業とするなら意味はあるが,その場合でも高校までの学校教育機関だけ休みにするのでは意味がない。COVID-19はR0の分散が大きいから地域クラスターへの介入で抑え込もうとしているのに,全国一斉休校は真逆の愚策だ。取り下げるべき。

病院などライフラインは,災害時に人員が減っても運営できるようなシフトを組めるマニュアルができているはずで,帯広の病院のように,休校によって子供の面倒を見るために仕事を休まねばならない医療関係者が2割いてシフトを組み替えねばならないとしても,たぶん回るだろう。もっと問題なのは,そういうライフラインそのもの,とくに病院で感染が広まっているという状況が検出された場合,どうするかだ。COVID-19による死者の減少よりも他の死因による死者が増えては意味がないので,休業しなくてもRtを下げるような策があるか。仮に休業しかRtを下げる手がないときに,数理モデルでRtを下げるため必要という予測が出たらどうするべきか。これには簡単に答えは出ないので,今から考えておく必要があるだろう。

2月3日にプレプリントサーバにアップロードされていた論文は,季節性コロナウイルス(普通の風邪)に罹っても,その大多数は無症状で,医療的ケアを求める人は4%しかいないという結果を報告し,多くの人が無症状か軽症な2019-nCoVの広がりを理解する上での参考になるだろうと書いている。

2月20日にウイルス学研究には5000万円出すことが決まっていたんだな。ELISAみたいな迅速検査の開発とか感染源探索が主な目的らしいが,5000万で足りるんだろうか(昨日触れた論文で,中国の研究者が既に血液で抗体検査する方法を開発したことはわかっているから,それを参考にできれば,意外に早く開発可能かもしれないが)。重症化要因の解明も熱研の長谷部先生の役割に入っているので,ウイルス学的なアプローチで重症化する場合のメカニズムが明らかになったらいいなあとは思う。これとは別に薬剤の研究には金を出しているのだろうか? これ以上に金がかかると思うんだが。その点,理論疫学は,臨床データを適切に公表さえしてもらえれば,必要なのはほぼ人件費とコンピュータだけだから,それほど資金が要らないのも優れていると思う(これまで何年も西浦さんたちが夏の集中コースで育成してきた人たち,一部は戦力になっていると思うが,それでも専門家がまだまだ少ないのが残念だ)。

2020年2月27日付けでJAMAに載った研究報告,Lan L et al. "Positive RT-PCR Test Results in Patients Recovered From COVID-19"は,平熱3日,呼吸器症状の解消,CT画像改善,少なくとも1日空けた2回のRT-PCR陰性,という条件を満たした4例の回復患者で,全て軽症か中等度症例で,医療専門職者ばかりで,退院後も新たな感染リスクがほとんどないはずの人たちから,5-13日後に再度SARS-CoV-2が検出されたので,退院基準を再考する必要があるとしている。昨日触れたZhang W et al. "Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes"は引用していないが,おそらく体内に残っていたウイルスの再燃だろうという結論は共通している。やはり血液検査か肛門スワブでの陰性を退院基準に加えるべきではないだろうか。

人口学会の東日本部会と関西部会も延期が決定してしまった。出張を事実上禁止している大学などが増えてきたので仕方ないか。というわけで,サイトを更新した。

WHOのGlobal Level危険度がVery Highに(2020年2月29日 - 当該鐵人三國誌

ウェークアップ? とかいうテレビ番組を流していたら,関西福祉大学の勝田教授が,再燃は一例報告というコメントをしていたが,たぶん大阪の女性の話しか知らないのだろう。JAMAの4例は出たばかりだから知らなくても仕方ないが,中国での14%(論文や公式発表が見当たらないが,広東省CDCのSong Tie氏が語ったというロイターの記事があった)とかZhang W et al.の論文を知らないでいて,よくコメンテータをする度胸があるなあ,と思う。専門は渡航医学の方らしいが。

WHOのCOVID-19日報におけるGlobal Levelの危険度が2月27日のHighから2月28日にはVery Highに変わっていた。

論文ではないので信憑性がわからないし,期間も書かれていないのが情報としての価値を落としているが,この情報によれば,北京と広東省の135人(130人は軽症,5人は重症)にクロロキンを投与した結果,130人は誰も重症化しなかったし,5人の重症者のうち4人は退院し,1人は軽症化したという,俄には信じがたい報告がされている。これが本当なら,物凄い朗報である。それを受けての反応なのか,これも信憑性は不明だが,UKは潜在的な治療薬としての国内供給を守るため,クロロキンを含むいくつかの薬剤の並行輸出を禁止したというニュースも出ている。安いし合成も難しくないから利権にはならないと思うが,暫く品薄になる可能性はあるからだろう。クロロキンは,これまで,熱帯の多くの国でOTCとして空港の売店やドラッグストアなどで処方箋なしで買える薬だったし,個人輸入もできたのだが,今後,UK以外でもそういう動きが出ても不思議ではない。中国で進行中の多施設治験の結果が待たれる。クロロキンが有効な治療薬になるなら,この病気はまったく怖がる必要はないことになるのだが,まあ,そんなにうまい話はないだろうなあ……。ただ,たぶんNCGMにはクロロキンは備蓄されていると思うので,治験とまではいかなくても,培養細胞を使ってテストすることくらいはできるんじゃないだろうか。誰かやらないだろうか。

NHKの「かんさい熱視線」という番組で,若い女性患者で何日も症状が続き,レントゲンで肺炎であることを医師が診断して大阪市保健所に検査依頼しても,先に他の肺炎でないことを確認してから依頼して欲しいと断られた,という事例が報道されていた。こういう事例がいくつあるのか,集計して公開するシステムができないだろうか。それがあれば,未検査で感染している可能性があるコンパートメントを見積もることが,よりやりやすくなり,推定値の信頼性が高まるので,それこそ医師会とかで集計したら良いのではないか。前にも書いたが,肺炎であって医師が必要と判断したら検査というのは合理的な線引きだと思うので,これは大阪市保健所の対応が悪いと思う。専門家委員会が出した方針によれば,大阪が地域クラスター認定されたら,検査しなくてはいけないのだから,90検査/日しかできないというのは理由にならない。肺炎がないのに検査するのはデメリットの方が大きいと思うが,現在若年成人が肺炎症状を呈しているならば,他の肺炎よりも先にCOVID-19の可能性を疑うべきだろうし,そこまで含めた鑑別を保健所や地方衛生研究所で受け持つことも可能だろう(ぼくは医師ではないし臨床のことは知らないので自信はないが,文献上の知識からはそう思う)。

新型コロナウイルスに関する誤情報をSNS上で広めるボットが数多く暗躍しているという記事が,昨日のGigazineに載っていた。2009年のパンデミックインフルエンザのときもそうだったが,感染症と闘わなくてはいけないときに,どうして便乗犯罪者が出てくるのか。パンデミックになったら犯罪者自身も感染するかもしれないし,世界恐慌になったら,仮に自分だけ多少儲けたとしても,幸せになれるわけがないのに。自爆テロのような意図なのだろうか。

2月12日に風邪様の症状があって病院を受診し,抗生物質を処方されたのに翌日ライブを見に行った人が叩かれているが,勤務先とかライブハウス名とかを大阪府知事が公開するのはまずいと思う(この件に触れる方も,そういう個人情報に繋がることはリンクしない方が良いと思う。同じライブに行ったかもしれない人が自ら感染しているかもしれないと疑うことができるという効果はあるかもしれないが)。2月13日にtweetしたように,その頃はまだテレビや新聞やSNSでは,臨床医を中心に,ただの風邪だから心配するなというデマを撒き散らす人がたくさんいたのだ。少なくとも,そういうスタンスをとっていたメディアが,愚かだといってこの方を責めることは,フェアではないだろう。そういうことが起きないように1月から情報発信していたのだが,伝わらなかったのが悔しい。ぼくは2月14日にマスギャザリングイベントは止めるべきと書いているが,その週末,はだか祭も青梅マラソンも熊本マラソンも京都マラソンも北九州マラソンも普通に行われてしまったのは,世間の多くの人がCOVID-19を甘く見ていたことを意味する。後付けで個人を叩くべきではないし,追い詰めてはいけないと思う。

西浦さんがJCMのEditorial第4弾(2020年2月29日付け)で,クルーズ船内での罹患率の逆算結果を報告している。クラスター対策班で忙しいだろうに,いつ眠っているのか心配になるほど八面六臂の活躍をされていて凄いと思う。結果は,2020年2月2-4日に感染のピークがあって,その後,罹患率が急に減少したこと,濃厚接触がなかった乗客には,移動制限が導入された2月5日以降の新規感染数はきわめて少ないと考えられること,もし移動制限が導入されなかったら,濃厚接触ありの人での累積罹患数は1373人,濃厚接触なしの人で766人になるはずだったところ,実際にはそれぞれ102人と47人にとどまったことであり,定性的には感染研が出した報告と一致していた。

WHOと中国の共同報告書(2020年3月1日,- 当該鐵人三國誌

「サンデーLIVE」という番組がパルスオキシメータに触れた(追記:軽症なら自宅療養の方が良い,という文脈で,じゃあ,どういうときに病院を受診したら良いのか? ということから,自覚症状の話を先にして,でもそれではわかりにくいので,何か数字でわかるものはないの? ということで紹介されたのであって,とある医療系tweetが誤解して流したような,それでCOVID-19感染がわかるなどというトンデモではなかったことは付言しておきたい)。岸田さんが随分前にtweetしていたが,テレビでは初めてではなかろうか。あの時点では良かったが,関係ないものまで買い占めが起きている今,テレビで流すのは良いかどうか微妙。ただ,併せてSpO2が91-95%のときの自覚症状の目安として,歩くと息切れすること,90%未満の目安としてじっとしていても息切れすることを挙げていたのと,換気を勧めていたのは良い。トイレットペーパーやコメが売り切れたことに関連して,外出しない方が良いという町の人の声を流していたが,ここは「外出しない」ではなくて「人混みにいかない」であることをコメントして欲しかったところ。昨日の大阪府知事会見とライブハウスの外観を流したのは止めて欲しかった。首相談話にあった15分の検査って,先日産総研が発表したやつだろうが,RT-PCRだったらChain Reactionのために一定時間は要するはずなので,何か違う原理を使うのだろうか。仮にそうだとしても,問題は時間ではなく,検出限界が現状より低いところまでいくかどうかで,検出系よりもサンプリング方法の問題であるような気もするので(体内のどこかに存在するが,鼻腔スワブや咽頭スワブの中に偶々ウイルスが含まれていなかったら,増幅できない),検査上の問題解決にはつながらないだろう。文科省から5000万円の資金をもらって長崎大学熱研を中心とするウイルス学者のグループが取り組んでいるのは,たぶんELISAで血液検査をする簡易検査方法(いわゆるPOCTの1つで,マラリアやデングのRDTとかA型インフルエンザのクイックテストのように,サンプル採取したその場で結果がでるもの)だが,それとも違うのだろうなあ。産総研の発表はスルーしていたが読んでみないと……検索してみたら,ブログで解説している方がいて,その記事によると,RT-PCRという原理は変わらず,Chain Reactionを高速化する技術のようだ。サンプリング方法や輸送方法の新技術はないのだろうか。

テレビでもSNSでも昨日の首相会見で全国一斉休校の根拠が示されなかったのは不満とするコメントが多いが,根拠などないのだから示せるわけがない。台湾のようなクラス単位や学校単位の休校基準の決め方なら合理的だが,それは元々日本の学校保健法でも休校は学校単位で判断されるものとなっているし,2009年のパンデミックインフルエンザ流行の前に定められたH5N1を想定した行動計画でも1例でも患者が出た都道府県という単位であった。今回全国一斉休校とすることで,逆に,感染者が出ている地域でさえ自由登校とか学童保育で引き受けるとかしてしまっては,感染拡大防止のためにはむしろマイナスだろう。

「サンデーモーニング」に出ている上氏,感染研の過去の成り立ちまで持ち出して不信を煽ってどうする。病院に行くことによって感染するリスク,検査を受けに行くことで手すりとかドアノブを介して接触感染するリスクを考えたら,風邪症状はあるが肺炎に至っていない人は,自宅で静養する方が良いのは明らかであろう。サンデーモーニング,再燃の問題について扱っているが,コメントした医師が肛門スワブの検査での陰性を退院基準に入れるべきとする論文に触れないのは残念。さっき見た「サンデーLIVE」の方がずっとマシな情報を伝えていた。

日経新聞は専門家会議メンバーの鼎談を報じてくれているが,ここで押谷先生が語っていることが本当なら,西浦さんが触れていた「最初のミッション」は北海道ではなくて和歌山だったのかもしれない。

堀口逸子先生のtweet。効果的なリスコミ方法を探る試みの一つ。良いことを思いついた方は,是非ご協力頂きたい。

WHOが中国とのジョイントミッションで,COVID-19についての報告書(2020年2月25日)を公開していた。岸田さんがNHKによるこの報告書の紹介記事を紹介してくれていて知った。原文が公開されているのだから,NHKもpdfへのリンクをしておいて欲しいところ。ざっと目を通したが,データから見える傾向は,先日の中国CDCの報告と同様だった(80歳以上の高齢者のCFRは,先日の報告書よりさらに高く20%を超えていたが)。概ね良いまとめだとは思うが,2つ以上の要因の組み合わせによる重症化リスクや致命リスクへの影響評価が分析されていないのと,CFRのバイアスに触れていながらIFRに触れてくれていないのが残念だった。

WHOの個人防護用具の合理的な利用についての中間報告(2020年2月27日)が,日報No.40からリンクされている。既に亀田病院のICUの林先生が一部訳されているとのこと。

London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM)が3月23日から始める無料のオンライン講義COVID-19: Tackling the Novel Coronavirus - Find out more about the outbreak of the novel coronavirus and its implications around the world.。扱う内容は,COVID-19はどのように出現してどのように同定されたか,世界のCOVID-19に対する公衆衛生学的指標,COVID-19対策を進めるためには何が必要か,といったことで,想定受講者は,ヘルスケア従事者と,我々がこのアウトブレイクにどう対処すべきかに関心がある人,とのこと。

感染研へのデマが広まっていてまずいと思っていたが,所長名できっぱり否定した文書が出た。

理論疫学の行政への反映(2020年3月2日,- 当該鐵人三國誌

既に書いたように,クラスター対策班の設置は,理論疫学研究に基づいた政策判断であり,これまでのところ,専門家会議がやったことの中で,最大の意義はこれだと思う。そのクラスター対策班から,日本でもR0のばらつきが大きいという分析結果(NHKの記事とその英語版はあるが,学術媒体にはまだ見当たらない)を出し,それに基づいたメッセージが厚労省のサイトで公表され(家族に感染が疑われた場合の8つの注意も,クラスター発生を抑える視点で書かれている。狭小な居住環境ではかなり難しいのが問題なのと,休校になってしまったことにより軽症の子供が在宅で過ごす場合にどうすべきかのメッセージも必要と思うが),厚労大臣からも発表されたのは大きい。疫学の知見が政策実装される大きな一歩(まだ初めの一歩だし,本当はすべての公衆衛生政策は疫学や医療経済学や行動経済学などの科学的知見に基づいて行われるべきだと思う。英国ではかなりそうなっているが,これまで日本ではほぼ皆無だった)。クラスター対策班がやっている対策が奏功して流行が終息すれば,世界の疫学や公衆衛生学の教科書に載るくらいの偉業。人は必ずしも合理的に行動しないし,全国一斉休校みたいな政治の暴走が邪魔をする可能性もあるので,油断はできないが。

岸田さんがこのtweetで紹介している,渋谷先生が作られた「感染予防のために、できること」というポスター(?)は良いデザインと思う。きれいなので,多くの人に届きそうな気がする。あと2パネル,換気と人混みを避けることを追加したら完璧かと思うが。

英国の保健大臣のCOVID-19と政府戦闘計画についてのプレスリリース。英国はまだリンクを追えている段階なので,封じ込めに全力を挙げているが,そのためにも20秒の手洗いが重要とか,パンデミックインフルエンザとCOVID-19の違いを踏まえてパンデミックインフルエンザ対策計画を修正して作るので,効果的なCOVID-19対策計画を迅速に作れる予定だとか,「政府とNHSは24時間週7日間体制でウイルスと闘っているが,それだけではウイルスと闘うことはできない。全ての個人がウイルスの拡散を制圧する助けになるための役割をもっている。もっと頻繁に手を洗うとか,くしゃみを捕まえる(訳注:咳エチケットのこと)とか,症状があったら救急に行くのではなく,NHSの111番に電話して得られる臨床的なアドバイスに従うとか」といった内容だが,日本にない動きとしては,引退した医療従事者を緊急登録すると言っている。在宅勤務を奨励したり,不要な旅行を控えて貰うことで,アウトブレイクのピークを遅らせるといったことも言っている。COVID-19を制圧するためには,英国でも,個人個人の協力が必要,と訴えるスタンスは日本と同じ。

北海道での確定診断がついた人77人に対してシミュレーションで求めた感染者数推定値940人というNHKニュース(西浦さん,とうとう論文発表よりも国民への周知を優先することにしたのだろう)だが,JCMのEditorial第2弾(IFRが0.3-0.6%と推定したもの)でも,感染者の10%程度が確定診断されているということだったので,割合としてはそう大きく変わらない(20200303注:これ,見出しに引っ張られてしまったが,2月25日時点での北海道の確定数は35人だったので,3%程度で,3倍違っていた)。物凄く大雑把に言えば,たぶん現在の日本の感染者数は数千人のオーダーだと思う(肺炎なのに検査されていない割合が他より高かったら,もう少し多いかもしれないが,たぶん桁は変わらないのではないか)。ただし,マスギャザリングなどで既に感染していた人が急に発症し始めたりしたら,実はもっと多かったのだと,翌週になってからわかるという可能性はあるかもしれないが。

ぼくは会員ではないが(かつて査読したり研究会に呼ばれて喋ったことはある),日本疫学会が新型コロナウイルス感染症特設サイトを2020年3月2日付けで公開した。まだ立ち上げたばかりでこれから充実させる予定らしい。基礎知識として用語解説を丁寧に書いているのはありがたい。これから期待したいのは,FergusonやLipsitchや西浦さんのグループの理論疫学研究の紹介や,用語解説のところに,感染症疫学用語だけでなく,検査性能についての臨床疫学用語も追加してくれること。

厚労省のサイトに,「新型コロナウイルス感染症対策の見解」と,新型コロナ いま、広げないためにというポスターが掲載されている。前者は北海道の特徴や必要な対策について突っ込んだ提言をしている。北海道を地域クラスターとして認識し,できる限り多くの人に,「軽い風邪症状(のどの痛みだけ、咳だけ、発熱だけなど)でも外出を控えること」と「規模の大小に関わらず、風通しの悪い空間で人と人が至近距離で会話する場所やイベントにできるだけ行かないこと(例えば、ライブハウス、カラオケボックス、クラブ、立食パーティー、自宅での大人数での飲み会など)」を呼びかけ,同時に「症状のない方にとって、屋外での活動や、人との接触が少ない活動をすること(例えば、散歩、ジョギング、買い物、美術鑑賞など)、手を伸ばして相手に届かない程度の距離をとって会話をすることなどは、感染のリスクが低い活動」とも書いている。最後に,全国の10代から30代に向けて(念のため書いておくと,症状があまり出なくて感染を広げる「若年層」というのはこの世代のことで,小学生ではないので,休校要請とは何の関係もない。その点,誤解やデマを広げないように注意されたい),人が集まる風通しの悪い場所を避けることも求めている。ポスターはリスコミの手段の1つとして作られたのだと思われる。

クラスター発生を予防できる可能性(2020年3月3日,- 当該鐵人三國誌

何だか軽く受け止められているが,「主な参加者が10代から30代である」(←注:この点は専門家会議の発表に基づいた推測で,詳細は論文待ち)「風通しの悪い空間」「人と人が至近距離で会話する場所」というクラスターに共通する特徴を見つけ([20200319追記] 後に明らかになったが,10代から30代にはあまり意味がなく,「換気が悪い」「多くの人が密集」「近距離で会話や発声あり」の3条件が重なることが重要だった。詳しくは後述),それを避けるように,と呼びかけることの意味は,クラスター発生を予防することにある。人々がこれを守ってくれないと効果は出ないし,守ってくれても,潜伏期間があるので,新規感染者数の減少という形で効果が見えるまでには1~2週間かかる。もちろん,クラスター発生を見つけて積極的疫学調査で接触者追跡し,感染者を隔離していくことも,感染拡大防止のためには重要だし,それも必死になされている。しかし,クラスター対策班の真骨頂は,クラスターに共通する特徴を見つけることにあったのだ。クラスターの連鎖でR0が高まるからクラスター対策すればR0<1にできるかも,という可能性は2月15日に発表された論文で示されていたし,パンデミック予測をしたProf. Lipsitchもわかっていたが,それでもパンデミックを防ぐのは難しいだろうとしていたのは,クラスターに共通する特徴を見つけてクラスター発生を予防するという発想がなかったからだと思う。ぼくもこの発表があるまで気づかなかったが,最初からそこまで読んでやっていたなら,前から天才だとは思っていたが,西浦さんは本当に凄い。メディアに数字が入っていないグラフだけ紹介されている研究は,それを考えたシミュレーションだと思う。NEJMとかJAMAとかLancetに投稿中なのではないだろうか。JCMもIFが5以上はあるが,あの結果が出たなら,ぼくだってトップジャーナルに投稿したくなるし,海外の多くの理論疫学研究者が無視できない成果となるためには,トップジャーナルに載せなくてはいけない。たぶん欧米もこのやり方に追従することを検討し始めるはずだし,本当に2週間後に北海道のエピデミックカーブが終息に向かっていたら,COVID-19に対して大きな希望となる。

このことを対策班が強く言っていないように見えるのは,やったとしても成功するとは限らないので,失敗したときの反動が怖いからだろう。モデルは完璧では無いし,ヒトの行動も理屈に合わない場合も多々あるので,仮に失敗してもクラスター対策班への信頼は失わないで欲しい。川端君の『エピデミック』に出てきたフィールド疫学者グループのように,彼らは確率の雲の中で踏みとどまりながら最善手を探して対策を取り続けているのだから。

首相周辺の暴走に過ぎない全国一斉休校を,やらないよりは感染防御になるだろうとか,他国はやっているとか,社会へのインパクトがあったので価値があったと賞賛するコメントを見かけるが,すべて間違っている。まず,インフルエンザとは違い,小学生が広げている可能性は低い。行動範囲がほぼ近隣に限られている小学生集団では,仮に1人の感染者が入ったとしても,他校に広がる可能性はほぼないので,感染者が出た時点でその学校だけ休校する方が感染拡大防止には合理的である。また,小学生は風通しの悪い場所で至近距離での会話を好まないのでクラスターを形成しにくいと思われる。さらに,ある程度席間が開いていて,授業していれば勝手に隣同士で喋ったりすることはある程度抑制できるが,自由登校で自習とか,学童保育に朝から行けるとかしてしまったら,感染者が1人いた場合に感染拡大するリスクはむしろ上がってしまう可能性がある。やるなら完全に休校して人と人の接触を減らさないと逆効果である。COVID-19で休校が感染拡大防止に役立つなどという研究は,ぼくの知る限り存在しない。インフルエンザとCOVID-19は感染症としての特性がまったく違うので,インフルエンザの知見を利用可能と思い込んでしまうのは大きな誤解である。次に,全国で1ヶ月も休校を続けているのは中国と香港だけだし,他の社会活動制限も強化されているので,流行が終息に向かっているように見えても,休校が感染制御に役立っているという証拠はない。イタリアでもアウトブレイク中の場所だけ休校だし,台湾の新しい休校基準でも,アウトブレイクになるまでは休校の判断は学校単位でなされる。社会へのインパクトは,間接効果として在宅勤務しやすい環境がもたらされたというプラスもあるが,それができる職種や規模は限られているし,全国一斉休校しなくても,在宅勤務を推奨してそれをした企業に補助金を出すことでも可能なはずだ。有給休暇以外の休業補償を100%(ただし日額上限8000円ちょっと)出すという今のやり方だと,安倍政権下で増え続けた非正規労働者が救われない。それに,根拠がなく結果の評価もないアクションが賞賛されてしまうと,首相周辺が余計に調子に乗って暴挙を重ね,緊急事態宣言ができるような立法とか改憲とか言い出す(既に言い出している)。さらに,この暴挙を専門家委員会やクラスター対策班や感染研の活動と結びつけた誤解やデマを広げる人が存在し,それに煽られた市井の人々が,この件とはまったく関係がない専門家委員会やクラスター対策班や感染研への信頼を失うという事態が起こりつつあるので,その意味でも首相の暴挙はマイナスでしかない。専門家委員会が何もしていないという誤解も見かけるが,専門家委員会はちゃんと活動している(第1回会議後の座長発表は失礼ながら酷かったが,それ以後は尾身先生や押谷先生が説明するようになって,情報発信面でも改善された)。専門家委員会の意見を求めすらせず,首相の独断で全国一斉休校要請を出したという暴挙でもわかるように,政策実施権力をもつ首相周辺が専門家委員会の提言を聞く耳をもっていないことこそが問題なのだ。今回やっと厚労省が専門家の意見を聞いてアクションをとってくれたのは,その意味でも大きい。

マスクが品薄という問題だが,クラスター発生中以外は,症状がなければ,どうしても至近距離での会話をしなくてはいけない時や,近くに咳をしている人がいるような場合を除き,する必要はないのだ,ということが共通認識になれば,品薄は解決するのではないか。トイレットペーパーすら店頭から消えるのは,たんなる群集心理で,マスクが品薄になる原因としては,必要ないときまでするから,という側面があると思う。ぼくは今のところ普段はしていない。

北大の学生への通知。専門家会議の北海道在住者宛のメッセージと同様だが,地域クラスターが発生したら,たぶんどこの大学でもこれをやらなければならないだろう。

神戸大も全学の学位記授与式は中止という通知が来た。学部ごと,研究科ごとの対応は未定。

クロ現プラスは,西浦さんのところまでは良かったが(アナウンサーがオッズ比11の出し方を尋ねてくれたらもっと良かった),大阪でCOVID-19だとしたら市中感染したらしい若い女性が,38℃以上が6日続き肺炎で医師が鑑別のため検査を依頼しても断られた映像は,2月29日の「かんさい熱視線」の使い回しだった。そのときも書いたが,これは当然検査すべきだし,こういう事例がどれくらいあるのか,医師会ごとにデータをとって公表すると,未検査のため見逃されているケースがどれくらいあるのか見積もれるはず。次の和歌山の例はクラスター対策のための接触者追跡をしての検査だからまったく意味が違っているのに,そこに触れず,偽陰性の話もせず,優先順位をつけて広く検査すべきという筋にもっていった賀来先生には失望した。

良いサイトが増えてきた(2020年3月4日,- 当該鐵人三國誌

一昨日触れた日本疫学会のサイトもそうだし,昨日の北大のアナウンスもそうだが,良いサイトが増えてきたように思う。

北大医学科の学生によるシミュレーション。若者と高齢者という2つのコンパートメントで,それぞれの間の接触を減らすとR0がどう変わるか,を数値計算している。思考実験としてわかりやすく書かれており良い試みと思う。

東北大学の新型コロナウイルス感染症への対応については,構成員向けのメッセージを日本語,英語,中国語で提供しているのが凄いと思う。留学生も多いのでどこの大学でも必要だろう。神戸大学もアナウンスは出しているが英語のメッセージは2月6日以降出ていない。東北大にお願いして使わせて貰うとかリンクするとかしたらどうだろうか。

プレプリントサーバから論文2つメモしておく。

Lymphopenia predicts disease severity of COVID-19: a descriptive and predictive studyは,リンパ球減少が重症化の予測因子になるというタイトルで,重要な研究かもしれないので後で読む。

An R package and a website with real-time data on the COVID-19 coronavirus outbreakも,中身をまだ見ていないが、データをRのパッケージにした人たちがいるようだ。

学会が中止になったり渡航制限がかかったりして,科研費が執行できなくなった場合,令和元(2019)年度科学研究費助成事業(科学研究費補助金)新型コロナウイルスを事由とした繰越申請の例についてに書かれている通り,3月6日(金)締め切りだが繰越申請できる。申請できるのは代表者なので,分担者は執行残を代表者に伝える必要があり,最近それ関連のメール連絡が多い。

COVID19医療翻訳チームからの発信というサイトがあって,WHOやCDCの発信やJAMAなどの論文の翻訳が公開されている。「本HPは有志医療者が中心となり新型コロナウイルス感染症の診療について現時点で公表されている情報をまとめる目的で作成されました」とのこと。意義ある活動と思う。

Tang X et al. "On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2" National Science Review, nwaa036(2020年3月3日)。ウイルスゲノム解析から,このウイルスが変異を続けていて,L型とS型が流行していると主張し,ゲノムデータと疫学データを結合した包括的モデルが緊急に必要と提言している。このジャーナルはOUPがホストしているオープンアクセスなオンラインジャーナルだが,中国及び世界中の科学技術の最先端の発展を報告するピアレビュー誌とのことで,IFは10を超えている。

テレビやSNSから群盲象評(~群盲象を撫でる)という言葉を思い出した。手を引っ張って別の物を触らせる自称専門家や,象をずらしたり障害物を置いたり押しつぶしたりする権力者が,事態をさらに悪化させているように思う。影響力が大きい人は,基本的事実を知らないなら黙っていれば良いのに。自分程度の発信力ではデマや誤解の拡散に対抗できない。

ここでいう象は,対策の前線に立つ人々にとってはCOVID-19そのものだが,その場合の邪魔は誤報やフェイクデータである。世間一般の人々にとっては,COVID-19であると同時に,対策の前線に立つ人々でもある。COVID-19は対策の前線でも厄介でわかりにくいのだから仕方が無いが,対策の前線に立つ人々に対してくらいは目を開こう。一次情報をちゃんと見よう。こういう意見表明は別だが,ぼくも情報提供したいときは,必ず出典を書いている(web上の情報ならリンクもしている)。出典を確認することが目を開くことになると思う。

世界が混沌としてきた(2020年3月5日 - 当該鐵人三國誌

群馬大学の方が代表でクロロキンを含む臨床試験が2月27日に申請されている。非盲検前向き単群試験なので,何もしない場合や他の治療法と同じ条件で比較することができないが,だいたい8割が軽症,2割が重症化ということは既にわかっているので,副次評価項目「投与開始後14日目までの重篤な疾病等の発生率と内訳」から,binom.test()で2割より有意に低いかどうかが検定できれば良いのか,たぶん。

Lancet Global Healthに載っているHellewell J et al. "Feasibility of controlling COVID-19 outbreaks by isolation of cases and contacts"(2020年2月28日)。接触者追跡と隔離によるアウトブレイク制圧の可能性を確率的なモデルでシミュレーションした結果の有効性を示しているようだ。発症前の感染が多くてR0が3.5だったら,制圧には90%以上の追跡が必要とも書かれている。たぶんランダムリンクネットワーク想定なのだろう。スケールフリーネットワークを想定すれば違う解が得られるはず。ちゃんと読んでみないとわからないが。

LancetのCorrespondenceでWang G et al. "Mitigate the effects of home confinement on children during the COVID-19 outbreak"(2020年3月4日)。アウトブレイク中の自宅封じ込めが子供(の心理面)に与える影響の軽減策を論じたもの。こういう側面も考えていく必要がある。

この産経の独自取材記事が出ていて,「2週間経たないと」どころか,中国と韓国の日本大使館が発行したビザを無効にするという入国禁止措置であった。オーストラリアも似たようなことをやっているから,それを真似したのかもしれないが。外務省のサイトにはこの件はまだ出ていないのでわからないが,産経の記事からすると,日本人が帰国する場合は2週間の停留措置がとられるということだろう。産経の記事からすると,この政策決定は,厚労省でなく「5日夕の国家安全保障会議(NSC)の会合で確認する」という話なので,科学的根拠に基づくというよりも,政治判断なのだと思う。IHR2005が設計されたときの基本思想が,こうも簡単に崩れてしまうとは。

イタリアの感染状況は細かく見ていないが,今日のニュースで報道されていた政策が,大学まで含む学校だけの2週間の全国一斉休校だとしたら,やはり愚策だと思う。そこまでしなくてはいけない蔓延状態だとしたら,そこから立ち直るためには,休校だけでなく,中国でされているような都市間交通停止とか外出禁止までやらないと効果が薄いだろう。蔓延状態でないのなら,学校ごと(あるいはせいぜい地域ごと)に休校判断をする,台湾方式の方が合理的だろう。

だんだん世界が混沌としてきた。うまく行かなかったときの反動が怖くても,やはり希望を示すことは必要ではないだろうか。

今後,仮にクラスター対策班の活動がうまく行って日本の流行を終息させることができたとしても,世界中で夏までに同じことができるとは到底思えないので,オリンピックとパラリンピックは中止せざるを得ないだろう。運営委員会の武藤先輩は,中止の方向で手を打っておくべきであろう。考えようによっては,熱中症になる人が選手からも観客からも多発して救急がパンクするという不幸を避けられるので,中止は悪い面ばかりではない。最初から嘘で固めて招致したオリンピックで,現場の人たちはいろいろ苦労しただろうから,延期で済むならそうしたい気持ちもわかるが,地球規模ではいつ終息するかわからないので,延期対応も難しいだろう。

安全保障になるのか?(2020年3月6日 - 当該鐵人三國誌

Bi Q et al. "Epidemiology and Transmission of COVID-19 in Shenzhen China: Analysis of 391 cases and 1,286 of their close contacts"(2020年3月4日)は,1月14日から2月12日まで深圳CDCが患者391人から1286の濃厚接触を追跡して得られたデータの分析から,R=0.4で局所封じ込めに成功したということと,家庭での大人から大人への感染と大人から子供への感染は同じ程度ということを報告している論文だが,この結果から学校閉鎖が有効な介入になることをサポートするかもしれないなんて言ってしまうのは早とちりで,これ家庭内での感染の話だから,子供たち自身が感染を広めているかどうかなんて見てないし,症状が弱かったら感染力も弱いと考える方が自然と諫めるコメントがつくのは健全。後のコメントをした人は疫学のプロでOne Healthを研究している方。最初のコメントをした人もJohn Hopkinsのヘルスセキュリティの講師で,素人ではないはずなんだが。川端君の『エピデミック』にも出てくるが,疫学的推論においては,常にロジックの強度に意識的であることが非常に重要。

JAMAから2つリンクしておく。

Young EB et al. "Epidemiologic Features and Clinical Course of Patients Infected With SARS-CoV-2 in Singapore"(2020年3月3日,無料でダウンロードできるが,いつの間にか,JAMAは個人アカウントを作ってログインしなくてはいけなくなったようだ)は原著論文で,シンガポールのSARS-CoV-2感染者の疫学的特徴と臨床経過について報告している。

Ong SWX et al. "Air, Surface Environmental, and Personal Protective Equipment Contamination by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) From a Symptomatic Patient"(2020年3月4日)はresearch letter(注:短報のようなもので,一般に原著論文より査読の壁が低いことが多い)で,症状のある患者からのSARS-CoV-2による空気,環境中の物の表面,個人防護用具(PPE)の汚染,というタイトル。シンガポールのデータで,患者3人(で症状の程度も2人が中等度,1人が軽症)だがウイルス排出量に大きなばらつきがあること,空気サンプルはすべて陰性だったこと(排気口は陽性),PPEの汚染は靴表面から1サンプルだけだったこと,などを報告している。サンプルサイズが小さいのであまり情報量はないが(AFPBBが報じているトイレの汚染も1例だし),既報と矛盾はしない。

昨日触れた入国拒否は専門家会議は何も聞いていない話だったと東京新聞が報じている。対策本部に出てきた昨日の国家安全保障会議からの資料2が中国・韓国・イランからの渡航制限の内容と思われる。これも現在の流行状況で有効であるという科学的根拠はない。しかも,国籍による差別を含んでいる(宿主の国籍はウイルス感染とは明らかに無関係)。もちろん,一般に人口移動を制限する方が,しないより感染症の伝播を下げることは,定性的には明らかだ。しかし,どれくらい効果があるのか,デメリットはどれくらいあるのかの見積もりもせず,国家安全保障の観点から政治的に判断というのは,とても危うい(日本だけでなく,複数の国がこれをやっているのは,もっと危うい。昨日,世界が混沌としてきた,と書いたのはそういう意味だ)。例えば,中国が1月に武漢市を封鎖したように,国内でクラスターが発生している地域とそれ以外の人口移動を制限する方が,感染拡大の抑制には明らかに有益だろう。もっと極端な話をすれば,新興感染症の患者が1例見つかった場合,仮にワクチンが存在したなら,リングワクチネーションという方法があり,患者周辺の10万人にワクチンを打てばRt<1となって封じ込めできる可能性が高いが,ワクチンがなくても患者周辺の10万人を封鎖してしまえば,そこから外には感染は広まらないことになる(ワクチンの場合と違って,封鎖圏域内は見捨てることになるが)。しかしCOVID-19は不顕性感染も軽症で診断されないままの人も多いため,陽性の人が1例見つかった時点で既に10万人圏域より外に感染が広がっている可能性があるから,こういう形での封じ込めが成功する可能性は低いし,武漢市封鎖のようなやり方は(中国はSARS流行時も街ごと封鎖というのをやっているが),CFRが2%とか3%の病気では,他の国では人道上無理だろう。市中感染がある程度発生している状況で打つ政策ではないと思う(市中感染発生より前か,クラスター対策が成功して封じ込めに成功する見込みが出てきた後なら,まだ検討の余地はある)。2月1日から流行地からの入国については個別に閣議決定で指定して制限を掛けてきたわけだし。これも単なる首相の「やってる感」アピールだろう。しかもレイシスト的支持者層向けなのが救われない。

先日プレプリントサーバに載っているのを紹介した,"An R package and a website with real-time data on the COVID-19 coronavirus outbreak"というタイトルの論文だが,3月5日付けで更新版がアップロードされていた。前のバージョンでは,COVID-19の公開データへのアクセスを容易にするためのRパッケージを開発したという論文だったが,更新版では,それを可視化したり予測をするウェブアプリも開発したと報告されていた。

クロロキンについてAntiviral ResearchというジャーナルにOf chloroquine and COVID-19(2020年3月5日掲載)というコメンタリーが出たが,とくに新しい情報はなかった。ぼくと同じ認識。2月上旬から中国では治験が始まっているのに,まだ信用できるデータが出てこないのは遅い気がするので,やはりネガティブだったのか?

メディアの役割(2020年3月7日 - 当該鐵人三國誌

昨日,大友良英さんが,舞台を有料でライブ配信するというtweetをされていたので,それを引用RTして,「演劇だけでなく、当面、ライブはこういう形にするしかないのかも。換気を良くして席と席の間を十分に広くとって声を出すのを禁止、飲食なしという形で運営できる劇場やライブハウスの形ができるまでは。もっと難しいのは、どこまでそういう対策をしたらOKかというコンセンサス形成か。」と書いたが,方法論は専門家の助言を十分に得ながら劇場側が主に考えることだろうが,コンセンサス形成は広く議論がなされなくては不可能なので,メディアの果たすべき役割はそこなのではないかと思う。川端裕人『エピデミック』で,新聞記者の赤坂が,棋理文哉の意見(MASUDAさんが引用してくださった)に納得するしかなかった,という場面が出てくるが,現実のメディアの皆さんも,自らがPHEICになった新興感染症アウトブレイクに際してどういう役割を果たすべきなのかを深く考えて動いて欲しい(注:今回,クラスター対策が成功するためには,世間一般の人々の協力が不可欠なので,我ながら少し書きすぎているのは自覚している。2009年のパンデミックインフルエンザのときは,早々に危機的ではないとわかったし,尾身先生に対しても押谷先生に対しても西浦さんに対しても,違うと思うところは違うと書いていた。しかし今回,既に書いたように,クラスター対策はほぼ最後の希望で,失敗すると1年間で世界の半数が感染し,その0.3%が亡くなることを避けるのが難しくなる可能性が高い。もちろん根拠のない政治家の思いつきはどんどん批判してくれて構わないが,クラスター対策班にはメディアの協力も欲しい)。

ハーバードのProf. Marc Lipsitchのグループの先見性というか,視点の時空的広さは凄いな。Kissler SM et al. "Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the post-pandemic period"(2020年3月6日)は,プレプリントサーバに載っている論文なので,まだ査読を通っていないわけだが,このままだと世界人口の40-70%が感染するパンデミックが起こると予測している彼らだからこそ,パンデミックが終わった後に,このウイルスの伝播の動態がどうなるのかについて予測しようなどと思うのだろう。

Buzzfeedの専門家会議の岡部先生へのインタビュー第2弾はGood Job。語られている内容は,ぼくがこのブログ(2019-nCoVについてのメモとリンクに採録)で,たぶん専門家会議やクラスター対策班はこういう根拠に基づいてこういうロジックで動いているのだろうと解釈し説明してきたこととほぼ一致しているが,こうやって,直接専門家会議メンバー自身の声を表に出してくれると,説得力が違う。

マスクについては,JAMAのこのtweetに載っていることが常識になると良いなあと思う。

北大は職員から感染者が出たため,後期日程入試を中止した。これは各大学考えておかねばならない問題。神戸大の執行部は考えてるだろうか。

昨日,医師アカウントで誤解を招きそうなtweetがあったので,CFRとIFRをごっちゃにした記事がいまだに出るのが腹立たしいとスマホから引用RTした。スマホから長く打てないし補足説明として適切なURLを参照するやり方が思いつかなかったので,舌足らずと思いつつのtweetだったが,Hiroshi Makita, Ph.D.さんが補足してくださったので,「ありがとうございます。スマホから細かく書けなくて。補足すると,http://minato.sip21c.org/2019-nCoV-im3r.html#EPIPAPERの西浦さんの第2弾https://www.mdpi.com/2077-0383/9/2/419にある通り,従来使われてきたのはCFRで,IFRは状況のわかっているCFRから推定しますが,CFRは検査・検出状況に依存するので,IFRを使う方が普遍的議論が可能です」と補足tweetした。本当は,日本疫学会の感染症疫学の用語解説で,CFRとIFRについて(できれば,2009年のパンデミックインフルエンザのときに西浦さんが出した論文でされていたsCFRとcCFRの議論も踏まえて)解説を載せて欲しいところ。

2月24日のWHOと中国の共同報告で可能性について触れられたこともあって,クロロキンの需要が増えているということで,メーカーの1つが供給を確保することに集中していると宣言していた。

中国のCOVID-19診断治療ガイドラインが改訂されて,リン酸クロロキンを武漢の病院で285人のCOVID-19で"critically ill"(重篤?)な症例に投与し,明らかな副反応は皆無であったこと,最新の治療ガイドラインでは18-65歳の患者に対して500 mgを1日2回7日間投与するとなったことが報告されている。この量ならマラリア流行地で村人が店で買ってマラリアの自己治療するのと変わらないから,まあ副反応はないだろう(米国では処方箋なしには買えないが,CDCもマラリア流行地を旅行する人のための予防内服薬として薦めている)。問題はそれでどれくらい効いたかなんだが,285人の治療成績が書かれていないのが不思議だ。

COVID-19だけの話ではないが,Prof. Marc Lipsitchのグループが書いた論文,McGough SF et al. "Nowcasting by Bayesian Smoothing: A flexible, generalizable model for real-time epidemic tracking."(2019年6月7日)が,PLOS Computational Biologyに載る予定とのこと。そこで使った計算コードがNobBSというパッケージとして整備され,2020年3月3日付けでCRANに載った。

ウイルスの分子生物学というか遺伝疫学的なデータとして,Nextstrainの"Genomic epidemiology of novel coronavirus (HCoV-19)"は参考になりそう。

Anderson RMとかHeesterbeek Hといえば理論疫学の大御所で,いま理論疫学をやっている人は,ほとんど"Infectious Diseses of Humans"とか,"Mathematical Epidemiology of Infectious Diseases"で勉強したことがあるはずだが,彼らがLancetに寄稿したコメント,"How will country-based mitigation measures influence the course of the COVID-19 epidemic?"は,死亡と経済影響の両方を最小化することができないために,国によってCOVID-19に対してとっている緩和方策が違っているので,それがCOVID-19の流行過程にどのように影響するのかを論じている。ただ,この大御所たちにして,CFRとIFRの区別をしておらず,季節性インフルエンザのCFRが0.1%のオーダーだというLi L et al.のAm. J. Epidemiol.の2018年の超過死亡を扱ったレビューを引用しているのは残念だ。Heesterbeekなんて西浦さんや稲葉さんとつながりあるはずだから,JCM特集号の西浦さんのEditorial第2弾くらい読んでくれても良いのになあ。もちろん,Prof. Lipsitchが「(各国がとっている)対抗策の秀逸なレビュー」とtweetしている通り,それ以外の部分はさすがと思うが。

症状があったら休みましょう(2020年3月8日 - 当該鐵人三國誌

発症後もスポーツジムに5日間行ったという事例が報告されて,クラスター対策への協力要請が届いていないのか,と絶望しかける。が,ジムに行っていた期間は2月25日から3月1日だったので,「新型コロナウイルス感染症対策の見解」が専門家会議から出る前のことだったか。この事例を他山の石として,症状のある人は外出しないで欲しい。せめて人が集まるところには行かないで欲しい。もちろん発熱4日とか肺炎症状とか,他の症状でも医師への相談が必要と思われる場合は,医師――医療法や地域保健法に基づく現在の医療制度における理想ではかかりつけ医だが,英国のGPやキューバのファミリードクターのような意味での「かかりつけ医」はシステマティックに存在しないのが日本の現状で,その理由の1つは医療法が二次医療圏以上しか計画配備を求めていないからで,どの病院に飛び込んでも(初診料が高くなることはあるにせよ)保険診療が受けられるという利点とは裏腹なのが悩ましいところ――やコールセンター(これは保健所より市町村保健センターレベルにした方が良いかもしれないが)に相談すべきだが。

これは,COVID-19のアウトブレイクが終息した後でも継続する必要がある。風邪やインフルエンザでも薬を飲んで仕事や学校に行くのではなく,休むべき。それを社会規範として受け入れるべき。木村知『病気は社会が引き起こす』が主張する通り。

テレビで橋下氏が2009年に大阪が1例発生時に府下全校休校したことを,さも自分の英断であるかのように言っているが,当時の新型インフルエンザ行動計画では,都道府県単位で1例でも患者が出たら全校休校と決まっていたのに従っただけのことだ。行動計画がそうなっていた理由は,フランスのデータに基づいた数理モデルで,インフルエンザの場合に患者数を最小にするにはそれが有効とわかっていたからだ。しかし,大阪と兵庫しかそれに従わなかったのは,2009年のパンデミックインフルエンザはcCFRもsCFRも十分に低く,とくに日本では500例の時点で重症化ゼロだったので,患者数を最小にしなくても良いと判断できたからだ。過去の話だから誤魔化せるとは思わない方が良いと思う。

加藤大臣が感染症法の適用でこうするしかなかったと言っているが(当時は専門家会議が招集されたのより遥かに前なので,誰の判断なのかわからないが,感染症法第6条9が定める新感染症は病原体が特定されていないという要件ではないので,明らかに法律には反している。もっとも,ショーンKYさんがtweetで指摘される通り,厚労省内部的にはその認識が共有されていたのかもしれないが,病原体が特定されていても疫学的特徴が未知な時点では,どのように広まるか,どれほど死者がでるか,どれほど医療資源が必要かなど,何もわからないので,「わかっている」とは言えない),1月27日の時点で,病原体が2019-nCoVと呼ばれていたウイルスであることだけはわかっていたが,疫学的特徴はほとんど未知であり,一方,これがヒト=ヒト感染する新興感染症であって,湖北省のように急速に蔓延する可能性があることもわかっていたのだから,その時点で新感染症にしない理由はなかったはずだ。このメモにはその日にそういうコメントを書いているが,国会議員もメディアも1人としてその質問はしてくれなかった(もししてくれていたら,ショーンKYさんのtweetに書かれているような厚労省の認識が顕わになったので,それで良いのかという議論に進んだはずだ)。自分の声の届かなさが悔しい。

後でTAKASHIMA Hidehiroさんのtweetで知ったが,法学的解釈も,SARSの新感染症から指定感染症の切り替えが,病原体の特定が要件だったわけではないという,普通に感染症法や新型インフルエンザ等対策特別措置法の条文を日本語として読んで考えられる解釈と違っていないことが書かれている文書を知った。ぼくは法律のプロではないが,法解釈は官庁内部の暗黙知に従うのではなく,TAKASHIMAさんが示された文書にあるように,あくまで条文そのものに依拠すべきであって欲しい。

数日前から東京都が公開している,COVID-19のデータ(CSVでダウンロードできる)をGitHubでオープンソースのコードを開発してビジュアル化するサイトは,東京都副知事の企画だったのか。センスいいなあと思うと同時に,東京都ができるなら厚労省にだって制度的にはデータのCSV公開ができるんじゃないかと思った。CSVデータのフォーマットを揃えるだけなら技術的にはどの都道府県の誰でもできるはずだし,ビジュアル化のコードもオープンソースなんだから流用できるだろうし。

WHOが2020年3月3日に発表した文書の"2. How to manage COVID-19 risk when organizing meetings & events"は,なぜ集会やイベント運営者がCOVID-19について考えなくてはいけないか? と問題提起し,集会やイベントの事前,最中,事後にCOVID-19のリスクを避ける,あるいは減らすために鍵となる点をリストしている。以前,マスギャザリングへ運営者に向けた中間報告は出ていたが,今回のものはもっと小規模な集会やイベントも対象としている。

大学ジャーナルオンラインの記事には,リンクもしているのに,学術会議の声明を読めばわかる,学術会議が基本的に専門家会議の方針を支持していることが,なぜ触れられていないのだろう?

クラスター分析論文(2020年3月9日 - 当該鐵人三國誌

英国の医療システムは,GPと呼ばれるかかりつけ医が通常の一時診療をし,入院や高度な医療が必要なら病院へ紹介するという点が確立しているが,GP向けのCOVID-19対応実践ガイド(2020年3月6日,BMJ)を見ると,咳,熱,息苦しさの症状が1つ以上あれば,(通常通り)GPに電話相談すること,となっている。その上で,発症14日以内にハイリスク国から帰ってきたか,COVID-19感染が既にわかっている人と濃厚接触があったら,直接地域のHealth Protection Teamに報告することとなっている。GPは重症と判断したら999に電話,軽症なら自己隔離を勧める,など,GPが果たすべき役割が細かく規定されている。GPは住民2000人当たり1人くらいの割合で存在しているはずなので,保健所のコールセンターよりずっと相談しやすいはず。やはりプライマリケアは大事だと思う。もちろん,GPを特徴とする英国NHSだって欠点がないわけではないが。

西浦さんたちのNishiura H et al. "Serial interval of novel coronavirus (COVID-19) infections", IJID, DOI: https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.02.060(2020年2月27日受理)は,世界で既に発表されている28組の感染者=被感染者ペアデータの分析から,COVID-19のシリアルインターバル(最初の感染者の発症時から二次感染者の発症時までの時間。発症間隔という日本語を西浦さんは使っている)を推定した論文。中央値4日で,潜伏期間の中央値より短いことから,かなりの感染が未発症時に起こっていることを示唆している,と書いている。シリアルインターバルが短いので接触者追跡が難しいとも書いている。この論文が投稿されたのは2月14日だから,西浦さんがクラスター対策を着想したきっかけとなった論文が出た前日のことだ。

日本でも感染者1人から発生する二次感染者数のばらつきが大きいことは,3月2日の時点でNHKニュースにもなっていたし,厚労省のQ&A(3月2日にはQ12だったが,今はQ14になっている)にも載っていたが,プレプリントサーバにはNishiura H et al. "Closed environments facilitate secondary transmission of coronavirus disease 2019 (COVID-19)."(2020年3月3日)としてアップロードされていた。著者はクラスター対策班のメンバーとなっている。伝播リスクが高い状況を同定するため,2020年2月26日までの11のクラスターの110症例を調べている(東京の4つのクラスター,愛知,福岡,北海道,石川,神奈川,和歌山からそれぞれ1つのクラスターを含んでいると書かれているが,残り1つはどこなんだろうか? 数え間違い? 書き忘れ?)。すべてのクラスターが室内環境(フィットネスジム,屋形船,病院,雪まつりの換気の悪いテントの食事スペースを含む)での濃厚接触と関連していたというのはNHKでの発表の通り。110症例のうち二次感染者を生み出していたのは27例(24.6%)しかいなかったというのもNHKでの発表の通り。この二次感染者数分布は,平均0.6,分散2.5で,閉鎖環境にいた感染者は,オープンエアの環境にいた感染者に比べて,18.7倍(95%CI: 6.0, 57.9)のオッズを示したこと,この分布の95パーセンタイルを超える(この場合,3人以上に感染させる)のをスーパースプレッディングイベントとすると,そういうイベント絡みの感染者は11人いて(=10%,というのは95パーセンタイルと矛盾するような気もするが,2人以上の感染者が絡むイベントがあるということだろう),そのうち9人は閉鎖環境で感染を発生させていたことから,閉鎖環境でのスーパースプレッディングイベントのオッズ比は29.8(95%CI: 5.8, 153.4)であったというのは顕著な結果だ(フィクションだが,川端裕人『エピデミック』の終盤で,フィールド疫学者島袋ケイトが真の感染源に気づいた場面で出てきたオッズ比より高い)。閉鎖環境がスーパースプレッディングイベントを起こすのは,フランスのスキーバンガローや韓国の教会や病院関係のクラスターを考えればありそうなことで,Disperson vs. Controlを考えれば,閉鎖環境での不要な濃厚接触を減らすことで,日本におけるRを1未満にするのに十分であると期待する,という主旨になっている。論文の主旨が,概ね3月2日から3日にメモした読み通りで良かった。クロ現プラスではオッズ比11というパネルが出ていたが,あれはデータが違うのだろうか。なお,たぶん,クラスター対策でこれくらい減るというシミュレーションの論文を別途投稿していると思うのだが,それはまだ見つからない。

北海道でも,東京都のオープンソースのコードを使って,道内の最新感染動向というページができた。ただ,少し残念なのは,本家の東京都はデータをCSVで公開しているのに,北海道はCSVでダウンロードする仕組みがない(少なくとも簡単には見つからない)点(もっと残念なのは,道庁の新型コロナウイルス感染症についてからリンクされていない点。都内の最新感染動向は東京都のドメインなので信用できるが,道庁がリンクしてくれないと真正性がわからない)。47都道府県で統一フォーマットでCSV公開されれば,厚労省がやらなくても自動集計できるのに。今後に期待か。

Gigazineが新型コロナウイルス対策はとにかく「手洗い」に尽きるとWHOが様々な噂をメッタ斬りと題して,WHOのCoronavirus disease (COVID-19) advice for the public: Myth bustersを日本語でわかりやすく紹介している。これは良い仕事と思う。

専門家会議についての報道を見たところ,3月19日までに北海道のクラスター対策がうまくいったかどうか評価するという見通しが示されたようだ。ただ,クラスター発生予防はそこで終わりではなく,ワクチンか治療薬が見つかるか,国内終息まではずっとやらなくてはいけないはず。テレビの報道は19日までは,みたいな伝え方をしているのが怖い。尾身先生が説明された,「換気が悪い」「多くの人が密集」「近距離で会話や発声あり」という条件は,クラスターが発生しやすい条件なので,この3条件が重なる場を避けることは,少なくとも,その地域の新規感染者がゼロの状態が2週間続くまでは必要になるだろう(新規感染者が1人検出されることは,おそらくその10倍は感染者がいることを意味するので)。

逆に大型イベントでも,換気が良く,声を出さず,密集しないなら,WHOのイベント実施ガイドラインに従ってやって良いという話になっていくのではないか。スポーツだと卓球やバドミントンは換気と両立しにくいので,やり方が難しいかもしれないが,野球やサッカーは観客の入れ方を工夫すれば実施可能であろう。 ライブハウスや屋形船は(あるいは,北大の岸田直樹さんがさきほどtwitterで指摘していたようにお通夜などは),この3条件を避けるような営業形態を工夫しなくては,なかなか難しいだろう。演劇や音楽演奏は有料配信にする試みも始まっているし,スポーツジムは個室化とかインストラクターがインカムで指導するとか,やりようがありそうだ。夏になったら減るという言説も否定されていたが,夏になって減るという発想が間違っているのは,熱帯でも流行していること,COVID-19同様に新興感染症であった2009年の新型インフルエンザは日本でも夏から本格的に流行したことを考えれば最初から明らかだったのに,減ると思いたがっている人が多かったのは不思議だった。

傾きが緩い意味(2020年3月10日 - 当該鐵人三國誌

普通,ヒト=ヒト感染が起こるように変異した感染症の場合,基本再生産数R0は初発患者から二次感染者に感染するときも二次感染者から三次感染者に感染するときも変わらないが(フィクションでは変わることになっている場合もある),行動様式や環境条件が違う集団では違っていても当然だし(例えば,蚊が媒介する感染症だったら,蚊が多い環境ならR0>1でも,蚊が少なければR0<1となることは,直感的にわかるだろう),感染の世代を重ねるうちに,集団内に免疫をもつ人が増えてきて,再生産数は減っていく。あるいは,ワクチンを打ったり,予防薬や治療薬を飲むことでも,やはり再生産数は減っていく。そういう状況に至ってからの再生産数を実効再生産数(記号はRtを使うことが多いと思う)と呼ぶ。R0が2である場合,平均的には,発症間隔が過ぎるごとに,新規感染者が2倍ずつ増えていくことになる(ばらつきがあるので,実際にはぴったりとは合わないが)。元々R0は,20世紀初頭にLotkaが見つけた内的自然増加率に基づいて定式化されたパラメータであることを考えれば,1回だけ侵入した感染源からの感染拡大(point source propagation)の場合,流行初期の新規感染者数が指数関数的に増加するのは当然である。横軸に日付,縦軸に新規感染者数の対数をとったグラフを書くと,当然,最初のうちは直線になるはずで,R0はこの直線の傾きである。仮に,新規感染者数が一定の割合で過小評価になっているとして,定数倍によって推定される真の新規感染者数の推移を見ても,直線が上下にずれるだけで,傾きは変わらない。仮に,検査数の上限のために新規感染者数が押さえられているとしたら,指数増加でなくなるので,片対数グラフで直線にならない。従って,昨日からtweetを賑わせているように(自分でデータを確認していないので,それ自体に選択バイアスや情報バイアスがある可能性もあるが),日本の新規感染者数の推移が,片対数グラフ上で他国よりも傾きが緩い直線に乗っているのなら,(仮に検査が絞られているために絶対値としては過小評価だとしても)日本におけるRが小さくなっていることを意味する。クラスター対策の結果はあったとしても3月12日以降にならないと出てこないから,このこととは無関係だ。理由として考えられるのは,かなり早期から手洗いの重要性を強調し,わりと多くの人に手洗いの習慣があったこと,元々の対人距離が他国より大きくあまりスキンシップをとらないこと,マスクをしている人が多いこと,などだろうか。専門家会議が「一定程度,持ちこたえている」と言ったこととは整合性がある。

Lancetに武漢の成人入院患者データの後向きコホート研究から臨床経過と死亡のリスク因子を調べた論文が載っていた。Zhou F et al. "Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study"(2020年3月9日掲載)である。あとでちゃんと読もう。

迅速な情報集約と公表のシステム化の必要性(2020年3月11日 - 当該鐵人三國誌

注意深く厚労省のサイトや論文を見ていれば公表されていることでも,記者会見などでメディアが騒ぐまでは半月から1ヶ月近くのタイムラグがあるのは,リスコミ戦略なのだろうか(対策がうまく行かなかったらスペインかぜ規模のパンデミックになるという予測は1月末時点で立っていたことだ。このメモのその頃の記述を見ればわかる)。それってリスコミとして筋が良いとは個人的には思わないのだが。例えば,クラスター対策班が3月3日にプレプリントサーバにアップロードした論文(3月9日に紹介した)には,クラスター発生の場所として「室内環境(フィットネスジム,屋形船,病院,雪まつりの換気の悪いテントの食事スペースを含む)」と,「病院(hospitals)」が含まれているのだが,メディアが注目していないので,これもきっと半月後くらいになってから騒がれるのだろう。しかし,ぼくでさえクラスター対策が始まった直後の2月28日に考えたことだから,クラスター対策班や専門家会議は当然考えているだろう。入口なども含めた他の患者との完全分離は可能だろうか? もちろん患者自身が受診時点でわかっているはずはないのだから,何度か書いているように,個人的には,線引きとしては「肺炎外来」のような形にするしかないような気がするが,この「どこで線を引くか」という議論を,十分な情報共有をした上で,さまざまな分野の専門家や実務者がオープンに議論して摺り合わせて行くことが本来のリスコミの役割だと思う。

検査よりも大切なのは,情報の集約公表体制の整備と迅速化だと思う。何度も書いているように(昨日もtweetしたが),感染症法で1類から4類は全数報告することになっているので,COVID-19も指定感染症になった時点で(もちろん新感染症になっていたとしても同じ),全数報告疾患として医療機関→保健所→都道府県感染症情報センター→国立感染症研究所で集約してIDWRとして毎週発表というサーベイランスシステムは存在している(感染症サーベイランス事業)。しかし,この仕事は他の仕事もしている職員が兼務しているのが普通で,その人手も圧倒的に少なく,しかも手作業がほとんどであるため,例えば3月10日に最新のデータとして公表されたのが3月1日までの1週間であるという遅さになってしまっている。検査は都道府県衛生研究所や,今後は民間でもされるかもしれないが,そこから検査を依頼した医師にデータが戻ったら,自動的にオンラインで全国規模のデータベースにアップロードされ,即時に集計結果が公表されるというシステムを作ることは可能だったはずだ。それをすぐに実現することは難しいだろうが,医師から保健所への報告をオンラインにして(なっているかもしれない。現状は知らない),保健所や都道府県感染症情報センターに専従者を配置し,感染研の担当者を増やせば,毎日CSV更新くらいは可能ではなかろうか。

もう十年以上前から思っているが,もう一つ情報の集約と公表体制を強化して欲しいのは,人口動態統計である。日本は,海堂尊『死因不明社会』に書かれているように,死後死因究明が積極的になされない場合が多いので,死因統計の信頼性は欧米に比べると低いが(とはいえ,全国がん登録が始まる前,地域がん登録への協力に地域差が大きかった頃には,DCO [Death Certificate Only] 割合という,死亡時に初めてその人のがん罹患が報告された割合を,がん罹患者数の推定の補正に使っていたくらいなので,そこそこ信頼できる),死亡届は必ず市区町村に提出されるので,数としての死者数については信頼できる統計がある。しかし,これも公表が遅くて,しかも個人レベルのデータを使うための手続きは,米国などに比べるとずっと面倒なのが欠点だ。2020年3月6日に公表された最新の人口動態統計月報は,2019年10月のデータなのである。これを見ると2019年10月の日本の死者数が113,257人だったことがわかるが,日ごとの値が知りたかったら死亡小票を請求して自分で集計するしかない(公衆衛生分野では随分前からNational Death Indexを作るよう求めているが,実現に向かうような動きは見られない)。人手が足りないのだとは思うが,半年前の値しかわからないのは,さすがに時間が掛かりすぎと思う。例えば,仮に,既にCOVID-19で亡くなっているのに検査されず診断されていないための過小評価があるとしたら,1月以降の日ごとの死者数が,発症間隔推定値である5日か6日ごとに指数的に増加しているはずであり,その増加分がCOVID-19による超過死亡と考えられるだろう(前年同時期と比べて季節性変化成分がないか検討が必要だが)。人口動態統計についても,その気になればオンライン即時集計システムもハードウェアとしては構築できるはずだが,政府はその辺りに力を入れてくれていないのが大変残念(それでも,医療現場やコミュニティレベルでとられているデータが自治体や全国レベルではまともに集計されない,というかつて途上国でよく見られた状況よりはマシなのだが,例えば戦闘機1台分の資金をこちらに振り分ければ,システム開発と運用に必要な専従職員の雇用くらいできるのではないか?)。

インフルエンザについては,WHOがFluNetという世界規模のサーベイランスの仕組みを作っているが,それでも途上国からの報告値の信頼性が低いことは,予測を難しくしている。COVID-19については,流行早期からJohns Hopkins大学やWHOのArcGISを使ったサービスなどの形で感染者数と死亡者数の情報が提供されてきたし,日本でも多くの方がボランティアで情報収集し可視化してくれているが,おそらく情報収集部分が手作業なので,持続可能性に限界があると思う。地球規模で正確なデータを迅速に(できるだけ自動化して)集約し整理し,情報密度が低い国や地域からの情報については空欄が多くても良いので統一フォーマットの,CSVやXMLやJSONのような機械可読な形で公表する仕組みを確立することが必要だろう。それこそWHOが音頭をとってやったら良いと思うし,パンデミックになってしまった現在,GAFAなど巨大IT企業の協力を得たら可能と思うが。

ハーバードSPHのProf. Lipsitchが3月9日に,感染拡大させそうなマスギャザリングイベントとしてボストンのSt. Patrick's paradeに反対していたが,今年は中止になったと発表されて良かった。

20年近く前に「マスメディアへの要望」という文章を書いたが,取材対象の「専門家」を正しく選んでほしいという項目を追加すべきかもしれない。Prof. Marc Lipsitchのこのtweetと,そこへのコメントによると,Washington PostやWall Street JournalはCOVID-19関連の記事は無料提供する仕組みを作ったらしい。COVID-19は人類共通の敵なので,学術誌の多くもCOVID-19関連論文をオープンアクセスにしているように,メディアもこれだけは無料(あるいは格安)にしたらどうか。そうすると,受けを狙う記事を出す必要がなくなり,結果として情報としての質も上がると思う。まあ,民放テレビは広告で回っていて,そもそも視聴者は金を払っていないから,そこには応用できないが。

Prof. Lipsitchが指導している大学院生が筆頭著者になっている論文,Li R et al. "The demand for inpatient and ICU beds for COVID-19 in the US: lessons from Chinese cities"(2020年3月)が,ハーバードの機関リポジトリで公開されている。武漢市と広州市のデータから,米国においてCOVID-19の患者とICUベッドの需要がどうなるかを予測した論文。武漢のようなアウトブレイクが米国の都市で起こったら,年齢分布の違いを考慮すると,ピーク時には成人1万人当たり2.1-4.0人という重篤患者数が予測されるし,基礎疾患として高血圧がある人が多いことを考慮すると,その数字は成人1万人当たり2.6-4.9人になるだろうとし,それは米国の医療の許容量を超えると論じている。また,都市封鎖(lockdown)をしても,潜伏期間や入院から治癒あるいは死亡までの期間がかなり長いためもあって,武漢では1ヶ月後,広州では2週間後が入院患者や重症者のピークだったので,すぐに患者が減るわけではない,という点も指摘している。インペリグループの研究もそうだが,迅速性を考えると,重要な論文を大学の責任において公開するというやり方もありかもしれない。

安倍政権は非正規労働者にも日額4,100円出すとアピールしているが,賃貸集合住宅住まいで月収10万円で都市部に住んでいたら,その額ではとても憲法25条が保証する「健康で文化的な生活」はできないだろう。それよりも,一斉休校要請は取り消し,クラスター発生状況から休校の必要がある場合のみ休校(ただし学童保育も含めてすべて休み,屋外の散歩やジョギングは良いが人混みに行くのは禁止,と徹底する)とすれば,休校数が減る分,その間の生活保障として,政府が,全世帯均等に日額15,000円くらい出し,休校によって給食の納入をしている酪農家など一次産業従事者と食品加工業者,教職員にも政府が金を出す,くらいのことは同じ額でできるのではないか(試算したわけではないので自信はないが)。しかしどこかの世論調査で一斉休校を評価している人が6割以上いるという報道を見たので,安倍政権は取り消さないだろうなあ。なぜ明らかに不合理な施策を支持してしまう人がいるのか不思議でならないが。

神戸市は小中学校の休校を3月25日まで延長するという報道があった。COVID-19の流行が現在の神戸の状況なら,小中学校だけの休校には意味ないんだがなあ。 選抜高校野球中止が発表されたが,甲子園での野球は,選手にとってはクラスターが発生しやすい3条件に一つも当てはまらないので,無観客なら問題ないと思う。何の根拠もない全校休校なんてさせるから「選手の健康が第一」などという建前を押し通さねばならなくなる。はっきり言って安倍首相の暴挙と,それに逆らえない高野連のせいと思う。

WHO神戸センターのCOVID-19特設ページに,2月24日に発表されているWHOと中国の合同ミッションによる報告書の,有志による邦訳が載った。

JAMAのWang CJ et al. "Response to COVID-19 in Taiwan: Big Data Analytics, New Technology, and Proactive Testing"(2020年3月3日掲載)はViewpointであって原著論文ではないが,Supplementとして提供されている表(いつ何をしたかの時系列一覧)が情報多くて良い。台湾がどうやってCOVID-19に対処してきたかをまとめたもの。

暫く前から注目しているクロロキンだが,Yao X et al. "In Vitro Antiviral Activity and Projection of Optimized Dosing Design of Hydroxychloroquine for the Treatment of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2)" Clin Infect Dis(2020年3月9日掲載)が出ていた。培養細胞での実験だが,ヒドロキシクロロキン硫酸塩の方がリン酸クロロキンよりもEC50が小さいので低用量でSARS-CoV-2に効く可能性ありという主旨。

血清抗体検査(2020年3月12日 - 当該鐵人三國誌

昨日の日経の編集委員矢野寿彦氏による記事新型コロナ、日本の検査遅らせた「疫学調査」は,あまりに事実を誤認した陰謀論に陥っていて,この記事によって疫学への信頼が失われることは対策に有害なので批判しておく。有料記事だが,登録すると月10本までは無料で読めるので,全文読んだ上での批判である。

この記事には2つの大きな誤解がある。おそらく上昌広氏と同じ誤解と思われるので,氏の意見に影響されているのだろう。その誤解とは,

  1. SARS-CoV-2に感染している人は,検査すればわかるという思い込み
  2. 積極的疫学調査が公衆衛生の発想だから正確なデータにこだわって民間に参入させなかったという思い込み

である。

実際は,前者については,無症状や軽症な人はウイルス量が少ないので,鼻腔スワブや咽頭スワブに偶々ウイルス遺伝子がつかなかったら,いくらPCRの増幅能力が高くても検出されない。既に書いた通り,検出限界以下ということだ。つまり,増幅できるかどうかがサンプリングの仕方に依存するので,仮に自宅でサンプルして郵送で検査のような仕組みができたとしても,無症状や軽症では,感染していても陰性になる可能性がかなりある。それが,検査対象を無闇に増やさない本質的な理由であって,最近専門家委員会の尾身先生が言い出した検査能力の限界というのは,あるとしても副次的な理由である。民間や大学の協力を求めて検査能力を拡大できなかった理由があるとすれば,それは精度や検査キットなどの話ではなく,患者の人権を守る上で,守秘義務契約など法や制度的なものの整備が間に合わなかったのではないかと思う(これも既に書いた)。この,検査して陰性だった場合に,感染していないとは限らず,感染しているかどうかわからない,という事実を説明しないでおいて,最後の段落で「安心検査」の拡大には専門家が否定的だと書くことは,専門家への疑念を煽ることになりかねない。

後者は,積極的疫学調査が公衆衛生の発想というところまでは正しいが,その第一の目的は,クラスター内の患者をすべて追跡して見つけ,隔離などの手段によって,それ以上感染を広げないことにあって,データをとることではない。和歌山県のクラスターの検査のため,大阪府の協力を得たことからもわかるように,精度の統一など大した問題ではない(そもそも上述の通り,陰性と出ても感染している人は少なくないので,感染研キットに拘る意味がない)。

感染隠しを疑う声が高まったのは,上医師ら,陰謀論を唱える自称専門家がワイドショーやSNSで騒いだことや,そこに乗ってしまうこの新聞記事のようなものこそが原因なのに,その自覚がないというのは新聞記事として致命的だと思う。

もちろん,クラスターにおける積極的疫学調査によって得られたデータは,疫学的な分析にも使っているが,これは副次的な目的である。既に書いた通り,積極的疫学調査で見つかったクラスターからクラスター発生の共通条件を見つけて予防に使うというのは世界初の試みで,西浦さんが天才だから思いついたことだと思う。

3点目の批判をすると,保険適用後の自己負担を公費でカバーするのは,データを集めるためではなく,感染拡大を防ぐためである。疫学調査に濡れ衣を着せるのもいい加減にして欲しい。1類,2類感染症と感染力のある結核患者の入院医療費が公費負担なのと同じで,「社会防衛」のための医療費が公費負担になるのはCOVID-19に限ったことではなく,公衆衛生の常識である(保健行政論の講義資料にも載せている)。

なぜこうして検査についての陰謀論に陥る人がいるのかを考えてみると,2つの目的の違う検査が同時進行していることをわかっていないからだと思う。つまり,クラスター発生地を中心として,これまでも,濃厚接触のリンクが辿れる場合は,そのリンクを追って無症状でも軽症でも検査していた。この目的は感染拡大を防ぐためである(おそらく,和歌山での検査は,クラスター対策班のファーストミッションとしての成功事例ではないかと思っている)。それと平行して,入院治療の必要がある肺炎患者が,COVID-19であったときにcritically illになったら迅速に人工呼吸器とかECMOとかの救命措置をしないと死亡してしまうため,そうなる前にCOVID-19であるかどうか鑑別診断するための検査も行われてきた。これが,医師が必要と判断したときに保健所経由でオーダーされる検査で,患者の命を救うために行われてきたわけである。後者における問題は,リンクが追えない市中感染の方について,クリニックを肺炎症状で受診した患者を診察した医師が,鑑別診断のために検査が必要と判断して保健所に連絡したのに拒否される場合である(クロ現プラスなどテレビでも何例か報じられていた)。これについては,都道府県医師会ごとに,オーダー数と拒否事例数を集計して,その合計が本当にその地方の検査能力を超えているなら,拡充すべきであろう。専門家会議もこういう拒否は無くすべきという判断をしているのが,この数日の尾身先生の発言につながっていると思う。

検査体制の整備目標は,これら2つの目的の検査を拒否せず実施できることにおけば,必要十分である。もしかすると前者の余力を残すために後者を拒否する保健所があったのかもしれないが,それは優先順位を間違えている。

鼻腔スワブや咽頭スワブをリアルタイムRT-PCRで検査するという方法でスクリーニング的にランダムサンプルされた無症状者の検査をしたら,感染しているのに陰性という例が多いとしても,しないよりは感染状況の把握に役立つのではないかという意見があるが,検査能力を圧迫するし,ちょうど鼻腔や咽頭にSARS-CoV-2ウイルスがいるときに検体を取らないと検出できないので,集団における感染状況の把握には向かない。その目的なら,血清抗体(必ずしも中和抗体でなくても良い)を調べる方が良い。ちょうど今日発表されたクラボウが中国から輸入するIgGとIgMを検出するイムノクロマトキットは,リリースには「感染時に体内で生成される特定の抗体を検出するため、感染初期の患者に対しても判定が可能」と書かれているが,感度や特異度が書かれていないのが気になる。検索してみたところ,クラボウが輸入しているキットの開発元は,おそらくBioMedmicsで,そこの情報によると,397人のリアルタイムRT-PCRで確定診断がついた感染者のうちこのキットで陽性になった人は352人(感度は352/397=88.66%)であり,128人のリアルタイムRT-PCR陰性の人のうちキットで陽性となったのは12人(特異度は(128-12)/128=90.63%)と書かれている(追記20200315:三重大学の奥村先生から教えていただいたが,クラボウのとは違うものらしい。そうなるとクラボウがどこから輸入するのか不明だが)。RT-PCR陰性の人のうち約1割から抗体が検出される理由として考えられるのは,このキットで使われている標識抗体が,検出対象にしている「特定の抗体」だけに結合するのではなく,他のタンパクにも反応してしまう可能性の他に,治癒後であるという可能性もある。マラリアやデング熱でもイムノクロマトを利用したRDT(Rapid Diagnostic Test:迅速診断検査)は良く使われているが,抗原に対するRDTと抗体に対するRDTは別の意味をもっている。抗原に対するRDTで陽性ならばその病原体が血液中に存在することを意味するが,抗体は治癒後でも暫く血中に存在するので,抗体陽性は,いま感染しているかどうかではなく,感染した経験を示すことになる。いずれにせよ,特異度が90%程度しかないのでは,有病割合が低い対象者についてスクリーニングしたら,陽性反応的中率が低くなってしまってあまり役に立たないというのは,疫学の基本である。

しかし,血清疫学という研究分野では,治癒後も暫くは抗体が残ることを逆手にとって,集団における感染状況を把握する方法が確立している。最近感染した人は,感染強度が弱かった人や,治癒後時間が経っている人よりも血液中の抗体の濃度が高いので,血液を何段階かに希釈し,抗体が何段階希釈までELISAやIFATで検出できるかを調べれば,その抗体の濃度を抗体価として把握できる。抗体価の分布を調べれば,集団中の流行状況を評価することができるわけである。個人の鑑別診断としては感度や特異度が不十分でも,抗体価の分布はある程度信頼できる。イムノクロマトにしてもELISAにしてもIFATにしても,確定診断のためのリアルタイムRT-PCRとはサンプルも検査機器も競合しないので,必要な検査の邪魔をせずにデータを取ることができる。

既に紹介したように,日本でも文部科学省から5000万円の研究費を受けたウイルス学者のグループの研究課題の中に血清抗体検出キットの開発が含まれているので,もしかしたら,もっと感度や特異度が高いキットができる可能性もあるが,抗体検出による限り,原理的に治癒後なのに陽性となるケースを除外することはできないので,特異度の改善には限界があり,これをリアルタイムRT-PCRの代わりに確定診断に使おうというのは筋が悪い。

参考までに,『わかる公衆衛生学・たのしい公衆衛生学』の「感染症の疫学」の草稿の中にあって長さの関係でボツになった,血清疫学についての説明文を載せておく。

A.パプアニューギニアでの血清疫学研究

パプアニューギニア低地に大きく分けると4つの地域に居住しているギデラと呼ばれる狩猟採集民は,エネルギーもタンパク質も十分に摂取していて,鉄摂取量に至っては,海沿いの村落で30 mg,内陸と南方川沿いで60 mg,北方川沿いで100 mgと,日本の栄養所要量の3倍から10倍に達している集団です。主食は芋類やサゴヤシというヤシの木の幹に詰まっているデンプンを川の水で絞り出して沈殿させて得たものですが,サゴの摂取量には大きな村落間差があって,それが鉄摂取量の村落間差の原因になっています。

この地域でマラリア患者が多いことは聞き取りや観察の結果からわかっていましたが,血液検査ができなかったので確定診断はできていませんでしたし,どの程度の頻度でマラリアに罹るのかという疾病負荷の情報はありませんでした。1989年に採血をともなう調査をした結果,村によって貧血の人の割合に違いがあることがわかりました。北方川沿いと内陸には貧血の人がまったくいなかったのに対して,南方川沿いと海沿いでは10~30%の人が貧血でした。

この血液サンプルは,現地に発電機を持ち込んでその場で遠心分離し,血清として凍結して日本に持ち帰りました。この血清を疾病負荷の推定に使う方法が血清疫学です。マラリア原虫は煙幕抗原をばらまくなどの防御をするため,患者になるとマラリア原虫への抗体はできるのですが,その抗体は中和抗体となりません。しかし,いったんできた抗体は数ヶ月から2年程度は血清中に存在し続けることが知られていますので,頻繁に感染した人や,感染したばかりの人では,抗体が高濃度で存在します。蛍光物質で標識した抗原を2倍,4倍と段階的に希釈した血清と反応させると,血清中の抗体が多いほど高い倍率で希釈しても蛍光を発します(それ以上希釈すると蛍光が見えなくなる限界の希釈倍率を抗体価と呼びます)。この,間接蛍光抗体法という方法でギデラの人々の血清を測定した結果,熱帯熱あるいは三日熱のどちらかのマラリア原虫に対する抗体価が1:64以上(比較的最近の感染があったと考えられる値)だった割合は,海沿いで100%,北方と南方の川沿いでは90%に達していたのに対して,内陸では30%に過ぎませんでした。これは調査中の実感とも合っていて,海沿いや川沿いでは夜間になると猛烈な蚊の襲来を受けたのですが,内陸の村では蚊に刺されることがはるかに少なく過ごしやすいと感じました。興味深かったのは北方川沿いで,マラリア抗体価は高いにもかかわらず,貧血の人がいなかったという事実です。村人に聞き取った歴史によれば,彼らは元々内陸に暮らしていて,人口が増えるにつれてまず北方川沿い,次いで南方川沿い,最後に海沿いに進出したということでした。北方川沿いには古くから進出したことで,鉄摂取量がきわめて多く,そのことが貧血を防ぐことと関連していると考えられました。もしそうなら,一種の栄養適応が起きているのだと解釈できます(Nakazawa et al., 1994)。

新しい論文2つ(2020年3月13日 - 当該鐵人三國誌

Kucharski AJ et al. "Early dynamics of transmission and control of COVID-19: a mathematical modelling study."(2020年3月11日掲載)このレベルのシミュレーションでLancet Infectious Diseasesに載るのか。

クロロキンの論文は毎日チェックしているのだが,招待論文でDevaux CA et al. "New insights on the antiviral effects of chloroquine against coronavirus: what to expect for COVID-19?"(2020年3月12日掲載)が,Int J Antimicrobial Agentsに載っていた。後で読もう。

死亡予測因子(2020年3月14日 - 当該鐵人三國誌

世界の先進国がとっている対策の基本線は,日本も含めて同じで,検査については,一昨日説明したように,(1)感染拡大を防ぐため,無症状や軽症の人も含めた積極的疫学調査の対象者の検査,(2)肺炎症状等,診察の結果,医師がCOVID-19の鑑別の必要を認めた患者の検査,をすることが必要十分であり,個人予防としては,手洗い・咳エチケット・風邪様症状があったら外出しないこと・不要不急の旅行やマスギャザリングを避けることは,ほぼ共通している。日本の専門家会議が出した方針も同じである。WHOのテドロス事務総長の昨日のスピーチにもそうあった。

ちなみに,昨日のスピーチでやや目新しかった発言としては,「包括的なアプローチを取らねばならない。検査だけでもなく,接触者追跡だけでもなく,検疫だけでもなく,隔離だけでもなく,そのすべてをするのだ」があった。個別の国については,中国,韓国,シンガポールなどの国は,積極的な検査と接触者追跡と隔離と社会的流動性(の抑制? あるいはimmobilizationと言ったのかも?)を組み合わせれば,感染を防ぎ命を守ることができることを示した,という発言に続き,日本も安倍首相自身に主導される全政府的アプローチが,クラスターの詳細な調査に支えられて,伝播を減らすための重要な一歩になることを示している,と言っているが,内容的にテドロス事務総長が評価しているのは,クラスターの詳細な調査の方であることは明らかだ。全政府的アプローチ云々は実態を知らないのかリップサービスか知らないが。

違いは,例えば以下のような点が挙げられる。

韓国では,MERSの経験があるので検査能力に余力があり,積極的疫学調査の対象者だけでなく不安を感じて検査を希望した人のすべてに対応する検査をしたというプラスアルファによって,より徹底的な押さえ込み対策が可能になり,把握された感染者数が実際の感染者数に近づき,CFRがIFRに近い低値になった(それでも0.6%あり,日本の季節性インフルエンザの30倍程度だが)。たぶんプラスアルファがなくても死者数はほとんど変わらなかったはず。(20200315追記)大事なポイントを見落としていたが,韓国CDCの発表によれば,韓国の感染者は20代が突出して多く,その死者がゼロなので,見かけ上CFRが低くなっているという側面もある。これはたぶん,20代が集団感染するようなクラスターが多かったのだろうと思われる(時空的な内訳がわからないと正確な評価はできないが)。

英国では,首相のスピーチが,Chief Medical OfficerやChief Scientific Advisorからの提言に基づいている。Chief Scientific Advisorというポジションが常設されていること自体素晴らしいが,1995年から2000年の間,その地位にあったのは,理論疫学の大家でRoy Andersonとの共著で名著『Infectious Diseases of Humans』を書いたRobert Mayであった。必要十分な検査をした場合に総感染者数が検査によって確定診断がついた人数の10倍以上いるだろうという見積もりは,武漢のアウトブレイク初期のデータからインペリアルカレッジのFergusonグループ(暫くサイトをチェックしないでいる間に2つの報告が増えていた。第7報[3月9日],第8報[3月11日])が出した第1報でも西浦さんのJCM特集号Editorial第1弾でもわかっていたことで,目新しくはないのだが,政府の方針が科学的合理性に基づいているということが明示されているのがプラスアルファだと思う(スポーツイベント取りやめや休校も検討したが,科学的アドバイスに基づき,現時点では感染拡大防止効果が小さいためしない,休校についてはとくにそうするようアドバイスがでたときのみすべき,と明言している。スポーツイベントも種類や規模によると思うが)。

日本は,専門家会議が立ち上げたクラスター対策班が,クラスター発生に共通する3条件を見つけて,それを避けるように,と呼びかけたのがプラスアルファである。いま効果があったかどうか計算しているところだと思うが,この効果があれば,社会経済活動への介入を最小限にとどめながらRを1未満にできる可能性がある。あと,たぶん手洗いなどの個人防護を真面目にやっている度合いが,他国より高いように思われるのも,プラスアルファだと思う。一方,マイナスとして浮かぶのは,医師が鑑別が必要だと考えても保健所が拒否する事例があることだ。ただ,メディアでは良く報じられるのだが,これがどれくらいあるのかがわからない。以前から医師会が集計して公表したら良いのではないかと書いているが,3月4日までに全国で30件という数字が事実なら,実際以上に拒否事例が多いように感じてしまっている可能性もあるかもしれない(もちろんゼロであるべきだが)。もっと大きなマイナスは,専門家会議に相談せず,首相周辺が思いつきで全国一斉休校を宣言してしまったように,政治がまともに機能していないことだと思う。英国首相のように,科学的アドバイスに基づいた施策をしてくれて,それを明言することで,責任は自分がとることを示してくれるのが,政治家として求められる態度だと思うのだが。

プレプリントサーバに載っている,Wang C et al. "A human monoclonal 1 antibody blocking SARS-CoV-2 infection"(2020年3月12日アップロード)は,SARS-CoVとSARS-CoV-2に共通する抗原エピトープに結合して中和できるモノクローナル抗体を見つけたという論文。

LancetのZhou F et al. "Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study."(2020年3月11日掲載)は,武漢の2つの病院(他の病院からreferされる)を2020年1月31日までに退院したか死亡した,18歳以上の患者191人(137人は退院,54人は死亡。発症から入院までの平均日数はどちらも11日)についての後向きコホート研究(と書かれているが,退院例と死亡例について,基本属性や臨床所見,治療法,検査データを比較しているので,むしろ症例対照研究と言うべきではないか?)。ロジスティック回帰分析の結果,死亡リスクを上げた要因は,年齢(1歳上がるごとに1.1倍)に加えて,入院時のSOFAスコア(リンク先の論文に書かれているように,臓器障害の程度を示す指標で,敗血症の診断に用いられる)が高いこと(オッズ比5.65,95%CI [2.61, 12.23])とd-dimerが1μg/mLを超えること(0.5μg/mL以下をリファレンスグループとしてオッズ比18.42,95%CI [2.64, 128.55])であった,と書かれている(表3)。これほど高いオッズ比から考えると,これらはかなり,入院時に重症化しやすい人を見つけるのに使える指標といえよう。もう1つの結果として,退院した人たちについては,発症からのウイルス排出期間の中央値が20日(四分位範囲が17-24日)で,最短8日,最長37日だったが,死亡した人たちは亡くなるまでウイルスが検出され続けたとも書かれている。もちろん24時間おいて2回,咽頭スワブからRT-PCRか次世代シークエンサでウイルスが検出されなくなってから退院としているので,退院後の再燃については,この論文では扱われていない。

糞口感染(2020年3月15日 - 当該鐵人三國誌

相変わらずメディアは検査数が増えてないというが,それだと感染数が増えていないだけかもしれないので,何度も書いているように,医師が鑑別の必要を訴えて拒否された例数を都道府県別に集計して報告して欲しい。都道府県医師会が集計してくれる仕組みができれば良いが,マスメディアが本気で取材すればできるだろう。それをせずに公式発表からわかる検査数だけ比べるのは無意味。

若い方は受容できるという「専門家」をよく見るが,発症したら1000人中3人死ぬような感染症が日常的に感染するようなリスクは受容できないと思う。ドイツ,英国,米国の政府は,それを受け入れなければならないかも,ということまで視野に入れはじめたが,日本のクラスター対策班は,まだクラスター対策によってR<1にできる可能性を捨てていない。和歌山県の技監が言っていることのうち,肺炎症状があれば鑑別診断するというのは,たぶん国際的に普通のことだが,濃厚接触がなくても無症状でも病院に出入りした人全員を検査したのは,病院という場をクラスターとみなしたクラスター対策なので,他国はどこもやっていない最先端のはず(20200316追記:twitterでflurryさんから指摘を受けたが,確かに「他国はどこもやっていない」とは限らない。書きすぎた)。和歌山独自という報道がなされているが,クラスター対策班から提案されたのではないかなあ。

Nature Medicineの短報で,Xu Y et al. "Characteristics of pediatric SARS-CoV-2 infection and potential evidence for persistent fecal viral shedding"(2020年3月13日掲載)は,10人のSARS-CoV-2に感染した子供(2ヶ月~15歳)の臨床的特徴をまとめたもの。鼻や喉のスワブからウイルスが検出されなくなってからも,直腸から採取したスワブでは,10人中8人からウイルス検出されたから糞口感染があるだろうという結論は,既に紹介したZhang et al.の論文では成人でも確認されていることなので,小児の特徴と考えてしまっては筋が悪いと思う。ただ,乳幼児の世話をする人は,通常以上に排便処理に気をつけるべきとは言える。

プロゴルフが中止になったり延期になったりしているが,あれこそ,クラブハウスで集まって喋ったりせず,全部屋外で済ませることにして,無観客ならば感染リスクはほぼゼロなのではないか。松山英樹選手が初日首位だった大会など,なぜ中止されたのか,意味がわからない。関係者から感染者が出たのか?

Rによる世界のCOVID-19の地図表示についての記事。

このtweetで知ったが,Broker TR et al. "An Effective Treatment for Coronavirus (COVID-19)"(2020年3月13日)は,ぼくがこれまで引用してきたのと同じようなソース(いくつか知らなかったものもあった)から,クロロキンが予防にも治療にも有望だと主張し,とくに予防に使えるかどうかを早急に調べるべきと結論しているレビュー。やはり早く治験結果が待たれる。

正確な訂正情報の必要性(2020年3月16日 - 当該鐵人三國誌

インペリのFerguson教授のインタビュー動画(2020年3月11日)

いま入居している部屋では,ネット接続とBS視聴のためJ:COMに加入しているのだが,ホーム画面のお知らせを見たら,COVID-19のパンデミックに配慮して,TBSニュースチャンネル,BBC World,CNNj,CCTV大富という4つのニュースチャンネルの視聴を3月一杯無料にしてくれていることに気づいた。これは良いサービス。

Domenico LD et al. "Expected impactof school closureand teleworkto mitigate COVID-19 epidemicin France."(2020年3月13日)SEIRモデルを使って,フランスでの休校と他の緩和策との組み合わせの効果を評価しているのだが,8週間の休校をすればピークを遅らせる効果はあるが,流行地での導入に比べ,あまり流行していない状況での導入の効果は小さいこと,テレワーク導入と組み合わせて導入すると効果が上がること,などを示している。

大著"Coming Plague"(現在Kindle版は729円で買える)の著者がGarrett L "COVID-19: the medium is the message"(2020年3月11日)と題して,LancetにPerspectiveを書いている。パニックや科学や疫学に対する誤解からの防御のための唯一の砦は,素早く,正確で,世界中で利用可能な訂正情報である,と主張していて共感した。そう思ってこのメモをまとめているわけだが。

JAMAから。Sharfstein JM et al. "Diagnostic Testing for the Novel Coronavirus"(2020年3月9日)というViewpointで,米国が当初は検査を曝露がわかっている人に絞っていたが,3月3日にペンス副大統領が「医師が検査を要請したすべての米国人は検査を受けられる」と述べたが,そこには多くの問題が残ると述べている。懸念されている問題は,軽症者が検査を求めることで重症な人に医療サービスがパンクしてしまうのではないかという問題や,2-14日の潜伏期間のうちは検査して陰性でも感染している可能性があることなど,日本で議論されていることと同様である。ドライブスルーでの検査など検査の技術改善は必要かもしれないが,それは手洗いや隔離など他の対策の代替にはならない,とも書いている。当然のことだが。

Scienceに特設ページがあった。Science Translational MedicineのEditorialで,Layne SP et al. "New coronavirus outbreak: Framing questions for pandemic prevention"(2020年3月11日)という文章が載っていた。

Scienceにあったモデル論文で,いろいろなメディアで紹介されているようだが,Chinazzi M et al. "The effect of travel restrictions on the spread of the 2019 novel coronavirus (COVID-19) outbreak"(2020年3月6日)は,渡航制限がCOVID-19アウトブレイクの広がりに与えた影響を議論している原著論文。GLEAMという2009年のパンデミックインフルエンザ流行時に開発された,感染症の空間拡散に対する多状態移動ネットワークのモデル(詳細はBalcan D et al. "Multiscale mobility networks and the spatial spreading of infectious diseases", PNAS, 2009Balcan D et al. "Modeling the spatial spread of infectious diseases: The GLobal Epidemic and Mobility computational model", J Comput Sci, 2010参照)を用い,分集団ごとのヒト=ヒト感染にはSLIR(という用語になっているが,LはLatentで潜伏期間を示すので,SEIRと同じ)のコンパートメントモデルを仮定している。国際的に報告された感染者数を用いてキャリブレーションし,武漢が封鎖された2020年1月23日までに,ほとんどの中国の都市が既にCOVID-19に感染した旅行者を受け入れていたこと,武漢での旅行検疫は,中国本土での流行の進展を3-5日しか遅らせなかった一方,国際的な規模ではより大きな効果があったことなどを示している。モデルに仮定は多いのだが,これが正しかったら,イタリアでの都市封鎖も正しいことになる。確かに中国は都市封鎖によって,少なくとも一度はエピデミックを抑え込むことに成功した(ように見える)が,問題は,封鎖を解いたときに再流行しないかということだ。永遠に都市封鎖を続けるわけにはいかないのだし。

Lipsitch M, Allen J "Coronavirus reality check: 7 myths about social distancing, busted - Due to the lack of testing availability to date, we don’t know who has coronavirus. So for now, we assume we all might, and maintain social distancing"というOpinionがUSA Todayに載っていた。Social Distancing(社会的に距離を置くこと)についての7つの神話を否定し,COVID-19についての現実はどうなのかをチェックする,という主旨。やはりこうして地道にファクトチェックしていくことは大事だと思う。"Social Distancing"より"Physical Distancing"(物理的に距離を置くこと)の方が良いけれども,もちろん100%物理的に距離を置くのは不可能で,外を散歩したり,子供が外でサッカーのような他人との接触がないゲームをしたり,数人でハイキングに行ったりしたら良いと書いている(私見だが,おそらく,Prof. Lipsitchが西浦さんたちの論文を読んだら,クラスター発生条件が揃うのを避ける活動はOKと判断するのではないかと思う)。咳や鼻水だけではなく,普通に呼吸をしたり喋ったりするだけでも感染するので,手洗い,物の表面の消毒,換気が重要だとも書いている。Social Distancingをしてもすぐに結果がでるわけではないし,1ヶ月かそれ以上続けていったん流行が収まったとしても,軽症な人や世界のどこか他のところで残っている感染者の中でウイルスは存在し続けているので,Social Distancingを緩めたら再流行が起こる可能性があることは歴史が証明している,とも書いている。既に書いたように,何週間かそこら我慢したら緩めて良いというものではなく,根絶するか,治療薬かワクチンが使えるようになるまでは,このような行動制約はずっと続けなくてはいけない。辛い世界だが仕方が無い。

その意味で,フランスのマクロン大統領がしたように15日間の封鎖(15-day lockdown)を宣言するのは(都市封鎖は中国しかできないと思っていたが,欧米でも複数,そこまで踏み込んだ対策を打ち出したのには驚いた),緊急避難的に感染拡大を防ぐには明らかに役に立つが(休校なども,その一環でやるなら意味がある),封鎖を解除したら,ほぼ確実に再流行する。それを繰り返したとして,いろいろな社会システムが破綻せず機能し続けられるのか,また,社会的弱者にしわ寄せが行かないか,ということも考えた上で発令しないと(フランスでは考えられているのだとしても,どの国でもできるわけではない),COVID-19の感染者数を一時的に抑え込めても,他の死因による死者が増えてしまう可能性はある。仮にクラスター対策では抑え込めなかった場合,高い確率で,日本でも封鎖をしなくてはいけない局面が来るかもしれないので,前もって考えておく必要はあるだろう(20200318:誤読されやすい日本語だったので,この文修正しました)。が,現時点の日本で,15日間のlockdownによる抑え込みをする政策が妥当だとは思えないし,それによるマイナスを補償する政策がないままにやってしまったら,生活が立ちゆかなくなる人が大勢出ると思う。

インペリグループ第9報(2020年3月17日 - 当該鐵人三國誌

インペリグループ第9報(2020年3月16日)。筆頭著者がFerguson教授自身になっている,やや長めの論文。基本的に英国の政策はインペリグループの研究結果を踏まえて立てられているので,この論文は影響大きいだろう。Summaryの冒頭から,スペインかぜ以来最も重大な呼吸器系ウイルスによる脅威だ,と書き,人と人の接触を減らしウイルスの伝播を減らすための多くの公衆衛生的な手段(=薬剤以外の介入NPIs)を評価している。ローリー・ギャレットが年齢別のインパクトの表を引用tweetしているが,若い年齢層でのIFRをこれまでの文献より低く評価している一方,高齢者では多くの文献より高い値を示している。結論として,1つだけの介入では,どれも有効性は限られているので,伝播にそれなりの影響を与えるためには,複数の介入を組み合わせる必要があるとしている。

以下20200318追記。なお,Ferguson教授のtwitterに咳が続き熱も出てきたと書かれていて大変心配)この研究の大事なポイントはNPIsの2つのアプローチを明示的に分けて評価した点だと思うので,その考え方がはっきり書かれているイントロだけ抄訳しておく。

2020年3月16日時点で,COVID-19のパンデミックは大きな地球規模の健康への脅威となり,世界で164,837人の感染者数と6,470人の死亡数が確認されていて,少なくとも1人の患者が確認されている国は146ヶ国と急速に拡大中である。これに匹敵する新興感染症の流行はスペインかぜで,当時ワクチンはなかったので,米国を含むいくつかの国は,一般集団における接触率を減らすことによって伝播速度を下げることを意図した,薬剤以外の多様な介入方法で対応し,早期に介入を導入した都市では症例数を減らすことに成功し,介入し続けている限り死亡率も低く保てたが,介入を止めると伝播は再び活発になった。現在の我々の感染症や予防の理解はスペインかぜ当時とはまったく違うが,世界の国々を見渡せば,スペインかぜと同じ問題に直面している国もある。NPIsとしては,2つの基本戦略が取れる。

(a)抑え込み(suppression)。再生産数を減らすことが目的。Rを1未満にすればSARSやエボラのようにヒトからヒトへの伝播を低いレベルになり,感染者数が減る。このアプローチの問題は,NPIs(使えるとすれば治療薬も)が,ウイルスがヒトの集団の中を循環しているうちは,あるいはワクチンが使えるようになるまでは,維持されねばならない(少なくとも間欠的には)ことである。COVID-19の場合,ワクチンが使えるようになるまでには,少なくとも12-18ヶ月かかる。また,できたばかりのワクチンが高い効果をもつ保証はない。

(b)緩和方策(mitigation)。この場合,NPIs(もし使えるならワクチンや薬剤も)の目的は,伝播を完全に邪魔することではなく,流行の健康影響を減らすことである。1918年のスペインかぜの時に米国のいくつかの都市で適用され,1957, 1968, 2009年のインフルエンザパンデミックの時,より広く世界で適用された方法である。例えば,2009年のパンデミックの時,ワクチンの早期供給は重症化しやすい基礎疾患がある人を対象としていた。このシナリオでは流行を通してある程度集団免疫がついた時点で,急速に患者数と伝播が低い水準に落ちる。

これらの戦略はRを1未満にして患者数を減らすことを目指すか,Rを減らすが1未満ではなく,たんに感染の広がりを遅くすることを目指すかが違っている。

この報告では,COVID-19への戦略として,これら2つの実現可能性と意味するところを考え,広い範囲のNPIsを想定する。SARS-CoV-2は新興感染症なので,まだその伝播について理解すべきことが多く残っている点には注意すべきである。加えて,NPIsの多くの影響は,いかに人々がその導入に反応するかに掛かっていて,それは,国によっても,コミュニティによってさえ違う。加えて,政府の強制介入がなくても,人々が突然行動を大きく変えることは,きわめてありそうなことである。

ここでは倫理や経済的な側面は考えない。抑え込みは,中国や韓国で今のところ成功しているが,莫大な社会的・経済的なコストが掛かり,そのこと自体が,短期的または長期的に健康とウェルビーイングに重大な影響を与える。緩和方策は重症化や死亡からそのリスクにある人々を完全に守ることはできないし,死亡率は高いままになるかもしれない。実現可能性とヘルスケアシステムへの影響に焦点を当てる。英国(注:この論文ではGBと書かれているので,北アイルランドを含まないことを強調したいのか?)と米国という2つの異なるヘルスケアシステムをもつ国についての結果を提示するが,多くの高所得国に適用可能だろう。

方法は,伝播モデルはパンデミックインフルエンザ用に開発された個人ベースシミュレーションを改変し,細かい人口密度データを使って(年齢と世帯規模の分布はセンサスデータによる)地域ごとの個人が,世帯内,学校内,職場内,コミュニティ内で接触する過程をシミュレートしている。学級サイズと生徒/教員比を使って地域の人口密度に比例したサイズの学校人口を生成し,職場の人口規模の分布データと通勤距離データから職場人口を生成している。S(感受性者)とI(感染者)の接触を通して感染イベントが起こり,コミュニティ内の感染は接触者間の距離に依存してランダムに起こり,学校内での接触確率は,これまでのインフルエンザパンデミックで観察された子供同士の感染率に合わせるため,それ以外の2倍に設定している(注:ここの設定にはかなり疑問がある。ほぼランダムリンクで接触確率に応じて感染が起こるインフルエンザとは,COVID-19の感染の特性は大きく違い,感染が起こるかどうかは接触の環境条件に依存するので,インフルエンザのモデルを流用することは妥当性を欠く。このモデルによるシミュレーションの結果は,子供の影響を過大評価しすぎているし,クラスターの連鎖による感染拡大という特徴をまったく考慮していないことからRの過分散も扱えておらず,あまり信頼できない。Ferguson教授とは思えないミスだと思うが,まったくその点に触れていないので,もしかすると知らないのかも)。感染のほぼ1/3は家庭内で,1/3は学校と職場で,残り1/3はコミュニティで起こると仮定した。先行研究から,潜伏期間は5.1日,感染力のある期間は,発症する人では発症12時間前から,無症状の人では感染後4.6日から始まり,そこからずっと続くことから,平均世代時間6.5日という結果になると仮定している。武漢の初期の感染者増加率に基づいて,R0は2.4とし(ただし2.0-2.6の範囲を調べた),症状がある人はない人より50%高い感染力をもつが,個人の感染力は平均1,シェイプパラメータα=0.25のガンマ分布に従うとした。回復後の人は免疫がつき,短期間では再感染しないと仮定した(Flu Watchのコホート研究から考えて,同じ系統のコロナウイルスが,同じシーズンや翌シーズンに再感染することはまずないだろうから)。1月上旬からの各国での感染は指数増加(倍加時間5日)をベースにして,英国と米国で2020年3月14日までに見られた累積死亡数を再現するような流行状況に調整した。表1に,中国のデータに基づき,肺炎一般の入院データなども考慮して,この論文で用いた,年齢層別に入院が必要な有症状者の割合,集中治療(人工呼吸器かECMO)が必要な入院者の割合,感染致命比を示す(注:この表は推定値であり,年齢層別しないIFRの推定値を0.9%としているので,西浦さんたちの0.3-0.6%よりだいぶ高い)。NPIsの介入シナリオとしては表2に示す5つとその組み合わせを考えている。CI(自宅隔離:有症状なら7日間自宅にいて,家庭外の接触を75%減らすとし,70%の世帯がこの政策に従う),HQ(自宅検疫:1人有症状者が出たら世帯全員が14日間自宅にいて,世帯内接触は倍増するがコミュニティでの接触は75%減り,半数の世帯がこの政策に従う),SDO(70歳以上が社会的に距離を置く:70歳以上の人は職場の接触を半減させ,代わりに世帯内の接触は25%増え,コミュニティでの接触は75%減るとし,75%がこの政策に従う),SD(全人口が社会的に距離を置く:全世帯がコミュニティでの接触を75%減らし,学校での接触は変わらず,職場での接触は25%減り,世帯内接触は25%増える),PC(学校閉鎖:小中高はすべて閉鎖,大学は25%のみ開校,学生の家族との接触は50%増え,コミュニティでの接触は25%増える)の5つ(注:本文にはマスギャザリングの停止も書かれているが,表には入っていない)。CIとHQは発症がトリガーとなり翌日実施されるとする。他のシナリオは集中治療を必要とする重症者数をトリガーとして政府の決定により始まるとする。緩和策の場合は3ヶ月,抑え込み策の場合は5ヶ月かそれ以上続けるとした。

結果は,(ありそうにないが)まったく何の介入もしない場合は,図1(縦軸は人口当たりの死亡率であることに注意)に示されている通り,英国と米国の81%が感染し,両国とも死亡率のピークは6月頃で,英国では51万人,米国では220万人が死亡するとなった。英国における6月のピーク時に必要な集中治療ベッド数は人口10万当たり280程度となった。

緩和策の場合,英国でのシミュレーション結果は,図2に示すようにPCでは僅かに死亡率のピークが下がり先に伸び,CIはもう少し大きくピークが下がり,CIとHQを組み合わせるとピークの高さは何も対策しない場合の半分くらいになり,CIとHQとSDOを組み合わせるとピーク死亡率が人口10万当たり100未満になり,7月初め頃になった。いずれの場合でも,ピーク時には重篤な患者を治療するためのベッド数のキャパを大きく超える。結果は図には載せていないが,マスギャザリングイベントの禁止はほとんど効果がなかった。そういうイベントでの接触時間は,家庭,学校,職場,バーやレストランといった他のコミュニティにおける接触時間に比べて,相対的に短いから(注:これも,感染確率が接触時間に比例するというモデルの仮定に依存していて,たとえ2時間でも連続して集団感染が起こりやすい条件を備えた場にいたら感染確率が飛躍的に上がる,という可能性をまったく無視している点が,この研究の欠点であり限界)。

表3は,英国での3ヶ月の緩和策の効果を予測したもので,R0が2.4の場合と2.2の場合で,累積重症者が何例になったときに政策発動するのか4段階で,どれくらいピーク時必要病床数と総死亡数を減らせるのかを示しているが,PCだけでは死亡数削減効果はほとんどないのが目立つ(注:こんなに学校での感染を重く見たモデルでも,学校閉鎖の効果がほとんど出ないのは注目すべきである。安倍首相が打ち出した全国一斉休校がどれほど馬鹿げた愚策であるかわかるだろう)。総死亡数を半減させるには,CIとHQとSDOの組み合わせが必要となっている。

英国での抑え込み策の結果は図3に示されていて,2020年3月末から5ヶ月介入した場合,CIとHQとSDの組み合わせで(6月から9月にもわずかに病床数を超えてしまうが)ピークを12月に先送りでき,ピークにおける必要集中治療病床数も人口10万当たり120程度に抑えられるが,SCとCIとSDの組み合わせでは,同じく12月まで先送りできるが,子供や学生に免疫がつかないため,ピークにおける必要集中治療病床数は人口10万当たり300近くなる。

英国の抑え込み策の発動をSCとSDについて順応的にして(他の策はずっと発動し続ける),ICU症例100をオン,50をオフのトリガーにした場合,図4に示すように,5月の最初のピークのみ週1200程度のICU症例が出るが,以後は3ヶ月おきくらいに週400以下の小さなピークが来るがICU症例の爆発的増加を抑えられることが示されている。オンのトリガーをいくつにするかは結果に影響する(表5に示す)が,オフのトリガーはあまり影響なかった。以上の結果から,医療崩壊を起こさないためには複数の抑え込み戦略の順応的適用が必要であることが示唆された,というのがこの論文の主旨である。中国のように社会全体で徹底的にSDをやればRを1未満にできて抑え込めることはわかっているが,その場合,感染しないままに残る人が多いためリバウンドの可能性があるので,最近抑え込み策を緩めた中国での流行状況がどうなるかをモニターし,来週以降どうなるかを見なくてはいけない,という主旨のことも書かれていて,そこはその通りと思った。PCは緩和策より抑え込み策で使う方が有効だが,PCだけでは緩和にも不十分,とも書かれている(注:定性的には当たり前だし,この研究は伝播モデルがインフルエンザと同じだから,抑え込みで有効かどうかについても信頼性は疑問。ただ,季節性インフルエンザでは免疫レベルが高い大人よりも,免疫レベルが低い子供が伝播の主役となることと対照的,と書かれている点は注目してほしい)。多くの国では長期間の抑え込み策は実現可能性が高い政策ではないので,3ヶ月程度の緩和策を順応的に適用していく方が良い,と提言している。

それなりによく考えられた研究だし,英国政府がこれを参考にして長期緩和策を打ち出したのは合理的政策決定だとは思うが,日本はクラスター対策によってR<1にできる可能性を追求しているところなので,ほとんど参考にならない。

あの大富豪Elon MuskがtweetでクロロキンがCOVID-19に有望という,ぼくも一昨日触れたBroker TR et al. "An Effective Treatment for Coronavirus (COVID-19)"(2020年3月13日)に触れていた。Brisbaneの医師がオーストラリアで大規模な治験を計画していて資金を求めているから(7newsの記事The Chronicleの記事),出してあげればいいのではないか。

KaggleでCOVID-19 Open Research Dataset Challenge (CORD-19): An AI challenge with AI2, CZI, MSR, Georgetown, NIH & The White Houseという試み。29000のCOVID-19またはSARS-CoV-2の学術文献(うち13000はフルテキスト)をオープンな研究データセットとして使えるようにした(CORD-19。2 GBあるがリンク先からダウンロードできる)ので,AIを使ってテキストマイニングやデータマイニングをするツールの開発を募る,というもの。

Scienceに載っていた原著論文Li R et al. "Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel coronavirus (SARS-CoV2)"(2020年3月16日掲載)は,中国国内の感染データ,移動データを使って,1月23日に渡航制限がなされるより前の全ての感染の86%(95%CI: 82-90%)は報告されていないと推定し,未報告例の一人当たり感染確率は報告された感染の55%で,数が多いので,報告された感染者の79%の感染源は未報告例だったと推定している。SEIモデルでIに報告された事例と未報告事例の2つのコンパートメントを想定しているが,R0の過分散を考えていないモデルなので現実的に意味があるのかは判断保留。

不顕性感染者の比について,西浦さんたちもIJIDにLetter to the Editor(にしては長い),Nishiura H et al. "Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19)."(2020年3月14日掲載)を発表していた。

拒否事例数がわかった(2020年3月18日 - 当該鐵人三國誌

ふとテレビをつけたら喋っていた西村博之さんの感覚が当然だと思う。今夏オリンピックなどできるわけがない(何度も書いている通り)。後藤医師,かなりいろいろな点で正しいことを言うコメンテータだと思うが,この点だけは忖度するんだな。オリンピックにまつわる闇の深さがうかがわれる。

高山先生が1週間,再び厚労省詰めになるとFBに書かれていた。沖縄はとりあえず新規感染者が出ていないから? 厚労省は今度こそ下働きではなく,専門家会議レベルで高山先生の見識と判断を生かして欲しい。

このtweetから始まるスレッドは,Nextrainに載っているゲノム疫学の成果の新しい知見を紹介している。もう何十年も前に日沼さんたちがATLVで始めた研究に端を発した(日沼頼夫『新ウイルス物語』中公新書参照……って絶版なのか),ウイルスの分子系統樹による拡散経路の推定という手法が,リアルタイムで使われるようになったということだ。もちろんATLVとSARS-CoV-2では伝播様式も変異のしやすさも違うので,推定される系統樹がもつ意味も違うが。

Lancetに載っていたPung R et al. "Investigation of three clusters of COVID-19 in Singapore: implications for surveillance and response measures"(2020年3月16日掲載)は,シンガポールの3つのクラスター調査からの,サーベイランスと対策方法への示唆,というタイトル。とくに目新しくは感じないが,日本のクラスターのデータ(ただ,厚労省が公開しているクラスターマップが3月17日までの時点で報告されているものをすべて含んでいると考えると,クラスター対策班がプレプリントサーバにアップロードしている論文では東京4つ,石川もあったはずなのに,東京が屋形船しか載っていないのが解せないが……地図が不正確なのだろう,たぶん)と比較してみると良いかも。

発症間隔が4-5日だとして,北海道のCOVID-19感染動向の陽性患者数のグラフの日別を見ると,2月22日と2月27日,3月7日と3月12日にピークがあるように見えるのは一見不思議だが,これは確定診断がついた日ベースなので,せめて発症日ベースでないと流行状況がわからないな(潜伏期間が2週間あるとして,12日以降の発症が減っていれば,ある程度効果があったと考えられる)。道庁のサイトには発症日の情報もあるが,一覧になっていないので,すぐには流行曲線が描けない。クラスター対策の効果があったかどうか,明日には専門家会議から何らかの発表があるはずなので,待てば良いのだろうが。

Dowd JB et al. "Demographic science aids in understanding the spread and fatality rates of COVID-19 "(2020年3月14日掲載)は,プレプリントサーバらしいが,人口の年齢構造が異なる複数の国で予測される死亡数を比較することでCOVID-19がもたらすインパクトの国際比較をしようという論文。

以前から医師会が集計してくれたら,と何度か書いていた,医師が検査を依頼しても拒否された事例数が集計されたというNHKのニュース。20日間で290件とのこと。これをゼロにするのを検査体制の整備目標とすべきと思うし,290人の治療方針を立てる根拠が得られなかったと考えたら,医療システムとしては酷い話だが,感染者数推定を大きく歪めるほどの拒否数ではない(ちょうど同時期の検査数の正確な数字はわからないが,週1000件として,3000件程度は検査していると思われるので)。奥村さんのtweetに示されている新規発症者数の減少傾向は,クラスター発生予防のための3条件を満たす場所に行かないということまで含めた,クラスター対策の成果がある程度出たと見て良いのではないだろうか。インペリグループ第9報が示唆する通り,ワクチンか治療薬ができるまで,対策を緩めるわけにはいかないし,海外からの感染者の流入への対策が必要になるが。

年齢別無症状割合が知りたい(2020年3月19日 - 当該鐵人三國誌

年齢層別した不顕性感染者と発症する人の比が知りたいが,かなり大きなサンプルで血清疫学的調査をしないと難しいか。不顕性感染の人もかなり捕捉していると考えられる韓国のデータから推定したら良いのか? それって論文になっていないかなあ。

教員会議と教授会で4月からの講義日程について延期の必要はないことを強く主張したため(遠隔講義を進めることと合わせて),長い時間が掛かった。もちろん,クラスターが発生しやすい条件を避ける必要はあるので,生協食堂は使わせない方向しかなかろう。医学部では,そんなことより,実習(とくに病院実習等,クラスター発生条件を備えたところでの学外実習)をどうしたら良いかが大きな問題のはず。ライブハウスや屋形船やパブなどが,どうしたらクラスター発生条件を満たさない形で営業していけるのかという問題と同じで,当事者間で真面目に対策を考えないと。COVID-19対策が長期戦になることは,ほぼ確実なのだから。

何日か前に感染状況の把握ならば血清疫学を,と書いたが,Amanat F et al. "A serological assay to detect SARS-CoV-2 seroconversion in humans"(2020年3月18日)がプレプリントサーバに載っていた。血清抗体検出のためのELISA開発。発症後3日から検出でき,抗体陽性になるという。USA,フィンランド,オーストリアなどの研究者の共著。既にイムノクロマトを使った市販RDTキットもあるが,それなりに高価なので大きなサンプルには使いにくかった。仮に信頼性が十分あることが確認できて,これが安く広く使えるようになれば,血清疫学研究で市中感染頻度を推定できるようになるかも。たぶん同じ目的のELISAキット開発を長崎大学熱研グループも目指しているが,これで十分なら,独自開発に拘るよりも世界で共有させて貰う方が良いと思う。

日本感染症学会が会員に呼びかけた,医療機関におけるクラスター情報提供のお願い(2020年3月16日)。押谷先生からの依頼とのこと。

大阪と兵庫の間の移動制限は,クラスター対策班から出た話なのか,政治家か官僚の思いつきなのか,専門家会議の誰かから出た話なのかが不明だが,もし西浦さんのこのtweetと関係あるなら,数理モデルの解析結果による根拠があるはず。それにしても大阪府知事や大阪市長の発表だと,封鎖したいのかクラスターの連鎖を止めたいのかがわからないのだが。前者はこれまでのスタンスからしてないはずだし(大阪と兵庫で発表の数倍以上の集団感染が同時に起こっているなら別だが),後者なら,黙って目的地まで行き,クラスターが発生しやすい3条件に当てはまらない用事を済ませ,また黙って帰ってくる,例えば通勤や通学は問題ないはず(ただ,明日から三連休なので,通勤や通学をする人は少数だろうが)。とりあえず専門家会議の発表待ちだな。

専門家会議の3月19日状況分析・提言(2020年3月20日 - 当該鐵人三國誌

深夜,途中からだがネット中継で専門家会議の記者会見を見ていたら(リリース「新型コロナウイルス感染症対策の状況分析・提言(3月19日)」本文;数日前に専門家会議から厚労省に出されていた輸入症例の増加が見込まれることから検疫体制を強化して欲しいという要望),大阪と兵庫への移動制限の件,専門家会議は知らないということだった。その後,大阪府知事から出てきた話では,大阪と兵庫でR>1になっていて,リンクが追えない例もあり,放っておくと1週間で4倍増するという数値予測を貰ったということだったので,理論疫学的な根拠があることがわかった。ということは,クラスター対策班の誰かが計算した結果を見て大阪が決断したという経緯なのだろう(兵庫県知事は何も聞いていないと言っていたことから考えると,何か正式に提案する予定があったとしても,それがされる前に先走ったということではないかと思われる)。会見で西浦さんが,北海道の場合も,知事の緊急事態宣言における外出自粛要請から,後に解析結果に基づいたクラスターが発生しやすい3条件が揃う場所を避けて欲しいという詳しい説明をしに行って理解して貰ったという話をしていたので,たぶんそれと同じ感じなのだろう(最初から正確な条件を知事から発表して貰うわけにはいかなかったのか,という記者からの質問に対する返答としてこの経緯を説明していたので,ケースバイケースになるということなのだろう)。あまり憶測を書いても良くないと思うが,結果的に,前回の週末前の北海道の外出自粛要請によって,クラスターの連鎖を防ぐことができたのと同様,今回も大阪と兵庫で大雑把に「3連休中の往来自粛要請」をすることで,市中感染者からの見えない感染がつながって同時多発的な感染者増加が起こること(これはたぶん,スーパースプレッディングイベントによるクラスター発生とは異なる。2日か3日ごとに,ある程度広い範囲で感染者が倍増していくような状況「オーバーシュート」が起こる構成要素の一つと考えられる。もしかすると,それが起こる条件がまだ良くわかっていないのかもしれない)が防げれば,それで良いということかもしれない。

発症間隔が5日程度なのに,2日か3日ごとに倍増という状況が意味するところは,複数の感染ネットワークが同時多発しているということだ。おそらく,3条件によるクラスター発生,マスギャザリングによるメガクラスター発生,リンクが追えない市中感染者からのR>1な感染の同時多発という3つのどれか,あるいは複数の組み合わせによって,感染者数の爆発的増加が制御不能になって医療的対処能力の上限を超えてしまった状態を「オーバーシュート」と呼ぶことにしたのだと思う。感染症疫学で確立した定義がある用語というわけではない(追記:Sakino Takahashiさんからの指摘からのスレッドで,保全生態学での個体数増加が土地の人口支持力を超える状況,もう少し遡るとマルサスが人口増加が資源増加を上回ることを指して使っていたらしいことに気づき,さらに,川端君がDiekmann and Heesterbeekの理論疫学のテキストでも使われていると指摘してくれた。うーん,この言葉に対してinsensitive過ぎたのかもしれないが,記憶になかった。ただ,Diekmann and Heesterbeekを確認したところ,人口規模とアウトブレイク後に残っている感受性の人の割合(感染しなかった人の割合)の関係式で,人口規模が大きいほどR0が大きくなり,この割合が小さくなることが"overshoot phenomenon"である、と書かれていて、若干意味が違いそうだった……適切な用語設定は難しい)。

専門家会議の分析・提言は,リンクした本文をちゃんと読めば良いと思うが,ざっくりまとめると,現状何とかもちこたえていること,北海道でのクラスター対策に一定の成果があったこと,オーバーシュートを防ぐことの重要性,地域ごとの感染状況(Rtの値,新規発生者数の変化傾向,リンクの追えない感染者数の変化傾向により総合的に判断する)に応じた対応をすべきこと,クラスター発生防止のための一人一人の協力の必要性(どこまでの行動変容や社会的規制なら持続可能なのか一緒に考えて欲しいと,西浦さんは何度も言われていたが,その点こそマスメディアがやるべき役割だろう)が要点だったと思う。オーバーシュートを除けば,概ね思っていた通りだった。オーバーシュートの危険が強調されていたのは,武漢だけでなく,欧米でもオーバーシュートが起こったのが,それだけ衝撃的だったということだろう。あと,マスギャザリングイベントについては専門家の間でも意見が割れているそうだ。現在の世界の状況では,国際的に人が集まるイベントをやったらオーバーシュートの引き金になる可能性は非常に高いので,オリンピックは止めろと言いたいに違いないのだが,それを明言しなかった(専門家会議では議題に出ていないとのこと)のは,相当強い圧力が掛かってでもいるのか?

それにしても,西浦さんが相当お疲れのようで心配になった(逆に,ああいう場面での尾身先生の強さには恐れ入った)。クラスター対策班や保健所,地方衛生研,臨床医療従事者といった最前線の方々のsustainabilityも考えていかないと(専門家会議の分析・提言にも滲み出ていたが)。それは医療行政の仕事で,官僚の皆さんはそういう面をバックアップして欲しいところだが,急に充実させられるものでもないような気がするし,難しいところか。英国でやっているように,定年退職後の方を緊急再雇用するとかいったことは,日本はやっていないのだろうか。

尾辻かな子議員のtweetで,第9回大阪府新型コロナウイルス対策本部会議から,大阪・兵庫にクラスター対策班が西浦さんの名前で提案した資料(Word形式)がリンクされていることを知った。とすると,やはり西浦さん本人からの提案だったのか(追記:このtweetによると,西浦さんの提案先はクラスター対策班であり,大阪・兵庫への提案という書類ではないらしい)。大阪,兵庫内外の3週間の往来自粛要請は,クラスターの連鎖を分断するための第1段階としての提案と書かれていたのは,少し意外だった(しかし大阪・兵庫間の往来自粛要請ではないし,3日間でもなかったので,そこは大阪府知事の勇み足なのではなかろうか)。クラスターではない同時多発的な市中発生からの感染を抑制するためではなかったようだ。深夜に書いたことは深読みしすぎだったかもしれない。

さてしかし,大阪と兵庫がこの状況だと,ある程度のsocial distancingはしなくてはなるまいな。昨日の教員会議で主張した通り,4月20日になっても状況が好転していると期待できる根拠はないので,むしろ講義日程は予定通りにしておいて遠隔講義を進める方が良いと思うし,休校するなら全体的なsocial distancingの一環としてやらないと意味がないが。

Scienceの記事(2020年3月21日 - 当該鐵人三國誌

感染状況を把握するには血清疫学が有効なはずと何度か書いたが,Scienceにも似たような趣旨の記事が出た。

やはり首相の全国一斉休校要請は悪影響の方が大きかったと思う。科学的根拠がないのにそれによって危機感を高めた人たちは,「休校要請を延長しない」と政治家から発表されるだけで危機感を失ってしまうわけだ。クラスターが発生しやすい3条件が揃うのを避けるとか,手洗いなどの個人防護とか,風邪様症状があったら外出しないといった行動は,COVID-19が世界中で終息するまでずっと続けなくてはいけないのに,それまで止めてしまう人が出たり,止めて良いという雰囲気が広まったりするのはまずい。専門家会議の発表は,何とかもちこたえているものの全然安心できる状況ではなく,いつどこで「オーバーシュート」が起こっても不思議はないし,現場には人手が足りないし,持続可能な対処法を一緒に考えて欲しい,という内容だったのに。

日曜夜に放送されたNHKスペシャル『“パンデミック”との闘い~感染拡大は封じ込められるか~』は会話でも飛んで空中を漂い続けるマイクロ飛沫が換気で消える可視化が良かった。専門家会議の押谷先生が直接語られたのも良かったと思う。番組最後の方の押谷先生の言葉で一瞬あれっと思ったところがあったが,何だったか忘れてしまった(20200325追記:思い出したので書いておくと,インフルエンザと違ってクラスターが発生しやすい条件が存在し,それが3つの密が重なる場であるのならば,マイクロ飛沫による感染がクラスターにおける感染の主役ではないかと自然に思ってしまうので,押谷先生が,COVID-19でもやはり主に接触感染と飛沫感染で伝播し,マイクロ飛沫の寄与はメインでないと思うというような主旨の発言をされたのに違和感があった)。

トランプ大統領がクロロキンへの期待を表明したことで,自己治療を試みたアリゾナ州の男性が急変し死亡したという報道が流れている。水槽のタンクの掃除用のクロロキンを飲んだという情報もあり,グレードが医薬品でなかったせいかもしれない。しかし,米国ではRA治療のため使われてきたのが不足して困っているという情報もあり,トランプ発言の影響は大きかったようだ。多くの国で臨床試験は試みられているし,中国発のいくつかの論文では暫定的に投与量なども示されているし,抗マラリア薬としてマラリア流行国では普通に薬局で誰でも買えることから考えても比較的安全で,まだ有望な治療薬候補の1つであるには違いないが,軽い気持ちで自己治療に使ってはいけない。

大学の新学期講義についての文科省からの通知が出た。(2)として,遠隔講義でレポート評価でも単位認定できると明記されていた。あとは学生がネット接続するための料金と(リモートワークなども推奨しているわけだから,いっそ通信料は全部公費助成することまで考えても良いかもしれない),Zoomや類似サービス,あるいは大学独自でホストした場合,本格的に全ての大学で遠隔講義をした場合,トラフィックが多くなっても耐えられるようなインフラ強化が必要かも。

厚労省がテレワーク総合ポータルサイトを開設していた。水際対策の抜本的強化に対するQ & Aというページもできていた。トビタテとか言って海外留学を勧めていたのに,不可抗力で危険地域指定された学生に対して各種奨学金を打ち切って帰国させるというハシゴの外し方は酷いし(木村幹先生がtweetしているように「棄民政策」だと思う),帰国させておいて,空港から自宅に帰るまで公共交通機関を使うなというのは無理があると思う。換気を良くして黙っていて何にも触らないことを徹底するという条件で,入管でマスクでも渡した上で,電車やバスを使うことは許可した方が良いのではないか。そうでなかったら,空港近くに2週間待機できる宿泊施設を作ってあげるかだな。社会防衛としてやることだから公費負担は当然。

3つのシナリオ(2020年3月25日 - 当該鐵人三國誌

オリンピック・パラリンピックを来夏へ延期という話だが,日本も含めて各国何度かのロックダウンを伴うパンデミックになった場合,終息まで1年半はかかるだろうから無理だし,もっと小規模で抑え込めた場合は感受性の人が多く残っているはずだから,世界規模のマスギャザリングイベントをやったら再流行すると考えられるのでやらない方が良いし,等々考えると,最短でも2年後の秋だろう(熱中症のリスクを考えたら日本の夏にオリンピックをするのは元々反対だし,東京みたいな環境が悪いところに招致するのが元々間違っているというのがぼくの持論だが,それとは関係なく普通に考えても)。それでまた2024年にパリでやるのも無理があるので,もはやtokyo2020は中止した方が良いと思う。

岸田直樹先生がtweetで薦めていたこの動画,たしかにわかりやすい。重症化メカニズムで免疫系が非感染細胞まで攻撃するとされていたが,そこは確立しているのか少し気になった。あと,social distancingの例として,「ハグしない」,「握手しない」という行動が示されていたが,日本では元々あまりされない行動なので(学生の頃読んだエドワード・ホールの『隠れた次元』を思い出す),もしかすると日本でのRが小さかったことと関連あるかも。実は3つの密を避けることもsocial distancingの1つなのだが(諸外国はまだ3つの密という形ではフォーカスしていないが),もしかすると,それって世の中に知られていないのか?

クラスター対策という戦略に対して社会学系? の方々が反発しているのは何故なのだろう。一般の人々がどの程度のことなら持続可能か知りたかったらまっとうな社会調査をしたら良いなどということは,リスコミのプロが入っている専門家会議ならば百も承知の上で,時間がないからネットメディアで問いかける形でのアクションをしたのだろう。それをわかった上でなお反発するのだとしたら,何故なのだろう。政府にいろいろ提言しても,それを受け止めた正しいアクションを取らず,金も出さず,スタッフ強化も図らず(日本の数倍の規模の専門家集団からの提言に全面的に依拠したということを明示しながら政策を打ち出す英国政府とは対照的),政権の支持率を上げることだけ考えた受けの良い政策ばかり政府がしてしまうのを,専門家会議の責任だと言って攻撃するのはフェアじゃないと思う。いまの専門家会議とクラスター対策班が止めてしまったら,状況がさらに悪化するのは目に見えているので,政府が提言を受け止めてくれないからと言って,じゃあ止めますというのは,まっとうな責任感があるプロならばできないだろう。自分も含めて外野がやるべきことは,専門家会議への攻撃ではなくて,首相近辺に対して,勝手なことをせず,専門家会議に余計な圧力を掛けず(たぶんオリンピックについては議論するなと言われているのだと思う。憶測だが),もっと専門家会議の提言を尊重するように言うことではないのか。

シンガポールのように完全にリンクを追い続けて隔離と対処療法で救命という戦略を徹底することは,COVID-19が無症状や軽症でも感染力をもつという特性を考えたら,他の国では現実的でないと思う。国土が広く人口規模が大きいほど人の行動はコントロールしにくいし,人の記憶は完全ではないし,法律その他の行政的施策に従わない人は少なくない。そう考えると,今後のCOVID-19の推移には,大雑把に言って,3つのシナリオがありうると思う。

1つ目はとくに対処せず放っておくこと。おそらく低所得国の中には,水道の供給もなく,CTも人工呼吸器もECMOもなく,ほとんど対処できない国もある。西アフリカでエボラウイルス感染症がアウトブレイクしたときに対処が難しい理由と同様に,文化的理由でsocial distancingすら困難な国もある。そういう国や地域では,人口の40-80%が感染し(専門家会議やインペリグループ第9報が80%を採用しているのは,単純なモデルで感受性のまま残る割合が20%という推定だと思われるが,2月15日の時点で,ハーバードSPHのLipsitch教授は,人のmixtureがそう単純ではないので40-70%と推定している),そのうち0.3%が亡くなるので,控えめにみても,1000人に1人が今年COVID-19で亡くなることになる。重症者への対処療法が十分にできないので,悪くするとその10倍くらい亡くなるかもしれない。ある程度人口規模が大きければ,流行曲線がゼロ近くに収束しても完全にゼロにはならず,エンデミックな病となるだろう。十分に医療的対処できても,日本の人口で考えたら約12万人が亡くなることになるので,日本を含む高所得国ではこの戦略は取れない。

2つ目は医療的対処能力の上限を超えるような爆発的感染者急増である「オーバーシュート」が起こりそうになったら都市機能を停止するロックダウンを1~3ヶ月発動し,新規感染者がある程度減ったら都市機能を再開する,ということを,ワクチンか治療薬が開発されるまで数回繰り返すこと。1つ目の戦略に比べると,未感染のまま生き残る人が多くなるため,ワクチンか治療薬が開発されるまで1年半から2年は続けなくてはいけない。武漢でロックダウンの有効性が示されたので,フランスや米国のいくつかの州など,現状この戦略をとっている国はいくつかある。しかし高所得国の都市部は,食糧生産に携わっていない人が多いので,地方から食糧が運び込まれないと飢えてしまう。ロックダウン中の所得補償もされないと,やはり飢えてしまう。ライフラインの維持に関わる職種の人は活動停止できないし(その人たちが職場に移動するための交通手段はどうするのかも考えなくてはいけない),その子供や高齢の親などの世話を誰がするのかということも問題になる。そうした形でかなりの社会的負荷を強いるロックダウンを,数回繰り返すことができるのかというと,たぶん無理だと思う。しかも,止めた途端に第1のシナリオと同じく,十分な割合の人が免疫を獲得するまでの蔓延が起こることになるので,医療的対処を必要とする人のピークは,第1のシナリオより高くなる可能性もある(インペリグループ第9報の1回抑え込み戦略のシミュレーション結果が示している)。仮に3週間なら耐えられても,3ヶ月耐えられるだろうか。そこまで考える必要がある(もっと極端な形として,ほぼ完全に鎖国してしまい,5ヶ月程度のロックダウンにより国内のCOVID-19を完全に終息させ,その後も一人でも感染者がいる可能性がある国との往来は完全に絶つということも,思考実験としては可能だが,実際問題として無理だろう)。

このどちらも受け入れがたいと考え,手探りながらも第3の戦略としてのクラスター対策が何とか奏功しているように見えるのが,日本で専門家会議とクラスター対策班が進めてきた現状である。クラスター対策に加えて,対人距離が元々遠く,蛇口を捻れば安価で清潔な水が使え,子供でも食事の前には手を洗いましょうという衛生教育ができていた日本ではR0が低めだったこともあって,今のところ持ちこたえることができている。これもワクチンか治療薬が開発されるまで,1年半から2年は続けなくてはいけない。止めたら蔓延して第1のシナリオと同じになってしまう。今後感染した帰国者・入国者が増えると,クラスター対策だけでは対処しきれなくなるので,どこまで持続可能な対処を強化できるか皆に考えて欲しい,というのが,先日の西浦さんの訴えかけであった。ぼくは第3の戦略でできるだけ行ってみて(クラスター対策だけではR<1にするのに不十分ならば,さらなる対人接触を減らす戦略を追加することまで含めてクラスター対策班が視野に入れていることが,西浦さんの訴えかけでわかった),それでも「オーバーシュート」が起こってしまったら,少なくとも一時的には第2の戦略に切り替えるしかないと思っているが,これら3つの戦略のどれを取るのか自体,広く社会に問わねばならない,という立場もありうるのか?

このtweetから始まるマンガ解説は素晴らしい。専門家会議やクラスター対策班が何をやってきたのかが一目でわかる。

NHKの兵庫ニュースで岩田先生がオリンピックは延期が唯一の正しい選択肢とコメントしているが,朝書いたように,1年延期してもできる保証はないので,中止の方が正しい選択肢だと思う。もっとも,コメントの中ではこの夏は無理という話しかしていなかったので,中止以外でという制約付きの質問への答えを切り取られたのかもしれないが。

1年生は4月20日講義開始になったか。4月20日になっても状況が改善している保証はないから,大学を安全な場にするような対処をした上で予定通り4月6日開講すべきと主張したのだが,全学には届かなかったか。ロックダウンしているのでない限り,自宅生は親から感染する可能性があるし,通学しない分,公共交通機関内で感染するリスクは多少下がるかもしれないが,少しでも症状がある人は休むことと,車内では喋らないことを徹底すれば,そのリスクは元々低いし,大学だけ閉じても感染リスクはほとんど変わらないはずだが。医学部保健学科2年生以上(ガイダンスは4/2)と保健学研究科(ガイダンスは4/3)は4月6日開講。

新しい論文いくつか(2020年3月26日 - 当該鐵人三國誌

インペリグループから2つ(第10報と第11報),新しい論文が出ていた。Atchison C et al. "Public Response to UK Government Recommendations on COVID-19: Population Survey, 17-18 March 2020"(2020年3月20日掲載)とAinslie KEC et al. "Evidence of initial success for China exiting COVID-19 social distancing policy after achieving containment"(2020年3月24日掲載)。

前者は,2020年3月16日に英国政府がアナウンスした新しい対策(不可欠でない他人との接触を止める,すべての不要な旅行を止める,可能なら在宅勤務する,パブ,クラブ,劇場などの社交場を避ける,もし家族に発熱や持続する咳を新規発症した人が出たら14日間自宅隔離することを含む)の公衆の反応を見るため,インペリのPERC(患者経験研究センター)によって行われたYouGov調査(80万人以上が登録しているパネルからランダムサンプルしてメールで協力依頼し,2020年3月17-18日に2108人の英国成人対象にオンラインインタビューされた)の結果である。77%が英国でのCOVID-19のアウトブレイクについて心配していて,陽性になっていない人の48%が将来罹ると思っていて,93%は少なくとも1つの個人防御行動をしていて(83%が手洗いをこれまでより頻繁にやっている等),88%の人は専門家に言われたら7日間は自己隔離できるしやる気があるけれども,在宅勤務が可能なのは44%(専門職等は60%だが非熟練労働者等は19%)しかおらず,政府のガイダンスがあれば行動を変えられるという人は71%いたが18-24歳に限ると53%しかおらず,屋外,就労,買い物,学校への外出を避けることなど,社会的に距離を置くことよりも,手洗い,症状のある人との接触を避ける,咳エチケットを,COVID-19の拡大防止に「非常に有効」な方法として認識している人が多かったとのこと。こういう社会調査パネルは日本でもたくさんあるはずだから,専門家会議やクラスター対策班の活動と必ずしもリンクしなくて良いので,どんどんやったら良いと思う(というか,既にやっていても不思議はないのだが,報告は見つからない)。

後者は,中国がCOVID-19から脱出するための,封じ込め達成後の社会的に距離を置く政策が初期段階では成功している証拠,というタイトル。中国は,1月23日に武漢,次いで他の省でも厳密な社会的隔離政策を導入することによって,2月初期には毎日2000-4000人の新規確定患者が報告されていたアウトブレイクのピークを過ぎ,封じ込めに成功した。それは同時に経済に大きな影響を与えた。再流行させずに経済活動を再開できるのかわかっていないので,この研究では,報告された患者からの感染力(RtとしてRのEpiEstimパッケージで推定)を経済活動の代理変数として毎日の都市内移動データ(GPSトラッキングで捕捉されたBaiduの移動統計に基づく,Exante Dataから提供されたもの)と比べている。当初,流行に最も強く影響された5つの省と北京で都市内移動とRtは非常に強く相関していたが,都市内移動が増えるにつれてはっきりしなくなった。香港での同様な分析では,大きなアウトブレイクを避けつつ中程度の局所的な活動を維持できることが示された。将来再流行しないとはいえないが,非常に強力な社会的隔離政策によって封じ込めを達成した後,ある程度その厳しい隔離政策から脱出できたことを意味する。中国がパンデミックの最も進んだステージにいるので,中国での政策は,一度封じ込めを達成できた他国での意思決定にも情報を与える,としている(2月15日頃に概ね封じ込めに成功してから,中国では1ヶ月掛けて徐々に都市内移動が増えていっても,今のところ再流行はしていない,ということで,朗報ではあるが,外国からの感染者の流入があったら,結果は違ってくるかもしれないと思う)。

明日の夜21:00から,TWEEDEESがスタジオアコースティックライブを生配信「おもろいもんは色々あるで」。無料生配信とは太っ腹だが,「この配信はアーティスト支援サービス・bitfanによる企画で、新型コロナウイルスの影響で自粛が続くライブパフォーマンスを今後どういった形で見せていくかという課題へのトライアルとして実施される」とのことなので,将来の有料配信の可能性を探る意味もあるのだろう。凄く良い試みと思う。ぼくは会場でのライブの1/3くらいの課金なら払う。安くする分3倍の視聴者が集まれば,新しいビジネスモデルとして成り立つはず。課金システムが難しいなら,クラウドファンディングで資金を募っても良いだろうし,むしろ政府が金を出しても良いのではないか(どこまでサポートするか線引きが難しいか?)。「プリン賛歌」アコースティックバージョンとかやって欲しいなあ。

日本オセアニア学会の学会誌People and Culture in Oceaniaの最新号が届いた。最初の論文(Furusawa and Siburian)は,リモートセンシングの時系列データに最尤推定でモデルを当てはめて,植生の変化を伝統的な暦が予測しているかを議論するというアクロバティックなもの。福井さんの論文は,クルーズ船観光ビジネスがヴァヌアツのアネイチュム島の社会変化に与えた影響を論じていると思われるが,ご本人がtweetしていたニュースによると,クルーズ船がCOVID-19をもたらしたらしく,ロックダウンされていて,ビジネス面での影響どころではない大きな影響を受けている。古澤さんのロヴィアナ研究の単著について,Brian Allenによる書評も載っているのだが,べた褒めだな。何だか嬉しい。

上海でヒドロキシクロロキン+従来の治療群と従来の治療のみの群に15例ずつランダムに割り付けた研究の結果,2群間に有意差なしという論文が,Forbesで紹介されている

JCMに載っていたKuniya T "Prediction of the Epidemic Peak of Coronavirus Disease in Japan, 2020"(2020年3月13日)は,日本におけるCOVID-19の流行のピーク予測というタイトルで,SEIRモデルだがR0=2.6(95%CI 2.4-2.8)として初夏の時期にピークが来るとしている。感染者検出率は現実的にありうる値の範囲ではほとんどR0の推定に影響しないことも示されている。介入しない場合,10%検出できるとした場合,R0が2.6だと新規感染者報告数のピークは8月10日となり,1%しか検出できない場合,新規感染者報告数のピークは7月12日となるが,感染率β=0.26(R0=2.6に対応)を3月1日から介入実施期間中75%に下げられるとして,検出率1%の場合,1ヶ月介入だとピークは7月23日に遅れ,6ヶ月介入だと9月14日に遅れ,総感染者数は効果的に減少する,という結果が示されている。

相変わらずスーパーやコンビニやドラッグストアの店頭にマスクが出回らないままだ。2ヶ月以上も店頭から消えたままの商品が21世紀の日本で出現するとは想像しなかった。台湾みたいに購入制限をすれば流通が正常化しそうな気もするが,どうなんだろう。この辺りのことはマーケティングや流通の素人にはさっぱりわからない。

東北大の田中重人さんのtweetによると情報出して欲しいという話だが,もしかすると逐次公表するチャンネルがないだけかもしれない,とふと思った。ぼくも随分メディアからの問い合わせにはメールで答えたが,記事になったのは1割もない。自分は個人で契約しているバーチャルサーバに自力でメモを作ってアップロードし続けるという手段があるが,厚労省サイトに載せる情報の決定権が専門家会議やクラスター対策班になかったら,彼らがいろいろな形で情報を出しても,出口で取捨選択されてしまう可能性はある。リスコミがわかる広報担当を入れて専用ページを作ってそこに集約するとかしたら良いのだろうが,政府がそういう人材に声を掛けないのかもしれない。ネットやテレビでアクセス可能な情報や先日の記者会見を見ていても,敢えて隠すことはしていないと思った(明確に根拠を示すことはできないが)。

flurryさんがクラスター対策がまだ論文として公表されていないのに信用するのかという含みのtweetをされたので以下のように返事した。「プレプリントサーバの3月3日付けの論文を見つけてから,受理された論文を毎日のように探していますが,まだ出ていないようです。クラスター対策をした効果についてのシミュレーション結果を含む論文も,まだ見つけられずにいます。査読の壁が高いのかと思っています。」「(承前)ただ,http://minato.sip21c.org/2019-nCoV-im3r.html#SPECIALISTS20200319の第1段落に書いたように,仮にスーパースプレッディングイベントとは別のメカニズムによる「市中感染者からの見えない感染がつながって同時多発的な感染者増加が起こること」があっても,クラスター対策(追跡と発生予防)をすればその分Rは落ちるでしょう」「(承前)押谷先生は孤発例は見えないクラスターと想定されていましたが,そうでなくて,クラスター感染(たぶんマイクロ飛沫の停留が鍵?)とは別に接触感染・飛沫感染で同時多発的にRが0.5~2くらいの感染が増えるのが孤発例の増加だとしても(論文ありませんが)クラスター対策の効果は変わりません」「プレプリントサーバに載っているデータと,2月15日のhttps://hopkinsidd.github.io/nCoV-Sandbox/DispersionExploration.htmlでR0のoverdispersionは十分示されているので,クラスター感染の存在を疑う理由はありません。」

Sakino Takahashiさんのtweetに対して,昨日書いた3つのシナリオをリンクして,「ぼくは先進国の都市住民にとって,1~3ヶ月のロックダウンを何度も繰り返すことは耐えがたいと思います。いまのうちに,ライフラインを確保しながらの長期間のロックダウンがどうやったら可能なのか,精緻なシミュレーションをしておく必要があると思います。」「(承前)社会システム工学とか環境科学方面でLCAをやっていた人たちにはノウハウがあるのではないでしょうか。」とtweetしたが,考えなくてはいけない間接的な影響は山のようにあるだろうから,多方面の専門家の叡智を集めなくてはできないと思う。誰か始めていないだろうか? それこそGitHubとかでオープンなプロジェクトとして進めると効率良さそうな気がするが。

第二波対策(2020年3月27日 - 当該鐵人三國誌

この数日の東京のリンクが追えない感染者の急増(大阪と兵庫もか)は,憲法変えるのやだネット長野さんのこのtweetで知った横浜市立大学生命ナノシステム科学研究科佐藤彰洋特任教授による東京都の現状分析と,先日の専門家会議発表から考えると,欧米から高い感染力をもったウイルス(接触当たりの感染確率に比例する係数(この定式化ではαと表現されている)が高いことが意味するのは,例えば飛沫や何かに付着したときの生存時間が長いとか,感染するウイルス数が少なくても定着して増殖しやすいとか,単位時間当たりに排出するウイルス数が多いといった可能性だが,本当にそうなのかはわからない)に感染した人が大量に流入したことによる(SIRモデル上,未検出のIを増やすという操作を入れたら,αを10倍までしなくても当てはまる気がする。やってくれないだろうか?),と考える蓋然性がある。ここに書かれているモデルではR0の過分散は考えておらず(つまりクラスター感染は考えていない),コンパートメントも細かく分けていないので,ラフな推定だとは思うし,スペインとドイツでαが3前後と,1を超えるのは変な気がするが,仮にこの分析が正しいとしたら,3月10日頃までのクラスター対策は日本の感染状況を何とか制御してきたが(これまで書いてきたいろいろな考察から,それはたぶん正しいと思っている),それ以降はクラスター発生以外の(たぶんインフルエンザと同様にランダムにリンクされた飛沫感染や接触感染による)感染者増加が主になってしまったので,クラスター対策では新規感染者数を抑えられなくなったと考えられる。

こうなってくると,「オーバーシュート」発生を防ぐには,もうロックダウンしかないのかと思ってしまうが,まだやれることはある。欧米からの帰国者からの直接接触による感染が増えているならば,積極的疫学調査で濃厚接触者を検査してクラスター検出をしていたら,そこからの感染者を隔離するのに間に合わないので,おそらく今では有病割合も上がっているから,咳をしている人に近づいたことがあるとか,手を洗わずに口の近くにもっていったことがあるとか,会食の場に咳をしている人がいたという経験がある人全員……は無理だろうから,風邪様症状が出たら(個人的にはSpO2が95%を切ったら,とした方が良いと思うが)検査としても,ある程度の割合で陽性の人を捕捉できると思われる。軽症なら自己隔離しかないが,感染拡大防止には役立つ。もちろん,医師が鑑別診断の必要を認めた人の検査が優先順位トップで,次がクラスターからの積極的疫学調査で見つかる感染者に接触した人全員をクラスターの連鎖を抑えるために検査,というのも従来通りやった上でやらねばならないから,おそらく守秘義務とか個人情報保護とかに関する規定を緩めて,責任はすべて政府がとることにして(つまり検査者は免責する),大学や民間のBSL2+の設備がありリアルタイムRT-PCRができる施設の協力を得るか,あるいは,イムノクロマトかELISAで抗原検出(抗体ではなく)できるキットを開発して血液検査することが必要になるだろう。そうすれば,クラスターによらない感染を下げることができるから,新規感染者の増加を押しとどめられるかもしれない。それをやっている間に準備を整える必要がある(昨日書いたような様々な可能性を検討した上で,生きるための金や食糧は行政が責任をもって提供するから,ライフライン維持のための人員を除いて,外出と対面での会話を全面的に禁止します,と言えるようにする)。社会が混乱して亡くなる人がCOVID-19による死者を上回ってしまっては本末転倒であろう。ロックダウンするとしても,準備ができた後にするべきと思う。

ただ,新型コロナウイルス対策の「社会距離拡大戦略」が他の感染症も抑えていることが確認されるというGigazineの記事(2020年3月26日)に書かれている,social distancing導入後のインフルエンザ様症状を呈する患者数の減少とか,IDWR速報データのページからリンクされている,定点報告疾患の定点当たり報告数の過去10年間との比較のインフルエンザ,流行性耳下腺炎,ロタウイルスによる感染性胃腸炎が例年よりかなり少ないことを見ると,1月からの頻回な手洗いや濃厚接触を避ける行動によって,接触感染・飛沫感染する感染症のRが全般に低くなっていた可能性もある。例えば,東京から地方に帰省などして発症した人からの感染のRが1を超えていなければ(要確認。データないかなあ),欧米から帰国した感染者がもっていたウイルスのRが高くなったのではなく,見えないクラスターが多数存在するのでもなく,たんに帰国した感染者数が多くて,そこからのクラスター以外の感染(いわゆる濃厚接触による,飛沫感染や接触感染)が同時多発的に検出されるために,新規感染者数が急増しているだけかもしれない。もしそうならば,これまでやってきたことを着実に続けるのでも,「オーバーシュート」が防げる可能性は残っている。(注:この段,かなり願望混じりなので,あまり信用しないでください)

岸田直樹先生がこのtweetで紹介している動画を見ると,social distancingの効果が視覚的に良くわかる。ななきさとえさんがtweetしていたWashington Postの記事も良いビジュアライズだと思う。

遠隔も含めた講義の仕方のガイドラインを作る必要があるなあ。ざっと思いつくところでは,まず,ぼくのように独自サイトで配布しても良いのだが,BEEFという仕組みもあるし,全教員が講義資料はネット配布できるはずだ。講義室は前後2カ所は窓を開けて講義するとか,D201のような窓を開けられない部屋では前後のドアを開放する必要もあるだろう。唾が飛ぶことは避けねばならないので,教室内での私語は厳禁で,教員もマスクをした上でマイクを使って喋るべきだろう。講義室に学内LANは来ているので,Zoomなどで配信もし,遠隔で受講することを推奨することも必要だろう。資料をネット配布してあれば,配信は音声だけでもいけるのではないだろうか。音声だけなら,そんなにデータ転送量を食わないのではないか(月1000円くらいの低速データ転送専用定額SIMでもradikoプレミアムを聞くには支障ないし)。備品としてはアルコール消毒剤を適宜配置すること,水道がある場所(講義室も含めて)には石鹸とペーパータオルを置くことも必要だろう(入子先生のアイディア)。他は何があるだろう?

英国首相が自らの感染をtweetしている。

専門家会議からの情報発信のため,リスコミの専門家集団が協力することになったと,西浦さんがtweetしていた。やはりチャンネルがなかったのだな。

TWEEDEESのライブは素晴らしかった。こういう活動を有料配信化するのが可能性の一つか。しかし,大友良英さんのこのtweetは悲痛。ドイツと日本の閣僚の文化へのスタンスの違いが悲しい。長期的にはCOVID-19の感染を増強しないような営業形態・活動形態・建物の構造といったことを模索する必要があると思うが,少なくとも当座の具体的援助を政府がしないと生き延びられないのでは。

岸田直樹先生のN95マスクの再利用には蒸気消毒をというtweet

プレゼン資料作るか(2020年3月28-29日 - 当該鐵人三國誌

Lancet Infectious DiseasesのKoo JR et al. "Interventions to mitigate early spread of SARS-CoV-2 in Singapore: a modelling study"(2020年3月23日掲載)は,シンガポールでのSARS-CoV-2の早期の広がりを緩和するための介入についてのモデル研究論文。後で読む。

田島貴男配信ライブ,4月5日夜,1000円で3日間何度でも視聴できるという試み。買ってみよう。COVID-19影響下での持続可能な活動の仕方について,昨日のTWEEDEESもそうだが,多くのアーティストが試行錯誤する中で,いち早く有料配信に踏み出すのは勇気が要ると思う。元々ファンだし応援したい。

永崎さんのtweetで知ったが,オンライン学会向けZoomマニュアルの公開というブログ記事。簡易版,発表者向け,聴講者向けの3種類がダウンロードできる。オンライン講義にも参考になりそう。

route of infection別の二次感染者数分布の違いと,感染者移動数の分布を考えたシミュレーション,誰かやってくれないかなあ。

学生向けにプレゼン資料作るか。

忽那先生による都内の感染症指定医療機関で何が起こっているのか。臨床現場の苦境がわかる。

遠隔講義はZoomでやろうという動きが主流だが,ネックは,受講する学生側もデータ転送量が多いため,通信プランによっては早々に上限に達してしまう可能性があることや,無制限のプランは料金が高いことに加えて,全講義を全大学が遠隔化したらZoomのシステム負荷が耐えられるのかという点にあった。学習院の田崎さんの「ギガに優しく」受講できる「ラジオ講座」風遠隔講義案は,この問題を解決するための一案。確かにこれもありだな。ただ,前もって音声ファイルを作るのも大変だから,一度遠隔講義をしながら録音もしておいて,後でも聴けるようにしてあげると良いか。このtweetで提案されている方法も良いなあ。とくにアクティブ・ラーニング方式の科目には,この方が良いかも。Medical Anthropologyのdebateはこれをmodifyしてやってみるかな。

"When Coronavirus Emptied the Streets, Music Filled It"

SciAmの記事から,2つのクロロキン関係の論文がリンクされていた。Gautret P et al. "Hydroxychloroquine and azithromycin as a treatment of COVID-19: results of an open-label non-randomized clinical trial"(2020年3月20日)とDevaux CA et al. "New insights on the antiviral effects of chloroquine against coronavirus: what to expect for COVID-19?"(2020年3月12日)。後者は既読だったが,前者は初見。有効という結論だがRCTでないので,まだわからない。

Chen T et al. "Clinical characteristics of 113 deceased patients with coronavirus disease 2019: retrospective study"(2020年3月17日受理;2020年3月26日掲載)は,BMJに載った原著論文で,武漢の病院の死亡例113人と回復例161人のカルテを調べて行われた後向き症例対照研究だが,カイ二乗検定とフィッシャーの直接確率という2変量統計までしかやっていないのが勿体ない。ロジスティック回帰して欲しい。せめて層別解析。

SARS-CoV-2の起源について(2020年3月30日 - 当該鐵人三國誌

先日のNHKスペシャル,NHK Worldで放送される国際版は4月9日までweb視聴可能と教えていただいた。公共放送なのだから,COVID-19関連のNスペとクロ現プラスは期限を区切らず公開してくれたら良いのになあ。

メディア(とくに3月12日だったかの日経新聞)とかSNSで疫学批判言説を書いている人には,まず日本語テキストでいいから,せめて『ロスマンの疫学』とか『感染症疫学ハンドブック』くらい読んでからにして欲しいと言いたい(本当は『感染症の数理モデル』も読んで欲しいが)。

本来の意味とは違うのだが,感染を広げないための標語として「沈黙は金」はどうだろうか。これは字義通りなるべく喋らないということであって,文字による表現をするなと言っているわけではないので,深読みしないで欲しいが。

Fung S-Y et al. "A tug-of-war between severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 and host antiviral defence: lessons from other pathogenic viruses"(2020年3月14日掲載)というレビュー論文。後で読む。

2005年のScienceに載っていたLi W et al. "Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses"や,2015年のTrends in Microbiologyに載っていたLu G et al. "Bat-to-human: spike features determining ‘host jump’ of coronaviruses SARS-CoV, MERS-CoV, and beyond"によると,SARS-CoVも自然宿主はコウモリだったと思われる。Nature MedicineのAndersen KG et al. "The proximal origin of SARS-CoV-2"(2020年3月17日掲載)というCorrespondenceは,ヒトが操作して作られたというデマを強く否定しているが,効率よくヒト=ヒト感染を起こすようになった変異が,動物の中を感染しているうちに起こったのか,それともヒトに感染してから起こったのかを検討している(結論は出ていないが)。確かに,もし前者なら,いったんヒト社会から根絶しても,MERSのように何度でも(MERSはR0が小さいからパンデミックにはならないが)動物からヒトに感染してエピデミックを起こすことになる。現状,むしろ世界の多くの国でエンデミックな病気になる可能性の方が高いが,それだと2月15日にProf. Lipsitchが予測していたように世界人口の40-70%が感染することになるので,考えたくない数(最悪5000万人レベル)の死者が出てしまう。

Scholarly Community Encyclopediaへの寄稿のお誘いメールが来た。何本も査読したのでEpidemiologyのreviewを書けということと思われる。DOIは付くし完全無料だし良いプラットフォームだと思うが,書く暇あるかな。ていうか,その前に査読を終わらせないと。

NHKの特設サイト「新型コロナウイルス」>私たちはどう行動する>生活の中で大切なことが更新されていて,マイクロ飛沫の動画や,3つの密を避けること,家族が感染したときの対処についての動画が載っていた。

まとめpdf作成(2020年3月31日 - 当該鐵人三國誌

COVID-19のまとめ資料(私見,と書いたスライドは学生向けからは除くべきかも)を作った。最初アップロードしたものは糞口感染の記述が不適切だったので修正し10:45にアップロードし直した。

テレビでドイツにも英国GP同様のかかりつけ医からのreferralシステムがあるという話をしているが,一次医療圏が医療法が定める医療計画に入っていないのが日本でかかりつけ医がうまく機能していない原因だということは,ずっと前から公衆衛生学では共有されている問題意識だった。自由に開業できないと困るという医師や開業コンサルタント業界のロビー活動のせいが大きいと思うが,総合診療医の養成も足りていないので(専門医志向が強いので),法制化しても理想的な配置は難しい気がする。いずれにせよ今現在の危機解決には間に合わない。

インペリグループの論文発表が早くて凄い。3月26日に10報と11報に触れたが,既に12報と13報が出ていた。Walker PGT et al. "Report 12: The Global Impact of COVID-19 and Strategies for Mitigation and Suppression"(2020年3月26日掲載)と,Flaxman S et al. "Report 13: ­­Estimating the number of infections and the impact of non-pharmaceutical interventions on COVID-19 in 11 European countries"(2020年3月30日掲載)である。後で読む。

昨夜小池都知事の会見があり,クラスター対策班の西浦さんもコメントしたという話。YouTubeにテレ東のノーカット動画が公開されている。質疑で,弧発例の多くが夜の町の特定の業種における伝播であることがわかったとして(見えないクラスターが散在しているのではなくてラッキーなことだった),グラフも示したようだ(グラフは別角度から撮影されたニコ動では配信されたらしい)。爆発的な増加があるかどうかを把握するのに(一般母集団対象の?)抗体検査は向いておらず,リアルタイムRT-PCRに加えて電話相談とかSNSを総合的に見て判断しているという説明,その通りだと思うが,抗体検査は他の検査とリソースが被らないので,医療や検査の現場に余力があるなら,やれば流行状況について補完的なデータにはなると思う。それが必要なのは,今よりも,むしろ一定のレベル以下に新規患者数が収束した後だと思う(感受性のまま残っている人の割合の推定は,再流行リスクの評価に必須なので)。

インペリグループ第12報は,緩和戦略と抑え込み戦略の世界規模の影響というタイトルの通り,まったく介入なしの場合に比べて,死亡率が10万人週当たり0.1, 0.2, 0.4, 0.8, 1.6, 3.2を超えたところで抑え込み戦略(全年齢で社会的接触を75%減らす)を導入した場合と,緩和戦略(70歳以上の社会的接触を60%減らすか,全年齢で社会的接触を40%減らす)を導入した場合で,250日間のアウトカムがどう変わるかを見ている。アウトカムとしては累積感染者数,累積死亡数を見ているが,国によって状況が異なるため,人口,GDP,所得水準別ヘルスケア利用可能性を考え,年齢構造のある確率的SEIRで上記シナリオごとの疾病負荷を計算し,病床数やICU数も考慮した影響予測をしている。結果は,世界7地域別に推定されているが,合計では,まったく介入しないと70億人が感染し4000万人が死亡するところ,0.2/10万人週という早期に抑え込み戦略を導入すると4.7億人が感染し186万人が死亡,1.6/10万人週になってから導入すると24億人が感染し1000万人が死亡となった。データとしてはwppとrDHSパッケージを用い,接触パタンについては多くの先行研究やsocialmixRパッケージを利用したと書かれている。力業な研究だが,結果のインパクトは大きい。

インペリグループ第13報は,ヨーロッパ11ヶ国で,感染者数とCOVID-19への薬剤以外の介入の影響を推定するというタイトルで,実際に各国でいくつかの介入が導入された時点と感染者数データを用い,階層ベイジアンモデルを使って介入効果を推論しているもの。Rコード(RStudioをインストールしてあれば,zipを展開してプロジェクトファイルをクリックすることでFigure 5を再現できると書かれている)が提供されている。第9報に比べると学校閉鎖の効果がかなり大きく出ているのだが,何かのsurrogate measureになっているような気がするなあ。詳細はコードを見てみないとわからないなあ。

マラリアとか熱帯病対策で大きな役割を果たしてきたWellcome Trustのニュースに載っていたが,クロロキンとヒドロキシクロロキンによるCOVID-19治療について世界規模の臨床試験を4月から始めるそうだ。

LINEで厚労省からのCOVID-19についてのアンケートが来たので回答した。

日本公衆衛生学会の研修会資料(2020年4月1日 - 当該鐵人三國誌

遠隔講義を進めることになったが,学生のWiFi環境をどうやって整えるかは課題。定期代より安くなれば良いという話も出た。

専門家会議とクラスター対策班のキーパーソンである東北大学・押谷先生によるCOVID-19への対策の概念(2020年3月29日暫定版)。50ページ以降の詳細データ重要。55ページ「保健所・地方衛生研究所・検疫所・クラスター対策班の人員の早急な拡充。特に保健所の負担の軽減」の実現には,政府の決断が必要なので,世論がそれを政府に求める声を高めることが重要。

押谷先生がSARSとの違いを示すために使っていた概念図はWHOの患者管理のための中間ガイダンス(2020年3月19日)が元か。SARSは下半分が無かったという対比のさせ方は押谷先生のアイディアと思うが。

ちなみに押谷先生の資料は,3月29日に行われた「クラスター対策研修会」で使われたもので,日本公衆衛生学会のサイトに載っている。日本公衆衛生学会から一般会員にはアナウンス無かったと思うが,誰を対象にしてどういう形で行われたのだろう? まあ資料を公開して貰えたので不満はないのだけれども,単純に不思議に思ったので。

阪大の遠隔講義・メディア授業サポートシステム。Zoomだけにしてしまうのもインフラとして危険な気がするので,こうやって複線化することも必要だろう。

山中伸弥先生の5つの提言。政府への提言。ぼくも政府への提言は随分書いているのだが,全体が長くなりすぎたので,見つけにくいと思う。本当はそれだけピックアップしてまとめたページを作るべきかもしれない。誰かやってくれたら嬉しいが。

若年層向けの情報発信強化という厚労省のリリース。YouTubeで東京ガールズコレクションに出ているモデルさんの台詞と写真がポップアップする映像。若者の関心を惹くための広報としては良い試みと思うが,あんなに早くポップアップしては消えてしまうメッセージでは読めないのでは? あと,BGMよりもそれぞれのモデルさんが喋った方が効果的では? あれでは「情報発信」としての意味は薄いと思う。何かズレてるよなあ。

ズレてるといえば,1世帯に2枚の布マスク配布って……エイプリルフール? (追記:布マスクの機能は,無意識に手が鼻や口にいくのを防ぐことと,声を出したときに唾液飛沫が飛ぶのを防ぎ,無症状で自分が感染していることに気づかない人が感染を広げてしまうのを防ぐことだから,「声を出すときはマスク必須」を常識化する方が有効だろう[20200403追記:たぶん低所得国でバイクに乗っている人がしているように,バンダナで鼻と口を覆うのでもほぼ効果は同じだから,マスクが無かったら大きめの布1枚あれば良い]。黙っていて手をポケットに突っ込んでいれば,布マスクしてもしなくてもほとんど差は無い。そんな金があるなら,押谷先生が要望されている「保健所・地方衛生研究所・検疫所・クラスター対策班の人員の早急な拡充。特に保健所の負担の軽減」に使って欲しい。全国一斉休校要請に匹敵する愚策なので,たぶんまた今井補佐官と安倍首相周辺だけで決めたんだろう)

今夜のクロ現プラス「感染爆発の重大局面② 治療の現場で何が起きているのか」は,1週間は見逃し配信されるとのこと。Nスペとクロ現プラスはこれまでも概ね良かったので,これも見ようと思う。(追記:見た。医療現場の疲弊も激しいので,医療体制の拡充も急務だが,すぐには増やせないのが難しいところ。発熱外来設置が提言されていたが,個人的には肺炎外来の方が良いと思っている)

今日の専門家会議の記者会見「緊急事態宣言」「学校再開」への見解は?。質疑応答を含む2時間の動画がYouTubeで公開されている。資料は対策本部のページで公開されるはずだが,まだ載っていない。

先住民への感染(2020年4月2日 - 当該鐵人三國誌

アマゾン先住民で初のCOVID-19陽性確認例が出たというニュースだが,外部からやってきた医師からヘルスワーカーへの感染ということで,典型的な国際保健上のジレンマ。この医師が来なかったらCOVID-19感染はなかったはずだが,他の病気で死ぬ人は増えたかもしれない。先住民は寄生虫や細菌への曝露は多い環境で成長するので,そういうものへの抵抗力は強いのだが,ウイルスへの曝露は少ないので抵抗力は弱いし蔓延する。歴史を見れば,ウェスタンコンタクトで持ち込まれた麻疹やインフルエンザで全滅しかけた集団もある。症状が出る前にも強い感染力があるというのがこういう場面での対策を難しくしていると思うが,すべての人が自分が感染しているかもしれない可能性を考えて行動するしかないだろう。

昨日付けのEuropean Medicines Agencyの記事"COVID-19: chloroquine and hydroxychloroquine only to be used in clinical trials or emergency use programmes"。裏を返せば,クロロキンは,こんな文書が出されるほど現場で期待されているということかもしれない。米国FDAは使用許可を出したというニュースもあって,FDAのサイトには3月31日付けで効果を調べていくという記事しか見つからなかったが,期待はされているということだろう。

インペリグループは主に自分たちのサイトで論文を発表してきたが,Verity R et al. "Estimates of the severity of coronavirus disease 2019: a model-based analysis"(2020年3月30日掲載)はLancet Infectious Diseasesに載った原著論文。Editor's pickとしてハイライトされている。2月8日までの中国湖北省,2月25日までの中国以外の37ヶ国と香港,マカオのウェブサイトとメディアで報告されている個人レベルの症例データを分析し,発症から死亡または退院までの時間を推定し,中国の集計されたデータから年齢別CFRとIFR(右側打ち切りと年齢依存の未確定性を調整),中国以外の集計されたデータからのCFRも推定している。さらに,中国のデータのサブセット3665例から年齢別重症化割合も推定している。湖北省の死亡例48人のうち発症日が不明な13人,発症が1月1日より前か死亡が1月21日より前に起こっていた8人,1月28日以降に死亡した3人を除いた24人の死亡データから,発症から死亡までの平均日数は17.8日と推定され,中国以外の発症日と退院日が報告されている回復例165人のデータから,発症から退院までの平均日数は24.7日と推定された(注:これは人数も少ないし,とくに目新しい結果でもないと思う)。1月1日から2月11日までに中国でPCRで確定診断がついた症例と臨床診断された症例70117人のデータをWHO-Chinaジョイントミッションレポートから抽出し,重症化は中国の定義を用い,武漢から海外に避難した人のデータ,ダイヤモンドクルーズ号のデータ,中国の年齢別人口データと組み合わせ,Rのdrjacobyパッケージを使ってベイジアンMCMCで分析した(データとコードはGitHubで入手できるとのこと)。結果,右側打ち切りと年齢別人口構造,未確定の影響を調整したCFRが1.38%(95%CI 1.23-1.53),IFRが0.657%(95%CI 0.389-1.33)と推定されている。西浦さんのEditorial第2弾で既にIFRが0.3-0.6%と推定されていたので,それより若干高めだが,これもそれほど目新しい結果というわけではない(もっとも,インペリグループはIFRが0.8-0.9%というような推定値も出していたので,それよりは若干低めの値になったとも言えるが)。

ハーバードのLipsitch教授のグループからの論文Niehus R et al. "Using observational data to quantify bias of traveller-derived COVID-19 prevalence estimates in Wuhan, China."(2020年4月1日掲載)もLancet Infectious Diseasesに載った原著論文。世界195の国と地域のうち流行の中心となった中国本土を除く194から,WHOテクニカルレポート(2020年2月4日)から得た輸入症例データを使って(ただし,1月23日に湖北省がロックダウンしたために中国からの輸入症例が激減した2月4日までのデータ),シンガポールで2月4日までに検出された18症例がすべての地域の中で最高のサーベイランス能力を反映していると想定し,数理モデルを使って他の国や地域の検出確率を推定した。各国での検出数が各国への一日の航空旅行人数に回帰係数を掛けた値を期待値とするポアソン分布に従うと仮定して推定された,世界の検出確率の重み付き平均は,シンガポールの38%と推定され,それは現在報告されている輸入症例の2.8倍に相当した,としている。

Elon Musk凄いな。すぐ患者に使う条件で人工呼吸器を無償提供というtweetをしている。先日はクロロキンに注目していたが。

昨日の専門家会議からの提言資料が,対策本部の資料に入っていた。

ScienceにFerretti L et al. "Quantifying SARS-CoV-2 transmission suggests epidemic control with digital contact tracing."(2020年3月31日掲載)という原著論文が載っていた。Oxford大学でビッグデータを使った感染症ダイナミクスのグループリーダーをしているChristophe Fraser教授のチームの仕事。Fraser教授自身はHIVが専門らしいが,インペリからOxfordに移った人。この論文はroute of infection別の感染確率をモデル化している点が素晴らしい。ただし,無症状感染者からの感染,発症前の感染者からの感染,発症後の患者からの感染,環境に付着したウイルスからの接触感染の合計を感染力としてモデル化しているものの,マイクロ飛沫からのクラスター感染が含まれていない点が惜しい。この論文の結論は,ウイルスの拡散が速すぎるので人力で接触者追跡をして隔離していては封じ込めは不可能(R0は2と推定された)が,濃厚接触を記録し検査陽性者が検出されたらすぐに通知するスマホアプリを十分な人数が使ってくれたら,社会に害が大きいロックダウンをすることなく封じ込めが可能としている。倫理的要求についてのディスカッションもされている。テレビのニュースで流れていた,韓国で入国時にインストールしなくてはいけないアプリというのは,これと同じような機能を持っているのかもしれないなあ。

OTOTOYでCOVID-19という曲を買ってみた。

外科系学会から新型コロナウイルス陽性および疑い患者に対する外科手術に関する提言が出ていた。

ワクチン候補(2020年4月3日 - 当該鐵人三國誌

ワクチン候補についてピッツバーグ大学から新しいアプローチの報告が出た。プレスリリース原著論文。MERS-CoVで有効だった方法の応用らしい。

たぶんリンクしそびれていたので,生命・医療倫理研究会のCOVID-19の感染爆発時における人工呼吸器の配分を判断するプロセスについての提言(2020年3月30日)。

Gigazineの記事でくしゃみの飛沫は8メートル先まで届くと判明、「推奨される社会的距離を2メートルから広げるべき」と主張する専門家も(2020年4月3日)は,NHKスペシャルがいうマイクロ飛沫の話なので,おそらく換気が良い場所であれば対人距離は2メートルで良いと思う。

日経新聞の,西浦さんが欧米のロックダウンに近い接触減を提案したというこの記事,『「人の接触」は鉄道の利用状況を目安にした』と書かれているが,それをどうやってモデルに入れたのかがわからない。詳細発表があるまでは判断保留。route of infectionを考えると,鉄道の利用状況は対人接触のsurrogate measureとしてあまり筋が良くない気がする。昨日Scienceの論文に出ていたようなスマホアプリで自動的にcontact traceするようなやり方でデータを取ることができれば良いと思う。検査陽性の人が出た時点で,自動的にその人と濃厚接触歴がある人自身のスマホにだけ通知が出るような運用にすれば,プライバシー保護の問題は回避できそうな気がするがなあ。

西浦さんがtweetしているので本物とわかった,新型コロナクラスター対策専門家twitterアカウント@ClusterJapan。西浦さんや押谷先生が動画出演している。これがリスコミの専門家の力を借りると言っていた,ダイレクトな情報発信なのだろう。

Jia J et al. "Epidemiological characteristics on the clustering nature of COVID-19 in Qingdao City, 2020: a descriptive analysis"(2020年3月31日オンライン出版)という原著論文がDiaster Medicine and Public Health Preparednessというジャーナルに載っている。これもRのoverdispersionをサポートするデータ。別に新しくはないが,さすがにpublishされただけあって丁寧に書かれている。

同じジャーナルにNakazawa E et al. "Chronology of COVID-19 cases on the Diamond Princess cruise ship and ethical considerations: a report from Japan"(2020年3月24日オンライン出版)という原著論文も載っている。これは東大の赤林先生の医療倫理のグループが,DP号への対処を倫理的側面から見たという主旨の論文のようだ。時間があったら後で読む。

Digital Contact Tracingは本当に日本では難しいか(2020年4月5日 - 当該鐵人三國誌

数日前に触れたScienceのFerretti L et al. "Quantifying SARS-CoV-2 transmission suggests epidemic control with digital contact tracing."(2020年3月31日掲載)が示した可能性は重要だと思う。そのとき,テレビで見た韓国で使われているアプリに触れたが,詳細がわからない。この記事(2020年3月6日)とか,Natureのニュース(2020年3月18日)とか,IEEE Spectrumの3月25日記事(4月1日更新)で触れられていたのとは違うのか? 韓国政府のサイトでは,この情報がそれっぽいが,pdfを見ても詳細なスペックはわからないなあ。

自分はGPSを使った移動履歴くらい把握されても構わないので,もし,新規に感染が判明したAさんがアプリXをインストールしてくれていたら,発症日を入力して送信すると,自動的に移動履歴が記録されているデータベースを遡って照合し,アプリXをインストールした人のうち,Aさんの発症前2日以降にAさんと濃厚接触した可能性がある人全員にアラートを出してくれて(同時にデータとしてクラスター対策班にも通知されて),症状があったなら検査を受けるように(その画面を見せれば,肺炎症状があって医師が鑑別診断を要すると判断した人に次ぐ優先順位で検査して貰えるようにする),症状が無ければ自己隔離するように(ホテル等の個室を公費負担で借り上げておき,そこに入ることを推奨。検査能力に余裕があれば検査を受けてから隔離するのが理想だが),と促してくれるようなものがあったら,インストールするなあ。で,そういうアプリをスマホユーザ全員がインストールしてくれたら,積極的疫学調査のうち,接触者追跡に関わる保健所の負担が大幅に減ると思う。押谷先生がCOVID-19への対策の概念(2020年3月29日暫定版)で悲鳴のように保健所の負担軽減を訴えていらっしゃるが,人員増(例えば3密に該当するので営業できなかったり開店休業状態の人たちに維持費を払い納税免除しつつ,訓練を受けてもらって聞き取り調査員とすることは,5年ごとに国勢調査のために非常勤国家公務員を雇っていることを考えれば不可能ではないと思うが,簡単ではない)よりも実現可能性も有効性も高いのではないだろうか。LINEの調査は何度か繰り返す予定とはいえ横断調査だし,人々の意識・行動実態や感染者割合の推定などに貢献するから意味はあると思うが,今後繰り返すとしても,接触者追跡にはほとんど使えないはずで,これの代替にはならない。

そういうアプリの導入も,個人情報保護上(追記:弁護士の吉峯先生からご教示いただいたが,アプリインストール時に同意を取れば個人情報保護は大丈夫で,むしろプライバシー権の侵害の方が問題になるとのこと)無理と最初から決めつけず,検討する余地はあるのではないだろうか。

森恵さんの「声は届くから」という曲へのオンラインコラボ呼びかけ。素晴らしい楽曲と歌唱(Vo+AGバージョンのmp3ファイルを聴くだけでも感動する)だし,ミュージシャンとして何ができるか,という意味で素晴らしい試みだが,その成果を聴いて楽しむ人から何かサポートできるような仕組みがあると,持続可能性が増すと思う。

Bayham J, Fenichel EP “Impact of School Closures for COVID-19 on the US Health-Care Workforce and Net Mortality: A Modelling Study.”(2020年4月3日掲載)がLancet Public Healthに載っていた。読まねば。

COVID-19対応で,通信大手3社が,25歳以下の50GBまでの容量増加を無料化したという永崎さんのtweet。遠隔講義には追い風。当面は4月中みたいだが。

遠隔講義開始(2020年4月6日 - 当該鐵人三國誌

公共交通機関を使って遠方へ通学するし,知識を教授すれば良い高校や大学は遠隔講義化が正しい戦略と思うし,神戸大の保健学科も基本は遠隔講義にした(今日から開始)。しかし,小中学生の場合,授業の全面遠隔化は難しいだろうし,徒歩や自転車での通学が主なら,子供による学校を超えた感染拡大ルートは考えなくて良いので,休校は合理的ではない。少なくとも,家族の通勤や社会活動の禁止とセットでやらないとリスク低減にならない。これまでのCOVID-19研究から,子供が感染するのは,インフルエンザとは違って,学校でよりも家庭内で家族から感染するリスクの方がまず間違いなく高いのに,休校延長を主張する親は,自分は絶対に感染しないと思っているのだろうか? 世の中,「不安の声」に弱いということか。5月6日まで休校しても,大人が普通に通勤して社会活動をしていたら感染拡大は続くので,再延長することになるのはほぼ明らかだし,それは子供たちの学ぶ権利を侵害することになる。もちろん,感染者が2日で倍増するような感染拡大危機が近づいたら,大人の社会活動を徹底的に減らさねば医療崩壊するので,そういう感染状況の地域は休校もセットにするのは当然だ。そうでない状況で,大人が社会活動しているなら,小中学生は通学して授業をする方が安全に過ごさせることができるはずだ(給食中も対面配置はせず会話も禁止とか,換気を良くするとか,手洗いを徹底させるという配慮は必要だが,家に1人で残された子供が勝手に動くより安全な過ごし方をさせられるはず。ただ,そういう配慮が難しい課外活動は,気の毒だが来年まで停止するしかないと思う)。なぜそう思えないのか?

卒業生から相談を受けたが,日本に住んでいるけれども日本語が読めない外国人へのCOVID-19の情報提供がまったく足りていないようだ。各都道府県のホットラインで英語が通じるのか? もわからないし,ホットラインの英語版案内ページがあるのかどうかすらわからない。そこまで手が回らないということなんだろうけれども。大学の各種アナウンスも英語版は細かいところまで手が届いていないし。

4月16日(木)締め切りの確定申告をし忘れていたことに気づいたが,今日,17日(金)を過ぎても良いという告知が出て良かった。

昨日触れた森恵さんの試み,素晴らしいと思っていたが,さっき見つけた星野源「うちで踊ろう」も素晴らしい。楽譜も公開されているし,日本語英語で字幕を追加できることが告知されている。コラボ募集に対しては,既におっくんとかものんくるが応答している。リトグリもやらないかなあ……。

昨日の田島貴男有料オンラインライブ,チケット買ったのに見逃してしまったが,2日後くらいから5日後くらいまで見逃し視聴できるようだ。

4限の検査2年の環境・食品・産業衛生学第1回は,さすがPC必携化になった去年の入学者だけあって,全員Zoomにより遠隔で参加し,BEEFでのミニレポート回答もちゃんとできたようだ(まだ全員分は見ていないが)。Zoomは参加者の人数がリアルタイムでわかるので,開始時に多少遅れた学生がいたが,たぶんぴったり14:40にスケジュールしてしまったため,それまでミーティングが開かなかったからかもしれない。5分前にスケジュールしておくべきか。これで,少なくともこの講義は,ロックダウンになっても自宅から続けられることが確信できた。

しかし録画・録音するのは忘れた。録音だけでもしておけば,後で学生が復習するのに便利だろうから,明日の保健行政論は録音するかな。

遠隔講義については,国立情報学研究所のこのページに参考になりそうな情報がたくさんあった。なお,今日から国立情報学研究所とCiscoが協力してWebExというシステムを使わせてくれる申請が始まったそうだ。

朝日新聞の記事に書かれている,ロックダウンでない緊急事態宣言が何を意図しているのか(わからないが),推測してみると,何の根拠もない全国一斉休校要請で危機感を高めて行動変容した人がいたので,緊急事態宣言を出せば大都市住民が一層の行動変容をしてくれる(対人接触を7-8割減らしてくれる)と期待したのだろうか。今度は1ヶ月ということだから,そういうショック療法的なことでは反応しない人も多い気がする。ライフライン以外の通勤も禁止になる(その場合は当然通学も禁止するし,生活保障もする)なら確実に感染拡大抑止効果はあるが,これでは,単独ではほとんど効果がない休校だけが続くことになりかねない。この政権,本当にケチだしまともな思考力がないなあ(第一次安倍政権のときからわかっていたことではあるが,最近酷さが加速していると思う)。

かつてのマラリア研究の師匠の一人であるNCGMの狩野さんが著者の一人となっている,Picot S et al. "Coalition: Advocacy for prospective clinical trials to test the post-exposure potential of hydroxychloroquine against COVID-19."(2020年4月4日アクセプト)というEditorial CommentaryがOne Healthというジャーナルに出た。医療従事者や介護者など感染者との濃厚接触が避けられない職種の人について,ヒドロキシクロロキンが曝露後予防薬として有効な可能性があるから,臨床試験を早急にやるべきという国際共同提言。

休校単独では効果がほとんどないというレビュー論文(2020年4月7日 - 当該鐵人三國誌

名谷キャンパスに出勤して1限の国際情報検索の講義。昨日と同じく講義室は無人だったが,Zoomで10人以上の学生が受講。これまで何年も1~3人の受講者しかいなかったのに,今年は画期的だ。ネット上の情報を見るとき,正しい判断のためにはどういうところに注意すべきか,という話と,文献管理ソフトの使い方を説明したが,新聞やテレビの情報は間違っていることも多いという説明のため,COVID-19の1月,2月の報道を例に出した。文献管理ソフトとしてはZoteroを例にしてブラウザから文献を取り込む方法も説明したが,ワープロソフトでその文献を引用するところで拡張ソフトがうまく動作しなかったので,そこは各自やっておいて貰うことにした。

2限目は全専攻の学部生が受講する保健行政論だったが,これも150人以上の学生全員が遠隔受講で,とくに問題も起こらず終わった。途中2回ほど質問があればチャットに書いて欲しいと頼んだら,何人かがほぼ同時に同じ質問を書くという現象が発生したので,音声だったら混乱したところだと思うが,文字でプライベートメッセージとして会議のホストPCにだけ表示されたので,音声による返事は1回で済んで効率よかった。

森恵さんの『声は届くから』にも尾形優太さんによるドラム追加バージョン工藤こうじろうさんによるアレンジバージョンが発表された。後者は原曲よりもかなり壮大な広がりを感じる。子供の声のコーラスが入ってる? オンラインコラボって良いなあ。「#音楽はコロナに負けない」というハッシュタグも良いなあ。

脳炎ウイルスが日本でアウトブレイクしたら? というWhat ifな小説『バベル』を書かれた福田和代さんがこのtweetで紹介しているショートショート「繭の季節が始まる」,作家的想像力に感服した。もしいつまでもワクチンも治療薬もできなかったら,本当にこうなってしまうかもしれない,ありうる未来の一つ。ぼくが小説を読むことが好きなのは,こういう想像力の飛翔に触れたいから,というのが大きい。

Lancetの姉妹誌,Lancet Child & Adolescent HealthにViner RM et al. "School closure and management practices during coronavirus outbreaks including COVID-19: a rapid systematic review"(2020年4月6日出版)という,学校閉鎖についてのレビューが載っていた。Lancetの特設サイトでEditor's Pickになっている。Summaryを見る限り,これまで何度も書いてきたのと同じ結論で,多くの国で全国休校が導入されたが,中国や香港のように他の社会的隔離政策と組み合わせて伝播抑制に成功した国でも,休校がどれくらいそれに寄与したかデータがないし,中国,香港,シンガポールのSARSアウトブレイク時のデータでは休校は流行抑制に寄与していなかったし,最近のモデル研究(インペリグループ第9報のこと)でも休校だけでは2-4%しか死亡が減らず,他の社会的隔離政策よりずっと効果が小さく,もしするなら他の社会的隔離政策と組み合わせて実施することを政策決定者は考慮すべきだという論調。自分の認識が間違っていなかったと自信がもてた……というか,自分でも時間があれば書けたな。

緊急事態宣言翌日(2020年4月8日 - 当該鐵人三國誌

シンガポールでBluetoothを使ったdigital contact tracingアプリが開発されインストール推奨されていると教えて頂いた。ScienceのFraserグループの論文(この論文は,モデルとしても,Rのoverdispersionは考えていないもののroute of infectionやasymptomatic/presymptomatic/symptomatic別の感染力をまともに考えているので,単純なSEIRを適用している方々は読んで勉強して欲しいと思う)が提案しているアプリや3日前に触れた韓国のアプリとは若干違うシステムだが,これも有効だと思う。政府は法的な面をクリアしてIT企業にオファーし,日本での実装を真面目に検討してくれないだろうか(ぼくが知らないだけで,検討されていても不思議ではないが)。

昨夜首相が出した緊急事態宣言の中に兵庫県も含まれたので,もしかするとそのうち出勤も停止になるかもしれない(いまは学生は原則自宅待機,教職員は可能な限り在宅勤務となっている)。今日もグローバル教育委員会と領域会議は遠隔だから家からでも良いはず。学生も原則として自宅待機ということだから,大学院の講義も全面遠隔で良いのか? まあ,今日だけはどうせ人事関係の某会議のため出勤しなくてはならないし,6限の講義も一応講義室からZoomでやってみるが。なお,他学部全部と医学部新入生の講義開始は4/20からさらに延期され,5/7からの遠隔講義となった。だから4/20までの延期なんて意味がないと言ったのに。3月から遠隔化で動いた医学部は正しかった(自画自賛)。

東京大学情報基盤センターによるZoomを用いたオンライン講義を安全に進めるために(2020年4月6日)は参考になる。Zoomに限らず,大抵のソフトは最新版にアップデートし続けないと,セキュリティ上問題があるというのは基本だが,しない人が存外多いのだよなあ。

星野源「うちで踊ろう」のカラクリコラボINSPi吉田圭介さんのコラボ(ホーミー!)。ハモリっていいなあ。

朝日新聞が昨日から新型コロナウイルスに関連した記事は無料公開とのこと。国内の大手新聞社では初ではないか。他社も追随して欲しい。

高山先生のtweetで,厚労省サイトに保健所の体制強化のためのチェックリストがあることを知った。これらの策が必要なのはもっともだが,外注するといっても金がなくてはできないので,各保健所の意思決定でどうにかなることではなく,都道府県が金を出さなくてはいけないし,そのためには国から都道府県への財政出動が必要だろう。保健所の人手不足問題を解決するために最も有効なのはdigital contact tracingの導入だと思うのだが……。

@ClusterJapanの#新型コロナクラスター対策ゼミ。西浦さんが動画で講義している。

18:30からの保健学研究共通特講IV, VIIIは,保健学研究科のほぼすべてのM1と何人かのD1が受講する講義で,50人以上が受ける。初回だけは確認が必要と思ってD101に行ってZoomでやってみたが,全員が遠隔参加だったので,次回からは研究室または自宅からでもできることがわかった。素晴らしい。とくに問題は起こらなかった。

Gigazineに新型コロナウイルス感染者の世界平均検出率はおよそ6%、実際の感染者は数千万人を超えている可能性という記事があった。が,『フォルマー教授が2020年3月17日時点のデータから、COVID-19の感染が疑われた人のうち、検査で感染が確定した人の割合を「検出率」として算出した』と記述はミスリーティングだ。「感染が疑われた人」という表現からは,症状などから感染が疑われた人,と思ってしまいそうだが,検出率の分母の計算の仕方はまったく違う。元論文(このページの最後のRead the fulll report here.というリンクからpdfをダウンロードできる)に戻ってみると,分母となる感染者数推定の手順は以下の通り。(1)各国から報告されているCOVID-19による死者数は正しいと仮定する。(2)インペリグループがLancet Infectious Diseasesに発表した論文に掲載されている年齢別IFRはユニバーサルに正しいと仮定する。(3)各国の年齢別人口を国連のデータベースから得て,それで重み付けした年齢調整IFRを計算する。(4)死者数をそれで割ると,各国の感染者数が推定できる。ラフな推定値だが,この方法だと,3月17日時点での日本の検出率が約25%と推定されていて,その頃まではかなり検出率が良い方だったと考えられる。

ハイスクールバンバンで学ラン姿が印象的だったAinaさんによるHavanaを歌いながら手洗いする動画,格好いい,張りがあって伸びやかな声で素晴らしい。

このtweetから思うに,FraserグループのScience論文が西浦さんの目に留まった気がする。何とか実装につなげてほしい。

クロロキン/ヒドロキシクロロキンと亜鉛の組み合わせ投与(2020年4月9日 - 当該鐵人三國誌

Scholz M, Derwand R "Does Zinc Supplementation Enhance the Clinical Efficacy of Chloroquine/Hydroxychloroquine to Win Todays Battle Against COVID-19?"(2020年4月8日受理)はプレプリントサーバだが,クロロキンとヒドロキシクロロキン投与に亜鉛投与を組み合わせるとCOVID-19治療効果が上がるのではないかという仮説を提示している。Juurlink DN "Safety considerations with chloroquine, hydroxychloroquine and azithromycin in the management of SARS-CoV-2 infection"(2020年4月8日掲載)は,CMAJに載っていたレビュー。クロロキン,ヒドロキシクロロキン,アジスロマイシンという既存薬をCOVID-19に使うときの安全性を考察している。

Some Select COVID-19 Modeling ResourcesというCOVID-19モデリングのリソースについてのまとめ。

神戸市公式新型コロナウイルス感染症対策サイトがオープンしたとのこと。東京都のコードを使っていると思われる。サイトだけでは真正性が今ひとつわからないが,神戸市広報課の公式twitterアカウント(@kobekoho)からリンクされていたので本物だろう。

クロ現プラス,世界各国の取材は良かった。韓国のアプリはFraserグループのScience論文が提唱するものよりもプライバシー権の侵害が大きく,かつ自動的に接触者を遡及照合してスマホ所有者に知らせる機能はないようだ。それだと今ひとつだなあ。ちなみに,Fraserのコメントも付いているFinancial Timesの記事によると,英米でアプリ開発競争が起こっているようだ。FraserグループのScience論文は倫理面の考察もしていて,こういうアプリの導入に必要な条件として8つ挙げ,自由意志である程度の割合の人が導入してくれるだけでも有効なはず,という議論をしているので,検討すべきポイントは明確なはず。

動物への感染実験の論文(2020年4月10日 - 当該鐵人三國誌

テレビで,実験的にはSARS-CoV-2は猫やフェレットには感染しやすく,犬,鶏,豚には感染しにくかったと報じられていた,Scienceに載った報告は,Shi J et al. "Susceptibility of ferrets, cats, dogs, and other domesticated animals to SARS–coronavirus 2"(2020年4月8日掲載)だな。暇があったら後で読もう。

Sanche S, Lin YT, Xu C, Romero-Severson E, Hengartner N, Ke R. High contagiousness and rapid spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. Emerg Infect Dis. 2020 Jul [referred on 10th April 2020]. https://doi.org/10.3201/eid2607.200282このGigazineの記事で引用されていたが,新しいデータを使うと発症間隔がこれまでの推定値より長いのに倍加時間が短いのでR0が5.7もあると推定された(対数正規分布のような分布に見える)というGigazineの記述では良くわからないので,元の論文を読んでみなくてはならないな。

有限集団においてなるべく死亡数を減らし,未感染の人が多いまま流行を抑えるには,感染力が同じならNを小さくすれば良いことが,Diekmann and Heesterbeekの教科書(練習問題もたくさんついていて,自習にはお薦め)を読めばわかる。それから考えると,地域内で生産から消費までの生活を完結できるようなユニットを,なるべく小さな人口規模でたくさん確立することが良い対策になるはずだ(国内完全終息かワクチン/治療薬完成までは域外との交流を再開できないが)。逆に遠方への通勤が続くと,生活圏の人口規模が大きくなるので,Rが大きくなり,爆発的な感染拡大が起こり,医療的対処能力を超える影響も加わった莫大な死者が出てしまう。ただし,その代わり,流行が1年以内に終息し,その時点で未感染のまま生き残る人は少なくなる(ある程度の集団免疫がつく)。しかし,これをトレードオフと考えるのはやはり無理があり,いくら早く終息して集団免疫がついても,国内だけで10万人の死者がでるのは受け入れられないだろう。安価な流通に支えられた分業化・効率化とグローバリゼーションから方向転換して,社会のユニット化,ローカル化を進める方がCOVID-19対策には良い。そうなると観光業などは明らかに立ちゆかなくなるし,トビタテとか国際化とかも止めた方が良いという話になるし(本当に留学した方が良いようなトップクラスの学生のコラボは別として,一般学生には広げない),他にも悪影響ありそうで,いろいろ難しいが。

Yahoo!Mapが混雑レーダーを再開するとのこと。

神戸市がUber Eatsと連携して飲食店と家庭を支援するとのEngadget日本版の記事

COVID-19が発生していない唯一の大陸である南極から,南磁極が動き続けているというtweetがあった。何かいいよなあ,こういうの。

早稲田大学政治経済学部の久保田荘准教授による2020.4.8 「コロナ危機は需要ショックなのか供給ショックなのか?」は,経済学の論文に基づいたレビュー記事。

救急医療機関代表者が医療用防護具の生産・供給の協力呼びかけ(2020年4月8日)Medical Noteの記事。N95マスクがとくに逼迫しているとのこと。

共同通信の記事で,ネット授業で著作権者から許可を得る必要なく,補償金も2020年度に限り無料と閣議決定されたとのこと。

MITがAppleの"Find My"にインスパイアされて,プライバシーを守りながらCOVID-19の接触者追跡する方法を開発したというニュース。MITのリリースによるとBluetooth信号を使うそうなので,Singaporeのアプリに近いのか?

元の報告はドイツ語なので読めないが,それを紹介しているMITの記事によると,1つの市で500人の血液から抗体検査した結果,抗体陽性者の割合が約14%だったということだ。これは既に治癒した人も現在無症状な感染者も含んでいるので,1から引いた86%が感受性のまま残っている人の割合だという情報が意味をもつ。

まとめ英語版(2020年4月11日 - 当該鐵人三國誌

今夜のNHKスペシャルはクラスター対策班,とくに西浦さんにフォーカスした内容のはずで,名前が出るかどうかは知らないが多少取材協力したこともあり,録画予約した。予め,今日のBuzzfeedの西浦さんへのインタビュー記事を読んでおくとより良いかも。

4月に入ってからの情報を使って2枚スライドを追加した日本語まとめ第2版と,ミーティングで喋るために途中まで英語化を進めていたのを完成させたSummary in Englishをアップロードした。

NHKスペシャルを見た。かなりの最悪シナリオまで語られていたことは,危機感の表れであろう。カップ麺ばかりで対策班の皆さんの健康が心配。 政府が必要なところに金を出さないと(例えば夜の町の接客業こそ休業補償するか業種転換を促すとか),いくら良い戦略を立てても効果が薄まってしまうよなあ。

ちなみに,NHKスペシャルが,基本再生産数と実効再生産数の総称として再生産数という表現を使ったのは,たぶん,電話取材でぼくが言ったことが採用されたのだと思う(まとめスライドの6枚目参照)。西浦さんのチュービンゲン時代とインペリ時代の写真が出てきたが,2009年のパンデミックインフルエンザ当時,ユトレヒトで奮闘していた頃(時々ぼくのメモにコメントしてくれたりしていたし,当時数理モデルを誤解して過小評価していた岩田先生を,共著論文を書くまでに変えたりしていた)の写真は出なかったなあ。理論疫学の結果が政策実装されるとき,「1つのデータが国民10万人の命に関わる」ので,その覚悟をもってやるようにと海外の研究者仲間(かつて兄貴分と言っていた気がするFerguson教授のことか? 英国ではインペリグループの提言に強く依拠した政治が行われているので)から言われたことを踏まえて,「呼びかける義務がぼくにはあるんだろうな」と発言したときの厳しい表情が印象に残った。

喫煙がACE2を増やす件(2020年4月12日 - 当該鐵人三國誌

3月9日にYahoo!ニュースに石田雅彦さんという方が書かれていたが,その後もニコチンは呼吸循環器のCOVID-19感染リスクを高めるか?(リンク先は2020年3月18日にOlds JL and Kabbani NがFEBS-Jに載せた論文の邦訳)やLeung JM et al. "ACE-2 Expression in the Small Airway Epithelia of Smokers and COPD Patients: Implications for COVID-19"(2020年3月26日)など,喫煙者やCOPDの患者では気道内皮でACE2の発現が増えているのでCOVID-19に罹りやすいとか重症化しやすいという報告が増えてきた。喫煙はほとんどすべての病気のリスクを上げるので,医療関係者ならほとんど誰でも喫煙は止めた方が良いと思っているだろう。COPDモデル動物の実験では,ACE2が過剰発現するとCOPDによる炎症が抑制されるという結果も出ていて,ACE2の過剰発現が身体を守るために起こったストレス応答だとしたら,それが今度はSARS-CoV-2への弱点になってしまうというのは,皮肉なことだ。

Hu TY et al. "Insights from nanomedicine into chloroquine efficacy against COVID-19"(2020年3月23日)というNature NanotechnologyのComment。これは未チェックだったか。クロロキンがCOVID-19に治療効果があるとしたらどういうメカニズムが考えられるかについての考察。

Gigazineの記事AppleとGoogleが「新型コロナウイルス追跡システム」をiOSとAndroidに組み込む(2020年4月11日)だが,Singaporeで導入されたTraceTogetherみたいな仕組みが5月からiPhoneにもAndroidスマホにも導入されるということなのだろうか?

日本科学未来館のニコ生(2020年4月13-14日 - 当該鐵人三國誌

WHOのGHOからCOVID-19 Dashboardがリンクされていた。

6限に英語でやった感染症学特講の講義(後でインフルエンザのSIRモデルとReedFrostモデルのRコードへのリンクを付けた)は時間が足りず15分延長してしまったが,留学生から質問が出て良かった。

JWAVEの津田さんと磯野さんの対談番組,途中から聞いたが,磯野さんがクラスター対策班のスタンスを正しく受け止めてくれていて嬉しかった。

日本科学未来館とNCGM国際感染症センターが4月1日からニコ生でやっている「わかんないよね新型コロナ~だからプロにきいてみよう~」は良い企画だなあ。

パンデミック後の感染ダイナミクスの論文(2020年4月15日 - 当該鐵人三國誌

川端くんがtweetで紹介していた保健所の接触者追跡業務を説明している日経の記事。やはりDigital Contact Tracingを導入するしかないのでは?

シンガポールのロックダウンを報告するNew York Timesの記事。シンガポールのような強力な接触者追跡システムがあっても,第二波には耐えられなかったということだろう(ある程度プライバシーに配慮したアプリにより個人ベースで接触可能性を知らせる方法では不十分だったということだ。プライバシーの侵害ではあるが感染者が移動した経路を可視化して公開するという韓国方式なら耐えられるのか? 耐えられたとして,誰でも罹る可能性がある感染症に罹るだけでプライバシーが失われるという社会のあり方を許容できるのか,FraserグループがScienceに書いた論文に書かれている自動遡及追跡方式ならどうか,など真剣に考えるべき)。大勢の感染者が外から流入してくるときは,ロックダウンとか対人接触を8割減らすような強力な感染拡大抑制を掛けないと接触者追跡が不可能になってしまうから,そうした流入による急増に耐えるための1ヶ月程度の強力な社会活動の抑制は仕方ないが,パンデミックが終息するまでの1年以上の間,ずっとそれを続けることはできない。しかし,手洗いや対人距離を空ける,3密を避けるといったことは,流入による急増の影響がいったん収まっても止めるわけにはいかず,1年半から2年続けなくてはいけない。この違いは重要だと何度か書いたと思うが,いまだに伝わっていないのが悲しい。

インペリのCOVID-19サイトは,1月にできてから暫くは順次Report(現時点で1~14まである)が掲載されていくページだったが,今ではPlanning Toolsのページとか,Lancet Infectious Diseasesに載った論文で使ったコードとデータとか,Report13で使ったコードをまとめているScientific Resourcesというページができていて,メチャクチャ充実している。

うちで踊ろうのパフォーマンスでは,ぷらそにかコラボグラコロンのよしくん「すごいメンツが揃う」コラボも良い雰囲気。

岩田先生が引用tweetしていたマスクを長く使うためにジップロック正方形コンテナ1100mLみたいなプラ密閉容器を使う方法は合理的だと思う。

柏野さんが内閣官房の新型コロナウイルス感染症対策に載っている,緊急事態宣言後の人流減少率データに駅の改札通過データが加わったことをtweetされている。たしかに概ね前年の8割減となっているが,12日は日曜日だったし,全国的に雨で寒かった影響もある気がする。去年の4月12日はわりと天気は良かった

ハーバードのLipsitch教授が,Kissler SM et al. "Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the postpandemic period"(2020年4月14日掲載)というReportがScienceに載ったことをtweetしている。これは3月7日にプレプリントサーバに載っていたのを先見性が凄いと紹介した論文だが,Scienceにアクセプトされたのか。公衆衛生ねっとにも,2022年まではsocial distancingを続ける必要があり,2024年まで監視する必要があるという内容であると紹介された。

山口県立大学時代に同僚だった永崎さんがオンライン授業をやってみた方々による実感のこもったツィートの数々という記事を書かれている。いずこもいろいろ苦労はあるようだ。これまで1週間半,Zoomで遠隔講義や会議をしてきた感じでは,基本的に学生側はビデオオフ,マイクはミュートで,質問したいときは随時グループチャットに書く(ぼくが講義をしながら目の端にチャットのウィンドウを入れておけば,口頭で瞬時に回答できる)というスタイルでうまくいっている。少人数のゼミならビデオはオンでも大丈夫だが,マイクは喋るときだけオンの方が良い。問題は明日の4限の医療人類学ディベートだな。アクティブラーニングの重視ということで参加型講義が増えつつあったと思うが,ディベートは参加型の極みなので,昨年1人か2人だけ遠隔参加したのでもいろいろ問題は起こった。たぶん試行錯誤を重ねながら改善していくしかなかろう。

救急医療体制の崩壊というニュースに対して,「いま書くべきでないかもしれないが,東京の夏にオリンピックをすると熱中症で救急がパンクする可能性がある,と数年来指摘している。救急医療は医療法で整備が必要な5事業の筆頭にあげられていながら余力が無いままで,平時からもっと予算をかけて拡充しておくべきだった」と引用tweetした。

COVID-19ではなく,普通の風邪を起こすコロナウイルスについて1990年に行われた研究を紹介しているtweetだが,できる抗体に感染防御効果がないかもしれないという可能性を別にしても,こんなにloss of immunityが早かったら,herd immunityが確立しない可能性も考えなくてはならないのか。

Twitterで「1年以上」と「ハーバード大」がトレンド入りしているのだが,前者は山中先生の発言,後者は朝書いたKissler et al.の論文の話で,内容はまとめ資料第2版(第1版でも書いているが)の最終ページに書いたこととほぼ同じ(Kissler et al.の論文は3月6日付けでプレプリントサーバに載っていたのがアクセプトされてScienceに載るのに1ヶ月以上かかっただけだし)。でも驚いている人が多いのは,自分の情報発信力のなさを強く感じる。山中先生とハーバード大のネームバリューは凄いなあ。

東北大学BCP(2020年4月16日 - 当該鐵人三國誌

発症前のViral Sheddingが多いというNature Medicineの短報を紹介するtweetHe, X., Lau, E.H.Y., Wu, P. et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nat Med (2020). https://doi.org/10.1038/s41591-020-0869-5(2020年4月15日)だが,二次感染の45%(95%CI 25-69%)は発症前に起こっていたという報告。西浦さんは最初の外国人記者クラブでの会見で感染の半分は無症状の人から起こっているという主旨のことを言われていた記憶があるので,新しい報告というよりは,他のデータでもやっぱりそうだったという追認になる。本当に厄介なウイルス。

東北大学新型コロナウイルスBCP対応ガイドは凄い。「BCPとは災害などの緊急事態に遭遇した場合において、リスクを最小限に抑えつつ研究や学業を続行するための対応のことです」と注釈がついていて,現在LEVEL3なので,研究は最小限,授業はオンラインのみ,課外活動は全面禁止,学内会議は原則オンライン,事務体制は遅延・事後処理可,という行動指針が一目でわかる。他大学も作るべき。

サトウキビの絞りかすを原料としてサージカルマスクの不織布よりウイルスサイズのナノ粒子を除去できる素材ができたという朗報。ただし商品化はこれからとのこと。

ビッグデータにフォーカスした昨日のクロ現プラスの詳細内容紹介がアップロードされていた。昨日は最初見逃したので,土曜日の再放送を録画予約したが,宮田君って今は慶應にいるのか。(自分が助手をしていた頃の保健学科……じゃなくて,既に健康科学・看護学科になっていたか?……の学生だったが,彼の代は,人類生態に来たたけしょうや岡田君はもちろん今でも交流があるが,群馬大に赴任したときに公衆衛生学教室に「書生」という良くわからない位置づけで大活躍していた早川君など,個性的な学生が多かった)。

神戸大学は経済的な事情でネット環境構築が困難な学生にルータを無償貸与するとのこと。対象が学部生に限られているが,やらないよりは良かろう。まあ,医学部保健学科/大学院保健学研究科でぼくが担当している講義では,既にすべての学生が遠隔で受講できているが,全学的にはネット環境がない学生もいるかもしれないので必要なサポートと思う。

ヒドロキシクロロキンのRCT結果(2020年4月17日 - 当該鐵人三國誌

ハーバードのMarc Lipsitch教授がRTしていて気づいたが,Tang W et al. "Hydroxychloroquine in patients with COVID-19: an open-label, randomized, controlled trial"(2020年4月14日アップロード)という論文がプレプリントサーバに載っていた。中国でのヒドロキシクロロキン(HCQ)によるRCTの結果,ウイルスの陰性化には統計的に有意な効果はなかったが,症状緩和とCRPの低下(つまり炎症反応の減少)には有意な効果があったという報告。HCQ投与群の10%で下痢が見られたことを含め30%に副作用が見られたとのこと。投与量が最初3日間は1200mg,その後は800mg維持と,マラリア治療の量に比べるとかなり多い。うーん,やはりHCQでは治癒はしないか。

人口学の研究者として,人口動態統計の集計を早くして欲しいとCOVID-19の前からずっと思っているが,1月の速報が3月24日に出たところ。1月の死者は増えてない。4月の集計結果がでるのは,このペースだと6月か。どうして日本ではこういうデータ(NY TimesがNY市の一日死者数がCOVID-19による死者数増加よりかなり多く増えたため超過死亡や医療崩壊による死亡があることを報じた記事。折れ線グラフでの表現は間違いではないがCOVID-19による死者数を色分けした積み上げ棒グラフにした方がわかりやすくなると思う)がすぐに出ないのか? やればできると思うんだが。

唾液検査・OCHAアイコン(2020年4月18-19日 - 当該鐵人三國誌:418419

日経の記事で紹介されていた,米国FDAが唾液でのウイルス検査を迅速に承認したという話だが,唾液に感染力があるという話だから理にかなっていると思う。日経の記事はソースが示されていないが,CNNのニュースでは,Rutgers Univのリリースがリンクされている。これはサンプリング方法の改善で,検査の目的が,感染力がある人を見つけて隔離することにあるなら,鼻腔にウイルスがいても唾液に出てきていないケースを見逃しても,感染力があるレベルのウイルスが唾液に入っているのを確実に検出できれば良いので朗報。特殊な前処理が必要とかでなければすぐに導入できるし,サンプル採取時の感染リスクが減るのも良い点。

Chen C et al. "Favipiravir versus Arbidol for COVID-19: A Randomized Clinical Trial"(2020年4月15日掲載)はプレプリントサーバに載っている報告だが,Favipiravirというのが商品名アビガンのこと。Arbidolもロシアと中国で使われている抗インフルエンザ薬だが米国FDAは未承認らしい。標準治療+アビガンと標準治療+Arbidolに240人のCOVID-19患者をランダムに割り付けて治療効果を比べた結果,7日目の臨床症状の治癒割合には有意差なし,発熱と咳の軽減はアビガンの方が短い時間で起こり(それぞれ1.7日と1.75日差),有害作用としてはアビガン群ではArbidol群よりも17日目までの血清尿酸値上昇リスクが有意に高かった(オッズ比5.52)という結果。アビガンもやはり特効薬にはならなそうだな。

昨日の感染症学会での専門家会議報告についてのBuzzfeedの記事,これまでの専門家会議の説明通りで(今になって言うことを変えたと批判している人がいるが,2月25日に書いた通り,専門家会議が設置されてすぐに検査基準を広げる方向性は打ち出されていて,言うことも態度も変わっていない。それへの対応が不十分で医師がオーダーしたのに検査拒否されたりしたのは,政府が金を出さず各方面への協力要請もしなかったせいだ),とくに新しいことが加わったわけではなさそう。ぼくは一つだけ専門家会議の見解と意見が違う点があり,route of infectionによって感染力の分布が違うかもしれないと思っているので,3月末以降の感染は見えないクラスターの連鎖の増加ではなく,接触感染や飛沫感染による平均二次感染者数が小さい感染が,あまりにも多い欧米からの感染者の流入によって同時並行的に起こったためにリンクが追えない弧発例が増加していると思っている。押谷先生は感染はすべて同一様式でクラスター感染しかないという立場は変えないようだ。まあ,そう思って対処する方が安全側だから,人々の生活が成り立つ限りにおいては間違っていないが,例えば東京から地方に行って発症した感染者からの二次感染者数分布や,病院内で二世代以上の感染があった場合の二次感染者数分布がべき分布になっているのか,それとも二項分布か正規分布に近い形なのかのデータを見たいなあ。

UNOCHAのCOVID-19対応を助けるための人道主義の活動に関するアイコンのリリースLibreOffice日本語チームが報じている。

サンデーモーニングで韓国との比較をしているが,韓国で経路不明の人が減った最大の要因を見逃している。感染症対策のためには強力な法律があることでプライバシー権を侵害することが許されているため,スマホを使った感染者の行動経路の把握と公開ができていることによって,経路不明の人が減ったのだ。そこに触れないのはまったくダメ。発熱外来については,2009年の新型インフルエンザのときに発熱外来が患者で溢れた反省を踏まえて外来窓口は公表せず電話受付を二次医療圏単位で設置するという方針を厚生労働省が打ち出したのが,専門家会議設置より10日ほど前のことだったが,これが狙い通り機能していれば,公表していないだけで専用外来は設置されていたので,他の患者と同所に長くいて感染を広げるリスクを防ぎながら必要な検査はできたはずだ。誰でも行ける発熱外来を作らなかったこと自体が間違いなのではない。ぼくは以前から肺炎外来のような形にするのが良いと書いているが,根本的な問題としてかかりつけ医が確立していないことが日本の脆弱性で(医療法に一次医療圏の規定がないことがその原因で,医師が自由に開業でき麻酔科以外は何科でも自由に標榜でき,患者もどの医療施設でも好きに受診できるという利便性と裏腹なので解,改善が難しかったわけだが),英国GPやキューバのファミリードクターのような存在が確立していれば,電話相談はそこにするという,持続可能なやり方が可能だったはず。もしかかりつけ医が確立していれば,武漢で使われたような振り分けフローチャートを作ってプライマリケアを担うかかりつけ医に配ることが厚労省の仕事になったはずだ。プライマリケア医の育成体制も含めて今後一次医療圏の医療計画を医療法枠組みで法制化すべきと思う。

あと,クラスター対策の最大の功績も見逃している(尾身先生も押谷先生もあまり強調しないので伝わらない面もあると思うが)。3密条件を見つけて集団感染発生が起こりやすい条件ができることを予防することを可能にしたのは,間違いなくクラスター対策班の功績。見つかったクラスターの感染者からの接触者追跡と検査と隔離という「クラスター潰し」は日本に限らず(日本でもクラスターに限らず弧発例も含めてやっているはずで,それがされていないかのような報道はおかしい),新規感染者が多すぎて追跡が不可能になった欧米諸国を除けば,感染症の疫学的対策の基本なので,世界中どこでもやっていることなのに,あたかもそれがクラスター対策班の特徴であったかのようなミスリードは止めて欲しい。いまの日本の危機は,新規感染者が増えてきて接触者追跡を続けるマンパワーが限界に達したところにあるので,対人接触を8割減らして,追跡可能なレベルまで新規感染者を減らすことが急務,となっているわけだが,そのための方法としてはスマホを使った接触者追跡の効率化についても,そろそろ広く議論しても良いのではないか。韓国方式の情報公開は日本では無理だとしても,シンガポール方式やAppleとGoogleが5月から作ってくれるというBluetoothを使った,位置情報を使わずに接触者を見つける仕組みは,半強制的に導入して欲しい。Fraserグループの論文を読んでから何度も書いているが,接触者追跡についてのブレイクスルーになると思う。

大友さんのtweetには同意。音楽文化に生き残って貰うためには,いろいろな持続可能なやり方を模索する必要があって,少なくともそういう試行錯誤をしている間は行政がサポートしないと潰れてしまう。ぼくは今後も音楽を聴きたいし,有料のネット配信でも良いのでライブという形は続いて欲しいので(TWEEDEESの無料配信も楽しめたし,田島貴男の有料配信は購入したのに忙しすぎて半分くらいしか視聴できなかったが楽しかった),東京都は,配信していても,無観客にすることで間違いなく感染拡大防止に協力しているライブハウス(に限らず寄席でも講演会でも同様)に協力金を出すべきだろう。

Lam TTY et al. "Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins"(2020年3月26日掲載)はNatureの論文で,ゲノム分析により,コウモリだけでなくマレーセンザンコウもSARS-CoV-2のリザーバーホストである可能性を示している。Current BiologyのZhang T et al. "Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2Associated with the COVID-19 Outbreak"(2020年4月6日掲載)もセンザンコウの寄与を示唆しているが,グラフィカルなまとめを見るとわかるように,3つの結果が異なる経路を意味するので解釈が難しいところか。

打越さんのtweetで知ったが,ProNASにDowd JB et al. "Demographic science aids in understanding the spread and fatality rates of COVID-19"(2020年4月15日)という論文が出ていた。COVID-19の伝播と死亡リスクについての年齢差があるので,政策決定に人口学の関与が必要と主張しているようだ。

在日外国人向け情報提供サイト(2020年4月20日 - 当該鐵人三國誌

自治体が50枚入り不織布マスクを市民に配るというニュースが流れているが,順番としては医療機関にサージカルマスクが行き渡った後にしてほしい。一般市民は布マスクでもスポーツマスクでもバンダナでも効果はほぼ同じなのだから。

何年か前に修論を指導した土谷ちひろさんたちが,日本にいる外国人のための情報提供をするサイトとしてCOVID-19 Hotlines in Japan: Information to help fight COVD-19 #COVID19HotlinesJpを立ち上げた(日本語版もある)。HOTLINESというメニューに,各地の相談窓口が英語による説明とともにリンクされている。有意義な活動と思う。土谷さんは,いま京大の博士課程で古澤さんの指導を受けているので,ASAFASのサイトからもこのページはリンクされている。土谷さんによると,#COVID19HotlinesJpというタグとともに広めて欲しいとのこと。

WHOの検査方針について(2020年4月21日 - 当該鐵人三國誌

新型コロナウイルス感染症患者に対する積極的疫学調査実施要領(2020年4月20日暫定版)が感染研サイトに載っていた。テレビでも報道されたが,やっと,濃厚接触者の定義が発症2日前から1メートル以内で15分以上に拡大されたということだ。これたぶんアプリ導入とセットでやらないと,既に不足している保健所のマンパワーがますます酷いことになると思うので,アプリ導入の目処が立ったということなのだろうか(2月初めの外国人記者クラブでの発表で,西浦さんが発症前にもかなり感染させているという報告はしているのだから,逆にもっと早くそうしてくれていれば,捕捉率を上げて感染拡大抑制がもっとうまく行っていたかもしれないのだが,前にも書いたが,ルーティンを変えるのは,よほど強い根拠がないと難しいのだろう)。

国際情報検索のテーマが感染症情報を検索するということで,WHOのCOVID-19検査に対する方針を探すという課題を立てて実演してみせた。これには3つの意味が含まれている。(1)どういう目的で検査すべきか,(2)ラボでの検査の方法はどうすべきか,(3)状況に応じた検査対象はどう選択すべきか,である。

(1)については,Unity Studies: Early Investigation Protocols.という文書が出ている。初期には少数の症例(FFX)と濃厚接触者の検査により症例に共通する特徴や二次感染者数を調べること(2月10日),世帯内伝播調査(HH)(2月28日),ヘルスワーカーの感染リスク因子の調査のための検査(HW)(3月17日),一般集団の血液検査による感染状況の調査(おそらく抗体検査による)(2月18日),物質表面のウイルス検査による環境からの接触感染リスクの調査(2月18日,プロトコル)をすべきとしている。

(2)については,Laboratory Testing for 2019 Novel Coronavirus (2019-NCoV) in Suspected Human Cases.(2020年3月19日)という文書が出ている。上気道からのサンプルと下気道からのサンプルの両方または片方を感染リスクに注意しながら採取し,2-8℃で輸送し,rRT-PCRで確定診断するとしている(この文書は約1ヶ月前に出ているので,唾液サンプルへの言及はない)。集団中への広がりの評価には血清検査(抗体検査)も薦めるし,ウイルスの系統関係や伝播経路を明らかにするために遺伝子配列検査も薦めるが,培養はルーチンとしては薦めない,と書かれている。

(3)については,Laboratory testing strategy recommendations for COVID-19(2020年3月21日)という文書が出ている。患者が未発生の地域では疑い例を全数検査するが,蔓延している国や検査能力がニーズに満たない地域では優先順位を付ける必要があり,重症化リスクの高い人やヘルスケアワーカーを優先して検査すべきとしている。

対策すれば時間が掛かるのは当然(2020年4月22日 - 当該鐵人三國誌

テレビが欧米の新規感染者数が減り始め,いろいろな社会活動の再開に向けて動き始めたと報道しているが,ロックダウンによって抑え込んだなら再開したら再流行するし,対策によって累積感染者数を低く抑え込むことができればピークに到達するまで時間が掛かるのは当然のことだ。Community Mitigationの概念図を思い出して欲しいが,対策に成功すればゆっくり感染者が増えていき,ゆっくり減っていくのだ。日本の収束がドイツやアメリカより遅れていると言って,対策に失敗しているかのような印象を与える報道をするのは間違っている。うまく行ったかどうかは総感染者数や総死者数をどれだけ低くできたかで評価すべき。

インペリグループは,いつの間にか,Christen P et al. "Report 15 - Strengthening hospital capacity for the COVID-19 pandemic"(2020年4月17日)を出していた。J-IDEAというパンデミック対策計画ツールを使って,病床,医療従事者,人工呼吸器などの病院の能力がどれくらい必要か計算している。このhospital plannerはエクセルマクロを使ったワークシートで,リンク先ページからダウンロードできる(マニュアルもダウンロードできる)。

講義が終わったのでニコ生で専門家会議の記者会見を見ている。資料は官邸のサイトにアップロードされている

時事通信の記事とか(2020年4月23日 - 当該鐵人三國誌

メール取材に答えた時事通信の記事が出ていた。答えたことの一部だが(長期的な話とかDigital Contact Tracingの必要性とか他にもいろいろ書いたのだが),大事なポイントの1つなので,良かったと思う。時事通信の規定で旧字体の名前が使えないということと,括弧内の専門性が「公衆衛生学」となっていたのが若干残念で,人類生態学……は無理でも,せめて国際保健学と書いて欲しかったところだが,まあパブリックヘルス領域だから仕方ないか。

民間検査が統計外って本当なのだろうか。少なくとも感染症法に基づくサーベイランス事業で,指定感染症は一類から四類までと同じく全数直ちに報告だから,どこが検査したかによらず,医師は保健所に報告する義務をもち,保健所から各都道府県の衛生試験所にある情報センターを介して感染研の感染症疫学センターに集約され,週報として報告されるという仕組みはあるはずだし,そこには民間検査でも入るはずなんだが。問題は週報の集計に長い時間が掛かっていることで,この報告をオンライン化して自動集計にすれば患者数把握が一元化され問題は解決するはず,と1月か2月に書いた気がする。いろいろな人が都道府県発表などからデータを拾って正しさの議論をしているが,金を掛けてオンライン化しろ,と政府に要望した方が建設的ではないか。人口動態統計の死亡統計の集計の迅速化と合わせて,早期実現を望む。

このWSJの記事,スマホでは何故か全文読めたのだが,PCで読もうとしたら有料会員登録が必要だった。接触・飛沫感染なら2 mの距離を空ければOKというWHOやCDCと,エアロゾル(NHKスペシャルで紹介されていたマイクロ飛沫で,たぶん飛沫核ではない。もし飛沫核感染があるならもっとRは大きいと思う)が長時間滞留し遠くまで飛ぶからそれじゃダメだという新説が対立しているという内容だったと記憶しているが,まとめスライドの7ページに書いたように,たぶんその両方の感染経路があって,後者にフォーカスしたのが日本の三密対策なのだ。だから,結論は両方の対策が必要という話になるはず。エアロゾルによる感染を認める報告がJAMAに出ていると書かれていたので検索してみたら,たぶんBourouiba L "Turbulent Gas Clouds and Respiratory Pathogen Emissions: Potential Implications for Reducing Transmission of COVID-19"(2020年3月26日掲載)と思われた。

唾液検査論文(2020年4月24日 - 当該鐵人三國誌

昨日も触れた感染症サーベイランス事業のオンライン化だが,医師から保健所への届出をオンライン化して欲しいとtweetした医師に対して「対応します」と内閣府副大臣が応答した。この際,医師→保健所だけでなく、保健所→地方衛研感染症情報担当→感染研感染症疫学センターも併せてオンライン化されると、指定感染症であるCOVID-19の確定診断がついた情報は迅速に一元的に発表できるはず。各都道府県や厚労省やメディアがばらばらに集計する必要がなくなる(以前から書いている通り)。

プレプリントサーバに載っているだけだが,Wyllie AL, et al. "Saliva is more sensitive for SARS-CoV-2 detection in COVID-19 patients than nasopharyngeal swabs"(2020年4月22日)は重要な結果。唾液サンプルとスワブサンプルについてrRT-PCRをした両検査データが揃っているのは29人38サンプル。そのうち唾液のみ陽性が8サンプル,スワブのみ陽性が3サンプル。起きてすぐ滅菌尿カップに3回唾を垂らし,蓋をして室温輸送,5時間以内にイェール大のラボでRNA抽出で,特別な前処理なし。対象者はスワブ陽性だった入院患者と無症状の人も含む医療従事者。本当に唾液使えるかも。

COVID-19感染者に起こる合併症についての論文リンクとメモがまとめられているページ(COVID-AMR)を,ハーバードのLipsitch教授がtweetでリンクしていた。

やはり追跡が重要(2020年4月26日 - 当該鐵人三國誌

インペリのProf. Neil FergusonがThe Postでインタビューに答えた動画。リンク先の内容紹介によると,スウェーデンのProf. Johan Giesecke(理論疫学については第10章で基礎の基礎みたいなことしか書いてないが,古典的なことはわかりやすく丁寧に書かれている感染症疫学の教科書"Modern Infectious Disease Epidemiology"―長崎大の山本太郎さんと門司さんが邦訳を出している―の著者)がロックダウンを批判しているYouTube動画を出したことに対して,なぜ英国がロックダウンをしたことが正しかったのかを説明しているそうだ。しかしFerguson教授って英国紳士然として格好いいよな。

LSHTMのグループから,Kucharski AJ, et al. "Effectiveness of isolation, testing, contact tracing and physical distancing on reducing transmission of SARS-CoV-2 in different settings"(2020年4月23日掲載)というプレプリントが出ている。個人ベースモデルのようだ。Summaryの結果のところに,楽観的だがありそうな仮定の下では,接触者追跡と検査の組み合わせだと伝播を50-65%減らせるが,大規模検査あるいは自主的隔離だけだと2-30%しか減らない,と書かれている。やはり接触者追跡が鍵なので,できるだけ早く法的問題をクリアしてDigital Contact Tracingを導入すべきと思う。ぼくはプライバシー権をほとんど侵害しないSingaporeのTraceTogetherみたいなソフトなら迷うことなくインストールするが(これなら監視じゃないし)。システムとしてはFraserグループの論文をベースに考えるべき。

二次感染者数分布推定における多重代入法利用(2020年4月28日 - 当該鐵人三國誌

クロロキンは高用量だと致死的という点に注意喚起する報告が多く出るようになった(CMAJに昨日付けで出たレビュー参照)。昔パラケルススが言ったように,どんな物質も毒にも薬にもなるので,どちらになるかを決めるのは用量。マラリア予防や治療に使う量で効かないのだとしたら,使える見込みは少ないか。

14:30から神戸市長が新型コロナウイルス感染症対策について臨時会見すると神戸市広報課からのtweetが出ている。

昨日,24日にtweetした「医師→保健所だけでなく、保健所→地方衛研感染症情報担当→感染研感染症疫学センターも併せてオンライン化されると、指定感染症であるCOVID-19の確定診断がついた情報は迅速に一元的に発表できるはず。各都道府県や厚労省やメディアがばらばらに集計する必要がなくなる」を引用して,「例えば、感染研感染症疫学センターに理論疫学者と情報システム専門家とプログラマを平均年俸2000万くらいで50人常勤で雇っても年間10億で済む。それで全国のシステムを内製化できれば安いと思う。布マスクに使った金を考えたら数十年持続可能。今後も新興感染症はあるしシステムはメンテと更新必要」とtweetしたら凄い数のRTといいねをいただいている。

Lancet Infectious Diseasesに昨日出た論文(だが,既にプレプリントサーバで発表されていた論文がアクセプトされて出版されたものだと思う),Bi Q et al. "Epidemiology and transmission of COVID-19 in 391 cases and 1286 of their close contacts in Shenzhen, China: a retrospective cohort study"(2020年4月27日掲載)では,過分散を想定した二次感染者数の分布を多重代入法(multiple imputation)で推定している(Supplement 2の最終ページにText S2として簡単に説明があるが,具体的な手順やソフトは書かれていない)。論文そのものは1月14日から2月12日までの深圳CDCのデータを使って,発症から確定診断,隔離,入院までの日数と伝播に関する指標値を推定することが目的で,最初にデータを得た時点では391症例の91%は軽症で,2月22日時点では3人が死亡,225人が回復していたこと,発症後隔離まで平均4.6日だったが,接触者追跡によってこの日数が平均1.9日減ったこと,世帯内感染全体のうち患者と一緒に旅行した場合の感染リスクが6.27倍,患者と一緒に旅行すると他の濃厚接触の7.06倍感染しやすくなること,世帯内での大人から子供への感染は大人同士の感染と起こりやすさに差が無いこと,観察された再生産数が0.4で平均発症間隔が6.3日だったこと,がfindingsとしてsummaryに書かれていた。

プレプリントサーバに載っているだけだが,Tu Y et al. "Identification of risk factors for the severity of coronavirus disease 2019: a retrospective study of 163 hospitalized patients"は,87人の重症例と76人の中等度症例で入院時の各種検査値を使って多変量のロジスティック回帰分析をした結果,これまで言われていたD-dimer高値に加えて,LDH高値,好中球増加,好酸球減少が重症化リスクに関連していると報告している。この4つの変数を使ってROC分析をした結果のAUCは0.93あり,最適カットオフでの感度は0.88,特異度は0.813だったとし,好酸球と好中球の変化を重症化予測因子として使えるのではないかと提案している。

Natureに昨日出た論文(これも既にプレプリントサーバに発表されていた論文がreviseを経てアクセプトされたもの),Liu, Y., Ning, Z., Chen, Y. et al. Aerodynamic analysis of SARS-CoV-2 in two Wuhan hospitals. Nature (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2271-3(2020年4月27日掲載)は,武漢の2つの病院で2月から3月に,患者の滞在場所(PAA),患者と直接接触する医療従事者の滞在場所(MSA),誰でもいられる場所(PUA)から採取したエアロゾルサンプル中のSARS-CoV-2のRNA濃度を調べている。PAAの中では換気されていない1人用トイレが最も高濃度で,呼気や便や尿から出てきたのだろうとのこと。MSAでは個人防護具脱衣所が高濃度だったが,PUAでは入口脇の人が密集するところを除けば検出限界以下かごく低濃度だったとのこと。RNAが検出されても必ずしも感染力があるとは限らないが,submicrometre/supermicrometreレベルのエアロゾル中のRNA濃度が高かったことと,塩素系,アルコール系などの消毒薬を使って徹底的に消毒した後は,RNAがほとんど検出されなくなったので,ハイリスクな場所でのSARS-CoV-2がエアロゾル経由で感染するのを減らすためには消毒が重要であることが確認できた,と論じている。

神戸市長の会見によると,神戸市は休校を1ヶ月延長する(リンク先の神戸新聞記事によると昨日要請したらしい)という。以前から書いているが,大人の通勤を止めない限り,家庭での大人から子供への感染リスクは,学校での感染リスクと差が無いか,むしろ高いくらいなので,休校だけするのは筋が通らないのだがなあ。市バスと市営地下鉄は土日祝日に2割減便するとのこと。それで混んでしまうと無意味だが,土日祝日は減便しても混まないという判断だそうだ。質疑によるとラッシュ時は減らさず9:00-16:00辺りを減便させるとのこと。神戸市のサイトにのっているアナウンスによると主要6路線で4割減便。なお,観光客が多かった路線である25系統は半減と書かれているが,元々,寒くない時期の土日祝日しか運行しない森林植物園行きだから,行かないで欲しいということなんだろう。

新型コロナウイルス感染者等情報把握・管理支援システム(2020年5月1日 - 当該鐵人三國誌

新型コロナウイルス感染者等情報把握・管理支援システム(仮称)の導入について(システム概要、準備の御案内及び先行利用保健所の募集)という厚労省からの事務連絡が出た。医師→保健所→都道府県衛生研の感染症情報担当部局→感染研感染症疫学センターという流れ(これはCOVID-19に限らず1類から4類の全数報告の感染症についてはすべて,どこで検査したかによらず,診断した医師の義務)で行われてきたCOVID-19確定患者情報の集計は,最初の段階は紙とFAX,途中もそれぞれスタンドアロンのシステムで効率が悪く時間も掛かっていたが,『新型コロナウイルス感染症に関する医師から保健所への発生届、保健所から都道府県等への報告については本システムへ入力いただく形で行うこととさせていただく予定です(具体的な運用方法に関しては、別途通知を発出予定ですが、新型コロナウイルス感染症に関しては、各自治体におけるNESID(国立感染症研究所が運営する感染症サーベイランスシステム)への入力作業は不要となります。)』ということなので,COVID-19については都道府県は介さない流れができるようだ。それ自体は,国による集計が迅速化されるだろうから朗報。ただ,少し不安なのは,情報の流れの一元化でなく複線化のように見える点。都道府県は中抜きしても,保健所も入力すると書かれている理由がわからない。下手をしたら保健所の負担は増える気さえする。保健所の医師が検査結果を見て確定診断した結果を入力するのならば良いが,検査結果が直接入力されるのでは,医師からの入力と齟齬が生じる可能性はないだろうか。元々ある感染症発生動向調査の各段階をオンライン化してデータベースを連結する方が解決策としては筋が良いと思うのだが(COVID-19だけでなく,すべての感染症発生動向調査が迅速化され人為的なミスも減るはずだし,保健所の負担も減るはず),改善には予算がつかず,新規導入だと予算がつく,という悪しき慣例か。ということは,システムも外注なのだろうし,まともに運用できるかわからない(そのチェックのために先行して導入する保健所を募集しているのだろうが)。それでも,うまく動けば,診療現場での医師の負担は軽減されるし,都道府県担当者の負担も軽減されるだろう。それで満足するべきなのか。

インペリグループ第16報は,Grassly NC et al. "Report 16 - Role of testing in COVID-19 control"(2020年4月23日掲載)で,対象者と状況別の検査の意味を検討している。感染リスクが高い人から感染したときの死亡リスクが高い人への伝播を減らすために医療従事者や老人福祉施設職員のPCRと抗体検査は伝播の防止に役立つと論じている。とくに,医療従事者の中でもICU勤務の人は毎週リアルタイムRT-PCR検査すべきとしている。症状の有無によらず感染リスクの高い人を定期的に検査すれば,検査感度と結果がタイムリーに出るかどうかにもよるが,伝播の1/3は減らせるとしていて,現在,英国のいくつかの病院でパイロット調査を進めて検証中とのこと。一方,一般公衆全員のスクリーニング検査には否定的。むしろ,アプリを使った接触者追跡によって,症状があれば,検査なしでも隔離する方が伝播を減らすのには有効としている。

インペリグループ第17報(Perez-Guzman PN et al. "Report 17 - Clinical characteristics and predictors of outcomes of hospitalised patients with COVID-19 in a London NHS Trust: a retrospective cohort study",2020年4月29日掲載)は,後ろ向きコホート研究によって,退院例302,死亡例144,調査打ち切り時点で入院継続中だった74を右側打ち切りとして,死亡リスクを上げる要因を多変量のロジスティック回帰分析で調べたもので,年齢はやはり入院後死亡リスクを有意に上げたが,先行研究で言われてきた基礎疾患を有することやd-dimerやLDHが有意でなかった。好中球や好酸球やSOFAスコアは検討されていない。一方,低酸素症,血小板低値,eGFR低値,ビリルビン高値,アルブミン低値が有意に入院後死亡リスクを上げていたことに加え,年齢・基礎疾患の有無,入院時の重症度を調整すると,黒人が白人よりハイリスクとのこと(全部の変数を入れたモデルではエスニシティは有意でないが)。

LINEの第4回質問が来たが,「仕事はテレワークにしている」は答えにくい。テレビで27%程度しかYESがなかったと報じられているが,ある程度テレワークにしていても,完全にできていないとチェックが付けられない。「テレワークにより通勤/通学回数を減らしている」ならチェックを付けられるのだが。

厚労省サイトで,地域ごとのまん延の状況に関する指標等の公表についてというページができていた。なぜcsvにしないのかわからない,pdfなので見にくい発表形式ではあるが,都道府県別の報告日ベースの確定患者数の推移,リンクが不明な患者数,都道府県別各日の相談件数,受診者数,PCR検査実施件数の推移,PCR検査実施人数の推移がリンクされている。

専門家会議の記者会見で,西浦さんがgithubに分析の詳細を載せたと言っていた。R0を「あーるのーと」でなく「あーるぜろ」と言っていたのはリスコミ的な配慮か。提言書がまだ対策本部のサイトに載っていないのでgithubのアカウントがわからないが,モデルを出せという批判に答えたということか?

が,気がついてみたら専門家会議の資料が内閣官房の新型コロナウイルス感染症対策サイトに載っていて,githubのアカウントがわかった(contactmodelだが,Cluster Interventionと名乗っているので,クラスター対策班として作ったアカウントなのだろう)。補足説明資料を見たところ,モバイル空間統計データから1月の平時と4月の非常時の異なる年齢群間での接触頻度行列を求め,いろいろな場所について年齢間接触頻度の変化率を計算したということのようだ。この部分だけだと単なる行列計算なので,莫大なデータ(たぶん有料だから公開できないと思う)について力業でやったということだからコードは載っていないのだろう。

特異度100%は本当か(2020年5月2日 - 当該鐵人三國誌

NHKで,三宮のライブハウスが合同で無観客有料ライブ配信を企画していたが,休業要請が出たので事前収録したものを無料配信したところ,6割のチケット購入者が返金を辞退したという話を報じていた。ライブハウスジャッジメントのことだろう。ああ,でも6月21日に振り替え公演はあるんだな。神戸デジタルラボが技術協力しているそうだ。

クラボウがADS Biotecと提携して研究用に販売しているイムノクロマトキットって(カタログ記載性能が二社で異なる―ADS Biotecの説明書では226例となっている―ので,別のキットである可能性もあるか? と一瞬思ったが,Business Wireの記事ではクラボウのカタログに記載されている値が紹介されているなあ),クラボウのキットのカタログには特異度100%と書かれているのだが,本当だろうか。他のキットに比べて値が良すぎる。そこの信頼性が崩れるとこういう推論(神戸市の病院で救急部と発熱外来受診者を除いて血液検査を受けた外来受診者の血液サンプルからランダムサンプルした1000検体の検査をした結果,神戸市の有病割合3.3% [95%CI 2.3-4.6%]と推定されたという)(リンク先はDoi A et al. "Estimation of seroprevalence of novel coronavirus disease (COVID-19) using preserved serum at an outpatient setting in Kobe, Japan: A cross-sectional study."(2020年5月1日にプレプリントサーバに掲載)を紹介しているブログ記事)の根拠が崩れてしまうので,特異度についての詳細データが欲しい。少なくとも,IgM何人,IgG何人に検査をした,ではなく,それぞれリアルタイムRT-PCR陽性の人何人,陰性の人何人に検査をしたのか公開してくれないと,特異度の信頼性がわからない(そもそも,RT-PCR陰性であっても実はSARS-CoV-2に感染している人とか,かつて無自覚に感染して治癒した人は,検査性能の評価では,SARS-CoV-2なしのグループになるはずだが,抗体検査で陽性になる可能性は高く,特異度100%という結果は原理的に怪しい)。なぜキットのカタログはクロス集計を載せていないのだろう。Doi et al.の論文は,キットの感度と特異度が十分に検証されていないことをlimitationとして触れていて,論文としてまっとうだが,仮に,特異度が実は95%でした(SARS-CoV-2に感染したことがない人でも5%は陽性と出ます,という意味),ということになると,推定される有病割合の信頼区間幅が相当に広くなってしまって,推定の意義がかなり損なわれる可能性がある。その点,解釈に注意が必要と思う。

基幹インフラのあり方(2020年5月5日 - 当該鐵人三國誌

R-develメーリングリストで,covid-19についてデータをダウンロードして分析できるようなサイトを教えて欲しいという投稿があり,これ(githubページ)とかこれ(CSV形式のデータそのもの)とか,これ(これもgithubページ)といった情報が返ってきている。(追記)1つ追加された。

最初から全国一斉休校は筋が悪いと書き続けているが,おそらく今後できる形としては,交通機関を使わず通学できる小中学校は対面での会話をしないとか対人間隔を空けるといった対策を取りつつ通学しての授業をし(もちろん感染者が出たら台湾のような基準で学校ごとに学級閉鎖や休校を判断するとして),多くの生徒が交通機関を使って通学し,学校教育法上の義務教育ではなく,授業の中身として知識の教授という側面が強まる高校以上は,実習を除いて基本オンラインとするのが持続的かもしれない。専門家会議は小中高は地域ごとの実情を踏まえつつゼロリスクではないが教育を受けられる便益を考えて再開,特別支援学校は一層慎重に判断(5月1日付け)と提言しているが,ぼくは小中学校と高校は分けて考えた方が良いと思う。なお,部活などの課外活動の再開は,部活の内容も水準も規模も千差万別だから,後述するライブハウスなどと同様に,当事者が専門家に相談しながらガイドラインを考えて政府に認めさせる戦略をとらないと話が進まないと思う。ずるずると再開延期を続けるだけでは子供たちが気の毒だが,かといって,ハイリスクな行動を見過ごすことも感染拡大防御上許されないので。

高校以上は基本オンラインとすると,もちろんそのためのインフラ整備は必要だ。ぼくは元々基幹インフラは効率よりも安定性が重要なので非営利の公営事業にすべきという意見だ(ブログでも何度か書いている)。警察と義務教育のような公権力の行使あるいは公的なレギュレーションが必要なものは当然として,電気,ガス,水道に加えて,鉄道と通信と医療も公営にした方が良いと思っている。日本は不幸にして逆向きに(米国からの圧力もあったと思うが),国鉄をJRにし,電電公社をNTTにし,郵政民営化し,最近では水道事業さえ民営化する道を作ってしまったが,水道民営化が世界各地で失敗したのはわかりきっていることで,基幹インフラの民営化は,どう考えても間違っている。公営であれば,その事業自体は利益を生まなくても良いが,営利事業になったら儲けなくてはいけないから,事業そのものにかけられるリソースが減る。電気とガスと水道を地方自治体が運営することにして支払いも一体化したら,むしろユーザにとって便利ではなかろうか(ただし,基幹を公共が支えることを義務付けるけれども,例えば現在の新電力系の営業のように,送電網を借りて売電するような民間参入は妨げないことにする)。医療の公営化は難しいのだが,日本には一次医療圏,つまりプライマリケアレベルの医療計画がないから,医療法を大きく改正して,キューバのファミリードクターや英国のGPのように,公務員あるいはそれに準じた形で,かかりつけ医を公務員として組織化し,一次医療圏の医療計画と病診連携を併せて法制化することは不可能ではないはずだ。医師会が反対しそうだが,それまでに掛けた設備投資などは何らかの形で補償することで納得して貰えれば,かなりいろいろな医療問題が解決する可能性がある。無線通信網としてNTTドコモとauとソフトバンクとYahooとUQくらいを国が買い取り,税金で運営して無償提供したら良い。問題は,そのための財源として,いくらまでなら掛けて良いかという国民の合意を得ることだろう。自分が金を出すのではなくても,いくら出せるかという支払い意思額(WTP)だから,CVMの手法で調査はできるはず。そういう意味で,CVMの出番なのだが誰もしないなあ。逆側では,いくら貰えたらあと1ヶ月外出規制続けますか? と聞いて,その回答に基づいてWTAを求めた上で給付額を決めれば,10万円より根拠あるのに。

血清学についてのMarc Lipsitch教授がワシントンポストに書いた意見(2020年5月4日付け,無料公開)。

テレビを流していたら,日赤が#最前線にエールを何度でもというキャンペーンをしていることを知った。UNIVERSAL MUSIC提供の動画が公開されているが,誰でも自分で歌や演奏の動画を作って公開できるそうだ。リトグリも朝がまた来る(これも絶品だが)だけでなく,何度でものライブ映像を公開してくれないかなあ。

ああ,ライブ行きたいなあ。ライブハウスは,マスク必須で密度を下げ強力な換気システムをつければ,何人規模まではOKとか(ただし客が遠征するのは不可で,アーティストが現地に来てくれるのを待つようにするとか),声を出さないクラシックならもう少し大規模でもOKとか,無観客有料配信ならOKとか,ある程度新規感染者数が減ってきたら3密条件を避けて営業できるようなガイドラインを,根拠に基づいて策定する必要がある。1月か2月から書いているが,これは専門家の助言が必要だとしても,業界自身が本気で考えなくてはいけない長期戦略と思う。検索してみたら,#STAYMUSICによる署名活動が始まっていたが,国にガイドライン策定を求めるというよりも,業界で作ったガイドラインを国に認めさせるというスタンスでいかないと進まないと思う。国も専門家会議もライブハウスについて素人だし,例えばクラスター感染を起こしにくい営業形態の上限が20人なのか50人なのか100人なのかは設備や演目や座席の配置や参加の仕方のレギュレーションによって千差万別なのだから,根拠を国や専門家会議が一律何人ですと示せるはずがない。損益分岐点を上回りアーティストにとっても持続可能なレベルとして何人は必要だから,というところから出発して,国にガイドラインを認めるよう突きつける方が良筋と思う。

昨日の首相の会見で提示された専門家会議の提言について,「新しい生活様式」という言葉に噛みついている人が散見されるが,リンク先の原文を読めばわかるように,あれ実践例だからな。専門家会議はこれまで何度も,どういう行動変容なら持続可能か一緒に考えて欲しいと言ってきたのに,具体性がないとかいう批判が多いから例示したのだと思う。「新しい生活様式」として例示されていることの中身は,韓国がいう「生活防疫」(2020年5月4日読売新聞記事参照)と同じようなこと。強い接触制限により新規感染者数を一定レベル以下に抑え込めても,集団免疫がついて終息したのではないから,昨年までの生活に戻ってしまうと感染の急拡大が始まるのは間違いないので,緩和策として持続可能な行動変容は1~2年続けなくてはいけないのは当然。スウェーデンやブラジルのように集団免疫戦略をとった国以外は皆同じ。

検査陽性率が低いことを行動制約解除の基準にするという発想はおかしいと思う。医師が臨床所見から確定診断が必要と考えて検査した場合(以前書いた検査A),陽性率はある程度高くて当然である。感染者と濃厚接触があった人も(以前書いた検査B),ある程度陽性率が高くなって当然である。検査陽性率が低い国の方が高い国よりCFRが低いと言われるが,感染している可能性が高い人だけでなく広く無症状や軽い症状の人まで検査したとき(以前書いた検査C)に検査陽性率が低くなるのだろうから,検査陽性者のうち無症状や軽症の人が占める割合が増え,CFRがIFRに近づいて,見かけ上CFRが低めに出るのも,また当然であろう。それは,死者を減らせたことを意味しない。検査陽性率の国際比較などする人はどういう仮定をおいているのだろうか。同一地域の経時的比較でも,かなりいろいろ仮定して多重代入法にでも使うのならわかるが,単独で意味を持つとは思えない。

むしろ,これまでにわかったことから考えたら,Digital Contact Tracingを導入して,濃厚接触者のうち風邪様症状がある人は(もし施設に余裕があれば無症状でも)検査をする前でも施設隔離,濃厚接触の有無にかかわらず肺炎症状で確定診断が必要と医師が判定したら唾液を使ってRT-PCR検査,とすると,リソースの最適配分をしながら感染を終息させることができるはず。もちろん3月までやっていたくらいの個人防御を続けて飛沫感染と接触感染を低く保ちながら,三密を避けてクラスター感染が起こるのをある程度予防できることが前提だが。そのためにも,さっきも書いたように三密を防げるような業態のガイドラインは重要だし,病院や介護施設のようなハイリスクな場所では徹底的な感染防御が必要で,それができるようなリソースを投入しなくてはいけない。

WHOの時系列記録のページ

Lancetに,中国での二重盲検でプラセボ対照のRemdesivirの多施設RCTの結果がWang Y et al. "Remdesivir in adults with severe COVID-19: a randomised, double-blind, placebo-controlled, multicentre trial"(2020年4月29日掲載)として発表されていた。統計的に有意ではなかったが臨床的な改善は速く認められた。ただし有害副作用がプラセボ群よりも多く認められたので治験は途中で終了した,という論文。メディアは早期承認だとか各国に供給だとか騒いでいるが,単独投与では見込みなさそうだなあ。

Dunn CG et al. "Feeding Low-Income Children during the Covid-19 Pandemic" N Engl J Med 2020; 382:e40, DOI: 10.1056/NEJMp2005638(2020年4月30日掲載)は,米国でも休校によって学校給食がなくなったことで貧困層の子供が栄養失調の危機にあるので,3月18日に発効した"Families First Coronavirus Response Act"という法律で使えるようになった1兆ドルの一部を使って,"Supplemental Nutrition Assistance Program (SNAP)"に既に入っている世帯には給付金を出しているが,パイロットプログラムの結果はあまり有効でなく,"National School Lunch Program"や"School Breakfast Program"で直接貧困層の子供に給食を提供していたときより子供の健康状態が悪化しているので,更なる栄養改善活動が必要と主張しているようだ。

ScienceにWatanabe S et al. "Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike"(2020年5月4日掲載)という分子生物学論文が載っていた。筆頭著者は日本人のようだが所属はUKのサザンプトン大学だし共著者もUKの人たち。SARS-CoV-2がヒトの細胞に侵入し膜融合するときに働くスパイク(S)糖タンパク(ワクチン開発のターゲットになる)の遺伝子配列と構造を解析した論文のようだ。

5月1日の専門家会議資料には,インペリグループのReport 9(ぼくも発表翌日にわりと詳しく説明した論文)と,Scienceへの発表翌日に軽く触れたKissler et al.が参考資料として概要が載っていた。

Ferguson教授のスキャンダル辞任(2020年5月6日 - 当該鐵人三國誌

インペリのFerguson教授,新聞に不倫スキャンダルをスクープされて諮問委員会を辞任とは,ため息しか出ない。Lipsitch教授も嘆くtweetをしていた。Suppressionしないと死者が爆発して大変なことになるからといってロックダウンを提唱したFerguson教授自身が禁を破って人と会っていたという点については,彼自身は3月中旬に感染して治癒した人だから,感染拡大に寄与する恐れはなく,合理的には批判する点ではない。ぼくは,不倫は配偶者に対する人間として許されない裏切りだと思っているので,もし本当ならFerguson教授を人間として軽蔑するけれども,それと理論疫学専門家としての能力は関係ないと思う。英国社会もそこまで合理的ではなかったということか。

Scienceに載っているZhang J et al. "Changes in contact patterns shape the dynamics of the COVID-19 outbreak in China"(2020年4月29日掲載)は,かなり仮定が大胆というか雑なモデルを使っているので,武漢と上海でのアウトブレイク前からアウトブレイク中までの接触調査データと湖南省の接触者追跡データを使って検証している点は貴重だし主な結論はそれなりに説得力があるが,そこまで信頼性が高いアウトカムとは思えない。Abstract最後の文の後節に引っ張られない方が良い。

D-dimer高値は血栓リスクと関係しているわけだが,COVID-19の臨床系の論文で血栓形成が重症化と関係しているというものが出てきている。Middeldorp S et al. "Incidence of venous thromboembolism in hospitalized patients with COVID-19" doi:10.1111/jth.14888(2020年5月5日掲載)とか。

Nature Communicationsに載っているWang C, Li W, Drabek D et al. "A human monoclonal antibody blocking SARS-CoV-2 infection." Nat Commun 11, 2251 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-16256-y(2020年5月4日掲載)は,SARS-CoV-2の感染を防ぐヒトモノクローナル抗体を作ったというタイトル。培養細胞でのin vitroの実験では中和活性があったという。

ハーバードのMarc Lipsitch教授のグループから2編。Kahn R et al. "Potential biases arising from epidemic dynamics in observational seroprotection studies"(2020年5月6日)はプレプリントサーバ,Li R et al. "Estimated Demand for US Hospital Inpatient and Intensive Care Unit Beds for Patients With COVID-19 Based on Comparisons With Wuhan and Guangzhou, China"(2020年5月6日掲載)はJAMA Network Open。前者は血清疫学的な研究に潜在的につきまとうバイアスの評価をしたもので,後者は米国のICUベッドの需要を推定したもののようだ。

Nature Publishing GroupにScientific Dataというジャーナルがあるようで,Ostaszewski M et al. "COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms"(2020年5月5日掲載)は,ウイルスと宿主の相互作用の分子的プロセスを再構築するためのプラットフォームとしてCOVID-19 Disease Mapを作ったという話のようだ。

片対数グラフを描くコード(2020年5月9日 - 当該鐵人三國誌

5月5日にリンクしたが,R関係のリソースは使いやすくて,国際比較のデータを読んで片対数グラフを描くコードくらいなら,このように(リンク先は先に示したコードの実行結果PNG画像)簡単にできる。ちなみに,このコードで工夫したのは,ローカルにデータファイルがあればそれを読み,無ければダウンロードしてから読んで描画するようにした点。

Gigazineに,AppleとGoogleの「新型コロナウイルス追跡システム」を実装したアプリでは位置情報の追跡を禁止という記事があった。

ウォールストリートジャーナル日本版のコロナで大気汚染が急減、科学者も驚く効果:工場停止と渋滞解消でサンフランシスコの二酸化窒素レベルは20世紀前半以来の低さにという記事(残念ながら会員限定だが)。地球温暖化の警鐘がいくら鳴らされてもCO2排出は抑えられなかったが,COVID-19パンデミックで死なないためには経済活動が大きく抑制され,結果として大気汚染が急減するという有益な副作用がもたらされたという話。これは木曜夜に人類生態の先輩たちと喋ったときにも出たが,どれだけ自分のことととして捉えられるのかが違うのだろう。

どさくさに紛れて検察の私物化を図る安倍政権。民主主義の危機。この立憲民主党のtweetにある枝野代表の国会での発言に,コンパクトに問題点が指摘されている。

このtweetで知ったが,UKのdigital contact tracingのアプリはソースがgithubに公開されている。tweetでリンクされているBBCの記事は偉くて,ちゃんとgithubをリンクしている。NHSXの中にAndroid用アプリ,iOS用アプリ,ドキュメントのレポジトリがある。

Marc Lipsitch教授のtweetで紹介されているBoston Globeの記事が,格差と分断がCOVID-19の死亡率を押し上げると言っている。これもちゃんと元論文(ワーキングペーパー)がChen JT et al. "COVID-19 and the unequal surge in mortality rates in Massachusetts, by city/town and ZIP Code measures of poverty, household crowding, race/ethnicity,and racialized economic segregation"(2020年5月9日掲載)としてリンクされている。

日本科学技術ジャーナリスト会議が5月12日20:00からニコ生で【8割おじさん西浦教授に聞く】新型コロナの実効再生産数のすべて オンライン講演会生中継という企画をしている。火曜の夜か。

Marc Lipsitch教授が,コーネル大学のプレプリントサーバに載っているBritton T et al. "The disease-induced herd immunity level for Covid-19 is substantially lower than the classical herd immunity level"(2020年5月6日掲載)と,BMJのプレプリントサーバに載っているGomes MGM et al. "Individual variation in susceptibility or exposure to SARS-CoV-2 lowers the herd immunity threshold"(2020年5月2日)を「重要な指摘をしている」とtweetしていた。

COVID19パッケージ(2020年5月11日 - 当該鐵人三國誌

一昨日は確定患者数について国際比較するコードを書いたが,ふと思い立って死者数について書いてみた。

deaths.Rworlddeathssemilog.pngをリンクしておく。Rコードにコメントしてあるが,データは,COVID19パッケージのgithubページからリンクされているcsvファイルを使った(Guidotti E, Ardia D (2020) COVID-19 Data Hub. Working paper https://doi.org/10.13140/RG.2.2.11649.81763)。

ちなみに,使ったcsvファイル(data-1.csv)はレベル1,つまり国レベルの情報で,国名(country),日付(date),累積確定患者数(confirmed),累積死者数(deaths)だけではなく,以下の変数も含まれている。

さらに,人口の情報(popが総人口,pop_femaleが女性人口割合,pop_14が年少人口割合,pop_15_64が生産年齢人口割合,pop_65が老年人口割合)なども含まれている。しかし,social distancingの程度とか三密予防をしているかといった情報は含まれていない。

レベル1の他にレベル2のstateレベルのファイルとレベル3の市町村レベルのファイルがあり,COVID19パッケージを使うと,例えば,covid19(c("ITA","USA"), level = 3)でイタリアとUSAの市町村別データが得られるなど,どのレベルの情報でも読めると書かれている。

Twitterで指摘したら,日本科学未来館のサイトに5月8日分の振り返りとして修正した数式が掲載された。「振り返り」という形でフォローアップするのは大変良い姿勢と思う。

インペリグループのShort-term forecasts of COVID-19 deaths in multiple countriesを引用して,Lancetのエディトリアルがブラジルの死亡の多さに触れ,COVID-19 in Brazil: "So what?"(2020年5月9日)と書いている。"So what?"はブラジル大統領の発言。Lancetは同じ日に,Cousins S "New Zealand eliminates COVID-19"というレポートも載せている。本当に国によって状況は大きく違う。

マスメディアやSNSを見ているとまだ勘違いしている人が多そうだが,感染者を100%検出できる検査が存在しない以上,どんなに検査をしたって検出率100%にはならないし,以前から書いている(A)(B)の検査をやりきれればそんなに検出率は落ちない。世界中どの国でも確定感染者の数倍から数十倍の幅で無症状を含む感染者はいる(韓国であろうとドイツであろうとアイスランドであろうと,100%検出はできない)。5月5日に書いたように,早くdigital contact tracingを導入して,濃厚接触者を隔離するのが大事(もちろん強制隔離ではなく,自分が濃厚接触者であると知った人が,自ら納得して自己隔離できるようなスキームでなくてはいけないし,そのための費用は社会防衛目的なので公費で提供されるべき)。

Webナショジオ連載開始(2020年5月12日 - 当該鐵人三國誌

先日川端君からの提案で実現したインタビューが,今日からWebナショジオで連載開始。4月中旬の日曜午後に6時間くらい掛けてZoomでインタビューを受けた内容を川端君が咀嚼して文章にした後でチェックさせて貰って情報追加したものなので,既に内容は固まっているのだが,1日当たりの量には制限があるらしく,結構長い連載になるらしい。状況の変化によっては今後追加もあるそうだ。CFRとIFRの違いとか検査性能の評価の話,そしてクラスター対策の本当の意味については,とくに世間の共通認識になって欲しい。

柏野さんがtweetされていたので知ったが,John's Hopkinsの接触者追跡についてのcoursera

20:00からJASTJ主催の【8割おじさん西浦教授に聞く】新型コロナの実効再生産数のすべてwebinarに招待されたので(ありがとうございます)Zoomで視聴。想像以上に充実していたが,スライド(コードとともにgithubからダウンロードできる)は事前にダウンロードして予習できるようにしていただけたら尚良かったかも。質問を3つして2つ拾っていただけた。最後に人口学者として気になった点についてコメント1つ追加したが届いただろうか。今日答えきれなかった質問については,後日Noteのページでフォローされるとのことだった。

インペリレポート18-22(2020年5月13日 - 当該鐵人三國誌

ナショジオ第2回が公開された。

ちょっと油断しているとインペリグループはたくさん論文を出しているなあ。5月に入ってからReport 18-22と5本も出ている。

超過死亡の計算は複雑(2020年5月14日 - 当該鐵人三國誌

厚労省に承認された抗原検査は鼻腔スワブを使うのか。rRT-PCRより感度は低いのだから,即時性と簡便性だけがメリットだと考えたら,むしろ唾液サンプルにすべきだろう。しかも国内臨床検体では特異度98%では,陽性という結果も信頼できない(リンク先資料は陽性判定なら確定診断とすると書かれているが大丈夫か?)。さらに,陰性という結果が出た場合は確定診断とならず症状があればrRT-PCRに掛けねばならないとすると,rRT-PCR自体の負荷を若干減らす効果はあるかもしれないが,全体としてはかえって手間は増えることになるのではないか。このレベルの検査性能では歓迎できないなあ。

インフルエンザと肺炎による超過死亡の速報が感染研のインフルエンザ関連死亡迅速把握システムによる報告として公表されているが,計算の仕組みについて十分な説明がリンクされていない(2015年の人口動態統計の目的外使用によって得たデータを使っていることはわかったが)。大日さんがやっているらしいのでいろいろ検索したら,この論文(working paper)に書かれている方法を使っているようだ。時系列の自己相関を使うモデルだがいろいろ複雑なので,数人閾値を超過したからといってどういう意味があるのか解釈することは難しい。

専門家会議記者会見で尾身先生が言われている,WHOが出している検査陽性率3-12%なら検査体制が合理的というのはソースが見つからない。どういうロジックなんだろう? 抗原検査も良さが強調されているのだが上記の疑問点はどのメディアも訊いてくれないのでわからない。とくに,陽性率3-12%にしてしまったら抗原検査で確定診断が付くケースなど大勢に影響しないのではないか。いろいろわからない。

TwitterでWHOの陽性率のソースについての疑問を書いたら,すぐに何人かの方が教えてくださった。3月30日のMedia briefingにおけるMKの発言(55分あたり)らしい。文章を読むとだいぶニュアンス違う。広範囲に検査した地域では3-12%くらいになっていたという経験値を紹介した発言で,その後も読むと10%以下なら見当違いな対象を検査してるのでない限りすべての患者を捕捉できていて,80-90%陽性なら相当見逃しがあると言っているが,その間については条件次第という感じで,3-12%に収めることが検査体制の目標というわけではない。

JAMAのBCG論文(2020年5月15日 - 当該鐵人三國誌

ナショジオ連載の第4回が公開された。若干変な表現があったので担当の方に伝えたらすぐ直していただけた。フットワーク軽くて素晴らしい。

NHKのニュース報道新型コロナ BCGワクチン“予防効果なし” イスラエル研究GはJAMAに掲載された元論文のスクリーンショットを載せてくれているので探しやすかったが,そこまでするなら直接リンクしておけばいいのに,何故しないのか謎。

Mao B et al. "Assessing risk factors for SARS-CoV-2 infection in patients presenting with symptoms in Shanghai, China: a multicentre, observational cohort study"(2020年5月14日掲載)というLancet Digital Healthの論文は,中国の25の病院の発熱外来を受診した疑い例のうちCovid-19に感染していたという確定診断がついた人と,それ以外の人で,受診時に得られるデータを比較してリスク要因を評価したというデザインで,対照も発熱外来受診した疑い例なので,母集団をどこまで広げて考えられるかは慎重に考えなくてはいけないが,14日以内の曝露歴(流行地に行ったか患者と濃厚接触したかクラスターに入っていたか),疲労感,白血球低値,リンパ球低値や胸部画像所見(ground glass opacityと両肺影響あり)が感染リスクを上げたとしている。これまで重症化リスク因子や死亡リスク因子をこの方法で分析した論文はいくつかあったが,感染リスク評価をしている論文は初めて見た。

ドイツの変化点と政策の関係(2020年5月16日 - 当該鐵人三國誌

ナショジオ連載第5回

Scienceの論文,Dehning J et al. "Inferring change points in the spread of COVID-19 reveals the effectiveness of interventions" DOI: 10.1126/science.abb9789(2020年5月15日)は,短期間のモデル予測に基づいてタイミングがクリティカルな封じ込めや緩和といった介入戦略が取られているが,そのとき重要なのは,介入戦略の効果がまずどのように表れるかをどうやって評価するかなので,SIRモデルのパラメータ推定をMCMCで行い,時間依存する感染拡大速度(この論文ではSIRモデルのdS/dt=-λSI/Nという立式をしていて,このλを感染拡大速度[spreading rate]と呼んでいる。βを使うことが多いと思うが,感受性者と感染者の接触に比例して感染が起こる確率を示すと思えば良い。通常定数で考えるが,この論文ではλ(t)と時間依存して変化するとしている)もパラメータに入れたというもの。報告数ベースのドイツの感染者数データについて,感染拡大速度パラメータの変化点を3つ見つけたとし,1回目が3月7日頃の0.43から0.25への低下で,最初に政府が大規模集会のキャンセルと注意喚起を公衆に訴えたタイミングと一致しており,2回目は3月16日頃の0.25から0.15への低下で,学校や店の閉鎖を含む2度目の政府介入のタイミングと一致し,その時点でλ-μが0.02とゼロに近づいたもののまだプラスだったが,3月24日頃,3回目のλの変化として0.15から0.09に低下したのは(それによってλ-μが負になり新規感染者が減り始めた),政府が対人接触を禁止し生活必需品でない物の商店はすべて閉鎖と発表したタイミングであったとのこと。モデルの骨格は単純だがScienceに載るのだなあ。

Marc Lipsitch教授がtweetで触れていたのは,Holmdahl I, Buckee C "Wrong but Useful — What Covid-19 Epidemiologic Models Can and Cannot Tell Us" DOI: 10.1056/NEJMp2016822(2020年5月15日)というNEJMのPerspective。すべてのパンデミックモデルに間違いはあるが役に立つ,という話。

ナショジオ連載第6回(2020年5月17日 - 当該鐵人三國誌

累積確定感染者数の100人以降の推移の片対数グラフ

ナショジオ連載の第6回が公開された。今日の話は,検査性能(2月25日)傾きが緩い意味(3月10日)関連。以前も書いたが,https://www.datacat.cc/covid/で作ったグラフはメディアへの掲載が許されないらしく,Rでグラフを作った。記事にURLが載っているコードだと英語表示なのと,いつの間にかデータファイルからcountryという変数が消えてしまったのでadministrative_area_level_1をcountryに付値し,メッセージも日本語化したコードを載せておく(Shift-JIS版UTF-8版)。国名を変えたり増減させるだけで他の国も灰色でない表示にできるはずなので,例えばアイスランドよりブラジルを表示したかったら"Iceland"を"Brazil"に,"アイスランド"を"ブラジル"に変えるだけで,自動的にアイスランドの線が灰色になり,ブラジルの線にマゼンタ色が付く。

LancetのKaplan HS et al. "Voluntary collective isolation as a best response to COVID-19 for indigenous populations? A case study and protocol from the Bolivian Amazon" https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31104-1(2020年5月15日掲載)は,ボリビアアマゾンに住むTsimaneという採集・焼畑農耕民でのCOVID-19の拡散を防ぐため,人類学者,医師,部族の指導者,地区当局が共同で,多段階のCOVID-19予防と封じ込めの計画を開発し実装したという話。第1段階では教育,アウトリーチ,準備,第2段階では封じ込め,患者管理,隔離に焦点を当てるという戦略は,Tsumane同様にCOVID-19が流行してしまったら高い死亡リスクが見込まれる他の先住民にも適用可能だろうと論じている。

波長222 nmのUV-C(2020年5月18日 - 当該鐵人三國誌

ナショジオ連載の第7回が公開された。今日の話は,まとめスライドrev.2のスライド9と,3月11日に主張したことと,新型コロナウイルス感染者等情報把握・管理支援システム関連。抗体検査については,3月12日のメモ5月2日のメモもご覧いただくと良いかも。

テレビでUV-CをSARS-CoV-2の消毒に使うという話をやっているが,この講義資料の16枚目に書いた通り,細胞障害性が強くて皮膚がんを起こすかもしれないし,見続けると電気性眼炎になるし,人がいるところでは使えないよなあ……と思っていたら,遠紫外線C波(真空紫外かと思ったら,そうではなく222 nmのUV-Cがコロナウイルスを数分で不活化するとコロンビア大学が発表したという。コロンビア大学がウシオ電機と2015年に独占契約と書かれている)が人体に無害という研究が出たとか言っているが本当か? リンク先のAFPBBの記事によると,コロンビア大学の研究はNatureに投稿中だそうだが。なお,2018年に神戸大学とウシオ電機が皮膚への急性障害なく222 nmで殺菌できることを示した研究があり,2020年3月30日には繰り返し照射しても影響なしというプレスリリースも出ていた(コロンビア大学の独占契約には抵触しないのか?)。目にも無害で慢性曝露影響もなければ,本当に有望かもしれない。テレビはウシオ電機や神戸大学には触れていなかったなあ。

岸田さんのtweetで知ったが,Annals of Internal MedicineのKucrika LM et al. "Variation in False-Negative Rate of Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction–Based SARS-CoV-2 Tests by Time Since Exposure"(2020年5月13日掲載)は,現状ではハイリスクの人も含む除外診断に用いられているRT-PCRが,陰性結果によって間違って陰性確定としてしまうことを避けるために,曝露から発症までの的中率がどのように経時変化するのかを理解することが重要としている。要旨によると,方法はメタアナリシスで,7文献のデータをベイジアン階層モデルで分析し,発症前4日間,感染した人が間違って陰性と判定される偽陰性確率は初日100%から4日目には67%になり,発症日の偽陰性確率の中央値は38%で,発症3日後には20%に低下し,その後再び上昇して,発症4日後は21%,発症16日後は66%としている。ただし信頼区間が広く,これはデータ元の論文の研究デザインが不均質であるためとのこと。

JASTJ主催の先日の西浦さんのRtについてのウェビナーのQ&Aが公開された。64問の質問全てに,こんな短期間で答えてしまうとは,まるで神業。いつ眠ってるんだろう。

集団免疫の新しいモデル(2020年5月19日 - 当該鐵人三國誌

Webナショジオの第8回が公開された。明日は一息入れるらしい。自分で読んでいても長いもんなあ。

西浦さんがFacebookで触れていたという,プレプリントサーバに載っている2本の論文は,Rの過分散とmixtureの偏り(ある意味同じ現象の違う側面を構成しているようにも思うが)を考えてモデル化すると,既感染者割合が20-40%でも集団免疫に至る可能性を示したという話なので,そのFacebook記事が書かれる元となった宮坂先生の主張である,対策が取られてRtが下がるので既感染者割合20%以下でも収束するという話とは筋が違うし,何も対策しないでR0が2.4で完全なランダムmixtureの大集団なら80%が既感染にならないと集団免疫がついた収束には至らないという古典的なモデルが否定されたわけではない。Lipsitch教授は2月頃にRの過分散にもパンデミックに至らない可能性の1つとして注目していた連ツイの最初のところで,ランダムではないmixtureを考えたら40-70%でパンデミックが終息すると予想していたが,具体的に集団の不均質性をモデルに入れると,もっと低いかもしれないという話は興味深い。ただ,20%としてもIFRが1%だったら人口の0.2%が死亡する災厄なので,先進国では受容できないと思う。

ちなみに西浦さんが触れていたプレプリント論文は,Gomes MGM et al. "Individual variation in susceptibility or exposure to SARS-CoV-2 lowers the herd immunity threshold"(2020年5月12日)とBritton T et al. "The disease-induced herd immunity level for Covid-19is substantially lower than the classical herd immunitylevel"(2020年5月14日)。後でちゃんと読もう。

ScienceのReportだが,Baker RE et al. "Susceptible supply limits the role of climate in the early SARS-CoV-2 pandemic"(2020年5月18日掲載)は,パンデミックと気候の関係にNPCによる感受性人口減が影響するという話のようだ。地球規模のモデルなので仮定も多くて,どう考えたら良いのかわからないなあ。

保健行政論で喋った医療保障の根本についてちょっと書いておく。福祉国家においては,国民は基本的人権として医療を受ける権利がある。リスボン宣言でも最初に書かれていることだし,国連SDGsのゴール3に含まれているUniversal Health Coverageでもそれを全世界で達成することを目標としているし,日本国憲法25条で保証されている生存権の一部と考えられるし,医師法に応召義務があり正当な理由無く診療を拒んではならないし医療法にインフォームドコンセントが定められているので,医療を受ける必要を感じたら医療機関を受診して診察を受ける権利がある。だから,39℃の発熱があって苦しかったら受診することはできるし,医療機関はそれを拒めないはずである。ただし,診察を受けることはRT-PCRを受けることと同義ではなく,医師が鑑別の必要があると判断しなかったら,いくら患者や家族が主観的にCOVID-19かもと思っていても,RT-PCR検査をオーダーしないことはありうる。そこは患者側もわかっておくべきだし,それが日本で期待される患者役割(patient role)である。もちろん,納得しなかったら,適切な説明を受けることができるのは前述の通り医療法に定められた患者の権利だし,別の医療機関を受診しても良い,というのが日本の医療制度。ただし,医療機関はCOVID-19の感染が起こりやすい場所の一つだから,いわゆるドクターショッピングのようなことをすると,実は感染していなかったのに,その行為によって感染してしまうリスクもある。

全死因死亡との関係についての論文(2020年5月20日 - 当該鐵人三國誌

自粛要請の中で営業している店名を自治体が公表するという行為は,バッシングを煽っていることにならないか。営業しているかどうかは見ればわかるわけだし,対策している感の演出? やり方がまずいと思う(同業種でもクラスターが発生した等の理由で一部の店だけ暫時営業すべきでない場合は,韓国で感染者の移動経路が公表されているのと同様な意味で店名公表にも意味はあるかもしれないが,その業種全体が自粛要請されている場合は,店名公表の意味がわからない)。規制行政的な行為は公権力にしかできないことが私刑への抑止力になっているので,本当に必要なら法的根拠をはっきりさせて営業停止命令を出すのが筋だろう(食中毒の場合は食品衛生法で営業禁止命令や停止命令を出せるわけだから)。法的に無理ならば,休業補償をするから営業しないでくれと要請するのが筋で,バッシングにつながるようなやり方は間違っていると思う。

BMJの論文,Piccininni M et al. "Use of all cause mortality to quantify the consequences of covid-19 in Nembro, Lombardy: descriptive study"(2020年5月14日掲載)は,イタリア北部ロンバルディア地方Nembroという都市での全死因による死亡を評価している。1月1日時点の人口11505人で,2012年1月から2020年2月までの月ごとの死亡率は1000人年当たり10前後で最大21.5だったのに,3月は154.4に達し,4月の最初の11日は23.0に低下したことと,65歳以上男性の死亡が増えていたこと,4月11日までのCovid-19による死亡と確定診断がついているのは85人で,全死因による死亡数166の約半分がCovid-19によっていたことを報告している。検査漏れ,超過死亡,報告の遅れを考慮すべきで,そのためには他の地域でも全死因の分析が必要だと主張している。

甲子園中止について(2020年5月21日 - 当該鐵人三國誌

夏の甲子園が中止と昨日決まったそうだ。野球自体は直接接触がない風通しの良い場所で行われるので,無観客なら感染リスクが低い大会運営は可能と思うが,いま練習ができていないこと,休校が長引いているため授業日数確保が優先,日本各地から一カ所に集まるのはクラスター発生のハイリスク,地方大会すべてのの安全な運営が難しい,等々の理由を見ると仕方ないかとも思う。熱中症対策や投手に投げさせすぎないためなど,大会日程に余裕をもつことが求められてきたところでもあり,ここで強行して怪我や熱中症などの被害が出たら高野連が非難されるのは必至だから,敢えて実施という判断は難しいだろう。もっとも,授業日数確保以外は運営側である高野連と球児が一体となって頑張れば解決しそうな気もするし,以前から何度か書いているように高校生なら授業は通信インフラさえ整えれば全面オンライン化できたと思うので,こうでない未来もありえたはずだが。とはいえ,球児には大変気の毒だが,文化系でもNコンも中止だし(課題曲は来年度に持ち越しになったのでリトグリの「足跡」は来年の子供たちの合唱で聴けると思うが),今年が最終学年の子供たちは運が悪かったと思うしかないのだろう。秋の県大会や地区大会があるならば,そこに3年生も出られるようにしてあげると,多少は救われるか。

過分散確認論文再び(2020年5月22日 - 当該鐵人三國誌

来週月曜は国際感染症論の分担回なので,Covid-19の理論疫学モデルを紹介するための資料を作らねばならない。いよいよJupyterをインストールすべきか?

東洋経済は以前からCovid-19の国内感染状況を厚労省の資料からビジュアル化するダッシュボードを公開しているが,西浦さんの監修でRtを逐次公開するパネルを追加したとのこと。

プレプリントサーバに載っているLSHTMのKucharski准教授のグループ? の筆頭著者が日本人の論文Endo A et al. " Estimating the overdispersion in COVID-19 transmission using outbreak sizes outside China"(2020年4月9日)は,二次感染者数の過分散を推定しているモデル。"Dispersion vs Control"以来,Covid-19についてはたぶん4本目か。負の二項分布を当てはめている。結論で書かれていることは,発生予防を含むクラスター対策の有効性を強く支持する。TwitterでIdaさんが指摘された通り,いくつかの感染症について二次感染者数の過分散があることはわかっていたし,Lloyd-Smoth JO et al. (2005) "Superspreading and the effect of individual variation on disease emergence"によって,それまでSTIやベクターが媒介する感染症の現象とされていた二次感染者数の過分散が,SARSのような直接感染する呼吸器感染症でもあることも示されていたが,Covid-19で過分散があることを示したのは"Dispersion vs Control"がたぶん最初で,それを読んだときにハーバードのLipsitch教授も気づかなかったであろう「二次感染者数が多いケースに共通する条件を探せば予防できる」という着想は,西浦さんの天才性に他ならない。見つかった共通条件が,換気の悪い閉鎖空間で人が密集するという,古くから感染症リスクとして知られていたことと一致したというのは結果に過ぎないし,その点が欧米ではCovid-19対策として重視されなかったことが感染爆発の原因の一つだと思われるので,西浦さんたちがプレプリントサーバに載せた論文で,オッズ比がきわめて大きいので,3つの密を避けることがクラスター発生予防に有効で,そうすればRを1未満にできるかもしれないと主張したことはやはりきわめて重要。WPROが2020年5月15日に出したレポートでは,日本のクラスター対策に触れているが,西浦さんたちのプレプリントサーバの論文は参照されていないことを考えても,まだそれほど知られていないということなのだろう。早く記述の甘いところを直して,トップジャーナルがアクセプトしてくれれば良いのだが。Idaさんはナショジオに追記することを求めていらっしゃるのだが,あの文脈に追記するのはおかしいと思うので,ここに書いておく。

JAMAのResearch Letter(短報的なもの)として,Bunyavanich S et al. "Nasal Gene Expression of Angiotensin-Converting Enzyme 2 in Children and Adults"(2020年5月20日掲載)が,SARS-CoV-2が細胞に侵入する際の認識分子であるACE2の発現が子供と大人で違っていると報告している。子供が重症化しにくい原因の一つかもしれない。

Scienceの論文で,Yu J et al. "DNA vaccine protection against SARS-CoV-2 in rhesus macaques"(2020年5月20日掲載)が,35頭のアカゲザルにSARS-CoV-2のDNAワクチン候補を接種し,対照群に比べて肺や鼻腔へのウイルス負荷が減ったので中和抗体ができたと言っているようだ。

cranにR0というパッケージがある。いくつかの方法がサポートされていて,講義には便利かもしれない。

クロロキンやヒドロキシクロロキンは死亡ハザードを高めるという研究(2020年5月23-24日 - 当該鐵人三國誌

LancetのMehra MR et al. "Hydroxychloroquine or chloroquine with or without a macrolide for treatment of COVID-19: a multinational registry analysis"(2020年5月22日)は,6大陸671病院のヒドロキシクロロキンとクロロキン治験データをレジストリから得て(いま,治験はほとんどの国で計画段階で倫理審査を通るための条件として公的データベースに登録することが義務づけられているので,こういう研究が可能),年齢,性別,人種あるいは民族,BMI,基礎疾患,喫煙,免疫不全状態,治療前の重症度(qSOFAとSpO2による)を交絡として調整し,ヒドロキシクロロキン,クロロキン,ヒドロキシクロロキン+マクロライド,クロロキン+マクロライドを投与したどの群でも,それら3つのどれも投与されなかった対照群に比べると,死亡リスクと心室性不整脈発生リスクが統計的に有意に上がったという結果を示している。分析方法は傾向スコアマッチングで得た4治療群と対照群についてコックス回帰を適用している。ハザード比があまりに大きすぎて驚いた。これが本当だったらクロロキンやヒドロキシクロロキンやマクロライドは治療目的で投与してはいけない。もっとも,著者たちもDiscussionでlimitationとして書いているように,交絡として傾向スコアマッチングに使った要因以外の要因があるかもしれないので,RCTが必要というのはその通りだと思うし,その対象者にはこれらの薬も投与する必要があるわけだが。あと,ざっと読んだ限りでは投与量が統制されているのかどうかがわからなかったので,もしかすると投与量が多いケースが死亡ハザードを引き上げているのかもしれない。

ナショジオのPhoto Stories『「政府は遅すぎる」新型コロナ、インドネシアで何が起きているのか』。ストーリーとは別に,トップの写真があまりに「密」で衝撃的。

昨日JAIH代議員と熱帯医学会会員宛に直前告知メールが流れたことに気づかず,リアルタイム視聴はできなかったが,オンラインサロン「新型コロナと途上国」はアーカイヴされていて良かった。2時間近く,情報密度が濃くて疲れるが,グローバルファンドの國井修先生を含む世界各地で国際保健医療に従事されている方の対話で,たぶん多くの日本人は考えたこともないような視点が多数提示されていて重要。ケニア在住の千葉さんによる,東アフリカではケニアの人々の受け止め方が時間経過とともに変わったこと,ソマリアとジブチの感染が突出して多いことやタンザニアが4月末から検査結果を発表しなくなったこと(ラマダンの影響に言及されていたが,カートパーティの影響はどうなのか気になった),國井先生による,医療物資不足(とくにPPEと診断キット)や医療者が動けない,働けない,感染することによって,他の診療が滞ることによる超過死亡(マラリア,結核,HIV/AIDSの対策プログラムが滞り,それらによる死亡もおそらく2倍になるそうだ)やaccess to covid tool accelerator(診断薬や治療薬やワクチンが開発されても先進国に独占されてしまって途上国に行き渡らなくなることへの対処として,予め開発企業に手を打っておき,アフリカに届くようにすること,らしい。とはいえ,先進国が輸出制限を掛けたりするので難しいが)の話など,興味深かった。GANASというNPOが資料等についてサポートしている,という感じの発現があったが,どこにそれがあるかわからない。難民の中での格差・弱者という話やWhat's upなどSNSを介した情報伝播の速さと裏腹の不正確さの問題,それを改善するためにリーダーを通した正確な情報伝達を利用する話も。village health volunteerがcontact tracingしてるのか。ワクチンや治療薬,免疫についての國井先生の認識はさすが,その通りと思った。PPEなど医療器具について地方自治体と国内メーカーがstand by agreementを結んでおくべきという提言もさすが。手洗いでいろいろな病気が防げるからdisease-centeredでなくhuman-centeredな見方,人間開発の全体を見ていくことが重要という指摘もさすが。

昨日触れた論文を受けて,フランスの保健相がクロロキン/ヒドロキシクロロキンをCOVID-19の治療に使うガイドラインの変更を検討するようにtweetしたと,いまNHKニュースが報じている。

USAは戦略変更するのか(2020年5月26日 - 当該鐵人三國誌

神奈川と北海道は事前に決めた基準をクリアしていないが,昨日緊急事態宣言が解除されていなかった自治体すべての宣言が解除されたとのこと。理屈が通らないので政治的決定だろう。危機に瀕するとメチャクチャなことはできないが,多少余裕が出ると,様々な政治的思惑が錯綜して,意図や効果を読み解くのが難しい発表が出てくる。ある意味仕方がないことだろうが。

ブラジルの確定患者数がUSA,ロシアに次いで世界3位になったというBMJのニュースが,2020年5月21日付けで出ていた。ダウンロード済みのデータファイルをリネームして,Rコードを再び走らせて国別死者数推移を描いてみたら,ブラジルの急上昇は確かに目に付くが,それでも当初よりは指数的増加の傾きは小さくなっているので,意外に早くR<1になるのかもしれない。西浦さんが東洋経済でインタビューに答え,先週触れていた論文(ここでも紹介した)に言及し,集団免疫戦略に切り替える国が出てくるかもしれないという主旨の発言をされているが,クラスターの存在や年齢などによる異質性をちゃんと考えたモデルだと総感染者数が人口の20%程度で集団免疫に至る可能性があるとすれば,終息までの総感染者数は当初予測より少なくて済みそうだが,それでも多くの先進国には受容不可能だとぼくは思っていた。しかしUSAの死者数は既に10万人近いので,言われてみれば,もはや抑え込むというレベルではないのかもしれない。そうなると,確かに,抑え込みに成功している東アジアの国々と,集団免疫状態に達するまでのUSAとの交通は大きな問題になりそうだ。難しいなあ。

Science ImmunologyのBryant JE et al. "Serology for SARS-CoV-2: Apprehensions, opportunities, and the path forward" DOI: 10.1126/sciimmunol.abc6347(2020年5月19日)は,血清検査の潜在的可能性と,そのために必要な検査性能を論じている。

政府による情報統制は是か非かについてのディベート(2020年5月28日 - 当該鐵人三國誌

人口動態統計3月速報値が出た。総数からすると,3月の死亡数は急増はしていないようだ(速報レベルだと詳しいことはわからない。死因別死亡も含む月報が出るにはさらに3ヶ月以上かかる)。なお,過去のデータとの比較をする際は,去年の春,都道府県からの報告漏れが修正されたことに気をつける必要がある。死亡届も出生届も市町村役所に出て入力されるものが元なのだから,早いところオンラインでデータベースを連結すれば,報告漏れなどという問題は起こらないし,集計が迅速化されるはずなのに。改善される気配はない。

公衆衛生学ではスラムの健康の話。Covid-19の影響がスラムに強く表れるかもしれないという話もこの辺の論文を紹介しながら3時間喋り続けた。医療人類学特講は保健医療情報を政府が統制するのは是か非かというテーマで,留学生を含めていろいろな論点が出て興味深かった。トルクメニスタンとエリトリアはそんなに情報統制が激しいのか。信頼できる情報を出すことが政府の責任である,ということと,それ以外の情報について政府が統制することは違う,という共通認識には至った(現実には前者ができてないのに後者をするというケースも存在するわけだが)。知る権利の抑圧は基本的人権を損なう。とはいえ,テレビなどが明らかに間違った情報を流して信じる人がでて実害があるのはまずいので,結局は市民がメディア・リテラシーを高めるしかないという話になると,保健や医療を学んでいる大学院生ならそれはできるけれども,一般市民ができるのか,という問題点が出て,それを保障することも政府の責任ではないか? という話になって決着はつかず(もちろん,そう簡単に一方が他方を論破できることは無いようなテーマを選んでいるのだが)。ディベート結果としては,「政府による情報統制は否」派が(僅差だったが)より多くの支持を得た。

北九州と東京で病院クラスターが報告された。接触感染,飛沫感染,マイクロ飛沫感染というリスクを避けることが難しい職場は病院や介護施設に限らず存在するので,これをゼロにすることは至難の業だと思う。人の交流を完全にゼロにはできない以上,クラスター感染以外の感染も散発することは避けられないので,手洗いや人と距離をとることや喋るときはマスクをすることとリモートワークを続けることで,それぞれのエピデミックを小規模で済ませることが重要。

トランプ大統領が人々が自由に発言する権利を守るためにSNS運営者の権限を制限するという大統領令に署名したというニュース。医療人類学の議論では,政府が情報統制しなくても,YouTubeやTwitterなどが自主的にフェイクニュースを削除しているから,政府がしなくても良い,という意見があったが,これは逆なのか? それとも,メディアの政府からの独立性を脅かすという意味で,これも一種の情報統制なのか? 

専門家会議資料の補論(2020年5月30日 - 当該鐵人三國誌

昨日の専門家会議の「新型コロナウイルス感染症対策の状況分析・提言」(令和2年5月29日)(膨大な資料で,読むだけでも大変だが,作るのは大変だっただろう)の「補論」で,「三密」を避けるクラスター発生回避が有効だったという自己評価が明示された。この自己評価は,某議員のtweet(今枝宗一郎議員のこれ)によると,当該議員が尾身先生に中間評価の提示を依頼し,その中で「さかのぼり」という言葉を使うよう求めたとのこと。retrospectiveは「後向き」と呼ぶのが普通なのに,なぜback tracingを思わせる「さかのぼり」という言葉を使うのか(ここでいうprospectiveもretrospectiveも両方contact tracingには違いないのに)不思議だったが,議員の指示だったか。まあ言葉の問題はさておき,3月3日に書いたことを漸く専門家会議自身が公式に明記したのは,いったん収束した(たぶん接触制限から予想されたよりも早く)ので,クラスター対策の有効性にある程度自信がもてたからだろう。ぼくは,もっと予防効果の重要性を強調した方が良いと思うが。

『せやねん』で,この夏は須磨海岸は海開きしないと言っている。市の須磨海水浴場のページは更新されていないが,ライフセーバーなどの体制を整えられないということで遊泳禁止は仕方ないか。散歩するには支障ないし,釣り人には逆に嬉しいかもしれないが。

COVID-19に感染したがん患者の死亡リスク(2020年6月1日 - 当該鐵人三國誌

学校クラスターが発生したら,都道府県全部ではなく,その学校で学級閉鎖または学校閉鎖をして,経路を追跡し,どうしてクラスターになってしまったのかを明らかにして予防することが重要と思う。

先日メールで返事するかなと書いた取材依頼だが,質問事項への答えは,既に2019-nCoVについてのメモとリンクのどこかに書いたことで満たせそうだったので,そのようにご返事したところ,ご了解頂けたようで良かった。

このtweetを見て,『スウェーデンの高齢者ケア戦略』探したが,絶版のようだ。まだ販売されている本だと,斉藤弥生『スウェーデンにみる高齢者介護の供給と編成』辺りかなあ。

愛知・岐阜県内 329 人の感染経路を可視化してみたは,Graphvizを使った感染経路の可視化方法の説明。PythonのGraphvizモジュールを使ったそうだ。

テレビは報じないが,持続化給付金の中抜き疑惑についての野党合同ヒアリングを見ると,電通とかパソナについて議員が質問し,官僚が言を左右にして答えない様子がはっきりわかる。

Lancet OncologyのYang K et al. "Clinical characteristics, outcomes, and risk factors for mortality in patients with cancer and COVID-19 in Hubei, China: a multicentre, retrospective, cohort study"(2020年5月29日)という原著論文は,後向きコホート研究でとった,COVID-19に感染したがん患者のデータから死亡のリスク因子を探っているようだ。多変量のロジスティック回帰分析の結果,死亡リスクを統計的に有意に上げていたのは,男性であることと,発症4週間以内に化学療法を受けたことで,それぞれ3.86倍と3.51倍であった(Table 5)

JAMAのViewpointで,Cohen IG, Gostin LO, Weitzner DJ. Digital Smartphone Tracking for COVID-19: Public Health and Civil Liberties in Tension. JAMA. Published online May 27, 2020. doi:10.1001/jama.2020.8570(2020年5月27日)はDigital Contact Tracingがもたらす公衆衛生と市民の自由の緊張関係を論じているようだ。AppleとGoogleのシステムは,オーストラリアスイスでは既に導入されているが,近々日本でも導入されるはずなので,ちゃんと議論して準備性を高めておくべき。

JAMAのチュートリアルのような記事で,Tolles J, Luong T. Modeling Epidemics With Compartmental Models. JAMA. Published online May 27, 2020. doi:10.1001/jama.2020.8420(2020年5月27日)はSIRモデルの基礎をわかりやすく説明してくれているように思う。

Journal of Population EconomicsのQiu Y et al. "Impacts of social and economic factors on the transmission of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in China"(2020年5月9日)という原著論文は後で読もう。

Nature Machine IntelligenceのYan L et al. "An interpretable mortality prediction model for COVID-19 patients"(2020年5月号)も後で読もう。

NEJMのCorrespondenceでKarim SSA "The South African Response to the Pandemic"(2020年5月29日)も後で読もう。

唾液サンプル使用認可(2020年6月2日 - 当該鐵人三國誌

厚労省が「発症から9日以内の者については唾液PCR検査を可能」とした。厚労科研のこの結果に基づく。発症後10日目からは唾液にはウイルスが出なくなる患者が多いらしいことと,発症直後だとLAMPアッセイは感度が低いらしいことが示唆されるデータ。ただ,Yale大学では対象者が自分で唾液を採取後,室温で5時間以内にラボに運んで検査し,鼻咽頭スワブとの一致度が高かったという話だったのと違って,この研究では凍結唾液検体を使っている。唾液の出し方と凍結までの時間は書かれていないが。

堀口逸子さんがFacebookに書かれていたが,マレーシア保健省が5月13日に,3Wを実行し3Cを避けるように訴えたという記事。在マレーシア日本大使館サイトに日本語訳が載っている。

LancetのChu DK et al. "Physical distancing, face masks, and eye protection to prevent person-to-person transmission of SARS-CoV-2 and COVID-19: a systematic review and meta-analysis"(2020年6月1日)は,伝播を防ぐための個人防護としての物理的距離確保,マスク,目の防護についてのシステマティックレビューとメタアナリシスというタイトル。交絡の影響を調整したオッズ比が,1メートル以内の距離に比べ1メートル以上の距離だと0.18(Cochranの方法とGRADEアプローチによるcertaintyは中程度),マスクを使うと0.15(centaintyは低い),目の防護は0.22(certaintyは低い)という結果。目新しくはないが,メタアナリシスでもこれらは有効なことが確認された。

可能性の問題としては(2020年6月3日 - 当該鐵人三國誌

プレプリントだが,Althouse BM et al. "Stochasticity and heterogeneity in the transmission dynamics of SARS-CoV-2"(2020年5月27日)と,大日さんのグループのKurita J et al. "Real time monitoring of COVID−19 outbreak using mobility trend data for Tokyo and Osaka, Japan"(2020年6月1日)は読まねば。前者は伝播の不均質性と確率性を扱っている。後者は東京と大阪の移動データを使ったアウトブレイクのリアルタイムモニタリングというタイトルだが,大日さんのグループから出てきたところに注目したい。交通データの扱いに困っていたり,超過死亡を取り上げたものの中身がわからず尻すぼみな報道をしたメディアは大日さんに取材したら良いと思う。元々経済出身だと記憶しているし,専門家会議も,変な指標を提案する経済学者を入れるよりは,感染研内部から大日さんを入れれば良かった。そうしないのは何か事情があるのかと思っていたが,論文を出しているのだから,専門家会議に呼んだって良いはずだよなあ。

まったくの可能性だけの話というか妄想だが,映画や予算が豊富にあるドラマならば,島を借り切って(理想的には最近までホテルなどが営業していて廃棄された無人島で,水源と電源があると良い),ロケ隊が入った後に完全に島外との人と物の移動を止め,まず2週間,出演者もスタッフも個室で隔離生活をし,配食をする人は完全に近い感染防御をし,さらにRT-PCRで1日以上おいて2回陰性を確認することで(一応の)検疫を済ませてから撮影するという手はあると思う(それに医療資源の一部を占有して良いのかという倫理的問題はあるにせよ)。撮影が長期化して物資が足りなくなったらヘリで空輸して貰って,荷物は消毒してから開梱するなど。しかし誰もやってなさそうなところを見ると,やはり非現実的なのだろう。

同じ発想でいけば,客も2週間の検疫後ならライブやプロスポーツ観戦をやっても良いことになるか。いやでも,無理だよなあ。

ヒドロキシクロロキン関連(2020年6月4日 - 当該鐵人三國誌

NEJMに,Boulware DR et al. "A Randomized Trial of Hydroxychloroquine as Postexposure Prophylaxis for Covid-19"(2020年6月3日)という原著論文が出た。曝露後の発症予防薬としてヒドロキシクロロキンをランダム割り付けした臨床試験の結果,統計的に有意な予防効果は認められなかったというもの。マラリアに対しては,クロロキンは毎週1錠飲んで血中濃度を保つことで予防薬として使えるから,同じような発想で,トランプ大統領はクロロキンを飲んでいると語っていたのだと思うが,そういう効果は期待できないようだ。

一方,WHOはヒドロキシクロロキンの臨床試験を再開するとアナウンスしたとのこと。たぶん5月23日に触れたLancetのこの論文取り下げられたことを受けてのことか(もっとも,当該論文にも,標準治療には使うべきでないがRCTは必要と書かれていたが)。Science Translational MedicineのCurrent Eventsという記事に書かれているように,元データの信頼性が怪しかったとのことらしい。多施設登録データの解析で,データの信頼性が怪しいというのは,掲載前に査読でチェックできなかったのかと思う人も多いと思うが,結果から明らかに捏造が疑われるなら査読者がわかる可能性はあるけれども,そうでなかったら,元データを入手した手続きがきちんと書かれていたら,そこまで疑った査読はしないのが普通だから,仕方ないのだろう。Surgesphereという同じデータ管理会社のデータを使ったNEJMの論文も取り下げられている(未読だが)。なお,Surgesphere社のサイトには,これらの取り下げの件は,まだ触れられていないようだ。こういう登録データの解析は,サンプルサイズは十分に確保できるが,こういうことがあると怖いよなあ。そんな金もないが,自分ではやりたくないタイプの解析。

ProNASの短報(2020年6月5日 - 当該鐵人三國誌

毎日新聞が会話1分,飛沫1000個(2020年6月5日夕刊,有料記事)として取り上げているProNASの論文とは,Stadnytskyi V et al. "The airborne lifetime of small speech droplets and their potential importance in SARS-CoV-2 transmission"(2020年5月4日に受理され,5月13日にオンライン版では発表されていて,6月2日に出版された短報)だろう。毎日新聞の見出しに該当する部分は"At an average viral load of 7,000,000 per milliliter (7), we estimate that 1 min of loud speaking generates at least 1,000 virion-containing droplet nuclei that remain airborne for more than 8 min."で,湿度27%,気温23℃の実験条件では,飛沫が2~3秒で乾燥し,粒径約4 μmの飛沫核となっても(感染力を失わずに? マイクロ飛沫もそうだが,そこは確認が難しいところだろう)8分以上空気中に漂っていたことを示している。

今夜23:00からNHKBS1で,山極さんや飯島さんが出演した『コロナ新時代への提言』の再放送があるのか。再来週月曜から水曜までの22:40-22:50は,やはりBS1で3人それぞれのスピンオフ番組があるそうだ。

生態学のメーリングリストで知ったが,日本環境ジャーナリストの会の2020年度6月勉強会『コロナ時代のSDGs 脱プラと再エネ』は興味深い。6月15日(月)の19:00-21:00のZoomウェビナーとのことなので,聴けるかも。

目に付いた文献(2020年6月8日 - 当該鐵人三國誌

Covid-19関連で目に付いた文献をリストだけしておく。なかなか読む暇がないのだが。

NEJMのPerspectiveで,Woloshin S et al. "False Negative Tests for SARS-CoV-2 Infection — Challenges and Implications"(2020年6月5日掲載)があった。

同じくNEJMのCorrespondenceで,Tu Y-P et al. "Swabs Collected by Patients or Health Care Workers for SARS-CoV-2 Testing"(2020年6月3日)があった。

Nature Communicationsの原著論文で,Chia PY et al. "Detection of air and surface contamination by SARS-CoV-2 in hospital rooms of infected patients"(2020年5月29日)があった。

JAMAのViewpointで,Pillemer K et al. "The Importance of Long-term Care Populations in Models of COVID-19"(2020年6月5日)があった。

LancetのCommentで,Nay O et al. "The WHO we want"(2020年6月5日)があった。タイトルはSDGsが作られたときのThe world we wantの捩りであろう。

同じくLancetのPerspectiveで,Curtice K, Choo E "Indigenous populations: left behind in the COVID-19 response"(2020年6月6日)があった。

マスクの効果のモデル論文(2020年6月12日 - 当該鐵人三國誌

Furuse Y, Sando E, Tsuchiya N, Miyahara R, Yasuda I, Ko YK, et al. Clusters of coronavirus disease in communities, Japan, January–April 2020. Emerg Infect Dis. 2020 Sep [cited on 12 June 2020]. https://doi.org/10.3201/eid2609.202272(2020年6月10日掲載)は,たぶんクラスター対策班の活動の一環で手分けして集めたデータを記述的に解析した結果と思われる,日本の2020年1月から4月までのクラスターデータの速報。東北大学から京都大学の白眉プロジェクトに採用されたウイルス学者,古瀬祐気さんが筆頭著者。

奥村先生のtweetで知ったが,Stutt ROJH et al. "A modelling framework to assess the likely effectiveness of facemasks in combination with ‘lock-down’ in managing the COVID-19 pandemic." Proc. Royal Soc. A(2020年6月10日)は,マスク着用の効果を評価しているモデルで,症状がなくても一般公衆が常にマスクをしていれば実効再生産数を1未満にできて感染拡大を緩和できるとabstractに書かれている。ざっと目を通した感じでは,マスク着用するかどうかは日々刻々と変わると思うので,シミュレーションするなら個人ベースで,その振り分けを二項乱数でやった方が良いと思うし(ぼくが長袖長ズボンの着用によるマラリア防御モデルでやったように),デフォルト値がmF=1,mA=0.5,mS=0.5,mD=0.5というのは非現実的で,ウイルスが付着したものを触った手で顔を触るのを防ぐわけだから,mF=0.1とかmF=0がデフォルトであるべきだし,普通の布マスクやサージカルマスクならば,着用している人の唾液飛沫が出て行くのを防ぐ効果の方が飛沫やマイクロ飛沫が入ってくるのを防ぐ効果よりずっと大きいはずだから,mDは0.5より大きく,mAやmSは0.5よりずっと小さくなると考えるのが自然ではないだろうか。コードが公開されている(MITライセンス,いくつかの依存パッケージはあるが,ピュアなRのコード2つからなる)ので,後で動かしてみよう。

紙媒体を買おうと思っているが,川端くんが5月中旬に西浦さんにインタビューした記事が中央公論7月号に掲載され,前編後編に分けて,期間限定でYahooのサイトで公開されている。オリンピックに関しては頷けない。そもそもIOCやJOCにとっては興行であってアスリートのことは二の次だから(そうでなかったら真夏の東京でやろうなんて発想が生まれるはずがない),無観客ではやらないだろう。無観客ではなく世界中から人が集まっても実施可能であるためには,本当に世界中でほぼ終息していなくてはいけないから,2021年夏では無理だろう。以前も書いたが,2022年夏以降になると,他の興行との関係で無理が出るから,やはりIOCや各種競技団体はやりたがらないだろう。その点,ちょっとナイーブな見方だと思う。

GLOBE+の長崎大学熱研の山本太郎さんへのインタビュー記事(2020年6月12日)は,さすが太郎さんという内容。

PLOS ONEにMuto K et al. "Japanese citizens' behavioral changes and preparedness against COVID-19: An online survey during the early phase of the pandemic"(2020年6月11日)が載っていると,川端君のFacebookで知った。Macromillというオンライン調査会社に登録されている120万人からリクルートした11342人の男女に対する横断的質問紙調査の結果。

公衆衛生学会の編集委員を一緒にやっていた時期があるので,3人とも以前から知っている,鈴木孝太先生,後藤あや先生,郡山千早先生のCOVID-19に関する(見た感じ,中心課題はヘルスリテラシーか)共同研究が後藤先生のサイトで公表されていた。鈴木先生は高校の同窓生だし,後藤先生はかつてJOICFPのベトナム母子保健プロジェクトに同時期に関わっていたことがあるのだが,こういう調査をしていたとはノーマークだった。

稲葉さんがFacebookに紹介されていて知ったが(ぼくはFacebookをチェックする頻度が低いので気づくのが随分遅れた),このブログ記事は確かに興味深い厚生経済学の話。

厚労省版スマホアプリ(2020年6月13日 - 当該鐵人三國誌

Facebookで橋本佳子さんがリンクしていて知ったが,厚生労働省から接触確認アプリについて(2020年6月12日付け)が出ていた。Engadget日本版にも紹介記事が出ているが,SingaporeのTraceTogetherは21日間保存だが,日本のアプリは14日間保存とのこと。専門家会議の説明にあったRetrospectiveにも使うなら21日間の方が良いはずだし,そちらで該当して無症状の人には抗体検査をすれば意味はあると思うが,厚労省はこのアプリの目的をProspectiveにだけ使うということなのか。ということは,Retrospectiveな方は保健所にさせ続けるつもりなのか? と思ったが,位置情報がないからRetrospectiveの方をアプリで検出しても,結局聞き取りが必要になるということかもしれない。個人的にはGPSとリンクしても抵抗感はないのだが,そこにはプライバシー権の高い壁があるということだろうか。

このソフトプリインストールのスマホを回線使用料もタダにして全国民に配ったら,感染対策だけではなく,情報格差が埋められるのではないだろうか。日本では,公園や市役所などの公共施設で,水が無料で飲める状況を提供しているのだから,将来,情報インフラとして無料でWiFiアクセスを提供するくらいのことはできないだろうか。機能を絞ったスマホならそこまで巨額な投資をしなくてもいけそうな気がするが。いやでもやっぱり無理な妄想かな。

LSEの17ヶ国調査(2020年6月14日 - 当該鐵人三國誌

日本国際保健医療学会の代議員メーリングリストに杉下先生が投稿されて知ったが,London School of Economics and Political Science (LSE)が,17ヶ国を対象に計画した,Covid-19が教育や職業にどういう影響を与えたかを調べるための,大学教職員と学生を対象にした(一般の人も参加可能)質問紙調査があって,日本では女子医大の杉下先生の講座が中心となって取りまとめられることになっていて,このページから回答できる。早速答えてみたところ,いくつか答えにくい設問と選択肢もあったが,随所に工夫は感じた。教員としてとくに知りたい結果は,学生と教職員でオンライン講義についての認識が合っているかどうかなので,欲を言えば,講義の種類(Active Learning中心か,知識の教授中心か)別の設問が欲しかったところ。

NZのCOVID-19 modelling and other commissioned reports。ちゃんとAotearoaが併記されているのが凄いな。

LMICへの抑え込み策と緩和策の影響(2020年6月15日 - 当該鐵人三國誌

ScienceのWalker PGT et al. "The impact of COVID-19 and strategies for mitigation and suppression in low- and middle-income countries" DOI: 10.1126/science.abc0035(2020年6月12日)は,たぶんインペリグループ第12報が低中所得国にフォーカスを絞って改稿してScienceにアクセプトされたものだろう。Supplemental Materialによると,モデルはGithubでRパッケージとして提供されていて,この論文の解析コードも,Githubで公開しているとのこと。

12日に触れたマスクのシミュレーションのコードをノートPCで実行させてみたが,遅くて話にならない。高速なデスクトップが必要か? あるいはRcppを使って書き換えるとかで高速化するか? 3.5.3以降更新されていないのだが,Microsoft R Openにしてみるとか?

NCGMが発表した論文リスト(2020年6月17日 - 当該鐵人三國誌

熱帯医学会のMLでお知らせがあったが,「新型コロナウイルス感染症(COVID-19)についてNCGMが発表した学術論文」として,NCGM職員が筆頭著者または責任著者である掲載済み論文の邦文要旨が掲載されている。

日本版の接触確認アプリCOCOA(2020年6月19日 - 当該鐵人三國誌

厚生労働省の説明によると,日本版の接触通知アプリ(厚労省は「接触確認アプリ(COntact-COnfirming Application; 略称COCOA)」と呼んでいる)が,今日の午後3時頃に提供開始されるとのことで,Google Play Storeを見ているのだが,15:30になってもまだ来ない。

5月9日に触れた通り,日本のアプリはGoogleとAppleのOSレベルで実装されているBluetoothでの近接時間を把握するAPIを利用し,位置情報は記録しないし,接触データを自動的にサーバに送るようなこともしないので,プライバシー権が守られている詳細な仕組みの説明によると,5月29日から準備が整ったところから順次運用が始まっているHER-SYSとの連携がカギ)。そのとき書いた通り,5月9日時点ではUKのNHSは独自アプリを開発し,githubにコード公開していたのだが,今日のGigazineの記事新型コロナ追跡アプリ開発についてイギリスが独自路線を捨てGoogle・AppleのAPI利用へ方針転換によると,試用の結果,認識精度が低かったので方針転換したらしい。

GigazineはCovid-19関連の世界のニュースをかなり幅広くカバーしていて,情報源へのリンクもついているのが便利で,ドイツ政府が新型コロナウイルス接触追跡アプリをリリース(2020年6月17日)によると,ドイツが6月16日にリリースしたアプリは,日本と同様のGoogleとAppleのAPIを使った,位置情報も個人情報も使わないものらしい(Corona-Warn-Appによると,githubで開発されているようだ)。

フランスは新型コロナ感染防止アプリ「StopCovid France」、配信が開始に(2020年6月3日)によると,独自開発アプリでサーバにデータを保存するそうだし(フランス語の情報しかないが政府の説明ページ),GoogleとAppleが共同開発した新型コロナ接触追跡APIはなぜアメリカで普及しないのか?(Gigazine,2020年6月15日)では,どの州もアプリ導入はまだらしい。

GoogleとAppleのAPIを使った接触通知アプリは,4月27日にCOVIDSafeをリリースしたオーストラリア(AFPBB,2020年4月27日)や(COVIDsafe),スイスのAppleとGoogleのAPI採用新型コロナ接触確認アプリのスイス版「SwissCovid」パイロット開始(IT media, 2020年5月26日)が早かったと思うが,漸くいろいろな国で本格導入が始まった感じだ。

23:30頃だったか,スマホでPlay Storeにアクセスし,「接触確認アプリ」で検索したら相変わらずダメだったが,COCOAで検索したらアプリが表示されてインストールできた。ぼくはスマホを英語モードで使っているので,terms of useとかagreementとかも全部英語で出てきた。これは留学生など,日本に住んでいても日本語を読めない人にとっては大変素晴らしいことだと思う。Githubで開発されていて,i18nなのだそうだ。

京大のCorona Chronicles(2020年6月20-21日 - 当該鐵人三國誌

ラオスのCOVID-19対策を検索してヒットした,京大のCorona Chronicles: Voices from the Fieldは世界各地のフィールドからの報告が載っていて興味深い。

厚労省からWHOへの報告数(2020年6月22-23日 - 当該鐵人三國誌

社人研のサイトに厚労省からWHOに報告されているCOVID-19感染者・死亡者数が掲載されることになったそうだ。

『濃厚接触?でも検査なし 感染者通知アプリ導入「何のため」』という東京新聞の記事に載っているフローチャートによると,症状がなく,身近に感染者や疑い例がいなければ,「体調の変化に気をつけてください」となっているが,台湾やNZのような終息を目指すなら,その場合は,様子見ではなく,他人と接触せず隔離生活を送れるようにすべき。そのインフラが整っていないのかもしれないが,整えるべき。接触追跡アプリで濃厚接触がわかったら検査しなくても自己隔離できるようにすることが制圧に有効なのは,5月1日に触れたImperial College of LondonからのReport 16で示されている(当該レポートは症状がある場合に隔離が有効と言っているが)。

地球環境との関係(2020年6月24日 - 当該鐵人三國誌

6月19日の専門家会議配付資料に,都道府県別のシナリオ予測が載っているが,コードとデータは公開していないのだろうか。

Block P et al. "Social network-based distancing strategies to flatten the COVID-19 curve in a post-lockdown world."(Nature Human Behavior, 2020年6月4日)は,ロックダウンで接触を平均的に減らすのだと社会経済的悪影響が大きいので,ネットワークトポロジーに注目してブランチが多いノードを集中的にネットワークから排除すると効果的に感染を減らせることをシミュレーションで示した論文。つまりは,クラスター対策班が当初から示した,クラスター発生予防の有効性が示されたといえる。直観的には自明だったが計算上も示された。これも,細かいところは違ってくるにしても,自由に使える時間と計算資源があったら自分でできたな,たぶん。誰がやろうが科学的知見の集積という意味では変わらないので,こういう研究をしてくれたのは有り難いが。

Britton P et al. "A mathematical model reveals the influence of population heterogeneity on herd immunity to SARS-CoV-2." DOI: 10.1126/science.abc6810(Science,2020年6月23日)は,以前西浦さんが触れていた,プレプリントサーバに載っていた論文がScienceにアクセプトされたのだな,きっと。不均質性を考慮すると,R0が2.5でも既感染者割合が80%でなく43%程度で集団免疫による収束が見込めるという論文。2月15日時点でMarc Lipsitch教授が指摘していたけれども,mixtureがノンランダムで不均質であることによる影響は,多くの人が思っている以上に大きいと思う。

Hodges K, Jackson J "Pandemics and the global environment" DOI: 10.1126/sciadv.abd1325(Science AdvancesのEditorial,2020年6月12日)は,Covid-19のパンデミックと地球環境の関係に注目したものだが,その関係では,Chakraborty I, Maity P "COVID-19 outbreak: Migration, effects on society, global environment and prevention."(Science of Total Environment,8月号,2020年4月22日掲載),Muhammad S et al. "COVID-19 pandemic and environmental pollution: A blessing in disguise?"(Science of Total Environment,8月号,2020年4月20日掲載),Bates AE et al. "COVID-19 pandemic and associated lockdown as a “Global Human Confinement Experiment” to investigate biodiversity conservation"(Biological Conservation,2020年6月10日掲載)も目を通すべきであろう。経済活動が抑制されることは,単純に考えたら地球環境保全にプラスに働きそうだが,再生可能エネルギー整備への投資が落ちるなど,さまざまな副次的影響を考えるべきであり,影響予測はそんなに簡単ではない。

Silverman JD et al. "Using influenza surveillance networks to estimate state-specific prevalence of SARS-CoV-2 in the United States" DOI: 10.1126/scitranslmed.abc1126(Science Translational Medicine,2020年6月22日掲載)は,USAのCovid-19の州別有病割合をインフルエンザサーベイランスネットワークを使って推定するという話のようだ。後で読もう。

岸田直樹先生がtweetされていた,NEJMのSpecial Report,Barnes M, Sax PE "Challenges of “Return to Work” in an Ongoing Pandemic."(2020年6月18日掲載)は,職場を再開し経済を回るために必要な,日常生活上の留意点,職場の分節化,出張についてのポリシー,検査戦略,モバイルアプリによる接触追跡,等をまとめたもののようだ。

専門家会議終了とは,今後のCovid-19対策は悪化必至。絶望しかない。発足当初から,専門家会議が力を発揮できるように政府を監視すべきと何度も書いてきたが,結局切られてしまった。政府と一体視して専門家会議を叩いていた人たちの言説は,政府の思う壺だったということ。

今日の保健学研究共通特講IV, VIIIは三重大学の谷村先生に地理情報データ解析と空間疫学について喋って頂いたのだが,Covid-19についての空間疫学は既にレビュー論文が出ていて,Franch-Pardo I et al. "Spatial analysis and GIS in the study of COVID-19. A review"(Science of the Total Environment,10月15日号,2020年6月8日掲載)。個別の論文では,早いものとしてはZhou C et al. "COVID-19: Challenges to GIS with Big Data"(Geography and Sustainability,2020年3月20日掲載)もあるし,最近だとOktorie O, Berd I "Spatial Model of COVID 19 Distribution Based on Differences an Climate Characteristics and Environment of According to the Earth Latitude."(Sumatra Journal of Disaster, Geography and Geography Education (SJDGGE) ,2020年6月2日掲載)など,いろいろ出ている。

神戸大学 with COVID-19シンポジウム(2020年6月26日 - 当該鐵人三國誌

神戸大学 With COVID-19シンポジウム「新型コロナと共存する社会を考える」という企画が教職員向けメーリングリストで流れてきたが,木曜開催では参加できないなあ(毎週木曜は9:00から20:00まで丸一日講義なので)。しかし,このテーマで声すら掛からないのは少し寂しい。

職場でのクラスター回避(2020年6月27-28日 - 当該鐵人三國誌

テレビをつけたらNスペに尾身先生と長崎大の山本太郎さんが出ていた。太郎さん,東京のスタジオまで行ったのか。司会はSARSの頃から感染症対策の取材を続けてきた虫明さんで,彼による人選だと思うが,太郎さんの,ウイルスとの闘いというより人々を守ることが大事なのだという主張は,レトリックではなく視点として重要。奥村先生のtweetで知ったが,今回のNスペはNHKプラスで配信されているようだ。NHKプラスを調べてわかったが,受信契約をしていれば,申請して登録するだけで,追加料金なしでオンデマンド視聴できるようだ。個人的にはクロ現プラスやNスペのような優良コンテンツは完全公開して欲しいところだが,非公開なよりは断然良い。早速登録手続きをした。

Gigazineが12日に触れたマスクのシミュレーション論文を記事にした。Githubに載っているRコードは実行してみただろうか?

人口動態統計速報(令和2年4月分)(2020年6月26日)が出ていた。4月の死亡数もほぼ前年並み。しかしこの速報では全然詳細がわからないので,早く,死因と都道府県別の情報が掲載される月報が見たい。何度も書いているが,人口動態統計は届け出によるregistryデータを集計するだけなので,速報の集計に2ヶ月,月報が出るまで半年というのは遅すぎる。早くオンライン化し,十分な予算を掛けて人員も公務員として張り付け,せめて翌月には月報レベルの集計結果が発表されるような体制にしてほしい。

サンデーモーニングで松本哲哉先生が再開された職場での感染は仕方ないと言っているが,クラスターが報告されている職場の中で,3月3日にWHOが出した"Getting your workplace ready for COVID-19"を遵守しているところがどれくらいあるのだろうか。三密を避けられる職場であれば,できることをきちんとやれば,クラスターにはならないと思うのだが。逆に,東京の現況を放置したら秋冬ではなく7月末から8月に大流行するリスクもあると思う。奇跡のようにうまく設置されたクラスター対策班を招集した専門家会議も政治家によって廃止されてしまったし,日本は政治家が無能すぎ,官僚が権力に従順すぎるので絶望的な気もする。希望は,多くの人々が自主的に正しく防御に配慮した行動を続けることと,HER-SYSとCOCOAがうまく動いて,濃厚接触者が自主隔離できるようなインフラが整うことだが……。

東京は検査を増やしていようが何だろうが,既に毎日50人以上の新規感染者が見つかっているのは事実。まだCOCOAは十分に機能していないわけだから,接触追跡は相当大変な状況にあるはず。選挙のために手洗いや社会距離確保や三密回避を蔑ろにしてはいけない。テレビのワイドショーなども普通にスタジオ撮影しているように見えるが,東京については緩めるのが早すぎるのではないか。

ちなみに,RのCOVID19パッケージを使って,日付別新規患者発生数をいくつかの国についてと都道府県について描かせてみると(コード),下図が描かれる。明らかにUSAも東京も増加傾向にある。

世界のいくつかの国についての新規患者発生数推移
いくつかの都道府県についての新規患者発生数推移

理論疫学モデルと経済モデルの融合(2020年6月29日 - 当該鐵人三國誌

奥村先生のtweetで,Nスペで紹介されていたドイツの研究が,この機関から発表されているこの論文であることがわかった。残念ながらドイツ語版しかないようだが。Google Scholarでは,現時点で2本の論文に引用されているが,これらはどれも抗体検査の必要性を訴えているようだ。続報を見るには著者グループのCovid-19 modelingプロジェクトページ (Research Gate上)をチェックしておけば良いか。

東京で100人以上の新規患者確認(2020年7月2日 - 当該鐵人三國誌

このところチェックできていなかったので,久々にインペリグループのサイトを見たら,7月1日付けでReport 29: The impact of the COVID-19 epidemic on all-cause attendances to emergency departments in two large London hospitals: an observational studyまで行っていた。

ついでに主要学術誌の未チェックだったものを拾っておく。まだ読めていないが。

Science AdvancesのEditorialで,Jeong H et al. "Continuous on-body sensing for the COVID-19 pandemic: Gaps and opportunities"(2020年7月1日)。

NEJMの原著論文でGeleris J et al. "Observational Study of Hydroxychloroquine in Hospitalized Patients with Covid-19"(2020年6月18日)もたぶんまだ拾ってなかった。

JAMAのEditorialでZylke JW, Bauchner H "Mortality and Morbidity: The Measure of a Pandemic"(2020年7月1日)。

関連でJAMAのResearch Letterで,Woolf SH et al. "Excess Deaths From COVID-19 and Other Causes, March-April 2020"(2020年7月1日)。

JAMA Internal Medicineの原著論文でWeinberger DM et al. "Estimation of Excess Deaths Associated With the COVID-19 Pandemic in the United States, March to May 2020"(2020年7月1日)。

Lancet Public Healthの原著論文でHewitt J et al. "The effect of frailty on survival in patients with COVID-19 (COPE): a multicentre, European, observational cohort study"(2020年6月30日)。

BMJのEditorialでReintjes R "Lessons in contact tracing from Germany"(2020年6月25日)。

今日のPublic Healthでは,産業保健の歴史とILO/WHOによる対策,Healthy Workplaceの条件,とくにPHEIC下でのEmergency Responderに対するガイドラインまで紹介し,Covid-19での医療施設などと,一般のWorkplaceがsafeでhealthyであるための条件について,最近たくさんのレポートが出ているので,自分で調べてみたら良いと思うと言っておいた。ILOがオンラインで公開している10分くらいの動画を見て貰った時間を除けば喋りっぱなしだったので疲れた。

東京で100人以上の新規患者確認(NHKニュース)。最近ずっと片対数グラフで直線的に増えていたし,そもそも1日2桁の患者が新規確認されている状態で行動制約を緩めたら感染拡大するに決まっているので(東京の盛り場の対策が他より悪いということではなく,感染者が多い状態のまま緩めたのが間違い),驚くことではない。不合理な都政がもたらした必然的帰結。酷い話だと思う。

NHKスペシャル『人体vsウイルス』(2020年7月4日 - 当該鐵人三國誌

新型コロナの感染者、完治後に抗体が急減(Science Portal China,2020年6月23日)の元論文は,Long Q-X et al. "Clinical and immunological assessment of asymptomatic SARS-CoV-2 infections."(Nature MedicineのLetter,2020年6月18日)。無症状感染者37人が対象である点に注意が必要。しかし(新型ではない)コロナウイルスへの中和抗体が数ヶ月で減少するという話は以前からあるので,症状がある人でもワクチンで誘導しても同じように数ヶ月しか抗体価がもたない可能性はある。もしそうだとすると,インフルエンザのワクチンを毎年秋に打たねばならないのと同じような感じで,仮にCovid-19のワクチンが開発されても,毎年打たねばならないかもしれない。そうなると,世界中をカバーし続けることは不可能と思われる。つまり,ワクチンができても,それだけでは根絶できない可能性が高い。長期的な目標として,ワクチンの開発と治療薬の開発(あるいは発見)は両方必要。

自動殺菌機能を搭載した曇らない透明マスクが誕生、FDA認証済み(アメリカ)という記事,Leafというベンチャービジネスの製品なのだが,殺菌に使っているというUV-Cの波長が222nmなのかどうか書かれていない。Care222だったらそう書いてくれれば良いのに,ただUV-Cというだけでは生体への安全性がわからない。Indiegogoでクラウドファンディングしていて,UV-C無しのモデルが約5000円,UV-Cありのモデルが約1万円。N99と書かれているが,ウイルスの侵入を阻む能力があって息苦しくなくて,使い捨てでないなら5000円は高くないかもしれない。

Tweetしたが,チェコの人々は何を考えてこんな暴挙に及んだのか理解不能。

今夜19:30からのNスペ『人体vsウイルス』は録画予約した。

Nスペは顕微鏡映像が凄い。東大医科研の佐藤准教授のグループが明らかにしたという話はプレプリントサーバに載っているこれと思われる。ハンブルグでCovid-19で亡くなった方を死後解剖したら肺血栓塞栓症になっている方が多かったという話は,Wichmann D et al. "Autopsy Findings and Venous Thromboembolism in Patients With COVID-19: A Prospective Cohort Study"と思われる。抗体を使うという話をしているカルテクのPamela Bjorkman教授のグループによる,149人の中和抗体を測ったという論文はRobbiani DF et al. "Convergent antibody responses to SARS-CoV-2 in convalescent individuals."(Nature,2020年6月18日)と思われる。突然昔から知っている徳永先生が登場して驚いた。まあHLAの話になれば当然か。で,Bjorkman教授のグループが作ろうとしているのは,一種の抗体医薬品で,確かにそれが上手く行けば,B細胞が長期持続的に中和抗体を作ってくれなくても望みはある。

対コロナ政策データベースCoronaNet(2020年7月7日 - 当該鐵人三國誌

富岳のシミュレーション結果については,この資料を使った報告会動画が出ている。パンデミック現象および対策のシミュレーション解析という資料も同日発表されているが,現時点ではあまり実証的でないように思われる。

Covid-19関係の学術研究はほとんどオープンアクセスだが,Deng W et al. "Primary exposure to SARS-CoV-2 protects against reinfection in rhesus macaques."(Science,2020年7月2日)はオープンでない。ただし,プレプリントサーバにある同じ研究グループのBao L et al. "Lack of Reinfection in Rhesus Macaques Infected with SARS-CoV-2."と結論が同じように思われるので,筆頭著者が交替して書き直されたものかもしれない。アカゲザルの場合,一度SARS-CoV-2に感染すると中和抗体ができて再感染しないという主張。

ScienceへのLetter,You S et al. "COVID-19's unsustainable waste management"(2020年6月26日)は,医療施設における感染防御や一般家庭における行動制限下での生活の結果,医療ゴミも家庭ゴミも増え続けており,ゴミ処理能力は低下しているので,このままではゴミ処理が持続不可能になってしまうという内容。UKの農村部では適正に処理されないゴミが300%増のところもあるとのこと。医療施設の近くに移動式のゴミ処理システムを導入すべきだし,回収やリサイクルについて各国は緊急に持続可能なシステムのデザインと解析を進めるべきと提言している。

Nature Human Behaviorの資料,Cheng, C., Barceló, J., Hartnett, A.S. et al. COVID-19 Government Response Event Dataset (CoronaNet v.1.0). Nat Hum Behav (2020). https://doi.org/10.1038/s41562-020-0909-7(2020年6月23日)は,195ヶ国の13000以上の対Covid-19政策を手作業で分類してデータベースとして公開し,毎日更新している(内容妥当性チェックのため5日の遅れがあるが)というもの。彼らが作ったデータベースはCoronaNetで公開されていて,分析に使ったコードは,Githubで公開されている(RとJavaで書かれているようだ)。大変有用な試み。

Flaxman, S., Mishra, S., Gandy, A. et al. Estimating the effects of non-pharmaceutical interventions on COVID-19 in Europe. Nature (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2405-7(2020年6月8日)は,たぶん,3月31日に触れたインペリグループ第13報がNatureにアクセプトされたもの。

López, L., Rodó, X. The end of social confinement and COVID-19 re-emergence risk. Nat Hum Behav (2020). https://doi.org/10.1038/s41562-020-0908-8(2020年6月22日)は,社会的距離の維持と個人防御を続けないと,ロックダウンを止めたら流行が再燃することをモデルで示している。

Lancetの原著論文Pollán M et al. "Prevalence of SARS-CoV-2 in Spain (ENE-COVID): a nationwide, population-based seroepidemiological study"(2020年7月6日)は,Summaryに目を通したところ,スペインで,municipal roll(たぶん住民基本台帳のような名簿)から2段階ランダムサンプリングした35883世帯を対象に行われた血清抗体検査と症状やリスク因子についての質問紙調査で得られたデータを分析したもの。抗体陽性割合に有意な性差や年齢差はなく,おおまかにいえば(判定基準によって若干異なるが)5%前後だったということと,抗体検査の14日以上前にPCR陽性だった195人の抗体陽性割合は概ね9割だったことと,嗅覚障害または少なくとも3つの症状を経験していた7273人の抗体陽性割合は2割弱だったこと,抗体陽性の人の約1/3は無症状だったこと,が示されている。ちゃんと読むべきだろう。

BMJのレビュー論文,Bastos ML et al. "Diagnostic accuracy of serological tests for covid-19: systematic review and meta-analysis."(2020年7月1日)は,Covid-19の血清学的な検査の診断の正確さについてのシステマティックレビューとメタアナリシスをしている。結論として,現在Point-Of-Care(POC)で使われている血清検査(イムノクロマトによる迅速抗体検査のこと)を使い続けることは支持する証拠はない,と述べている。確かにこの特異度では,蔓延してからでないとあまり意味が無いだろう。もっとも,上述のスペインの研究では,POC検査結果とラボで実施したELISAなどの抗体検査結果で陽性割合には大差なかったことが示されているようなので,陽性割合が5%くらいあればPOC検査でも良いのかもしれないが。

BMJのニュース記事,Dyer O "Covid-19: No large hidden outbreak in Africa but health worker shortage worsens"(2020年7月3日)は,タイトル通り,アフリカで懸念されている,隠れた大流行が起こっているということはないけれども,保健医療従事者の不足は悪化している,と主張している。

見逃していたが,Nスペプラスの命をどう守る? 新型コロナと水害危機(2020年6月24日)は重要。実際に九州が豪雨と水害に襲われている現在,分散避難は間に合わなかったかもしれないが,避難所のゾーニングや換気は実践できると思う。

BMJの専門職者向けのリスコミ実践ガイドGray NA, Back AL "Covid-19 communication aids."(2020年6月11日)は,COVID-Ready Communication Playbook "VITALtalk"というテキストを紹介していて,これには日本語版も含まれている。メディアの人も読むべき。

緩和は早すぎ(2020年7月9-10日 - 当該鐵人三國誌

3月にやっていたレベルの行動変容(ただし,小中学校の全国休校のような不合理な制約は含まない)を1年以上続けることが重要。今は緩めすぎ。居酒屋で対面で飲むとかいったレベルで緩めるには,NZや台湾のように,国内での新規感染がゼロという状態が2週間続いた後で,流行地からの慎重な入国制限をしながらでなくてはいけない。たぶん日本は慎重な入国制限などしないだろうから,3月にやっていたレベルの行動変容はずっと続けないと。そうしなければ,まず間違いなく感染爆発になる。たんに感染者が少ないから死者が少なかっただけなのに,未知のファクターで守られているなんて信じない方が良い。

明日から全国一律イベント制限緩和というのは暴挙。22日からGoToキャンペーン開始というのも信じがたい。一度打ち出した流れは止められないのだろうか。大事なことはCOCOAの登録率を上げ,それまでは保健所の方の手作業で網羅的に接触追跡して,HER-SYSも早いところ稼働させて,データの集計と発表を一元化して迅速に報告することと,検査なしでも濃厚接触者は個別に隔離生活ができるような体制を整えることで,それによって新規感染者を抑えることができれば順次イベント制限を緩和しても感染爆発にならないと思うが,順番を間違えている。

東京都医師会の会見,室内で会話をするときはマスクをすべきと説明しているのに,なぜか待機中はマスクをしていて,説明をするときだけマスクを外すという,意味不明な行動をしている。喋るところは透明アクリル板があるのでマスクを外しているというのかもしれないが,黙って座っている間もマスクをしている意味はないだろう。喋り終わってからマスクをするという行動は誤ったメッセージを伝えるので止めて欲しい。あと,相変わらず若い人にとってはインフルエンザより重症化しにくいという誤った情報をいうのは止めて欲しい。

JCS2020の西浦さんと山中先生の対談(7月13日朝9:00まで動画視聴可能)。クラスターの規模が違うという話は興味深い。ぼくは生活習慣や対人距離の文化的な違いで東アジア・東南アジアはクラスター以外のRが低いのではないかと以前から書いているが,クラスターの規模は考えなかった。BCG仮説は当初南米に流行が到達していなかったためのアーテファクトらしい。河岡先生が言われたという,急性ウイルス感染症では中和抗体が減衰するのが普通という話もさることながら,だいぶ気を遣った表現になっていたが,東京がこのままでは感染制御不能になることはたぶん間違いなさそう。感染を隠さず対策できるような環境作りが必須という話だったが,それはその通りだろう。質疑の最後の方で西浦さんが語っているように,USAが集団免疫路線に転換しないとは限らないという危惧は確かにあって,そうなると世界が壊れてしまうかもしれないので,全然楽観はできない。野球で言うと2回表のコロナウイルス攻撃中という比喩はわかりやすいと思った。

この数日話題になっている,経気感染(と訳したい,airborne infection:なぜなら,日本ではこれまで空気感染というのは飛沫核感染を指す言葉だったし,airborne infectionには飛沫感染もマイクロ飛沫感染も含まれる,vector-borneとかfecal-oralと対比される感染経路を示す言葉なので)に今こそ対処すべき時,と239人の科学者が共同アピールしたという文章は,Morawska L, Milton DK "It is Time to Address Airborne Transmission of COVID-19." Clinical Infectious Diseases(2020年7月6日)で,署名した科学者の一覧もSupplementとしてリンクされている。

UKはLeicesterという都市で2位の都市の3倍の患者発生が見られていることから,その都市だけのロックダウンをするというBMJのニュース,Mahase E "Covid-19: How does local lockdown work, and is it effective?"(2020年7月3日)。

BMJ Opinionというブログ記事Shahid HJ, Waqar S "Covid-19 and ethnic minority communities—we need better data to protect marginalised groups"(2020年7月7日)は後で読んでおきたい。

Lancet MicrobeのSchlottau K et al. "SARS-CoV-2 in fruit bats, ferrets, pigs, and chickens: an experimental transmission study"(2020年7月7日)は,タイトル通り,SARS-CoV-2をフルーツコウモリとフェレットと豚と鶏に感染実験してみたところ,豚と鶏には感染せず,フルーツコウモリにはよく感染したのでリザーバーホストである可能性があり,フェレットに感染させたときのウイルスの増加は無症状感染しているヒトでの状態に似ていたので,今後ワクチンや抗ウイルス薬を試す実験動物としてはフェレットが適していると主張している。

STSからの数理モデル研究へのアプローチ(2020年7月13日 - 当該鐵人三國誌

JCS2020の西浦さんと山中先生の対談は今日9:00までの公開とされていたが,10月30日まで公開継続されることになった。見逃した方は是非。

昼飯を食べながら「ひるおび」というテレビ番組を流していたら,東京都医師会長と神奈川県知事が出ていた。東京都医師会はこの誤った見解を含むパンフレットについて,早く見え消しで修正すべきだし,神奈川県が導入するスマートアンプ法によるPCR検査装置については,各医療機関に配備して,まず医療従事者を唾液で良いから頻回に検査するのに使ったら良いと思うが(感染ハイリスクだし,従事者ゼロにできないし,感染したらなるべく早く隔離することの感染拡大防止効果は大きいから),陽性者が見つかった場合の接触追跡がこれまで通りなされるかが不安。COCOAとHER-SYSがフル稼働する前に検査だけ簡単にできるようにして満足してしまうとまずいのだが,そこを誰も突っ込まないのだよな。劇場クラスタは,マイク無しで声が届く空間で30分も密閉していたら換気が足りないのは明確だし,有症状キャストの抗体検査陰性を感染していないという判断に使うという明確な間違いを犯しているので,ガイドラインがダメだったということではないか。GoTo絡みでは陰性証明がされたら移動を許せという暴論を語るキャスターと政治ゴロに対して東京都医師会長が迎合的な発言をしていたが,7割程度の感度では陰性証明は意味ないだろ。tweetしたけれども,GoToトラベルについては国の判断がおかしいのであって,必要な移動制限は差別ではない。移動を許しながら感染拡大を防ぐには検疫しかないだろう。国際的には,新規感染者ゼロにした国は,入国者を2週間検疫隔離するのだから,国内でも同じ。こういうワイドショーばかり見ていたら,一般の人の判断も狂うよなあ。

日比野愛子「感染症モデルと社会 ――STS(科学技術社会論)への誘い」(2020年7月2日からの毎週連載っぽい)。STS研究が数理モデル研究を客体化する客観的な研究対象にするのは,health economicsが医療を客体化する客観的な研究対象にするのと同様か(注:当初勝手に転用というか誤用していましたが,Twitterでご指摘頂いて調べたら客体化はobjectificationでOAEDでもpeopleをobjectとして扱うという意味が明記されていました)。視点として面白いと思うし,台湾で聞いたという話は概ね間違っていないと思うが,公開されてから10日も経つのにまだ誤変換が直っていない(「実効再生産数」であるべきところ,「実行再生産数」となっている)し,2015年から2018年に数理モデルの政策活用についてインタビューしようと考えて日本ではインタビュー協力者を探すのに苦労して台湾に向かった(大意)と書かれているが,瀬名秀明さんは2009年のパンデミックインフルエンザ後に西浦さんと稲葉さんにインタビューして『インフルエンザ21世紀』という素晴らしい著作にまとめているし,西浦さんがリーダーとなって,最初厚労科研への応募だったと思うが,その後AMEDに入った研究班感染症対策における政策判断のための数理モデル研究基盤の構築と発展は2015年は始まっていたので,調査が足りなかったのではないかと思わざるをえない。あと,取材先の台湾の研究室ではやっていなかったのかもしれないが,デング熱のシミュレーション研究はCIMSiM/DENSiMとかSkeeter Busterとか多々あるし,その理由が蚊媒介だからというような説明がされて納得してしまっているのも甘い。感染症数理モデルがマラリアで大いに発展してきたことを考えれば,違う理由を掘り下げられるはず。惜しい。

三大感染症への影響(2020年7月15日 - 当該鐵人三國誌

東京の劇場クラスタ,直接問い合わせた方のnoteの記事に書かれている保健所の回答が意味するのは、換気が不十分だったので劇場内にいた人全員に感染した可能性があるということだろう。それにしても全国で新規患者数が増えてきたのに,「予定通りに」行動制約を緩めていくというのは,順応的制御の視点から見るときわめて不合理。

Lancet Global Healthの論文で,Hogan AB et al. "Potential impact of the COVID-19 pandemic on HIV, tuberculosis, and malaria in low-income and middle-income countries: a modelling study"(2020年7月13日)は,数理モデルを使って,低中所得国でのCovid-19流行が,HIV,結核,マラリアという三大感染症による死亡を今後5年にどれくらい増やすのかを予測している。後でちゃんと読もう。

Lancet Infectious Diseasesの論文で,Meredith LW et al. "Rapid implementation of SARS-CoV-2 sequencing to investigate cases of health-care associated COVID-19: a prospective genomic surveillance study"(2020年7月14日)は,Summaryによると,著者らの病院と東イングランドの病院からランダムに選んだPCR検査陽性患者から臨床データを得ると同時に採取したSARS-CoV-2について24時間以内にゲノムシーケンスを行い,疫学データとゲノムデータを合わせて解析することで,どういうヘルスケアで感染が起こるのか,どういう介入が有効なのかを調べたものらしい。後で読もう。

タイミングが間違っている(2020年7月17日 - 当該鐵人三國誌

東京発着を対象外にして始めるというGoToトラベルだが,伊豆諸島とか小笠原諸島が東京であるために対象外になる不合理性を別としても,もはや東京発着の移動量を減らすだけでは感染拡大は防げないだろうし,これだけ全国で感染者が出ている状況で観光旅行を増やしたら接触は増えるから始めるべきではない。昨日だったかtweetしたが,観光地などで経営が逼迫している人たちに直接補助を出せば良いので,税金を使って感染拡大させてはいけない。観光復興はNZや台湾のように新規感染者ゼロが2週間続いてからやれば良いし,そもそもGoToトラベルを含むGoToキャンペーンって,提案されたときは感染終息後の経済対策という話ではなかったか?

Natureの論文,Hao X et al. "Reconstruction of the full transmission dynamics of COVID-19 in Wuhan"(2020年7月16日)は,かなりのNPIs(薬剤によらない介入)実施によって地域封じ込めに成功した武漢の事例を振り返るという視点で,1月1日から3月8日までに武漢で確定診断がついた32583全症例のデータに基づいて,発症前の感染性,確定診断が付く割合や伝播速度や人口移動の経時的変化を考慮した数理モデルを用い,この期間に武漢で起こっていた感染の全体像を再構築することを目的とした。要旨ではこの感染の重要な特徴はhigh convertnessとhigh transmissibilityであると言っていて,その後を読むと,3月8日までの感染の87%(推定下限53%)は確定診断がついておらず,そのときのR0は3.54(95%信用区間は3.40-3.67)でSARSやMERSより高かったが,長期間にわたって複数のNPIsを組み合わせた対策を行った結果,3月8日までにRは0.28(95%信用区間は0.23-0.33)まで低下し,新規確定患者数ゼロが2週間続いた後ですべての対策を止めた場合の再流行確率は0.32(確定診断がついていない感染が87%の場合)から0.06(53%の場合)と予測されている。

経済活動をちゃんと再開したかったら,順次緩めるのではなく,このようにきちんと封じ込めるまで対策を続けるべきで,それで生活がもたない人や業種に対しては,直接給付によって生活を支えるのが政府の役割であるべきだろう。GoToキャンペーンは旅行代理店や広告業界を潤すことになるから,それに依存しているメディアでも利害関係者が多すぎて批判されにくい面があるのだろうし,アドヴァイザリーボードも愚策Aともっと酷い愚策Bの2択でAを選んだという話ではあるのだろうが,機能していないなあ。前専門家会議が勝手に廃止された時に読めていたことだが。

もし緩やかに経済を回しながら2年間耐えるつもりで東京の感染が収束していない段階で行動制約を解除したのならば,昨日の麻生派の会合みたいな大規模なmixtureとか,既に多くの店で普通に見られる対面での飲食は,感染が終息するまでは許可すべきではない。なし崩し的に東京も緊急事態宣言が解除されたことからすると,日本の政府はNZや台湾のような終息あるいは排除を目指していないのだと考えられ,そうだとすると3月のレベルまでしか行動制約を緩めることはできない(小中学校は開校できると思うし,野球やサッカーの観戦も今のやり方ならリスクはそんなに高くないと思うが)。

COCOAの普及とHER-SYSの稼働が遅れている現在,積極的疫学調査は相変わらず保健所職員が人力で行うしかないわけだが,厚労省が公衆衛生学会や疫学会を通して,担当職員を臨時雇用するための予備登録受け付けを始めた。感染研の新型コロナウイルス感染症患者に対する積極的疫学調査実施要領や,公衆衛生学会の保健師のための積極的疫学調査ガイド[新型コロナウイルス感染症]のように参考資料も公開されているが,Wordで公開されている取組概要説明によると,専門職者対象なようだ。

Lancet Public Healthの論文で,Kretzschmar ME et al. "Impact of delays on effectiveness of contact tracing strategies for COVID-19: a modelling study"(2020年7月16日)は,感染者が減り始めた国ではロックダウンが緩められつつあるが,対人距離確保が継続されても,流行を制御するためには他の方法も必要で,とくにスマホアプリを使った接触追跡が重要で,接触追跡が成功するためには何が鍵かを明らかにすることを目的として,感染から発症までの時間遅れと,発症から検査と隔離までの時間遅れ(検査遅延)を明示的に取り入れた確率論的数理モデルを使い,接触追跡戦略の各段階での即時性と捕捉の完全性の効果を評価したというもの。検査遅延・追跡遅延が0日で捕捉100%という理想的な場合に,伝播の40%が発症前に起こっていると仮定し,実効再生産数が1.2であれば,接触追跡によって0.8に低下すること,検査割合と追跡捕捉率が80%でもその効果は同様であること,実効再生産数を1未満に保つためには,検査遅れが1日あるときには,追跡遅れは最大1日,追跡漏れは最大20%以下でなくてはいけないこと,検査遅れが3日以上あると,他のパラメータが理想的な値でも実効再生産数が1未満にならないこと,たとえインストール割合が20%であってもスマホアプリによる接触追跡が追加されれば,人力の接触追跡だけの場合に比べて実効再生産数の低下が大きいことなどが示されている。シミュレーションなのだが,コードはMathematicaで書かれていて,Githubに公開されている。最近だとMathematicaは珍しい気がする。なお,検査遅延によるRの増加を防ぐためには,もう1歩進めて濃厚接触が判明した時点で検査なしで自己隔離可能にする方がさらに効率良いはずだが,少なくとも要旨にはその考察は書かれていない。

感染症対策のためには,移動制限など私権の制約を要する場合があるというのは,別に目新しい話ではなく,検疫法や感染症法で法制化もされているし,長い議論の末に到達した公衆衛生的合意。WHOも倫理的考察をまとめた文書(2016年)を出している。

完成度は不十分というか記述の詰めが甘いが,rev3をアップロードした。

机上の空論(2020年7月18日 - 当該鐵人三國誌

今夜のBS1の瀬名さんが司会をする「ウイルスVS人類4 新型コロナ 免疫の謎に迫る」は録画予約した。2009年のパンデミックインフルエンザ後に書かれた『インフルエンザ21世紀』でも思ったが,瀬名さんは取材先を正しく選ぶ嗅覚が凄いと思う。

3倍になる論はどれだけ需要喚起されるかわからないのだから机上の空論ではないか? 一見尤もらしいが不確実すぎる。もし,観光地の人々を当面救うために1.7兆円でなく5.1兆円が必要ならば(いくら必要かという試算はされているのだろうか?),それを予算化して直接給付すべきだろう。旅行代理店業界も救って経済を回したいなら,バーチャル観光に補助金を出すとか,ネットインフラを公費で拡充してオンラインサービスに金を使いやすくするとか,感染拡大リスクを上げない方法はいくらでもあるはず。感染拡大リスクを上げない観光旅行なんて普通の人には不可能だと思う。

Research Letterという枠だが,Carfi A et al. "Persistent Symptoms in Patients After Acute COVID-19"(JAMA,2020年7月9日)はCOVID-19治癒後の後遺症についての調査結果。

Lancet Global Healthの原著論文で,Abbas K et al. "Routine childhood immunisation during the COVID-19 pandemic in Africa: a benefit–risk analysis of health benefits versus excess risk of SARS-CoV-2 infection"(2020年7月17日)が出ていた。アフリカでCOVID-19対策のためのさまざまな行動制約によって定期予防接種が中断されたり延期されたりしていることが,子供の健康に与える影響の損益分析をしている論文と思われる。

一般雑誌記事なので無視したいところだが,尻馬に乗って勘違いしたバッシングがされるのは害悪だと思うので書いておく。東洋経済に載っている7段階説。提唱されている仮説は,可能性として絶対にありえないわけではないが,世界中でこれまでCovid-19について得られたデータや検査や仮説を全部ひっくり返してしまう突拍子のないもので,エビデンスもなく(「ファクトに基づいて」いない)単なる仮説。仮説自体とは別に,記事はいくつか酷い間違いをしている。第一に,記事冒頭の西浦さん批判はそもそも藁人形論法で,死者何十万人という予測が外れたと主張しているのだけれど,元々それは「何も対策しなかった場合」に起こる死者数なので,対策したら違う結果になるのは当然であり,「予測が外れた」のではない。西浦さんだけでなく世界中の研究者や政府が同様な計算値を出しており,無闇に理論疫学への不信を煽るだけなので,この点は大きな害悪であり,修正を求めたい。第二に,日本を含め,どの国でも,感染した場合の年齢別重症化率や感染致命リスク(IFR)は,人工呼吸器やECMOによる救命措置ができている限り大差ない。死亡率(人口当たりの死亡数)が低い国では感染者が少ないだけと考えるのが最も自然で仮定を要しない解釈なので,見る数字が不適切。かつ,日本の致命割合(CFR)は国際的に見て低くない。今月は感染者増加に対して死者が増えていないと報じられているが,検査拡大によって相対的に軽症の人が多く検出されていること,(それと関係するが)感染者の年齢層が相対的に低いことと,死亡転帰を辿る場合,感染から死亡まで20日程度は掛かるという時間遅れと,おそらく経験的に重症化を防ぐことに寄与するような臨床的手法(ただし,確実ではないしエビデンスといえるほどではない)がわかってきているのかもしれない(CFRが異様に低いのはシンガポールで,もしかしたらシンガポールについては何か特別な事情があるかもしれないが)。違っているのは,感染者のうちどういう人がどれくらい確定診断されているかで,軽症や無症状の人(若い人が多い)の感染を見逃さずに検出できる確率が上がれば,当然,致命割合は低くなる。第三に,『私の研究チームはこの現象を、新型コロナは毒性が弱いため、生体が抗体を出すほどの外敵ではなく自然免疫での処理で十分と判断しているのではないかと解釈し、「なかなか獲得免疫が動き出さないが、その間に自然免疫が新型コロナを処理してしまい、治ってしまうことが多い」という仮説を立てた。』と,新しい仮説を立てたかのように主張しているが,感染しても重症化しない(感染者の8割くらいの)人は肺に行かずに上気道にとどまり,多くは自然治癒するのだろうという話を,1月28日のクローズアップ現代プラスの最後の方で田代先生がされていて,新しい仮説ではない。第四に,その自然治癒する割合が8割ではなく,ほぼすべての感染について気づかず抗体もできず自然治癒すると仮定し,7段階と数字を提案した点が目新しい仮説なのだと思うが,さすがにそれは無理なのではないか。日本人の3割が既に曝露という仮定はいろいろな知見と矛盾するので(例えば,もしそんなに蔓延しているなら検査対象を広げてRT-PCRをした場合,症状がなくてもRT-PCRなら7割くらいは検出できるはずだから,陽性率が低くてはおかしい),普通に考えたら荒唐無稽。

WHOのインフォグラフィクスと動画(2020年7月19日 - 当該鐵人三國誌

今日突然メディアが取り上げてトレンド入りした3Csの件のソースはこのページの下の方だな。WHO-WPROから動画も出てる。今月に入ってからはPAHOも出している

榎木英介さんのtweetでOUTBREAKという海外ドラマを知った。新型コロナウイルスを題材にして昨年既にできていたのは凄いと思うが,Amazon Prime Videoで1話を見始めて,あまりに迂闊な人ばかり出てくるのについていけず見るのを止めてしまった。

Irwin, R.E. Misinformation and de-contextualization: international media reporting on Sweden and COVID-19. Global Health 16, 62 (2020). https://doi.org/10.1186/s12992-020-00588-x(2020年7月13日)は,スウェーデンのcovid-19対策が国際的に誤って報道されているという趣旨。要旨によると,パンデミックが始まった頃,他国と同様にスウェーデンでも感染拡大緩和策はとったが,ロックダウンなどの強制的な方法ではなく段階的に国民の協力を求めたものだった点が他国と違っていたということと,スウェーデンについて6つの言説(生活は普通/集団免疫戦略をとっている/専門家のアドバイスに従っていない/WHOの推奨に従っていない/失敗している/国民が政府を信頼している)が国際的に広まったが,一部事実に基づいているものの不正確だったとのこと。

最近の論文いくつか(2020年7月20日 - 当該鐵人三國誌

今度の週末のオンライン講演のため,これまで作ってきたスライドは分割してもう少し丁寧に書き,医薬品とワクチンの現状レビューも加えようかと思う。が,諸事情により謝金をもらってしまう講演なので(なるべくそういう仕事は受けたくないのだが,断りにくかった),公開はできないようだ。

昨日IrwinのDebate論文に触れたが,6月にはBMJでもHabib H "Has Sweden’s controversial covid-19 strategy been successful?"(2020年6月12日,フリージャーナリストによる記事。1週間後にスウェーデンの学校閉鎖は16歳以下ではなく16歳以上だったという訂正記事が出ているが,オンラインでは修正済み)のように,スウェーデンの対策について疑問視する記事が載っていたし,最近でもスウェーデンを批判する記事は多いが,新規確定感染者報告数は日本より低いし,たぶんいろいろ誤解がありそうな気がする。

Islam N et al. "Physical distancing interventions and incidence of coronavirus disease 2019: natural experiment in 149 countries"(BMJ,2020年7月15日)は,149ヶ国での物理的距離とCOVID-19の罹患率というタイトル。149の国と地域で物理的距離戦略導入前後の罹患率(この場合は人口×観察期間当たりの確定感染者報告数であって,厳密に言えば罹患率ではないと思うが)から罹患率比を出すと,0.87(95%信頼区間0.85-0.89)であり,有意に低下したが,そこに公共交通機関停止を追加しても罹患率低下に付加的な効果は無く,11ヶ国からのデータによると,学校閉鎖,職場閉鎖,大規模集会の制限なども,同じく付加的な効果は無かった,としている。

The RECOVERY Collaborative Group "Dexamethasone in Hospitalized Patients with Covid-19: Preliminary Report"(NEJM,2020年7月17日)は,Covid-19の入院患者にオープンラベルでランダム割り付けして行った治験結果で,デキサメタゾンを10日間,1日6mg,経口か静注で投与すると割り付けられた2104人(デキサメタゾン群)と,従来通りの標準的な治療を受けた4321人(対照群)を比較し,割り付け後28日目までの死亡はデキサメタゾン群で482人,対照群で1110人で,年齢調整したオッズ比は0.83(95%CI 0.75-0.93)と,デキサメタゾン投与によって死亡リスクが有意に下がったこと,人工呼吸器を付けた患者に絞ると死亡率比0.64,人工呼吸器は装着せず酸素吸入ありの患者では率比0.82と,有意に死亡率が低下していたのに対して,ランダム割り付け時に呼吸補助が不要だった患者では率比1.19で有意差はなかったとしている。ただし,呼吸補助を受けていた患者は呼吸補助が不要だった患者より平均して10歳若く,発症からランダム割り付けまでの時間が7日間長かったことも報告している。

Furukawa Y, Kansaku R. Amabié—A Japanese Symbol of the COVID-19 Pandemic. JAMA. Published online July 17, 2020. doi:10.1001/jama.2020.12660(JAMA,2020年7月17日)は,The Arts and Medicineというカテゴリの報告で,弘化3年の肥後国の瓦版に描かれたアマビエと,現代の新橋駅に掲示されたアマビエのポスターの画像が載っている。日本の妖怪の中では,ろくろ首や雪女など,ラフカディオ・ハーンが『怪談』に描いたものが海外でも知られていると思うが,アマビエはその仲間入りをしたわけだ。いや,JAMAに載っただけでは一般の人に知られるようにはならないか?

He G et al. "The short-term impacts of COVID-19 lockdown on urban air pollution in China"(Nature Sustainability,2020年7月7日)は,ロックダウン中に中国のPM2.5が顕著に減ったが,それでもWHO推奨よりは4倍も高かったという論文のようだ。

Hou, Y., Zhao, J., Martin, W. et al. New insights into genetic susceptibility of COVID-19: an ACE2 and TMPRSS2 polymorphism analysis. BMC Med 18, 216 (2020). https://doi.org/10.1186/s12916-020-01673-zはCorrespondenceだが,ヒトのACE2とTMPRSS2の遺伝的多型を解析し,SARS-CoV-2感染と,いくつかの多型の間に関連があることを示している。

Jackson LA et al. "An mRNA Vaccine against SARS-CoV-2: Preliminary Report"(NEJM,2020年7月14日)はmRNA-1273というワクチン候補についての,45人の健康な成人を対象とした第1相臨床試験の結果,すべての対象者で免疫応答が誘導され,治験を制限する必要を示唆するような重篤な有害事象はなかったという報告。プロトコルなどもダウンロードできるようになっている。 Guha-Sapir D et al. "COVID-19 policies: Remember measles"(2020年7月17日)はScienceへのレターだが,Covid-19パンデミックによって37ヶ国で1億2000万人の子供への麻疹ワクチン接種ができていないことに警鐘を鳴らしている。Covid-19も問題だが,他の病気も忘れてはいけないという話。

Lancet Oncologyのがん死亡への影響論文とLancetのワクチン候補第2相治験結果論文は2つずつ出ている(2020年7月21日 - 当該鐵人三國誌

Maringe C et al. "The impact of the COVID-19 pandemic on cancer deaths due to delays in diagnosis in England, UK: a national, population-based, modelling study"(Lancet Oncology,2020年7月20日)はUKでがんの診断遅れによる死亡がCOVID-19パンデミックによってどれだけ増えたかというモデル研究。人口学的にも興味深いし重要な視点と思う。同じ号にUKでの同じようなテーマにやはりモデリングで取り組んだ研究であるSud A et al. "Effect of delays in the 2-week-wait cancer referral pathway during the COVID-19 pandemic on cancer survival in the UK: a modelling study"(Lancet Oncology,2020年7月20日)が載っている。違う著者グループだし使ったデータも違うし,前者は研究助成金を貰ってやっているが,後者は研究助成金なしでなされている。ちゃんとEditorialを読んでみないと事情はわからないが,たぶんLancet Oncologyが意図的に2つを同時掲載したのだろう。

ワクチン候補の臨床試験で有効性と安全性が確かめられたという報道が多数されているが,Lancetの同じ号に載っている第2相試験の結果なのに,なぜかメディアはOxford大学とアストラゼネカのFolegatti PM et al. "Safety and immunogenicity of the ChAdOx1 nCoV-19 vaccine against SARS-CoV-2: a preliminary report of a phase 1/2, single-blind, randomised controlled trial"(Lancet,2020年7月20日)ばかり取り上げて,中国からのZhu F-C et al. "Immunogenicity and safety of a recombinant adenovirus type-5-vectored COVID-19 vaccine in healthy adults aged 18 years or older: a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 2 trial"(Lancet,2020年7月20日)には触れないのが不思議。これもEditorialをちゃんと読まないとわからないが,敢えて同じ号に取り上げたのだろう。どちらも筆頭著者はMScだから若い人なんだろうな。

神戸市新型コロナウイルス感染症対策第1次対応検証結果の公表及び意見募集について(2020年7月17日)が出ていることをtwitterで知った。内部検証だが,「本検証報告書につきまして、市民のみなさま、COVID-19対策にあたった関係者のみなさまから、広くご意見や次なる波への備えに関する提言等を募集いたします」というのは素晴らしい。月末締め切り。

ゲノム解析とABM(2020年7月22日 - 当該鐵人三國誌

Gigazineの新型コロナウイルスのゲノム配列から感染の流れを追跡する試みが行われている(2020年7月22日)という記事からリンクを2つ辿るとRockett, R.J., Arnott, A., Lam, C. et al. Revealing COVID-19 transmission in Australia by SARS-CoV-2 genome sequencing and agent-based modeling. Nat Med (2020). https://doi.org/10.1038/s41591-020-1000-7(Nature Medicine,2020年7月9日)があり,そこからOude Munnink, B.B., Nieuwenhuijse, D.F., Stein, M. et al. Rapid SARS-CoV-2 whole-genome sequencing and analysis for informed public health decision-making in the Netherlands. Nat Med (2020). https://doi.org/10.1038/s41591-020-0997-y(2020年7月16日)もリンクされている。前者はオーストラリアでの研究で,全ゲノム解析からウイルスの遺伝子系統樹を作るだけではなく,エージェントベースモデルによるシミュレーション結果と比較しているところが興味深い。パプアニューギニアで聞き取りによる家系図復元と個人ベースの再生産シミュレーションを比較したことを思い出したが,たぶん実は結構比較するところが難しいんだよなあ(それぞれはできるんだけれども,そこのアイディアがなくて研究が途中で止まってしまった。逆にこれが参考にできたら嬉しいので,ちゃんと読んでみよう)。後者はオランダでウイルスの全ゲノム配列決定で得られた情報を公衆衛生政策決定に生かすという話のようだ。

早くHER-SYSを(2020年7月24日 - 当該鐵人三國誌

7月14日に東京や大阪でHER-SYSが稼働していないという報道があったが,続報がない(厚労省か感染研が公表したら良いと思うが,どの自治体でHER-SYSが動いていて,どの自治体で動いていないのかの情報が公式発表されていないと思う。随分探したが見つからない)。HER-SYSが稼働しないとCOCOAの意味がないのだが。そもそもの制度設計として,既に情報の流れとしては確立しているNESIDが,FAX+手作業入力を何段階も要するせいで時間が掛かっていたのが問題だったので,全数報告や定点報告が医師に義務づけられている感染症のすべてについて,NESID全体をオンライン化しておけば,最初に医師が入力するだけで済むはずだった。そういう王道ではなく,COVID-19だけHER-SYSという新システムを作ってNESIDは使わないという運用にしたのは迅速導入のためと思うが,いまだに導入できていない自治体があるのはダメすぎるのではないか。知事は何が障壁になっているのかを明らかにして早急に導入するよう指示しているのだろうか?

柏野さんがtweetで教えてくださったが,m3の報道によると,WGが開催され,いまだに自治体の8割しか動いていないとのこと。この資料の最後に資料8として書かれているWGで検討されているようだが,m3とかの記事ではなくgo.jpドメインでの情報発信が欲しいところ。HER-SYSがちゃんと動いてくれたら感染,検査結果,転帰などの状況把握が一元的に迅速にできるはずなので,意味は大きいと思うのだが。

WHOが"Infodemiology"を提唱し,第1回のConferenceが開かれていたのを見逃していた。Post-conferenceのBrochureを見ると,日本からは誰も参加しなかったようだ。

Erkhembayar R et al. "Early policy actions and emergency response to the COVID-19 pandemic in Mongolia: experiences and challenges"(Lancet Global Health,2020年7月23日)は,モンゴル政府が2017年に成立した災害防護法に基づいて1月に国家緊急事態委員会を立ち上げ,さまざまな公衆衛生政策をとり続けてきた結果(注:その内容が本文に記述されている),初発患者を3月10日まで遅らせることができ,7月10日に至るまでICU入院例も死亡例も皆無であり,LMICでも頑健な予防システムと効果的なパンデミック対策が実装可能であることを示した,と書かれている。パンデミックに対して災害対策という枠組みで取り組むことの有効性を示しているとのこと。

Cavalcanti AB et al. "Hydroxychloroquine with or without Azithromycin in Mild-to-Moderate Covid-19"(NEJM,2020年7月23日)という原著論文が出て,軽症から中等度の症状のCOVID-19患者に対して,標準治療,標準治療+ヒドロキシクロロキン400mg毎日2回,標準治療+ヒドロキシクロロキン400mg毎日2回+アジスロマイシン500mg毎日1回(それぞれ7日間)の3群にランダムに割り付けた臨床試験の結果が報告されていた。どちらの治療も標準治療に比べ有意な改善は見られなかったという結果。

Ali ST et al. "Serial interval of SARS-CoV-2 was shortened over time by nonpharmaceutical interventions"(Science,2020年7月21日)はReportというカテゴリだが,NPIsで対策している間に発症間隔が短くなったというタイトル。発症間隔とは患者の発症日から二次感染者の発症日までの間隔の平均値を指し,西浦さんの論文などでは,ある仮定をおけば世代時間と一致する値として扱われているので,それが短くなるということは,感染拡大速度が速くなるということを意味する。この論文では中国本土で1月9日から2月13日までの1ヶ月の間に,発症間隔が7.8日から2.6日に短かくなったことと,その変化がNPIs,とくに感染者の隔離によってもたらされたと論じているようだ(タイトルもそうだが,Abstractにはそう書かれている。直感に合わないので,後でちゃんと本文を読まねば)。

Candido DS et al. "Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil"(Science,2020年7月23日)もReportというカテゴリ。Abstractによると,感染者増大が続いているブラジルでもNPIsはとられていて,そのおかげで3を超えていたRがサンパウロとリオデジャネイロでは1-1.6に下がったことを,移動量ベースの数理モデルで示したのに加え,427の新しいウイルスゲノム解析をして,100以上のブラジルに侵入したウイルスゲノムと比較し,ブラジルに広がったウイルスの76%が2月22日から3月11日の間にヨーロッパから侵入した3つのクレードに属すると推定し,それらを組み合わせて,ウイルスの拡散と進化について考えると,現在の介入ではブラジルでのウイルス伝播を食い止めるのに不十分だと主張している。

EpiEstimパッケージ(2020年7月25日 - 当該鐵人三國誌

このtweetで紹介されている論文はプレプリント(2020年7月3日)だが,その中で計算に使われているRのEpiEstimというパッケージ(vignette)は,既にいくつかの査読を通った論文でも使われている。例えば,Ruiz-Patiño A et al. "Mortality and Advanced Support Requirement for Patients With Cancer With COVID-19: A Mathematical Dynamic Model for Latin America"(JCO Global Oncology,2020年5月29日)やNajafi F et al. "Serial interval and time-varying reproduction number estimation for COVID-19 in western Iran"(New microbes and new infections,2020年6月14日)でも使われていて,MCMCを使った再生産数リアルタイム推定の常套手段になりつつあると言って良いかもしれない。暇を見つけて試してみたい。最初に触れたプレプリント論文の著者たちは,EpiEstimを使ってCOVID-19の再生産数推定を実装するためのパッケージとして,EpiNowEpiSoonNCoVUtilsという3つを開発しているようだ。

報道特集に高山義浩先生が出ていて,沖縄のCOVID-19対策の体制を語っていた。素晴らしい対策で,さすがと思った。報道特集のキャスターの膳場さんと高山先生は,ともにぼくが助手だった頃に保健学科の学生だったが,たぶん2学年違うから重なってはいないだろう。その後報道特集に出ていた医師が,Covid-19での入院時血清フェリチンが8000(単位が見えなかったが,たぶんng/mLか)を超え,それが重症度の指標だと語っていた。血清フェリチンは普通は鉄栄養の指標だが,肝細胞のダメージでも見ているのだろうか? メタアナリシスでCRPやd-Dimerなどと同様,血清フェリチン高値は致死リスクを有意に上げることが示されている論文があったが(Huang I et al. "C-reactive protein, procalcitonin, D-dimer, and ferritin in severe coronavirus disease-2019: a meta-analysis ",Therapeutic Advances in Respiratory Disease,2020年7月2日),メカニズムは良くわからない。(追記:tweetで教えていただいたところによると,高サイトカイン血症の時に上昇することが以前から一般的に知られているそうだ)

世論への期待(2020年7月26日 - 当該鐵人三國誌

OxfordのFraser教授のグループがScienceに出したDigital Contact Tracingの論文で既に区別されていたのに,いまだにasymptomaticとpresymptomaticの違いを区別していない議論があることとか,リスク評価をしていた専門家会議を廃止して,リスク管理組織である対策本部の下に作った分科会にリスク評価をさせるという,リスク論的にはあまりにもバカげた組織変更をした(この点をメディアは触れないが,中西準子先生にでも取材すれば,いくらでも語ってくれるだろう)時点で見えていた,分科会の存在が政策に対する追認という形の権威付けにしかなっていない現状は,非常に残念。また,完璧な防護をしながらの観光旅行を楽しむことが可能であるかのような幻想(絶対に無理とは言い切れないが,受け入れ側も旅行者側も感染防御の専門家ではないし,専門知識があっても実践するには訓練が必要なので,ほぼ幻想と言って良い)が語られるのも残念。現政権を動かせるのは世論しかないので,この辺り,世論が盛り上がって欲しいのだが。

リスク論の件,若干補足しておくと,リスク管理者の下部組織としてリスク評価部門が設置されている場合,会社なら独立性を保つこともできるのかもしれないが,官庁では独立性が保てないので,往々にして評価が甘くなったり無視される。それを踏まえた組織改編がなされ,人員不足のため迅速とは言いがたいがリスク評価が改善されたのが,リスク論に基づいて,原子力や食品で見られた動きであった。かつて原子力はリスク管理もリスク評価も経産省の下部組織で行われていたため,危機管理が機能せず,経産省に対して全電源損失の可能性への対処が足りないという指摘を公的に行う組織がなかった(そのせいで,国会で野党議員がその可能性を指摘したが,政府に根拠のない言い逃れを許してしまった)。それを反省してリスク評価組織である原子力規制委員会を環境省の外局とした。食品衛生についてはリスク管理をする農水省や厚労省とは独立した食品安全委員会が,リスク評価(とリスクコミュニケーション)を担う組織として内閣府の下に設置されている。COVID-19パンデミックへの対処としては,厚労省の建物で活動はしていたものの,根拠法がないおかげで逆にどの省庁からも独立性を保てていたリスク評価組織であった旧専門家会議を廃止して,対策本部という全省庁横断のリスク管理組織の下に,法に基づく「分科会」として専門家を入れてしまうことによって,リスク評価の独立性が失われることは,火を見るより明らかだろう。6月24日に懸念した通り。

WHOのMedia Briefingから(2020年7月28日 - 当該鐵人三國誌

昨日retweetしたが,WHOのメディアブリーフィングでテドロス・アダムスアダノム事務局長が語ったこと(とくに"But although our world has changed, the fundamental pillars of the #COVID19 response have not: political leadership, and informing, engaging and listening to communities""And nor have the basic measures needed to suppress transmission and save lives: find, isolate, test and care for cases; and trace and quarantine their contacts""Keep your distance from others, clean your hands, avoid crowded and enclosed areas, and wear a mask where recommended. Where these measures are followed, cases go down. Where they’re not, cases go up")は簡潔明瞭な英文でわかりやすい。ぼくは語順も重要だと思う。「伝播を抑止し生命を守るのに必要な基本的な手段:見つけて,隔離し,検査し,患者を治療する,そして接触者追跡し,濃厚接触者を検疫すること」とある。検査より隔離が先。

昨日公開されていた,論座に稲葉さんが寄稿された感染症数理モデルをどのように受け止めるべきか? 数理科学からみた新型コロナ問題は多くの人に読んで欲しい。しかし日本では公衆衛生を掌るのが医師と歯科医師であると医師法と歯科医師法で位置づけられていて,厚労省の医系技官もその2つの資格保有者しか受験さえできないし,国家試験でも公衆衛生の問題がかなりの部分を占めるにもかかわらず,多くの大学医学部で公衆衛生学教室は縮小されており,衛生学教室と合併されたり,廃止されたりしてきたので,稲葉さんが書かれた理想とはほど遠い。だからこそこういう文章を書くことは大事だと思う。ぼくも来年1月に出る予定の,臨床医が主な読者であろうと思われる雑誌への,感染症数理モデル関係の寄稿を引き受けたのは,その理由による。

見逃していた論文とか(2020年8月1日 - 当該鐵人三國誌

RTしたがメモはできていなかったので,ハーバードのLipsitch教授のところから,Levinson M et al. "Reopening primary schools during the Pandemic"(NEJM,2020年7月29日)が出ていた。教員を含む大人については(対人距離確保やマスク着用や接触追跡,検査と隔離などの)十分な防護をしながら,小学校を再開すべきだし,連邦政府はそのために金を出すべきという論考。小学校は食品スーパーや医院と同じエッセンシャルなもので,小学校の教職員もエッセンシャルワーカーだから危険手当は出すべきだとも書かれている。

高山先生がtweetされていた,新型コロナウイルスの感染者が発生した高齢者施設における感染対策(沖縄県立中部病院感染症内科,第2版:2020年7月31日)は,全国の介護や老人保健施設関係者は読むべきと思う。ハイリスクな人が多いけれども閉鎖もできない施設をどうやって動かすか。2月頃から考える必要があると書いてきたが,さすが高山先生。こういうものを実践に基づいてアップデートしていくしかないのだと思う。

Zhang Y et al. "Evaluating transmission heterogeneity and super-spreading event of covid-19 in a metropolis of China"(IJERPH,2020年5月24日)は,たぶん見逃していたのだが,1月21日から2月26日までの天津市の135人について,43の感染鎖(最大45人,最長4世代)のデータを得て,再生産数が負の二項分布に従うとして不均質な伝播(再生産数の個人差が大きい)モデルでシミュレーションし,再生産数Rと分散パラメータk(kが小さいほど伝播の不均質性が大きい)を推定した論文。

これも見逃していたが,Yamamoto K et al. "Health observation app for covid-19 symptom tracking integrated with personal health records: Proof of concept and practical use study"(JMIR mHealth and uHealth,2020年7月8日)は,「健康日記」(K-note)というアプリを使って,予め保健所にIDとユーザ名の形の一覧表が登録されたユーザ自身が毎日の健康状態をスマホに記録し,covid-19関係の症状などがあったら,その情報がIDとともにCSVで保健所に送信され,保健所がそのデータを使って対策に役立てることができる仕組みを京大と和歌山医大で作ったという話のようだ。5月12日までの登録ユーザが約2万人。COCOAより先行して動いていたわけだが,たぶん今後はCOCOAに統合されるべきものだと思う。なお,このJMIR mHealth and uHealthというジャーナルは知らなかったが,IFが4.31もあるのだな。

マスクの話。The history behind Japan's love of face masks(Japan Times,2020年7月4日,Alex Martin氏の署名記事)は,タイトル通り,日本でマスクが愛されている背景となる歴史について語られている。マスクのバリエーションや江戸時代の版画に残る,医療所にいる患者が布で口を覆っている様子などが出ていて興味深い。論文もいくつか出ていて,Matuschek C et al. "The history and value of face masks"(European Journal of Medical Research,2020年6月23日)は,中世から現代に至るマスクの歴史を,たくさんの画像とともに説明している。似ているがやや異なる視点で,Strasser BJ, Schlich T "A history of the medical mask and the rise of throwaway culture"(Lancetのperspective,2020年5月22日)も出ていて,サージカルマスクが不足したことが現代医療が使い捨て文化であるための脆弱性のシンボルだと語り,1918年のスペインかぜパンデミックのときはマスクは洗って再利用されていたという歴史的事実を述べて終わっている。使い捨ての利点を否定しているわけではないと思うが。

稲葉さんのオンライン講演など(2020年8月2日 - 当該鐵人三國誌

柏野さんがtweetされていた,稲葉さんによるNPO数学月間の会での講演「SGK200729 感染症の数理モデル」,全部で2時間17分28秒という(途中5分の休憩を挟んでいるが)もので,例によって密度が濃いので,情報量が多い。前半からKermack-McKendrickの1927と1933を読み解いた話で,元々感染力は時間依存の関数としてモデル化されていたとか,初感染時と2回目以降の感染時の感受性の違いを含めた感受性の不均質性を扱っていたとか(最後の方で触れられていたように,covid-19でも想定される再流行モデルに応用できる可能性がある。マラリアもそうだが,感染後免疫がつかない感染症全般に使える。感受性がやや下がった既感染者の間で発症者が回り続けるという意味での常在化が安定解になる可能性や,それに基づいて考察される,その状態では感染阻止ワクチンよりも重症化阻止ワクチンの方が役に立つという話はimpressiveだった),改めて考えると,Kermack-McKendrickって天才だよなあと思った。

ちなみに,Kermack-McKendrickモデルについて読み解いた結果を,稲葉さんは20年くらい前に英語でも日本語でも論文にしていて,しかも公開されている(稲葉寿(2000)「伝染病流行の数理モデル」や,稲葉寿(2002)「ケルマック-マッケンドリック伝染病モデルの再検討」や,稲葉寿(2002)「人口と伝染病の数理」応用数理,12: 294-307や,Hisashi Inaba (2001) Kermack and McKendrick Revisited: The Variable Susceptibility Model for Infectious Diseases. Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics 18(2): 273-292。もっとも,読んでわかるかどうかというと,かなり数学の素養が無いと難しいと思う。ちなみに,ぼくが卒論を書いていたときに苦労して読んだ「多次元安定人口論の数学的基礎:古典論」という,稲葉さんが人口問題研究に書いた論文は,日本人口学会の第1回学会賞の優秀論文賞を受賞したが,あれもちゃんと理解できた人は多くないと思う)。今回の講演は,数学をやっている人向けになされたもののようで,噛み砕きすぎずに丁寧に説明されていて素晴らしいと思った。子供の臨界免疫化割合の話など美しい定式化でわかりやすく,しかもそれを人口構造と絡めるなど,稲葉さんしか思いつかない視点なのではなかろうか(それが単純な仮定を置いた場合の論理的帰結であって,事実とはたぶん異なるという留保をつける誠実さというか謙虚さが素晴らしい)。ちなみに,Kermack-McKendrick-1933は,Kermack William Ogilvy , McKendrick A. G. and Walker Gilbert Thomas (1933) Contributions to the mathematical theory of epidemics. III. Further studies of the problem of endemicity. Proc. R. Soc. Lond. A, 141: 94-122.であり,確かに全文読めるのだが,さっと見ただけでわかるような論文ではない。

なお,理論疫学の歴史と将来についてレビューした論文は,Brauer F "Mathematical epidemiology: Past, present, and future"(Infectious Disease Modelling,2017年2月4日)が読みやすいかと思うが,残念なことにKermack-McKendrickについては元論文を独自に読んでいるだけのようで,稲葉さんの解読には触れられていなかった。同じBrauerによるBrauer F et al. "Challenges, Opportunities and Theoretical Epidemiology" Mathematical Models in Epidemiology, 69: 507-531.は,古典的な部分の記述は薄いが,不均質なミキシングとか経済効果のモデル化まで触れられていて,より広い視野でのレビューになっていて参考になった。

BMJが#properPPEというハッシュタグを付けて,医療関係者に適切にPPEが提供されるべきという事例報告しようキャンペーンをしていた。ぼくは医療現場とは直接関係がないので何も書けないが,臨床でPPE不足に困った経験がある方は参加したら良いと思う。

Berg MK et al. "Mandated Bacillus Calmette-Guérin (BCG) vaccination predicts flattened curves for the spread of COVID-19."(Science Advances,2020年7月31日)は,Scienceの姉妹誌に出た論文。これまでBCG接種とCovid-19の関連についての地域相関研究で批判されてきたポイントに答えるための統計解析の工夫をしていて,BCG接種が義務化されている国と義務でない国で,確定患者数について135ヶ国,死亡数について134ヶ国について,国ごとのアウトブレイクからそれぞれ最初の30日間のデータから,日ごとの増加率を,線形混合モデルで分析し,年齢の中央値,一人当たりGDP,人口密度,純移動率,さまざまな文化的要因(個人主義の程度とか)の影響を調整した上でも,BCG接種が義務化されている国の方が確定患者数も死亡数も低いことが示されている。限界として,地域相関研究だからRCTが必要だとか,義務接種の国でも増加率には大きなばらつきがあるからBCG接種は魔法の弾丸ではない,と書かれているが,著者はかなり前のめりな感じだ。ただ,BCG接種が導入されたことがない国というのは,衛生観念が十分でないとかインフラ整備が遅れているといったことを含む,さまざまな公衆衛生政策も導入されていない可能性が高いし,社会格差が大きい可能性も高いし,そういったことすべての影響が調整されているわけではない以上,やはり可能性を示唆する,といった程度のものだと思う。

昨日Lipsitch教授のグループの研究に触れたが,学校閉鎖関係の論文は最近多数出ていた。米国科学工学医学学会(?)が学校(K-12なので幼小中高のこと)再開のためのガイダンス(2020年7月,メールアドレスを登録すればダウンロードできる)を発表したことと呼応しているかもしれない。2020年7月28日に,Stephenson J "National Academies Offers Guidance on Reopening Schools Amid COVID-19 Pandemic"(JAMA Health Forum)という,このガイダンスの紹介記事が,翌日,EditorialとしてDonohue JM, Miller E "COVID-19 and School Closures",視点としてDibner KA et al. "Reopening K-12 Schools During the COVID-19 Pandemic: A Report From the National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine"(ともにJAMA本誌)が出ているが,原著論文としては,Auger KA et al. "Association Between Statewide School Closure and COVID-19 Incidence and Mortality in the US."(JAMA,2020年7月29日)がある。この論文はUSAで3月9日から5月7日の間のデータを使って,小中学校の学校閉鎖がCovid-19の感染と死亡を下げるのに有効だったと論じているが,時系列データを使った地域相関なので,前述のBCGの論文と同じく工夫はされているが限界も大きい。本文にも書かれているが,最大の限界は,学校閉鎖を導入する州では,同時に他のNPIsも導入するのが普通であるため,学校閉鎖の効果だけを厳密に評価するのが困難なこと。これを克服するにはCommunity Intervention Trialという方法があるが,Covid-19に対する学校閉鎖の影響を調べるというテーマだと実行は無理だろう。

Rubin D "Association of Social Distancing, Population Density, and Temperature With the Instantaneous Reproduction Number of SARS-CoV-2 in Counties Across the United States"(JAMA Network Open,2020年7月23日)は,USAの46州211郡で対人距離,人口密度,気温と,再生産数の関連を調べたという研究。

個人ベースシミュレーションを使って,カナダのオンタリオでの学校閉鎖の効果を評価する論文も出ていて,Abdollahi E et al. "Simulating the effect of school closure during COVID-19 outbreaks in Ontario, Canada"(BMC Medicine,2020年7月24日)だが,発症前と発症後の両方でNPIsを組み合わせて実行しないと学校閉鎖には限定的な効果しか無いという結論で,ずっと前に出ていたUKのインペリグループ第9報と質的には同じか。

大学の再開についての論文も出ていて,Paltiel AD et al. "Assessment of SARS-CoV-2 Screening Strategies to Permit the Safe Reopening of College Campuses in the United States"(JAMA Network Open,2020年7月31日)という原著論文は,発症に基づいたスクリーニングでは封じ込めには不十分だが,感度70%でも2日おきに安価な迅速検査をして,厳密な行動制約と組み合わせれば,キャンパスに大学生が戻ってもCovid-19流行は抑え込めると論じているようだ。招待コメントも付いていて,Bradley EH et al. "Reopening Colleges During the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Pandemic—One Size Does Not Fit All"(JAMA Network Open,2020年7月31日)は,検査は重要だとしても,この論文は行動変容やNPIsの効果を過小評価していると指摘している。

Wolfson JA et al. "Food as a Critical Social Determinant of Health Among Older Adults During the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Pandemic"(JAMA Health Forum,2020年7月31日)は,Insights(洞察)というカテゴリの記事で,ざっと目を通した感じだと,USAでは2019年末,Covid-19流行前の段階で50-80歳の14%が食物が確保できないという経験をしていて,Stay-at-homeキャンペーンなどでそれがCovid-19流行によって酷くなった可能性があるのでちゃんと調べるべきと言っているようだ。

Nguyen LH et al. "Risk of COVID-19 among front-line health-care workers and the general community: a prospective cohort study"(Lancet Public Health,2020年7月31日)も,Dawood FS et al. "Observations of the global epidemiology of COVID-19 from the prepandemic period using web-based surveillance: a cross-sectional analysis"(Lancet Infectious Diseases,2020年7月29日)も面白そうな原著論文なので後で読もう。

Siemieniuk RAC et al. "Drug treatments for covid-19: living systematic review and network meta-analysis"(BMJ,2020年7月30日)はメタアナリシスで,糖質コルチコイドによる治療が有効だと示しているようだ。Supplementとして,メタアナリシスに使った文献データとRのコード(gemtcというパッケージを使ってネットワークメタアナリシスしている)が提供されている。

数字がおかしいこと(2020年8月5日 - 当該鐵人三國誌

大阪府知事がこのtweetで語っている会見の内容,変なところだらけだが,他の人が指摘していない根本的に変なところとして,比較した非含嗽群が*既存データ*であって比較可能性がないことと,陽性割合の数字が分母41とは合わない点を,tweetした。この2点は明らかに変だ。資料の「宿泊療養から医療機関への入院搬送をendpointとして評価」も,まったく意味が通らない。普通に考えると,今回の解析は観察研究の副産物であって,本来の研究デザインとは関係ないということか? あるいは,入院搬送例は観察対象から脱落していったという意味か(それは「エンドポイント」ではないが)? もし後者だとすると,症状が重くなった人を分母から除外していって最後に陽性割合が2/21になったのだとしても,搬送された人は陽性のままなのだろうから,陽性割合は22/41にしかなっておらず,9.5%という値には何の意味も無い。その辺り,発表資料では全然わからないが,大阪府の資料に「解析:横浜市立大学 臨床統計学 山中竹春教授」とクレジットされているので,メディアは取材してみたらどうか。

ところで,大阪府の資料には,どうして,厚労省の診療の手引きに既に掲載されている,レムデシビルとデキサメタゾンによる治療についての記述がないのだろう?

流行地域からの無症状感染者の入国に起因する感染拡大を防ぐには,PCR検査しようがしまいが,2週間の隔離検疫が有効であることは,南太平洋諸国をみれば明らか。

沖縄の状況についての高山先生のFacebook記事

Android 11では濃厚接触通知システムをOSに標準搭載へ:位置情報設定オフでも利用可能に(ケータイWatch,2020年8月5日)によると,Android 6-10の仕様で,「プライバシー保護の観点から、端末の位置情報設定をオンにしなければBluetoothのスキャンが行えない」となっていたそうだが,Android 11では位置情報設定がオフのままで良いとのこと。Google JapanのBlog記事で,Exposure Notifications System のアップデートについて (2020年8月4日)が詳しい。

かつて学生が企画した,ヨガを取り入れた軽い体操を10分くらいやってもらってストレスが軽減されるかという研究でさえ,研究者が考えたことを参加者にやって貰う介入研究だから,UMINの(でなくても良いが,何らかの公的な)介入研究データベースに登録する必要があり,それを含めた倫理審査に半年掛かって,実際の研究は1日,統計解析と文章を書くのに2週間という,不思議な卒業研究になってしまったことがあった。デザインが変だと書いたのは,センター長名で公開されている資料に,観察研究と書かれていることで,「入所者にポビドンヨード含嗽をして頂く。当該含嗽者データ、既存非含嗽例データを大阪府市から提供頂き、比較検討」ならば,対照群が既存データという,この場合には発症後日数,年齢,医療機関に掛かった経緯など,結果に影響するであろう要因が何も統制されていないため,朝も書いた通り不適切な比較をしている単群介入試験(通常,単群介入試験では介入前後の比較をするが,無症状や軽症で日が経てば介入なしでもウイルスが減ったり消えたりすることは当然起こりうるので,この場合は前後比較にも意味が無い)のはずだ。百歩譲って,もしポビドンヨード含嗽が観察研究なのだとすると,(まずありそうにないことだが)元々1日4回の含嗽をしていた人たちだけが研究参加者ということになり,軽症患者全体を代表していない可能性が高く,やはりデザインとして不適切だ。研究を主導したらしい松山センター長がリモート出演したワイドショーでは41人を25人の含嗽群と16人の非含嗽群に分けて小数点以下の陽性者が存在するという不思議な説明がされていたとtweetで教えていただいたが,これは「既存非含嗽例データ」という資料の記述と矛盾する。以上まとめると,アップロードされている資料自体,少しでも疫学の基礎知識があったら恥ずかしくて出せないくらいに無茶苦茶で,効果について真面目に検討するに値しないものなので,もし本当はこんなにデタラメなのではなく資料だけが間違っているのなら,大阪府は早く見え消しで訂正版を出すべきだと思うし,中身自体が臨床疫学的に無価値なことしかしていないものなら取り下げた方が良い。

サブサハラのHIVへの影響(2020年8月7日 - 当該鐵人三國誌

雑に作ったグラフだが,tweetしたのでリンクしておく。日本では入院患者数当たりの死亡転帰となった人数が欧米より低いとNCGMが発表したとかでメディアが騒いでいるが,まだNCGMがCOVID-19について発表した学術論文には入っていないし,先のグラフから考えると,日本はそこまで低くない。高齢化率が高いから当然だが,韓国より高い。欧米は下がってきている。CFRについて本当に何か特別な理由がありそうなのは,ぼくが見た中ではシンガポールくらい(もちろん全部の国を見たわけではないが)。

Jewell BL et al. "Potential effects of disruption to HIV programmes in sub-Saharan Africa caused by COVID-19: results from multiple mathematical models."(Lancet HIV, 2020年8月6日)は,5つのHIV流行の数理モデルを使って,サハラ以南アフリカで,2020年4月1日から半年ないし1年,COVID-19のせいでさまざまなHIV対策(予防,検査,治療)の中断が,人口の20%,50%,100%に影響した場合に何が起こるかを推定している原著論文。5つのモデルとは,GoalsOptima HIVSupplement),HIV SynthesisImperial College London ModelEpidemiological MODeling software (EMOD)GitHubの開発ページ)で,それぞれの特徴が表1にまとめられている。人口の半分についてART供給が半年止まったら1年間のPLWHIVの死亡が1.63倍になると予測され,ART供給停止は他の要因よりも大きな影響を与えること,コンドームの供給停止やピアによる教育の停止もHIV罹患リスクを上げるけれども,COVID-19対策のための対人距離の確保はハイリスクな性行動の減少に繋がる可能性があることが示された。著者たちはART供給を中断しないことが大事と提言している。このように複数の数理モデルによる結果を試してみたという論文は珍しい気がする。

何より緊急に必要なのはDCT実装の全国展開の定着(2020年8月9日 - 当該鐵人三國誌

録画しておいた7月21日のクロ現プラスを漸く見た。GOTOトラベル開始前日に流れた,頑張った番組作りだったが,国はGOTOトラベルを進めてしまい,それから2週間あまりで一日当たり新規感染確定報告数は倍以上に増えた。7月21日時点で,保健所崩壊の危険が叫ばれる状況だったのに,現在では接触者追跡はオーバーフローしている可能性が高い。春先にOxfordのFraser教授のグループがScienceに書いた論文で可能性が示されて以来,何度も書いているが,Digital Contact Tracing (DCT)として,COCOAとHER-SYSの運用を早急に増強して(COCOAのインストール率を高めて……理想的には防水ウェアラブルでソーラーパネル給電なCOCOAの機能をもったデバイスを作って全国民に無料配布したら良いと思うが,まあそれは無理だろうから,次善の策として……,HER-SYSとの連携はできる限りソフトウェア的な自動化を進めて),保健所職員による人力追跡の負担を減らしてあげないと,本当に保健所が崩壊してしまう可能性がある。経済的な危機にある人を助けるのも,確かに大切な国の仕事と思うが,防疫も国の仕事なので,保健所機能増強のためにも国は十分な金を出すべきだと思う。

New Zealandが羨ましい(2020年8月10日 - 当該鐵人三國誌

JAMAにViewpoint(視点)として,Mello MM et al. "Attacks on Public Health Officials During COVID-19"(2020年8月5日)が出ていた。公衆衛生当局が不当に攻撃されるという現象はUSAでも起こっているようだ。

NEJMのCorrespondenceとしてBaker MG, Anglemyer A "Successful Elimination of Covid-19 Transmission in New Zealand"(2020年8月7日)が出ていた。NZは3月中旬に市中感染が起こっている状態になり,それまでのまま緩和策を続けていたら検査も接触追跡も能力オーバーになることが強く示唆されたので排除戦略に切り替え,3月26日から全土をロックダウンしたが,5月上旬に最後の国内感染者が検出され隔離されてからも暫く警戒を続けたことによって,6月8日に排除に成功したと宣言するに至り,その後も入国検疫を続けることで再流行が防げている,という報告。8月26日まではコメントを付けることができ,既に1つコメントが付いている。

Scienceに原著論文として掲載された,Mateus J et al. "Selective and cross-reactive SARS-CoV-2 T cell epitopes in unexposed humans"(2020年8月4日)は,4種類の風邪のコロナウイルスに感染した人で増えているCD4+T細胞がSARS-CoV-2にも一部交差反応性をもち,そのことがCovid-19で観察されている病態の不均質性を説明するのではないかという論文のようだ。

聴覚障碍の報告(2020年8月11日 - 当該鐵人三國誌

あさチャン,昭和大学病院が出ていて,COVID-19重症患者用ベッド5床のうち4床が既に使われていることと,4月に重症になりECMOで2ヶ月治療を受けて命が助かった60代の患者でまだ酸素吸入中の事例が紹介されていて,この病気の恐ろしさが伝わってきた。その次に紹介されていた聴覚障碍は,これまで味覚障碍や嗅覚障碍に比べると注目されてこなかった話だが,報告や短報レベルではいくつも既報で,Sriwijitalai W, Wiwanitkit V "Hearing loss and COVID-19: A note."(2020年4月2日)で報告されたタイの高齢女性1例の感音難聴はかなり早いが,たぶんあさチャンで取材されていたマンチェスターの病院での研究は,Munro KJ et al. "Persistent self-reported changes in hearing and tinnitus in post-hospitalisation COVID-19 cases"(2020年7月31日)で,Almufarrij I et al. "Does coronavirus affect the audio-vestibular system? A rapid systematic review"という自分たちのグループが6月に発表したレビューでは,MERSやSARSでは報告されてこなかった聴覚障碍が,マイナーとはいえCOVID-19には存在すると書いていたことに触れ,だから調べてみたということで臨床症例を詳細に検討し,121人(うち1人はRT-PCR未確認)の患者のうち16人に聴覚障碍が現れたこと(ただしパンデミックのせいで,聴覚についての詳細な診察や検査は遅れていて,大半の症例についてまだできていないとのこと)を報告している。

「感染症と経済学」とかクラスター事例集とか尿中L-ABFPとか(2020年8月14日 - 当該鐵人三國誌

財務省の財務総研に載っているレポートの中には,いくつか,COVID-19と経済の関係を扱ったものがあるが,最新の髙橋済「感染症と経済学」は,興味深いCovid-19のモデルのレビュー(若干用語的に?? な感じはしたが,自分が未読の経済関係のモデルが多数紹介されている)。かつて書評を書いた『人口と感染症の数理』が参考文献に入っていた。

柏野さんのtweetで紹介されている,感染研のクラスター事例集

テレビでNCGMがCOVID-19の重症化因子を見つけたという報告が取り上げられていたが,新型コロナウイルス感染症(COVID-19)についてNCGMが発表した学術論文を見たら,上から2番目に載っているKatagiri D et al. "Evaluation of Coronavirus Disease 2019 Severity Using Urine Biomarkers"(Critical Care Explorations,2020年7月31日)がそれらしい。共著者に群大の学生で,医学科の学生には珍しく熱心なRユーザになった脇本君が入っていた。尿中L-FABPは体内が低酸素だと上がるマーカーとのことなので,理に適っているとは思うが,それならパルスオキシメータでSpO2を測った方が良くないか? テレビではイムノクロマトのPOCキットで測っていたので,たぶんレナプロPOCだろうが,ランニングコストがやや高くつく。病院のルーチンとするには,SpO2とROCでのAUCを比べて欲しいところ。

新しい論文など(2020年8月17日 - 当該鐵人三國誌

Arunachalam PS et al. "Systems biological assessment of immunity to mild versus severe COVID-19 infection in humans"(Science,2020年8月11日)軽症患者と重症患者の免疫反応を分子レベルで比較した研究のようだ。

Guo C-X et al. "Epidemiological and clinical features of pediatric COVID-19"(BMC Medicine,2020年8月6日)小児症例の検討のようだ。

Kroshus E et al. "Plans of US Parents Regarding School Attendance for Their Children in the Fall of 2020: A National Survey"(JAMA Pediatrics,2020年8月14日)6月2日から5日の間に実施した5-17歳の子供をもつUSA在住の親730人へのサンプル調査で,31%が秋学期に子供を通学させず自宅におくと答えたという論文。

Passamonti F et al. "Clinical characteristics and risk factors associated with COVID-19 severity in patients with haematological malignancies in Italy: a retrospective, multicentre, cohort study"(Lancet Hematology,2020年8月13日)イタリアの血液がん患者におけるCOVID-19重症化因子の研究らしい。

Lancet Diabetes & Endocrinologyに,イングランドのコホート研究で糖尿病とCOVID-19の論文が2本同時掲載されていた。Barron E et al. "Associations of type 1 and type 2 diabetes with COVID-19-related mortality in England: a whole-population study"(2020年8月13日)と,Holman N et al. "Risk factors for COVID-19-related mortality in people with type 1 and type 2 diabetes in England: a population-based cohort study"(2020年8月13日)。後者は,糖尿病患者がCOVID-19に感染したときの死亡リスクの上昇は,心臓や腎臓の合併症だけでなく,血糖コントロールやBMIとも関連していたという報告。BMIと死亡リスク上昇の関係はU字型で,20未満も40以上も有意に上昇したとのこと。

『ウイルスVS人類』など(2020年8月19日 - 当該鐵人三國誌

昨夜のTBSラジオ「アフター6ジャンクション」で川端君が瀬名秀明 押谷仁 五箇公一 岡部信彦 河岡義裕 大曲貴夫 NHK取材班『ウイルスVS人類』(文春新書)を紹介していたのでKindle版を即購入し,読んでみた。元になったBS1スペシャル『ウイルスVS人類』シリーズの第1回第2回は見ていたが(見逃した人は,それぞれNHKオンデマンドで視聴できる。例えば第2回はここで,単品220円で72時間視聴可能),瀬名さんが書き下ろされた第3部が興味深く,総合知の重要性には「共感」した。

科学的根拠が明示されない日本の感染症対策の咎【対談】西浦博・京都大学大学院教授×森田朗・NFI代表理事(前編)(JBpress,2020年8月19日)。内側からみると,分科会はリスク評価組織のままリスク管理組織の下に位置づけられたのではなくて,リスク管理組織になったという認識なのか。しかし,リスク管理組織はあくまで財源と権限をもっている対策本部だ。対策本部から財源保証もつけて全権委任されたのではない限り,分科会はリスク管理組織とはいえないと思う。組織としても立場としても体よく対策本部に取り込まれてしまったというのが実態だろうし,西浦さんがこの認識だということは,分科会座長の尾身先生も,そうやって納得させられたのだろう(とくに,座長という立場上,さまざまな意見の集約を語らねばならないし)。西浦さんは,「リスク管理や政策の決断に関しては政治家の人にやっていただかないといけないということを、専門家は相当意識しています」とも言っているが,分科会がリスク管理組織であるならば,尾身先生は政治家の役割を果たさねばならないことになり,矛盾が起こってしまう。アドバイザリーボードがリスク評価組織として残ったという説明だが,厚労省のこのページをみれば(確かにリスク評価組織ではあるのだろうが),情報発信の頻度からしても量からしても,手足を失った専門家会議という感が否めない。結局,組織改革によって起こったことは,政治家が責任だけ専門家に押しつけながら,行動を政治家の制御下に封じ込めたことで,これまでにも何度も書いた通り,リスク論的にはまったくの愚行としかいえない。もう一点,及び腰過ぎると思うのは,予測を示すことも管理に踏み込んでしまうことになるという認識で,確かに「接触を8割減らしてください」と「要請」したら管理に踏み込んでいるが,「8割減らせば1ヶ月で新規感染者数を制御可能なレベルまで落とせる可能性が高い」という予測を示すことは管理ではないし,「何も対策しなければ死者42万人」という計算を提示することも管理ではない。それを管理だと誤解するのは色を付けるメディアやリテラシーが足りない受け手側の問題であって,計算結果の提示などの,評価情報の提供は管理ではない。インペリグループがさまざまな情報やモデルやシナリオに基づいた予測を含むReportを次々に公表しているのも,リスク評価であってリスク管理ではない。西浦さんは,「実効再生産数が、たとえば東京で1.4ですという時には、リスクの高い場所での全接触のうち30~40%の接触を減らすと、実効再生産数が1を割るということにつながります。でも、そうやって言及することは、対策、つまりリスク管理の方の話になってしまうので、専門家がどこまで入り込んでいいのかという葛藤をずっと抱えながらやってきました」と語っているのだけれども,Rtが1.4の時にリスクの高い場所での接触を3-4割減らしたらRtが1を切るという予測を示すことは,3-4割減らしてほしいという要請ではないので,管理ではない。講義資料に書いたように,さまざまなシナリオに基づいた予測を示すことはリスク評価であって,そこから意思決定するのが国民や,国民の意思を代表することになっている議員なので,評価情報の提供を控えることは誰の得にもならない。たぶん,今後は,予測の提示は論文という形でやります,という意図な気はするが。なお,西浦さんが「実効再生産数を計算できるダッシュボードの近日公開を目指しています。市町村等が自分のデータを使って最新の実効再生産数が分かるサイトです」と言われるのは,柏野さんがやっている仕事だと思うが,データの集約は保健所レベル以上でないとできない気がするので,政令指定都市や中核市を除けば都道府県単位で行われるのが現実的と思う。各都道府県の保健統計部門のルーチンに組み入れられたら良いのだろうから,そのために専従の職員を雇ったら良いと思うが。

岸田さんのこのtweetは示唆に富んでいて,中でも秘密が困るので,それを避けるためには,感染症法の前文に「我が国においては、過去にハンセン病、後天性免疫不全症候群等の感染症の患者等に対するいわれのない差別や偏見が存在したという事実を重く受け止め、これを教訓として今後に生かすことが必要」と明記されているように,運悪く感染してしまうことは誰にでも起こりうるのだから(一緒に食事に行ってマスク無しで対面で喋ることを完全に防ぐとか,どこかに触ったら自分の顔や口に入るものに触れる前には確実に石鹸手洗いかアルコール消毒することを1年も2年も常時続けることは,普通の人には不可能だから,感染防御行動を頑張ってリスクを下げることはできるがゼロにはできず,誰でも知らないうちに罹っている可能性があることを前提にするしかない),感染した人が責められたり謝罪を求められたりする風潮は廃さねばならない(既に良く言われていることだが)。もっと言ってしまえば,すべての人の道徳次元が4ならば,すべての情報は完全公開でも問題ないはずだが,それは非現実的か。

BMJのEditorialで,Shimizu K et al. "Resurgence of covid-19 in Japan"(2020年8月18日)が出ていた。著者の所属はLondon School of Econmics and Political ScienceとLondon School of Hygiene and Tropical Medicineとか東大国際保健政策とか。日本ではcovid-19が再流行し,Rtが1を超えた状態が2ヶ月続いていると書き起こし,これまで日本でとられてきた対策について,当初のクラスター対策は拡大抑制の助けになったが,3月中旬以降の感染拡大を防ぐことには失敗して4月の緊急事態宣言に至り,西太平洋地域ではオーストラリアとフィリピンに次ぐ人口当たり死者数(百万人当たり8.22)という結果になったと書き,何が悪かったのかを検討している。政府に説明と透明性が欠けていたこと,専門家会議に独立性が不十分かつ必要な専門性の代表性が不足していたことによってメッセージが歪められたこと,検査の不十分さ,効果的な接触追跡・隔離・検疫ができていないこと,PPEなどの物資調達の弱さなどを指摘し(それらを強化してデジタル技術を含む効果的な接触追跡・隔離・検疫・無症状者を含む検査を行うことが必要と述べ),政府が"cluster based countermeasures"から上述の必要な対処法へ移行し,遺伝子配列やビッグデータ解析のような先端科学を利用しない限り,日本の保健サービスは再び逼迫し多くの命が失われると述べている。うーん,大筋は間違っていないが,一つ間違っているのは,当初政府が三密回避ばかり言っていて対人距離をあけることや手洗いや在宅や保健システムを守ることの重要性が十分に伝えられてこなかったというくだり(当然ながら引用もないので,著者らの印象なのだろう)。専門家会議が三密回避を言い出したのは2月末からで,1月から手洗いやマスクは推奨されていた。一方,専門家会議が進めてきた「クラスター対策」は三密回避だけではなく接触者追跡も含むし,デジタル化を含む接触者追跡能力の拡充の必要性は3月半ばには悲鳴のように主張していた。政府がそれを採用せず金も人も出さずに行動変容要請だけしてきたのはその通りだが,それは"cluster based countermeasures"にさえなっていないと思うがなぁ。

新しい論文をいくつか(2020年8月20日 - 当該鐵人三國誌

Lancetの原著論文で,Young BE et al. "Effects of a major deletion in the SARS-CoV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response: an observational cohort study"(2020年8月18日)は,SARS-CoV-2ゲノムにおける欠失の感染と炎症反応の重篤度への影響というタイトル。後で読む。

Lancet Infectious Diseasesの原著論文で,Grassly NC et al. "Comparison of molecular testing strategies for COVID-19 control: a mathematical modelling study"(2020年8月18日)は,検査戦略の有効性を評価するための数理モデル研究。

Lancet Global HealthのEditorialで,Water and sanitation in a post-COVID world(2020年9月号)は,Covid-19対策では手洗いが重要なのに,そもそも清潔な水や下水へのアクセスが十分ではない国がたくさんあるので,それがCovid-19以後の世界ではどうなっていくのかという問いかけのようだ。

Lancet Digital Healthのレビュー論文,Braithwaite I et al. "Automated and partly automated contact tracing: a systematic review to inform the control of COVID-19"(2020年8月19日)は,スマホアプリなどを使った全自動または半自動の接触者追跡によるCOVID-19対策についてのシステマティックレビュー。

JAMAのResearch Letterで,Chambers C et al. "Evaluation for SARS-CoV-2 in Breast Milk From 18 Infected Women"(2020年8月19日)は,Covid-19に感染した18人の授乳中の女性からさまざまなタイミングで得た64の母乳サンプルについてRT-PCR検査をしたところ,発症日に採取された1つのサンプルでのみウイルスRNAが検出されたという報告。

Science AdvancesのResearch Articleで,Fischer EP et al. "Low-cost measurement of facemask efficacy for filtering expelled droplets during speech"Qin J et al. "Estimation of incubation period distribution of COVID-19 using disease onset forward time: A novel cross-sectional and forward follow-up study"も面白そうなので,後で読む。

悪い兆候ばかりではないが(2020年8月21-26日 - 当該鐵人三國誌

8月21日にCOCOAで濃厚接触が確認された場合は全例行政検査とするという告知が厚労省から出ていた。やっとか。

昨日からメディアで騒がれている,香港で見つかった再感染例についての論文は,To KK-W et al. "COVID-19 re-infection by a phylogenetically distinct SARS-coronavirus-2 strain confirmed by whole genome sequencing"(Clinical Infectious Diseases,2020年8月25日)だな。ついでにいくつか論文を拾っておこう。

NEJMのPerspectiveで,Agarwal SD, Sommers BD "Insurance Coverage after Job Loss — The Importance of the ACA during the Covid-Associated Recession"(2020年8月19日)は,USAの失業率が14.7%という世界恐慌以来の高水準になったことから,このコロナ不況において失業する人がスペイン系と黒人に集中していることから,いわゆるオバマケア(患者保護及び医療費負担適正化法:ACA)によって失業後のケアがカバーされていることがいかに重要かを論じている。

Science Advancesの原著論文で,Shental N et al. "Efficient high-throughput SARS-CoV-2 testing to detect asymptomatic carriers."(2020年8月21日)は,SARS-CoV-2感染者の10-30%を占める無症状者と発症前の患者からのウイルス排出を検出することが感染拡大を防ぐために重要なので,P-BEST法という,384サンプルを48のプールにして分析することによって検出効率を8倍にしてコストを1/8にする方法を考案し,144回の検査で1115人の保健医療従事者のスクリーニングを実施した,というもの。リード・ソロモン符号を応用したプールの仕方によってP-BEST法の検出効率が高くなったと書いているようだ。Fig.1にプールの仕方と説明が載っているのだが,今ひとつピンと来ないのは,ぼくの頭が悪いのだろう。

Bilinski A, Mostashari F, Salomon JA. Modeling Contact Tracing Strategies for COVID-19 in the Context of Relaxed Physical Distancing Measures. JAMA Netw Open. 2020;3(8):e2019217. doi:10.1001/jamanetworkopen.2020.19217(2020年8月21日)は,Research Letterで,接触者追跡戦略の効果を分岐過程のモデルで調べている。

Lancet Global Healthの原著論文で,Hamadani JD et al. "Immediate impact of stay-at-home orders to control COVID-19 transmission on socioeconomic conditions, food insecurity, mental health, and intimate partner violence in Bangladeshi women and their families: an interrupted time series"(2020年8月25日)は,バングラデシュでCOVID-19伝播対策のための在宅の,社会経済状態,食料不足,精神保健,家庭内暴力への直接影響を調べたというタイトル。後で読む。

Lancet Oncologyの原著論文で,Lee LYW et al. "COVID-19 prevalence and mortality in patients with cancer and the effect of primary tumour subtype and patient demographics: a prospective cohort study"(2020年8月24日)は,がん患者におけるCOVID-19の有病割合と死亡率というタイトル。これも後で読む。

Lancet Rheumatologyの原著論文で,Lane JCE et al. "Risk of hydroxychloroquine alone and in combination with azithromycin in the treatment of rheumatoid arthritis: a multinational, retrospective study"(2020年8月21日)。ヒドロキシクロロキンはRA治療にも普通に使われる薬だが,COVID-19治療にもいくつかの国で使われたので,ドイツ,日本,オランダ,スペイン,UK,USAの電子カルテデータを用いて(ヒドロキシクロロキン服用者100万人近い),交絡を制御するため傾向スコアで層別したコックス回帰で分析したところ,ヒドロキシクロロキンによる短期的な重篤な有害作用は見られなかったが,長期服用時に心疾患リスクなどが有意に上昇することが示されたとしている。

同じくLancet Rheumatologyの原著論文で,Manson JJ et al. "COVID-19-associated hyperinflammation and escalation of patient care: a retrospective longitudinal cohort study"(2020年8月21日)。要旨によると,COV-HIという過剰な炎症が起こっている状態を定義し(C反応タンパクやフェリチンによる),入院時にCOV-HIがあると翌日呼吸サポートが必要になるリスクが有意に高いことをマルチレベルロジスティック回帰モデルで示したとのこと。

HER-SYSが破綻しそうだとか,家庭内での感染が増えているとか,それなのに指定感染症を外して5類にすることを検討しているとか9月から東京もGoToの対象にすることを検討しているとかいうニュースが流れている。政府の公式発表は見つけていないので本当かどうかは知らないが,もし本当だとすると,どれも懸念していたことだが,この国は悪くなる一方だ。指定感染症だと軽症や無症状でも入院させねばならないというのは誤解で,都道府県知事は入院の勧告・措置をとることが可能ではあるが,感染症法の条文通りに解釈すれば,必ずしも入院措置をとらなくても良いはず(勧告・命令・措置などは必要最小限にすべきという通知が出ている)。区分自体を見直す必要は無い。逆に,5類相当にしてしまうと入院勧告・措置をとることができなくなり,全数報告でなくなるため(注:5類でも麻疹と侵襲性髄膜炎菌感染症は直ちに全数報告だし,他にも20の疾患が5類でも7日以内に全数報告となってはいるが)実態把握ができなくなって蔓延防止上も問題だし,検査も治療も公費医療の対象でなくなって自己負担が増え,患者の厚生上も問題だ。現在のようなやり方ではsuppressionによる終息は不可能だから,いつ患者数が急増し始めても不思議はなく,遅れて増える重症者への対応が追いつかなくなって医療崩壊する危険は否めない。政府が間違った決断をしないでくれると良いのだが。

センザンコウは無罪らしい(2020年8月27日 - 当該鐵人三國誌

Infection, Genetics and EvolutionというジャーナルへのLetter to editorで,Frutos R et al. "COVID-19: Time to exonerate the pangolin from the transmission of SARS-CoV-2 to humans"(2020年8月5日)が,このtweetで紹介されていた。SARS-CoV-2はコウモリのコロナウイルス由来という説と,マレーセンザンコウのコロナウイルス由来という説があったが,マレーセンザンコウは無罪だったという話で,ざっと目を通したところ,センザンコウとヒトではACE2受容体の類似度が低いので,センザンコウ経由でヒト=ヒト感染するようになったとは考えにくいという主旨か。

このTweetで知ったが,日本医師会COVID-19有識者会議のサイトに,愛育クリニック・錢 瓊毓医師が寄稿された台湾におけるCOVID-19対応(2020年7月16日),確かに詳しい。

インフォデミックに対する科学者やメディアの役割(2020年9月1日 - 当該鐵人三國誌

The COVID-19 infodemic(Lancet Infectious DiseasesのEditorial,2020年7月17日)は重要なことを言っている。とくに,インフォデミックの悪循環が生まれる仕組み(トランプ大統領やボルソナロ大統領のように雑で利己的で意図的に誤解をもたらすような誤った情報を流す政治家と,それを訂正せずセンセーショナルな速報に走るマスメディアによって,公共への信頼が失われ無援護感がもたらされ,今度はそのことが有害な誤情報が広がるための完璧な条件となり,さらに誤情報が流され続けるという悪循環,と書かれている。自分たちがこの悪循環の一翼を担ってしまっていることに自覚的であるメディアはどれほどあるだろうか?)への言及と,著者ら"We"(学術雑誌のエディタ,科学者,広く言えばアカデミア)の役割として,「これまで長い間,著者やメディアと協力して,一般公衆が読むのに適している,事実に基づいた正しい偏りのないストーリーを作ってきたが,今やもっと先を見越した反応を取るべき時で,誤情報自体や,誤情報の出版・流布に対する反対活動を積極的にすべき」への言及と,誤情報から3つの側面(経済的利益,政治的利益,実験的世論操作)で利益を得る者がいるという指摘は重要と思う。

都道府県別新規確定患者報告数の推移

半月ぶりに作図してみた。確かに指数増加は7月中旬で止まり,新規確定患者報告数は減少傾向だから,ちゃんと計算しなくても,多くの都道府県で実効再生産数は1を切っているだろうと思われるが,ここで5人以上の会食OKとか東京もGoToトラベルに入れるとかいったレベルの緩め方をしてしまっては,再度急速な感染拡大が始まるのはほぼ自明。ニュージーランドや台湾のように新規確定患者報告ゼロが2週間続くまで耐えれば,国内終息ということで入国検疫以外の制約はなくせるはずだが,何度も書いているように日本はそういう政策は取っておらず,そうするためのリーダーシップが取れるような政治家はいない。せめて,すぐには指数増加が始まらない,確率的な終息が期待できる状況として,1日の新規確定患者報告数が生活行動圏内に5人以下(たぶん,そのくらいが,隔離されていない総感染者数50人以下に相当すると思われる。厳密に計算したわけではないが,そんなに外れていないと思う)になるまで,強い行動制約を続けるべきだと思うが。

このtweetとそれを引用したこのtweetで触れた感染研からの超過死亡推定。要約には,「前回報告では、予測死亡数の95%片側予測区間(上限)と観測死亡数の差分を超過死亡として報告したが(上記’XX-YY人’のXX値)、今回報告では、さらに予測死亡数の点推定値と観測死亡数の差分(YY値)も加えて、それぞれの差分のレンジを超過死亡として報告する。実際の超過死亡はこの範囲内に含まれると解釈できる」と書かれているのだが,本文には「例年の死亡数をもとに推定される死亡数(予測死亡数の点推定)[閾値1]およびその95%片側予測区間(上限)[閾値2]と実際の死亡数(観測死亡数)との差のレンジで提示する。」とあったので,初見時は要約が逆なのかと思ったが,よく考えると,これらの値はCOVID-19がなかった場合に起こりうる死亡数であり,実際の死亡数の方が大きいので,予測区間の上限との差の方が,点推定値との差よりも小さい値になるのは当然だった。点推定値や予測区間の上限が実際の死亡数を超えてマイナスになる場合はどうしたのかという点についてはQ&Aの最後に書かれているように,実際の死亡数に漏れがあったと想定してゼロ扱いになっているし(それが「超過死亡」を考える前提だから仕方ないが……というのは,これまで超過死亡が使われてきたのは,主にインフルエンザによる高齢者の死亡の増加を考える際に,インフルエンザを直接死因とする死亡だけではなく,それによる体力低下や合併症などその他もろもろの間接的な影響も含めて,どれくらいインフルエンザの流行によって増える死亡があるのかという意味だったので,マイナスは想定外だった。けれども,COVID-19の流行が始まってから,手洗いを頻回に行うとかマスクを付けるといった行動変容によって,インフルエンザを含むCOVID-19以外の呼吸器系感染症への罹患は減った可能性があるので,実質的にマイナスの場合も存在しても不思議はないので,定義から考え直すべきと思う),「後者については、毎週の死亡者数の偶然の変動(ばらつき)も含まれてしまっていることには注意が必要」(注:ここで後者とあるのは点推定値のこと)と書かれているので,点推定値と観測死亡数の差を,都道府県別に下限をゼロとして合計されたこの数値は過大な推定である可能性が高く,実際の超過死亡は,これら2つの値の間のどこかに入る可能性が高いと読むべきだろう(メディアは「注意事項」と「解釈」と「Q&A」をちゃんと読んで理解してから報道すべきだし,InfodemicについてのEditorialに書かれていた通り,「センセーショナルな速報に走る」べきではないし,そのためにも,学術情報について原著論文が出ていたり発表元が詳細なリリースを出している場合は,それらを明示してリンクして欲しい)。

COCOAの元となったソースコード開発プロジェクトへの厚労省の対応は,このtweetからのスレッドを見る限りまずいと思う。現行COCOAのコードベースがgithubに公開されたのは良いことと思うが。

公正なワクチン接種とか重症例での全身コルチコステロイド治療とか(2020年9月7日 - 当該鐵人三國誌

Emanuel EJ et al. "An ethical framework for global vaccine allocation"(ScienceのPolicy Forum,2020年9月3日)は,首尾良く有効なワクチンが開発できたとして,接種の公正な優先順位のモデルとして「公正優先順位モデル(Fair Priority Model)」を論じている。ターゲットとなるのは,国という枠組みを超えて公正な配布をするためにワクチンを購入しようとしているCOVAX(GAVI,WHO,CEPIによる仕組み)参考),ワクチン製造企業,各国政府の三者で,死亡や後遺症による標準化された余命損失(Standard Expected Years of Life Lost: SEYLL)を小さくするような配分の仕方を3つの段階(若い人の死亡を減らす段階,深刻な経済社会損失を減らす段階,社会が完全に機能する状態に戻る段階)に分けて提案しているようだ。

JAMA Internal Medicineの原著論文,Sehra ST et al. "Cell Phone Activity in Categories of Places and Associations With Growth in Cases of COVID-19 in the US"(2020年8月31日)は,USAでの携帯電話が使われた位置情報をGoogle Location Historyから,確定患者情報をJohns Hopkinsのレポジトリから入手して分析したという研究で,携帯電話の職場での使用が減り,居宅での使用が増えるほど患者増加が少ないという仮説が支持されたと書かれている。

JAMAの原著論文,The WHO Rapid Evidence Appraisal for COVID-19 Therapies (REACT) Working Group "Association Between Administration of Systemic Corticosteroids and Mortality Among Critically Ill Patients With COVID-19: A Meta-analysis"(2020年9月2日)は,7つの研究からのメタアナリシスによって,重症化したCOVID-19患者への全身コルチコステロイド治療は,標準治療やプラセボに比べて,28日間の全死因による死亡率低下と関連していた,と結論している。

BMJのAnalysisというカテゴリだが,Jones NR et al. "Two metres or one: what is the evidence for physical distancing in covid-19?"(2020年8月25日)は,COVID-19の伝播を防ぐための物理的な距離の証拠は何か? 2メートルか1メートルか? というタイトル。そもそも2メートルという数字はどこから出てきたのか? と語りはじめ,1メートルとか2メートルを一律基準と考えるのは単純化しすぎで,何をしているかによって違うはずなので整理してみたという筋。

文科省通知いくつか(2020年9月8日 - 当該鐵人三國誌

Variolation(2020年9月9日 - 当該鐵人三國誌

Gandhi M, Rutherford GW "Facial Masking for Covid-19 - Potential for “Variolation” as We Await a Vaccine"(NEJM,Perspective,2020年9月8日)は,ワクチンが開発されるまでの代替策として広汎なマスク着用が使えるのではないかという論考。Variolationというのは人痘接種法のことで,天然痘のワクチンとして種痘が開発されるまでの間,治癒した患者の瘡蓋を乾燥させて鼻に吹き付け,意図的に軽症の天然痘に感染させることによって免疫を付けたと説明されている。天然痘ウイルスに自然感染した場合の致命割合30%に比べ,この方法で感染させると1-2%になったという。3月にはわかっていたように,無症状感染者の鼻と口からのウイルス排出が有症状感染者と同等にあるため,広汎なマスク着用をすれば,無症状感染者からの感染拡大を防ぐことができ,ワクチンができるのを待つ間のつなぎにはなるということのようだ。

こういう楽観的な論調は,アストラゼネカと共同開発したワクチンがUSAで第三相臨床試験に入ったというオクスフォード大学のリリース(2020年9月4日)など,ワクチンが当初の予想よりも早く実用化されるかもしれないという期待が高まってきたことを反映していると思うが,昨日,そこに冷水を浴びせるニュースもあって(UKで重篤な副反応が疑われる患者が出たため,USAでの臨床試験が一時停止されたというSTATの独占記事),今日は世界中のメディアでそれも取り上げられている。

論文メモ20200910(2020年9月10日 - 当該鐵人三國誌

NEJMのClinical Implications of Basic Researchというカテゴリで,Mantovani A, Netea MG "Trained Innate Immunity, Epigenetics, and Covid-19"(2020年9月10日)は,BCGなどいくつかのワクチンや微生物への曝露によって,Covid-19の抗原への曝露によって獲得された免疫ではないのに免疫レベルが上がっている,「訓練された自然免疫」(Trained Innate Immunity)の状態が鍵であるという説についての論考のようだ。概念図がFigure 1に示されている。

JAMAのEditorialで,Rodgers GP, Gibbons GH "Obesity and Hypertension in the Time of COVID-19"(2020年9月9日)は,JAMAの同号に載っている,USAの最近約20年の肥満と高血圧のデータからみた傾向について,肥満は増加傾向にあり,コントロールできている高血圧の割合が最近急に減少したという報告だと紹介し,肥満や高血圧はCOVID-19が重症化するリスク因子だから重要な問題だと指摘している。

Lancet Global Healthの原著論文で,Edejer TT-T et al. "Projected health-care resource needs for an effective response to COVID-19 in 73 low-income and middle-income countries: a modelling study"(2020年9月9日)は,73のLMICについて,COVID-19に効果的な対応をするために必要なヘルスケア資源の需要を予測したモデル研究というタイトル。患者数予測はインペリグループ第12報がScienceに載ったもの(Walker et al. "The impact of COVID-19 and strategies for mitigation and suppression in low- and middle-income countries" Science, July 24 2020)に基づいていて,そこから戦略的準備及び応答計画(SPRP)の各項目ごとにコストなどを計算しているようだ。後でちゃんと読もう。

Archives of Disease in Childhoodの原著論文で,Larcher V et al. "Young people’s views on their role in the COVID-19 pandemic and society’s recovery from it" DOI:10.1136/archdischild-2020-320040(2020年8月31日)は,子ども病院の若者フォーラムのメンバー15人によるフォーカスグループディスカッションで,予めCOVID-19についてのブログなどを読んでおいて貰ってから,このパンデミックが彼らの生活にどう影響するか,またパンデミック下の社会において若者はどういう役割を果たしたいのかといったことを議論して貰い,録音した音声を文字起こしした「語り」をNVivoというソフトで解析している。帰納的主題分析のアプローチを使っているとのこと。研究対象が若者一般を代表していない点には注意が必要と思うが,後でちゃんと読もう。

東京が警戒レベル引き下げGoToの対象に入れるって,感染爆発させたいのか? まだHammer and DanceのDanceをするには1日当たりの新規感染者数が多すぎるということがわからないのか? 下の図に出した中では,いま緩めても良さそうなのは北海道くらいだろう。

CoCoAのパラドックス?(2020年9月15日 - 当該鐵人三國誌

堀成美さんのtweetで問題視されている件,その時点で感染リスクの高い行為があったかどうかを判断できるフローチャートを提供しておいて,症状無しかつ行為無し→自己隔離推奨,行為ありまたは症状あり→隔離+検査+陽性ならさらに接触者追跡(CoCoAとHER-SYSを使って……だが,HER-SYSがうまく動いていないのが,たぶんこのシステムがうまく動かない元凶なので,そこの改善が不可欠),陰性なら隔離継続のみとした場合の誤判定確率をいくつかシナリオ与えたシミュレーションをしたら評価できるかも。そもそもDCTは人力による接触者追跡が破綻しないように人手を掛けなくても良いようにするために導入されたのだから,導入によって余計に人手が掛かっては本末転倒だろう。

Scienceの原著論文で,Worobey M et al. "The emergence of SARS-CoV-2 in Europe and North America"(2020年9月10日)と,Cao L et al. "De novo design of picomolar SARS-CoV-2 miniprotein inhibitors"(2020年9月9日)は後で読む。

Journal of Translational Medicineの原著論文でPachetti M et al. " Impact of lockdown on Covid-19 case fatality rate and viral mutations spread in 7 countries in Europe and North America."(2020年9月2日)もロックダウンがCFRとウイルスの突然変異の広がりに与えた影響というタイトルなので後で読む。

MMWRの症例対照研究(2020年9月17日 - 当該鐵人三國誌

スラドのストーリーになっていたので知ったが,CDCのMMWRで出ている,Fisher KA, Tenforde MW, Feldstein LR, et al. Community and Close Contact Exposures Associated with COVID-19 Among Symptomatic Adults ≥18 Years in 11 Outpatient Health Care Facilities — United States, July 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1258–1264. DOI: http://dx.doi.org/10.15585/mmwr.mm6936a5(2020年9月11日)は興味深い。

症例対照研究で,いろいろ情報の出し方が不十分なので推測が必要なのは欠点だが(例えば,Table 1でp値を計算するのに使っているのが,連続性の補正無しのカイ二乗検定であることや,バー・喫茶店に行ったかどうかについて無回答が合計2としか書かれていないが,割合から計算するとPCR陽性群と対照群で1人ずつ無回答であったと推測できることなど),論文でなく週報だから仕方ないか。

過去2週間以内にレストランまたはバー・喫茶店に行ったことがある人への質問で,周囲の客がマスク着用とか距離を置くなどの推奨されている行動をしていたか? の回答が(全く・ほとんどしていない/半分くらい・多く/ほぼ全員)の3段階なのは注意が必要なところで,レストランに行ったことがあるPCR陽性者では「全く・ほとんどしていない」が対照群より遥かに多いのに対して,バー・喫茶店に行ったことがあるPCR陽性者では「半分くらい・多く」が対照群より遥かに多いという違いがある。

ちなみに,この結果のp値がレストランで0.03,バー・喫茶店で0.01というのも,連続性の補正無しのカイ二乗検定だが,これは順序尺度の分布の二群間の比較だから,理屈の上では4月23日に触れた尤度比検定が良いはず(やってみると,バー・喫茶店についてp=0.038となって5%水準で有意差があるが,レストランについてはp=0.103となって,5%水準では有意でないことになる。Rコードは下記)。

Restaurant <- matrix(c(12, 25, 26, 1, 21, 22), 3)
BarCafe <- matrix(c(4, 7, 2, 2, 0, 6), 3)
chisq.test(Restaurant, correct=FALSE)
chisq.test(BarCafe, correct=FALSE)
# When Fisher's exact test was applied?
fisher.test(Restaurant)
fisher.test(BarCafe)
# When Likelihood Ratio Test was applied?
library(MASS)
yR <- as.ordered(c(rep(1:3, Restaurant[,1]), rep(1:3, Restaurant[,2])))
xR <- c(rep(1, sum(Restaurant[,1])), rep(2, sum(Restaurant[,2])))
anova(polr(yR ~ xR), polr(yR ~ 1))
yB <- as.ordered(c(rep(1:3, BarCafe[,1]), rep(1:3, BarCafe[,2])))
xB <- c(rep(1, sum(BarCafe[,1])), rep(2, sum(BarCafe[,2])))
anova(polr(yB ~ xB), polr(yB ~ 1))

もっとも,最終的には感染者との濃厚接触がなかった人に絞ったときの,人種(スペイン系以外の白人がPCR陽性者に少ない),性別と年齢(有意差はない),少なくとも1つの基礎疾患あり(PCR陽性者に少ない! のは少し意外だった)を調整したロジスティック回帰分析では,レストランもバー・喫茶店も,オッズ比が有意に1より大きく,外食すると(たぶんマスク無しの会話をしてしまう可能性が高いので)COVID-19感染リスクが上がることを示唆する結果になっている。

本当は会話をしたかどうかとか,複数人で行ったのかといった辺りを調整して欲しいところだが,サンプルサイズが小さいせいか,その情報は出ていないのが残念。

年齢別IFRとUV-C222による不活化(2020年9月19日 - 当該鐵人三國誌

日本人口学会東日本地域部会の斎藤修先生の発表で,COVID-19について年齢別の分析が重要ということが最後に強調されていたが,年齢別IFRとしては,初期の中国のデータから求めたものとして,最初に中国CDCから出た報告(まとめ資料に引用している)と,インペリグループの推定値がよく参照されている。春先のイタリアのデータから推定した速報がPoletti et al. "Age-specific SARS-CoV-2 infection fatality ratio and associated risk factors, Italy, February to April 2020"(Eurosurveillance,2020年8月6日)で,最近CFRが下がってきたといわれているのは,多少の有効性が確認された治療法が増えてきたという本質的な理由と(そのためIFRも下がっている),軽症の感染者の把握が進んできたことの両方の理由があると思われるが,CFRのデータを見るときはどれくらいの検査体制があるかを見ないと意味が無くなる。このtweetで紹介されている,CDCの報告は,Hauser A et al. "Estimation of SARS-CoV-2 mortality during the early stages of an epidemic: A modeling study in Hubei, China, and six regions in Europe"(PLOS MEDICINE,2020年7月28日)という,中国とヨーロッパ6地域で得られたデータからの年齢群別IFR推定値を採用したとのこと。

波長222nmのUV-Cの安全性についてはFukui T et al. "Exploratory clinical trial on the safety and bactericidal effect of 222-nm ultraviolet C irradiation in healthy humans"(PLOS ONE,2020年8月12日)で示されていたが(神戸大のニュースリリース),SARS-CoV-2の不活化効果について,Kitagawa H et al. "Effectiveness of 222-nm ultraviolet light on disinfecting SARS-CoV-2 surface contamination"(American Journal of Infection Control,2020年9月4日)で示された(広大のニュースリリース)。空間除菌システムとして254 nmのUV-Cを空間照射するものが市販されているようだが,目への安全性に疑問がある

昨日までのデータでグラフを作っておく。

世界の新規確定感染者報告数の推移(2020年9月18日まで)
日本の新規確定感染者報告数の推移(2020年9月18日まで)

新しい論文メモ(2020年9月23日 - 当該鐵人三國誌

原著論文で,Shen Y et al. "Community Outbreak Investigation of SARS-CoV-2 Transmission Among Bus Riders in Eastern China"(JAMA Internal Medicine,2020年9月1日)は,3月に西浦さんたちがプレプリントサーバにアップロードした,換気の悪い閉鎖空間での感染リスクが高いことを示した論文をイントロで引用しているが,1月に中国東部で2台のバスに100分間(エアコンは室内再環流モード)乗って150分の仏教儀式に参加した人たちのうち,SARS-CoV-2に感染している人が1人混ざっていたバス2の乗客68人のうち24人(最初から感染していた1人を含む)が後日のRT-PCRでSARS-CoV-2陽性となったのに対して,バス1の乗客60人は誰もSARS-CoV-2陽性とはならなかったという報告。感染したかどうかをバス2の中の座席位置が最初から感染していた人に近かったかどうかの2群間で比べた結果,リスク差もリスク比も統計的に有意ではなかった(接触感染や飛沫感染よりもマイクロ飛沫―この論文ではエアロゾルと言っている―の滞留によることを示唆する)。仏教儀式ではなく換気の悪いバスという閉鎖空間で集団感染が起こったというエビデンスである。

これも原著論文で,Saad-Roy CM et al. "Immune life history, vaccination, and the dynamics of SARS-CoV-2 over the next 5 years"(Science,2020年9月21日)は,プリンストン大学のGrenfell BTやLevin SAといった生態学の著名人が共著者に入っている。自然感染時の免疫応答,ワクチン,NPIsなどについて条件を変え,単純な疫学モデルを使って,今後5年間のSARS-CoV-2の動態を考察しているようだ。

これも原著論文で,Whittle, R.S., Diaz-Artiles, A. An ecological study of socioeconomic predictors in detection of COVID-19 cases across neighborhoods in New York City. BMC Med 18, 271 (2020). https://doi.org/10.1186/s12916-020-01731-6(BMC Medicine,2020年9月4日)は,NYの郵便番号区別のCOVID-19陽性割合と,社会経済的条件についての地域相関研究をしている。GISを使っていて図版がきれいだが,ポアソン分布や負の二項分布を使った地理加重回帰モデルを当てはめているので,空間疫学の実例として説明に使えそう。R-4.0.0でR-INLAパッケージを使ってモデルの当てはめをしているとのことで,データはGitHubで公開されている。

JAMAへのResearch Letterというカテゴリで,Patel MM et al. "Change in Antibodies to SARS-CoV-2 Over 60 Days Among Health Care Personnel in Nashville, Tennessee"(2020年9月17日)は,ナッシュビルの保健医療従事者で成人患者と定期的に直接接触している人たち600人を対象として,60日間のSARS-CoV-2への抗体レベルの変化を調べたもの。4月のベースライン時点で抗体陽性だった19人は,60日後には全員抗体価が落ちていたというグラフが載っていて,60日後にも抗体陽性を維持していたのは8人だけだったとのこと。

Lancet Digital Healthの10月号に掲載予定の原著論文,Yadaw AS et al. "Clinical features of COVID-19 mortality: development and validation of a clinical prediction model"は,機械学習を使って,感染者のうち死亡転帰となる人の予測モデルを出し,ROC曲線のAUCが0.91となったが,他の集団にも使えるか今後の検証が必要としている。

JCMの新しい論文とか(2020年9月28日 - 当該鐵人三國誌

ちょっとJCMの特集号のチェックを怠っていたが,Lundon DJ et al. "A Decision Aide for the Risk Stratification of GU Cancer Patients at Risk of SARS-CoV-2 Infection, COVID-19 Related Hospitalization, Intubation, and Mortality"(2020年8月30日),Hayashi K et al. "Hospital Caseload Demand in the Presence of Interventions during the COVID-19 Pandemic: A Modeling Study"(2020年9月23日),Kinoshita R et al. "Containment, Contact Tracing and Asymptomatic Transmission of Novel Coronavirus Disease (COVID-19): A Modelling Study"(2020年9月27日)と,最近1ヶ月で3本も増えていた。

唾液と鼻咽腔スワブのRT-PCR結果はほぼ一致(2020年9月29日 - 当該鐵人三國誌

このtweetで知ったが,Yokota I et al. "Mass screening of asymptomatic persons for SARS-CoV-2 using saliva"(2020年9月25日)は,無症状の約2000人へのマススクリーニングとして唾液サンプルと鼻咽腔スワブサンプルでPCRを実施した結果から,統計モデルを使って真の一致度が99.8%と推定されたという論文。

NEJMの"The Editors"によるEDITORIAL(2020年10月8日 - 当該鐵人三國誌

英国で新型コロナ症例約1万6千件が一時消失。Excelの上限超過が原因というやじうまWatchの記事。Excelも2003までは65536行が扱える最大行だったが,2007以降,約100万行まで増えている。やじうまWatchの記事では「xls形式」と書かれているので,UKでは古いExcelを使っているのだろうか(2007以降はxlsx形式が標準なので)? せめてExcel2007以降を使っておくべきだったと思う。とはいえ,数万件以上のデータを扱う場合,どうせ表形式で一覧できないのだから,表計算ソフトではなく,データベースマネージャーソフト(DBMS)を使って,ちゃんとインターフェースを設計した方が良いと思う。それか,元データがcsvということだから,csvのままテキストデータとしてエディタで扱えば良いと思う。まあ何にせよ消えたデータが修復できたのは良かった。

7月24日のニュースだからもはや旧聞に属するが,ニュージーランド政府とPAHO/WHOがガラパゴス諸島のCOVID-19対策を支援しているそうだ。

このtweetを見て,出典を探したら,The Editors名義のEDITORIAL "Dying in a Leadership Vacuum"(2020年10月8日)だった。EDITORIALは普通,編集委員が順番に書くものだが,"The Editors"という名義は初めて見た。7月にLancet Infectious DiseasesのEditorialが学術雑誌はinfodemicと戦わなくてはいけないとして,トランプ大統領やボルソナロ大統領が流す誤情報とそれを無批判に流すマスメディアを明確に批判していたが(既に紹介した),NEJMも同じ旗を揚げたということだ。今後,日本の学術雑誌にとっても重要なスタンスだと思う。

橋本佳子さん('84SII/III-2組で同級だった,m3の編集長)とかも入っているコロナ民間臨調による「調査・検証報告書」が近々紙媒体と電子媒体の両方で発表されるということで,東洋経済が紹介記事を出しているのだが,最後の提言の主旨は,ぼくが4月末に書いたことと一致していた。

市民講座とか(2020年10月11日 - 当該鐵人三國誌

市民講座,自分の発表は5分長くなってしまって申し訳なかった。それでもだいぶ端折ったのだが。井澤先生のご発表に触発されて,ノートPCスタンドを買ってしまった。駒井先生の自己炎症性疾患の話は面白かったし,今進めているという研究も大変興味深かった。

ついでにCovid-19の新しい論文チェック。

Rice K et al. "Effect of school closures on mortality from coronavirus disease 2019: old and new predictions"(BMJ,2020年9月15日アクセプト,10月7日出版)は,インペリグループ第9報で使われたモデルを実装したCovidSimを使い,UK住民を想定した7000万人のシミュレーションをインペリグループとは独立に実行した結果,やはり学校閉鎖や若者の隔離だけによる介入は総死者数を増やす結果になり,提案されたどの緩和策をとってもUKの死者数は20万人以下にはならなかった,というもの。

Lancet Infectious DiseasesのCorrespondenceで出ていた,Vehreschild MJGT et al. "Beyond COVID-19—a paradigm shift in infection management?"(2020年10月9日)は,これまで多剤耐性菌の問題がありながら先進国では感染症対策の優先順位が低かったけれども,COVID-19によってヘルスケア従事者における集団感染が多発し院内感染を防ぐことの重要性に目が向いたので,感染管理のパラダイムシフトの契機となったのでは? と書いているようだ。

Brendish NJ et al. "Clinical impact of molecular point-of-care testing for suspected COVID-19 in hospital (COV-19POC): a prospective, interventional, non-randomised, controlled study"(Lancet Respiratory Medicine,2020年10月8日)は,UKの病院で,鼻と喉からのスワブサンプルを採取し,予め妥当性検証をしたPOCデバイスであるQIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panelでの検査をする群と通常のラボでのPCR検査をする群,それぞれ約500例程度試したところ,かかる時間の中央値が前者で1.7時間,後者で21.3時間と有意な差があったという報告。まあ,それはそうだろう。

JAMA Health Forumでは,Faherty LJ et al. "The COVID-19 “Return-to-Learning” Natural Experiment"(2020年10月7日)という"Insights"というカテゴリの論考が載っていて,USAには13000校以上のK-12の学校があるので,いろいろな方法での授業再開の結果をうまく比べれば良い自然実験になるのではないかと提案しているようだ。

European Journal of EpidemiologyのDror AA et al. "Vaccine hesitancy: the next challenge in the fight against COVID-19"(2020年8月12日)は,イスラエルでヘルスケア従事者と一般人合わせて1941人に匿名で質問紙調査を行った結果,仮に有効なワクチンが開発されたとした場合,それを接種すると答えた割合はCOVID-19陽性患者のケアをしている従事者と自らをハイリスクと思っている人で高く,患者の親やCOVID-19陽性患者のケアをしていない看護師や医療ワーカーでワクチン接種を躊躇う人が多かったという報告。

Zeberg H, Pääbo S "The major genetic risk factor for severe COVID-19 is inherited from Neanderthals"(Nature,2020年9月30日)は,COVID-19の重症化リスクファクターがネアンデルタール人から受け継いだ遺伝子と関連しているというタイトル。面白そうだ。

Beigel JH et al. "Remdesivir for the Treatment of Covid-19 — Final Report"(NEJM,2020年10月8日)は,Covid-19治療にレムデシビルを使った結果について報告されてきた一連の研究の最終版というタイトル。1062人対象のRCTで,レムデシビル投与群はプラセボ群より回復までの時間が有意に短かったとのこと。

Laxminarayan R et al. "Epidemiology and transmission dynamics of COVID-19 in two Indian states"(Science,2020年9月30日)は,インドの2つの州で84965人の確定感染者に接触した575071人のデータを解析し,同年齢での接触での感染リスクが高いことや,CFRが5-17歳で0.05%,85歳以上で16.6%という推定値を出している。凄い人数のデータだし,後でちゃんと読もう。


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